明太祖对兵燹之后的中国僧寺，颇多整理，其情状有符现实可举而施之者，录之以备有心人之注意。
洪武二十四年令：‘今天下之僧多与俗混淆，尤不如俗者甚多，是入其教而败其行，理当清其事而成其宗。令出后，禅者禅，讲者讲，瑜珈者瑜珈，各承宗派，集众为寺。有妻室愿还俗者听，愿弃离者听。
‘一令之后，敢有不入丛林，仍前私有眷属，潜住民间，被人告发到官或官拿住，必“枭首”以示众；容隐窝藏者，流三千里’！
洪武二十七年令：‘凡僧之处于市者，务要三十人以上聚成一寺，二十僧以下者悉令归并；其寺宇听僧拆改，并入大寺，如所在官司有将寺没官及改充别用者，以赃论。
‘僧带妻室者，许诸论捶辱之，更索取钞五十锭；如无钞者，打死勿论。带妻室僧人愿还俗者听，愿弃离修行处者亦听，若不还俗又不弃离，许里中邻人擒拿赴官；循私容隐不拿者，发边远充军。
‘今后，秀才并诸邑人等，无故入寺院坐食僧人粥饭者，以罪罪之。今后僧寺不许收养儿童！……令出后，敢有收留儿童为僧者，首僧凌迟处死；其儿童之父母，迁发化外。若有出家者，务要本人二十三十者情愿为僧’。
接金陵梵刹志载：金陵灵谷、天界、报恩三大寺，直属僧录司。一、灵谷寺隶次大刹栖霞寺，中刹铜井院至草堂寺等十刹。二、天界寺隶次大刹鸡鸣寺、静海寺，中刹清凉寺至接待寺等十二刹。三、报恩寺隶次大刹能仁寺、弘觉寺，中刹高座寺至幽栖寺十一刹。而铜井院等中刹，又隶吉禅庵等小刹或八九或五六或一二不等。诚如葛寅亮序所云：“以三大寺为纲，而次大中刹丽之，小刹又丽于中刹，棋布星罗，联络不涣”。今中国佛教会章程之修订草案，分寺于三等，虽不能如明制之整齐，要亦有所本而能略近之矣。（见觉群九期）