认识蔡先生的人们都知道他的学问渊博，人格健全，但总没机会看见一部蔡先生自订的“文存”或“学术论著”之类。
蔡先生到底没写过什么伟大与不朽的论文，可是这个不能说他没有学问。学问在学者身上每显出两种功用：第一是知其所学，终生用它来应世接物；第二是明其所知，努力把它传递给后人。越是有学问的人越能应用他所学的到自己身上。“读圣贤书，所学何事？”正是学者对于学问的第一种功用所发的反问。一个谨于修身、勤于诲人、忠于事国的学者，倒不必有什么可以藏诸名山的著作，更没工夫去做那一般士大夫认为隽美的饾钉文章。他的人格，便是他的著作；他的教诲，便是他的著作。试看见蔡先生长北京大学以后，在他指导之下，近二十年来，全国有多少在各门各类中见地超越与知识深邃的学者与那最高学府没有关系？蔡先生为他的友生们设计，给他们各人有阐明所学与深究所知的机会，这功绩当比自己在各种学问上做些铅椠佣（注：即写字匠）所做的肤浅的文字较为伟大。
蔡先生参加革命运动的时候，个人生活在经济方面是非常困难的。那时候，他一面办报，一面译书。因为要避免当时执政者的注意，他曾用“蔡振”的名字来做笔名。译书也不过为糊口计，不尽是传播学问。不过他没有做那比较容易销售的翻译欧美名家小说的事业，他早已认定最高的学问在哲学。知识的强敌是迷信，感情与意志所寄托的在美，于是从事于哲学教科书的编译。《哲学大纲》是取材于德国厉希脱尔的哲学导言、泡尔生与冯德二氏的《哲学入门》和其他参考书编成的。《哲学纲要》是取材于德国文得而班的《哲学入门》编成的。泡尔生《伦理学原理》是据日本蟹江义丸的译本转译的。他又译了日本井上圆了的《妖怪学讲义》，但只有第一卷，其他五卷可惜未译出来。这是一部破除迷信的大著，希望以后有人费些工夫继续译成它。在著作方面可以提出的是《石头记索隐》《教授法原理》《中国伦理学史》《美育实施的办法》及《华工学校讲义》。他的译著多数在商务印书馆出版，因为他的笔墨生涯很早就寄托在那印书馆的编译所里。此外零篇文字，除在新潮社编的《蔡孑民先生言行录》收集以外，二十年来所写的还没有集成，但我们在那本二十年前的辑录已经可以看出蔡先生的思想的轮廓。
这里要特别提出来的是附在《言行录》里的《华工学校讲义》。那是为留法的华工写的。那书的内容是《德育讲义》三十篇、《智育讲义》十篇，我们把书中各篇细读一遍，就觉得作者早已理会，灌输德育、智育等知识给那没多少机会受完全教育的劳力同胞，是救护民族的重要工作。士大夫对于学问所缺的不在知而在行；农工们所急需的只在知，没有智识就容易瞎作胡为，假使能够给他们充分的知识，国家民族的进步当然会加倍地快。我们常感觉得长篇大论，对于劳动的群众是不相宜的。他们不但不能用专心去读一本上万字的书，并且也没工夫去念，所以需要一种几分钟可以读完的简明的小册子。在《华工学校讲义》里，蔡先生所选的题材都非常切用，如合众、合己为群、公众卫生、爱护公物、尽力于公益、勿畏强而侮弱、戒失信、戒狎侮、理信与迷信、自由与放纵、热心与野心、互相与依赖、爱情与淫欲、有恒与保守等，都是做成健全公民所需知道的。这书好像没有编完，因为关于智育的只有十篇，而且很不完全。
蔡先生是提倡以美育代宗教的。这是他对于信仰的态度。从他的言论看来，他是主张理信的，他信人间当有永久的和平与真正的康乐。要达到这目的，不能全靠知，还要依赖对于真理的信仰。能知能行，不必有什么高尚的理想，要信其所知的真理与原则必能引人类达到至善，诚心尽力地去实现它，才是真正实行。所以知与行还不难，信理才是最难的事。蔡先生是个高超的理想家，同时又是个坦白的实践家，他的学问只这一点，便可以使景仰他的人们，终生应用。世间没有比这样更伟大、更恒久的学问。