初，《大明会典》成，内阁自李东阳而下至翰林、春坊皆升职。瑾以为破坏祖宗制书，妄增新例，毁其书，悉追夺各官升职，惟东阳不夺。瑾又欲挫抑文学官，乃捏旨谓翰林官不识事体，摘十余人姓名，升调两京各部属官，令其拓充政事。朝野哄然。
逆瑾又欲革天下巡抚官，云旧制所无，天顺间亦曾革罢，遂将各处巡抚都御史取回。后与内阁议不可，止将腹里巡抚革去，其漕运及边方都御史俱不革。又欲将各衙门添设官及提学、兵备悉行裁革，后内阁议提学不可革，从之。
华容刘尚书大夏既致仕，逆瑾知其受知先朝，常欲按致于法。又被同年焦芳忌嫉，会广西土官岑猛先年被大夏与都御史潘蕃奏迁福建，至是厚赂得复。瑾遂以迁徙土官为非法，通逮至京，欲寘刘等重辟。下之廷议，诸大臣不敢吐一语。独屠都御史滽曰：“刘大夏此何罪，必欲致之死？当拟‘不应’。”瑾怒骂屠恶语：“汝党刘邪？”明日大臣以屠议奏。瑾谋于焦芳并刘宇，宇又素嫉刘者，乃劾刘某轻将夷人迁徙，与潘蕃俱发边戍。瑾初拟广西边卫，焦曰：“是送二人归也。”乃定肃州卫。刘赴肃州时，故旧皆避不来会。独乡人严仲宏赠诗，和答之。《过六盘山寄李阁老》末句云：“寄谢同年老知己，天涯孤客几时还？”《归自六盘和前韵》末句云：“凭谁寄语中州子，前度刘郎今已还。”中州子指芳、宇二人也。
刘瑾既止各边送银，又禁商人报纳边储，遂大匮乏。因询国初如何充足，浅识者以为国初屯田修举，故军食自足，后为势家所占，以此军不自给。瑾遂慨然修举屯田，分遣郎中胡汝砺、御史杨武、少猛颜颐寿等往各边丈量屯田，以增出地亩甚多及追完积逋者为能，否则罪之。又命散银于近边州县百姓，买米陪脚耗运送边仓交纳。奉行苛刻，人不聊生。其增屯田，每至数百余顷，悉令出租。大理少卿周东在宁夏与都御史安惟学比较屯粮，严加刑于军官妻子，人心愤怨。千户何锦等遂与安化王谋起兵，传檄以诛瑾等为名。瑾祸自是起矣。
浙江绍兴府勘报经明行修者四人，内余姚三人。逆瑾以为谢阁老迁所私，执送锦衣卫镇抚司问。其一人妄招，词连谢，因及洛阳。刘瑾以为奇货，可聘宿忿，笑曰：“今入我彀中矣。”言于上，必欲置谢于边戍。赖李阁老曲为辨析，令其为民。
江西南城、万安二县人萧明举等因事叛归满剌加国，充本国通事，伴送进贡番夷，道杀其数人，而私货财。为逻者所得，瑾寘之极典。因其党以江西事激之者，乃将二县人俱照余姚县例，不与做京朝官。又欲将江西科举解额止与三十名，后不果行。
逆瑾用事，中外愤怨。有托名黔国公及魏国公檄书，皆以诛瑾为名。又有以应天府上元县生员狄元出名，指斥瑾罪恶数事，吏人誊写，于公生门下鬻之。为瑾逻卒捕得，下狱拷讯所从，展转攀指，竟不知其由。乃遗官校诣上元县求之，亦无狄元名姓。说者以为“狄元”者，夷狄胡元也，寓意如此耳。又一日早朝罢，有文书一卷，书瑾等数人过恶，委于丹墀。侍班御史奏请查究，上退坐东角门内，留百官不放班。瑾等自下陛，而诘何人所为，俱不承认。诸人冒暑忍饿跪久，有仆地者。瑾谓卷在五品以下官班内，即令常校将下班三百余人送镇抚司究问，亦无所得。时晒死者已三四人矣。
正德五年庚午，逆瑾日益专恣骄横。霸州、文安诸处响马强贼生发。瑾不胜忿，欲速除之。用人言，遣御史有能干者专理捕盗事，许带家小随任。宁杲辽东人，于真定；柳尚义湖广人，于天津；薛凤鸣南直隶人，于淮阳。责以殄除贼寇，保障地方，有功升赏。薛凤鸣尤善射，尝在归德与守备指挥石玺会饮，用伶人歌舞为乐。瑾之逻卒奏之，即传旨降凤鸣为徐州弓手辱之。尚义在天津，稍收敛。惟杲奏立什伍连坐之法，盗贼捕获无虚日。每械系盗贼于真定城，辄用鼓吹前导，金鼓之声，弥月不绝。由是奸宄益多。内官张忠侄张茂为大贼窝主，杲亲往捕获，斩之，啖其心以取媚权势。霸州人刘六、刘七、齐彦名辈因是鼓众为乱。后杲与尚义皆升佥都御史，仍管捕盗事。
陕西宁夏指挥何锦、千户周昂、丁广等谋作乱，杀死巡抚都御史安惟学、镇守太监赵弼、总兵姜汉等，谋立安化王寘鐇为主，出给印信票帖，招诱诸路军马，以诛刘瑾为名。且曰：“非敢窃窥神器也。”事闻，特起致仕左都御史杨一清提督军务，都督神英领兵，太监张永总督。永至中途，即闻游击将军都指挥仇钺已入城将寘鐇擒获，及斩杀周昂、丁广等。事闻，即敕神英班师，仍令张永往宁夏安辑。永既回，欲因是以倾瑾。八月初，永将至京献俘，瑾令且止良乡，拣日迎接。不从，轻骑来京。至十三日，永入自东长安门，上亲宴劳。永乘间出怀中疏，奏逆瑾一十七事。上犹豫未决，永又因太监张雄、张忠共诉于上，谓：“瑾激变宁夏，心不自安，阴谋不轨，其形已具。若少迟，我等皆为齑粉，陛下安所之乎？”上允其奏，命牌子头往召瑾。众劝上亲行，至瑾宅近地观变。时漏下三鼓，瑾方熟寝。令牌子头先入，瑾问曰：“上安在？”对曰：“在豹房。”瑾披衣出，谓家人曰：“事可疑矣。”出门，有牌子头数人执瑾就内狱，黎明送锦衣狱，会集廷臣，拷出瑾包藏祸心、私制兵器、伪造宝印、改制牙牌、袖中藏刀等项违法事情，及搜出暗封同谋吏部尚书张彩、锦衣都指挥杨玉、石文义等王爵文簿。乃坐瑾极刑，凌迟三日。仇家争食其肉，须臾而尽。悉诛其党，抄没财产若干。京师内外咸颂永功。内阁李东阳、杨廷和亦奏瑾恶，以为旬日之间，二难交作，悉底于平，且归功于永等。遂封永兄张富为泰安伯，弟容为安定伯，魏彬弟英为镇安伯，马永成弟山为平梁伯，谷大用弟大为永清伯，封义子朱德为永寿伯，各给券世世承袭，食禄一千石。荫李东阳、杨廷和、梁储、杨一清子各一人为锦衣卫世袭正千户，俱疏辞，改中书舍人。杨一清升户部尚书，加太子太保。荫兵部尚书王敞子为锦衣卫百户。时刘瑾虽诛，而政权仍在内臣。魏彬掌司礼监印，决大政。马永成等又奏，有旨：“凡朝廷大事，须彬等同议。”时东阳、廷和、梁储、费宏四人在阁，以“穷苦无菜”四字为题，各作长诗以献永。东阳为《穷字诗》，拆点画，为句极巧。永大悦，命工刊装锦轴送人。未久，山东盗起，人以为穷苦之应，遂秘不以示人。东阳又属杨一清作《平定宁夏碑》，颂永功德，后亦不复作。
刘瑾既诛，有旨：“凡瑾所坏事情，着科道官指实来说，悉与改正。”又云：“百官缄默顺从，皆非得已，且干人众，都不查究。”杨一清旋改吏部，孙交为户部尚书，何鉴自刑部改兵部尚书。魏彬奏起李鐩，复为工部尚书。刘瑾流毒尚在，天下盗贼蜂起，而朝政乖宜，赏罚未当。山东、河南、江西、四川诸处盗贼并起，而天下不胜烦扰矣。
张彩素负才名，为刘尚书大夏所爱，尝称为可当边方巡抚。及焦芳荐于逆瑾，每见瑾必谈论移时，瑾皆喜纳之，骤升佥都御史坐院，寻升吏部左侍郎。未几，刘宇入阁，以彩代之。彩尝劝瑾：“今天下诸司官有馈送公礼物者，非取于官库，则敛于小民，取怨贻患，所当知之。”瑾大开纳，遂禁察馈遗者。适山东巡按御史胡节回，敛馈未至，瑾侦知之，摭下锦衣狱捶死。少监李查、侍郎张鸾、指挥赵良差往福建回，敛银二万馈于瑾。瑾收其银于承运库，李查降长随，赵良降南京百户，张鸾以不知敛银，令致仕。其银因馈送得罪者甚多，剥削之弊，一时少息。彩又言于瑾曰：“公左右用事者，多骗财坏事。”瑾遂逐去之。其他救正颇多，衣冠之祸亦为少减。然彩在吏部，惟知敬瑾。其共谋同事者，以为瑾疏同类，皆采教之，心多衔嫉。初，刘宇在兵部，武选郎中杨廷仪为心腹。宇迁吏部，即调廷仪为考功郎中，亲信之。及宇入阁，廷仪不为彩所亲，有所私求，彩皆不听。廷仪深憾，乃谮之于其兄廷和。又故事，吏部推用大臣，必密谋于内阁。彩以事权在瑾，内阁不得预，多忽之。李阁老东阳等以为废内阁之权，共为不平。及瑾被系，亦捕下都察院狱，议以交结近侍，符同奏启，斩罪。适赦免死。内阁后令改拟同刘瑾谋反罪，彩竟死狱中，仍令挫其尸。然以非真谋反，止流其子弟母妻于岭南，不诛。彩为郎中时，杨一清尝荐彩“谙晓韬略，堪任边方都御史。”及宁夏之变，一清致仕居镇江，彩荐于瑾，起用，同张永征宁夏。及彩被罪，一清心怜，亦不能救。
抄没逆瑾货财，金二十四万锭又五万七千八百两，元宝百万锭，银八百万又一百五十八万三千六百两，宝石二斗，金钟二千，金钩三千，玉带四千一百六十二束，狮蛮带二束，金银汤■〈古上皿下〉五百，蟒衣四百七袭，牙牌二匮，穿宫牌五百，金牌三，兖袍四，八爪金龙盔甲三千，玉琴一，玉宝印一颗。以上金共一千二百五万七千八百两，银共二万五千九百五十八万三千八百两。