昭宗，谥号圣穆景文孝皇帝，名李晔，是懿宗皇帝第七子，母亲惠安太后，姓王。咸通八年(867)二月二十二日生于东内，咸通十三年(872)四月封为寿王，名李杰。乾符四年(877)被授为开府仪同三司、幽州大都督、幽州卢龙等军镇节度使、押奚、契丹藩落使、辖区内观察处置使等。寿王和僖宗是同母所生的兄弟，相互间特别亲近和睦。自从国事艰难以来，僖宗流亡外方，寿王曾经随侍在僖宗左右，掌握兵权和中枢政要，僖宗极为器重和爱惜他。文德元年(888)二月，僖宗患暴病。当时皇帝刚刚回到皇宫不久，人心极其关注皇帝，突然听说皇帝患暴病，军民都震骇惊愕。直到皇帝病情危重的那天傍晚，大家还不知道由谁继位。群臣认为吉王最贤德，排行又在寿王前面，将会立吉王为继位者，只有左右神策观军容使杨复恭请求任命寿王监国。三月六日，宣布僖宗遗诏，立寿王为皇太弟。八日，寿王在僖宗的灵柩前即皇帝位，时年二十二岁。任命司空韦昭度暂时代理宰相。三月十二日，接见群臣，开始处理政务。皇上喜欢读有关典章文物制度方面的书，特别重视儒家学术，精神气质雄杰英武，有武宗皇帝的遗风。因为先朝的声威，武功不能振作，国家的命脉逐渐衰微，因而皇上尊重和礼遇大臣，审慎地推行治国的方法，目的在于恢复和扩展先朝的旧业，以统一全国的号令。皇上即位之初，朝内外都很称赞他。
四月初一为戊辰日。四月初三，追加皇上已故的母亲惠安太后谥号为恭献。四月初八，河南尹张全义在河阳率军袭击李罕之，李罕之退出河阳，占据泽州。魏博镇的衙军在龙兴寺杀害其主帅乐彦祯，又进攻乐从训，击败了他。乐从训率领残部退守洹水，被罗宗弁攻破城池，将其杀害。四月十五日，蔡州贼将孙儒攻破扬州，杨行密突围逃出扬州，占据宣州。孙儒自称为淮南节度使，并率领他的部下进攻宣州。
五月初一，决定任命宣武军节度使、检校侍中、沛郡王朱全忠为蔡州四面行营兵马都统。自从秦贤、石..兵败之后，蔡州贼军的势力逐渐衰弱，当时时溥正被朱全忠进攻，因此把时溥四面行营兵马都统的职衔转授给了朱全忠。五月初六，被伪授为荆襄节度使的蔡州贼将赵德醔派使者来表示归顺朝廷，愿意征讨贼军以效命立功，朝廷便任命赵德醔为蔡州四面行营副都统，赵德醔即率领荆襄的兵马归属于朱全忠。
六月初一，因为川中贼将王建策动大叛乱，剑南的陈敬王宣向朝廷告急，决定任命开府仪同三司、暂署司空、门下侍郎、同平章事、太清宫使、弘文馆大学士、延资库使、上柱国、扶阳郡开国公、食邑二千户韦昭度为检校司徒、门下侍郎、平章政事，兼成都尹，充任剑南西川节度副大使、掌管节度使事务，兼西川招抚制置使等。蔡州行营奏报，在龙陂大破贼军，并进军逼近贼军占据的城池。
七月初一，泽州刺史李罕之引导太原的军队进攻河阳，被汴州将领丁会击败，退兵返回高平。
九月初一，汴州将领朱珍在維桥击败时溥的军队，于是攻陷宿州，从此时溥据守城池不敢再出城。汴州将领胡元琮急速攻打蔡州。
十二月初一，蔡州的偏将申丛逮捕秦宗权，打断了他的腿，任命申丛暂时代理蔡州留后。等中使到达蔡州，另一名偏将郭..杀死申丛，把秦宗权抢到手，捆起来送到汴州。蔡州、申州、光州等地获得平定。皇上下诏赐给蔡州行营的士兵二十五万贯钱，命令度支使逐步支付给他们。当月，把僖宗安葬在靖陵。
龙纪元年(889)春，正月初一，皇上驾临武德殿接受朝贺。宣布敕命，实行大赦，改用新年号。对朝内外文武大臣晋封官职，颁赐的爵位各不相同。任命剑南西川节度使、两川招抚制置使韦昭度为检校司空，担任东都留守；任命翰林学士承旨、兵部侍郎、知制诰刘崇望以本职任同平章事；任命刑部侍郎孙揆为京兆尹。
二月初一为癸亥日。二月二十七日，汴州行军司马李..监押解送逆贼秦宗权和他的妻子赵氏前往京师献俘，皇上驾临延喜门接受献俘，百官向皇上表示祝贺。把逆贼夫妇游街示众，祭告宗庙社稷以后，在独柳将秦宗权斩首，赵氏以笞刑处死。当初，从诸将收复长安时起，黄巢向东出关，和秦宗权合流。黄巢的贼军虽然被平定，秦宗权手下的凶徒却聚集得更多了，西至金州、商州、陕州、虢州，南达荆州、襄州，东过淮甸，北犯徐州、兖州、汴州、郑州，范围达到几十个州。五六年之内，百姓失去耕种纺织的生计，一千户人家的集镇，留下来的人不到一两户。年成既然凶险饥荒，百姓便烹煮人肉而食，战乱的残酷，是过去从来没有听说过的。秦宗权被平定以后，朱全忠却又聚集十万军队，吞并河南、兖州、郓州、青州、徐州之间地区，血战不能平息，唐朝的国运便走向灭亡。中书省上奏，请求以二月二十二日为嘉会节，皇上允从。
三月初一，任命右仆射、门下侍郎、同平章事孔纬暂署司空、太清宫使、弘文馆大学士、延资库使，并担任诸道盐铁转运使，任命右仆射、门下侍郎、集贤殿大学士杜让能为左仆射、监修国史、暂署度支使，任命中书侍郎、户部尚书、同平章事张浚为集贤殿大学士，执掌户部事务。
四月初一，任命宣武、淮南等军节度副大使、掌管节度使事务、管区内营田使、观察处置使、开府仪同三司、检校太傅，兼任侍中、扬州大都督府长史、汴州刺史、充任蔡州四面行营都统、上柱国、沛郡王、食邑四千户朱全忠为检校太尉、中书令，晋封为东平王，并赏赐军费十万贯钱。
五月初一，汉州刺史王建攻陷成都府，将陈敬王宣迁徙到雅州，王建自称为西川兵马留后。朝廷再次任用田令孜为监军。
六月初一，邢氵名节度使孟方立去世，全军将士推举他的弟弟氵名州刺史孟迁为邢氵名节度留后，太原李克用出兵攻打孟迁。杭州刺史钱霮进攻宣州，攻占了城池，擒获刘浩，将他的心挖出来祭奠周宝。
七月，皇上下诏在杭州设置武胜军，任命钱霮为本军防御使、观察使。
十月初一，青州节度使王敬武去世。决定任命特进、太子少师、博陵郡开国侯、食邑一千户崔安潜任检校太傅，兼任侍中、青州刺史、平卢节度使、观察使、监管新罗渤海两蕃使。青州三军将士推举王敬武的儿子王师范暂时执掌兵马的事务。
十一月初一，皇上将要举行祭天大典，改名为李晔。十一月二十三日，皇上在武德殿住宿、奉斋，宰相率领百官身穿朝服各就位次。当时左军中尉杨复恭，以及两个枢密都穿着朝服在皇上身边伺候，太常博士钱王羽、李绰等上奏章议论这件事说“：皇帝前往斋宫奉斋，皇宫的内臣都穿上了朝服。臣查阅本朝的旧例，以及近代的礼仪法令，并没有内官穿着朝服作为助祭的明文规定。皇帝陛下承受了上天所赋予的统御天下的运数，国家福祚得以中兴，恭敬地拜见列祖列宗的神主，举行盛大的典礼。这都是秉承了高祖、太宗既成的制度，必然遵循着虞、夏、商、周古老的典则，车饰冠冕、服装图案，其规格都要遵守仪礼律令。礼院先按照大礼使的公文所说，从内侍省的册籍中了解内臣的朝服、品阶的全部情况，礼院已按照礼法律令上报完毕。现在仔细考察近代的事例，如果宫廷的内官及各卫所的将军必须制作祭祀的冠冕服饰，就各自根据自己所兼任的正官，依照资格、品级，按律令的规定穿本官的朝服。事实虽然只存在于传说、听闻之中，还是可以照着办理的，虽然并没有明确地记载在礼法律令上面。请皇上允准我们的所奏。”奏折递上去之后，直到晚上还不见答复。钱王羽又呈上奏章说：“臣今天于巳时进上了奏章，论述百官的冠服制度，没有接到圣旨的裁决。因为陛下要虔诚地进行郊庙祭天大典，应当遵循典则规范，凡有关祀典礼仪的一切，必须遵守律令典章。现在陛下举行先王的盛大典礼，内官就应当穿用先王时代的礼服。祭祀的日子奏献《大圣祖》庙乐，臣协助导引皇上进行祭祀，如果侍臣所穿的服饰违背了礼仪制度，就叫作‘非礼’，上有辱于列祖列宗，臣到时候是不能奉圣命行事的，臣谬当圣明的时代，勉强充任礼官，获得了匡正朝仪的殊荣，就是死了也是不朽的，把臣的脂膏涂地，也是甘心情愿的。”奏章送入宫内以后，皇上用朱笔批下评语说“：你们所分析的很恰当，但事情可以暂时照现在这样办，不要因为小小的缺点，就妨碍了盛大的祭典。”于是由四个内官穿着礼服侍奉皇上奉行祭典。十一月二十六日，祭天大典完毕，皇上驾临承天门，下诏大赦天下。
十二月初一，宰相杜让能兼任司空。
大顺元年(890)春，正月初一，皇上驾临武德殿接受百官朝贺。宰相率领百官向皇上敬献徽号为：圣文睿德光武弘孝皇帝。礼仪结束，皇上下诏大赦天下，改年号为大顺。
二月初一，宰相兼国子祭酒孔纬因为孔子庙经过战火的破坏，官府没有在地方举行祭奠先师的典礼，请求朝廷内外的文臣，自观察使、制使以下，以及各县的食吏佐官，在本职的津贴钱中，每一千文抽取十文用于帮助修葺国子学，皇上允准。宣武节度使朱全忠晋升品阶，署理中书令，加授食邑一千户，其余的职衔照旧。太原府都将安金俊进攻、包围邢州历时一年，城内粮食断绝，邢氵名观察使孟迁率城投降，便把孟迁全族迁归太原府。李克用派大将安建担任邢氵名留后。
三月初二，朱全忠奉上表章说：“关东的各藩镇，请任用朝廷有名望、有德行的大臣担任节度使、观察使。如果有藩臣坚守本位而不接受他人取代的，臣请求派兵去诛灭他。如王徽、裴璩、孔晦、崔安潜等，都是缙绅名族，资历一向很高，应该任作为徐州、郓州、青州、兖州等府道的节度使。”皇上允从。昭义军节度使李克修去世，他是太原府主帅李克用的弟弟，三军拥戴李克修的弟弟李克恭掌管昭义军节度留后事务。
四月初一，李克用派遣大将安金俊率军进攻云州。赫连铎向幽州求援，李匡威出兵救援云州，双方在蔚州交战，安金俊的太原军被打得大败，燕州的军队擒获了安金俊，将他献给朝廷。李匡威、赫连铎、朱全忠等奉上表章说：“请利用沙陀军战败逃跑的机会，臣等与河北三镇，以及臣等所管辖汴州、滑州、河阳的军队去平定太原，希望朝廷任命一名重臣统领这次军事行动。”昭宗因为太原军在朝廷遭逢艰难时立下了振兴朝廷恢复帝业的大功，心里对这件事有所疑虑，把事情下达到中书、门下两省、御史台、尚书省四品以上的官员中讨论。只有与朱全忠结成一党的人说太原军可以讨伐，认为不可以讨伐者占了十分之七，宰臣杜让能、刘崇望认为极不可以。只有张浚发表意见说：“先帝两次驾临兴元，实际上正是沙陀人的罪过，近来正忧虑河北地区的封疆大吏和沙陀军牢牢地勾结在一起，没有办法把他们分开。现在两河地区的重要藩镇都愿意讨伐他，不趁他们分裂的这个机会除掉他，正是应当决断而不决断。”孔纬说“：张浚的话是对的。”观军容使杨复恭说“：先帝蒙受顶霜雪、冒风露之苦，流亡在外地的乡野，七八年当中，不能安眠于枕席，虽然是由于贼臣在外面鼓动、破坏，也由于朝中失去了控制。陛下继承了大统，人心欣喜拥戴，不应当轻易发动战争，为国家滋生事端。希望颁发优诏回复朱全忠，而且要用柔婉而能使他心悦诚服的辞令。”皇上同意他的意见。朱全忠暗中派遣张浚的亲信贿赂张浚，张浚依仗着朱全忠的后援，不停地上奏章申述。皇上勉强依从了他。
五月，决定由特进、中书侍郎、兵部尚书、同平章事、集贤殿大学士、上柱国、河间郡开国伯、食邑七百户张浚为太原四面行营兵马都统，以京兆尹孙揆任副都统；任命华州节度使韩建为北面行营招讨都虞候、供军使等；任命宣武军节度使朱全忠为太原东南面招讨使；任命成德军节度使王..为太原东面招讨使；任命幽州节度使李匡威为太原北面招讨使，云州防御使赫连铎任副使。五月二十一日，潞州军人发生动乱，杀死其主帅李克恭。监军使薛缋本把李克恭的头颅装在木匣里献给朝廷，这时张浚刚刚起兵，朝廷向他祝贺。五月二十七日，都招讨使张浚、孙揆率领神策军各营的三千名士兵前往前线军营，昭宗驾临安喜门送行，向他们发布训诫和誓师的命令。
六月初一，李克用的大将，暂署邢浚兵马留后安建奉上表章，请求以三个州归降朝廷，皇上派遣中使前去抚慰他。决定任命德州刺史、暂署沧州兵马留后卢彦威任检校尚书右仆射，兼任沧州刺史、御史大夫，充任义昌军节度使、沧德观察处置使等。卢彦威在光启初年驱逐他的主帅杨全玫，请求朝廷赐予节旄，朝廷任命扈跸都将领曹诚担任沧德节度使，曹诚虽然没有到任，而卢彦威的请求也没有得到满足。到这时，王..、罗弘信借张浚起兵讨伐李克用的机会，替卢彦威陈奏他的请求，因而才有了这项任命。任命京兆尹、行营兵马副招讨孙揆任检校兵部尚书，兼任潞州大都督府长史，充任昭义军节度副大使，执掌节度使事务。张浚和各路军队在晋州会合，朱全忠挑选了三千名士兵作为张浚的亲军。
秋，七月初一，朝廷的军队屯驻在阴地，太原军大将康君立率军队抵抗。朱全忠派遣大将葛从周率领一千名骑兵进入潞州，请节度使孙揆前往节制、镇守。当时中使韩归范监送孙揆的旌旗、节旄、委任状到行营。七月十二日，孙揆树立节度使的旌旗、节旄，率领两千名兵卒，从晋州前去镇守昭义军。七月二十四日，走到长子县的山谷中，太原军的骑将李存孝埋伏的军队擒获了孙揆、韩归范和五百名亲兵，押送到太原，其余的士兵全部遭到李存孝的杀害。太原军将领康君立率领两万名士兵攻打潞州。
九月初一，幽州、云州的外族和汉族士兵共三万人进攻雁门关，太原军将领李存信、薛阿檀将他们击败。汴州将领葛从周放弃上党，康君立进据上党，李克用命康君立担任泽潞州兵马留后。
十一月初一，太原军将领邢州刺史李存孝仗恃擒获孙揆的功劳，认为自己应当担任昭义军主帅，怨恨李克用把这个职位授予了康君立。李存孝从晋州率领自己行营的士兵回到邢州，占据城池，奉上表章归顺朝廷，并写信给张浚、王..，请求援助。李克用派遣大将李存信、薛阿檀在阴地抗击朝廷的军队，三战三捷，因此江西节镇的..州、夏州、..州、岐州的军队渡过黄河返回西边。韩建率领各军守卫平阳，李存信追击他，韩建的军队又被击败，退守绛州。张浚率领汴州士卒、一万名禁军驻守晋州，李存信攻了晋州三天，和部下一起商量说：“张浚是个宰相，把他俘获了没有好处；天子的禁军，也不应该加害于他们。如果占领了平阳，对我们也没有好处。”于是便退兵五十里驻扎下来。
十二月初一，张浚、韩建率军从晋州、绛州开拔逃走，李存信收复晋州、绛州，大肆抢劫河中四郡。十二月初九，决定由特进、中书侍郎、平章政事、太原四面行营都统张浚署理检校兵部尚书，兼任鄂州刺史、御史大夫，充任鄂岳观察使。任命开府仪同三司、署理司徒、门下侍郎、同平章事、上柱国、鲁国公、食邑三千户、充任诸道盐铁转运使孔纬为检校司徒，兼任江陵尹、荆南节度使、观察处置使。十二月十九日，新被授予鄂岳观察使的张浚贬职为连州刺史，新被授予荆南节度使的孔纬贬职为均州刺史，同时由驿路驰赴任所任职。太原军队屯驻在晋州，李克用派中使韩归范返回朝廷，借此奉上表章申诉冤屈，说：“贼臣张浚依靠朱全忠离间功臣和朝廷的关系，以致削除了臣的官职、爵位。”朝廷想让他消除怨恨，把他的奏章下达到群臣中议论，是肯定还是否定，左仆射韦昭度等议论说：
“赏赐有功的，惩罚有罪的，是前代圣贤正确的谋略；容忍自己的屈辱，掩盖别人的缺点，是百世留下的教导。因此，雷霆化解，就产生了象征德行的伏羲八卦之文，网罟张开，商汤就归化于仁义，用德行和仁义来实行怀柔，留下了最高的典范。上起轩辕、神农的时代，下至周文、周武的王朝，没有哪一个不是公允和洽、宽洪大量，以广施恩泽。何况国家在德宗保存祖宗大业的日子，宪宗致力于治理天下的时候，车轨道路统一，桑麻一望无际。神兽烛龙照耀着田野，登山航海都受到保护；鼠辈消灭于四境，一切重归于从头。然而还有王承宗在镇州、冀州拥兵自重，皇上下诏，令范希朝讨伐他，因连年都没有建树功勋，最后还是实行了赦免。继而又有朱滔率领着幽州的部众，和田悦、李纳、王武俊等强将勾结在一起，朝廷派遣马燧等人去征伐他们也没有成功，随后又宽赦了他们。曾在多部圣贤的经典中去求取智慧明哲，本朝纲纪律令的条文也记载得很清楚，并不是不想凌厉迅速地将他们驱除扫灭。然而考查《春秋》的义旨，察核楚国、郑国的有关记载，他们也有时退让而允许议和，有时臣服又改变主意。这些事实都保存在旧史中，记载在新书内。
“李克用是代漠的强族，阴山贵族的后裔，他的呼吸能够化为风云之气，他的指挥可以使草木成形。他仰天表明心迹，发誓要使自己对朝廷的奉献居于百官之首；身怀武器，费尽心血，屡次担任都护的官职。可以说，勇猛超过了上乘之人，本来就不是穷途末路才来归附我朝。待到陛下的皇父懿宗皇帝时，彭门失守，他亲自督率精锐的士卒，首建特殊的功勋。而且当先帝僖宗即位初年的时候，江陵的渚宫受到严重侵扰，他又带着义军扑灭了妖氛。后来如野猪、长蛇一般的贼军连续吞占国家的土地，接着又发生了王朝的内乱，都是借重于重耳的同盟，才保住了本朝的宗庙祭祀，在史册上记下了王室重又振兴的一笔。大凡圣明的君王统治天下，总是有功勋可以书写，有业绩可以记载，十代之内的人都不会忘记要原谅他的过错，怀念有功的人难道仅仅只是一时么！皇天虽高却要听取下情，希望能按照这句话去做。再说四海之内，创伤仍然很严重，接受万方贡品的邦国，纲纪条令还没有得到清理。不久前急速派出的..州、岐州队伍，后来已经退了回来；又征调燕州、蓟州的军队，突然听说内部发生了变乱。这都是因为管理粮饷的官员失职，断绝了物资鞋履的供应，以致这次放下武器休战，这是有悖于为皇上筹划的谋略的。大概是因为臣下的谋划未能深思熟虑，并不是皇上的谋略不善。如果能够重新由皇上决断，天赋的灵性时有出现；录下它们，拟成条款，散发给李克用的那些将士们，勾起他们怀念旧恩的胸怀，像当初一样的对他们待之以礼。臣等所议论的，实质就在这里。
“又听说从前汉朝的将领赵充国，因为边境上敌人的力量很薄弱，想要出兵攻击敌人。这时候魏相向皇帝上书，分析、陈述利害关系，而且说‘：依仗着国家地域广大，凭借着人口物资众多，想要向敌人显示威风，这叫作骄兵。兵骄就会灭亡，这不仅仅是人事，也是自然的规律。’他又说‘：我不知道这样的出兵有什么正当的名义。出兵而没有正当的名义，事情是一定不能成功的。’汉宣帝采纳了他的意见，终于停止了这场征战。希望皇帝陛下借鉴往古用兵的艰难，吸收先皇们改过迁善的美德，把恩德施加给全国，连鱼豕这样的贱类都能得到信义，这就是臣等极其恳切的愿望。
“何况现在汴州、魏州还很艰难，幽州、定州也正处于困顿之中，即使向他们征调、派遣，又怎么能使事情成功呢！只是发出一些不能实行的号令，不过白白地招致仇敌、怨恨，如果用这些去劳累百姓，就不仅仅是辱国了。再说黠戛斯族虽派遣救援朝廷的军队，表示为皇上效力用命的诚心，但不可能由胡人的骑兵单独进军———他们还指望汉族军队协同作战。让这几个镇的士卒疲于奔命都来不及，不仅难以达到援助师旅的目的，恐怕还会滋生事端。应当告诉他们：现在天气渐当暑热，不利于北部严寒地区来的人，朝廷将以全力向他们施行恩泽，让他们的部队返回原地。王重盈布列着五个郡的兵卒，使关塞更加谨慎；王珙振作两河的雄风，使军容更加严整。然后勉励李克用上表，自陈乞求哀怜之情，记载他原先的功劳，责成他继续效命。征引汉宣帝神爵年间的旧典，赐还原来封给他的胡夷官职。告诉他，已经斥退了张浚、孔纬这类人，使他对皇上不再有所疑忌，所有的臣子，应当切切实实地做到忠诚。李克用在身的官职，希望全部赐还给他，仍然和原来一样，编入官吏的名籍。”
皇上依从所奏。任命翰林学士承旨、兵部侍郎崔昭纬以本职任同平章事，御史中丞徐彦若任户部侍郎、同平章事。尚书右仆射王徽去世，追赠为司空，追加谥号为贞。
大顺三年(891)春，正月初一，李克用急攻邢州。李存孝向王..求援，王..派兵去救援他，把军队驻扎在尧山。李克用率军从太原来到，击败了王..，进而围困邢州。司徒、门下侍郎、平章政事杜让能晋升为太尉、太清宫使、弘文馆大学士、延资库使，兼领诸道盐铁转运使。任命中书侍郎、吏部尚书、平章政事刘崇望为门下侍郎、监修国史、署理度支使，由兵部侍郎、平章政事崔昭纬掌管户部事务。
二月初一，李克用恢复检校太师、中书令、太原尹、北都留守、河东节度使、观察处置使的官职。当时张浚、韩建兵败之后，被太原军的将领李存信等追击，这时候才经含山越过王屋山，出河清县到达河阳。时值黄河泛滥，没有船只，韩建便拆毁民房，做了几百个木桶，才得以渡河，但大多数人都翻下河淹死了，韩建让他的部下在司徒庙休息。这次战役，朝廷依靠着朱全忠和三个节镇的军队。朱全忠正和徐州、郓州合兵在一起，便向镇州、魏州要军粮，但朱全忠终究没有到军营中去。镇州、魏州依靠太原李克用作为自己的屏藩。如果太原郡被攻破，恐怕会危及到镇州、魏州，所以王..、罗弘信也不出兵。只有..州、岐州、华州、鹿阝州、夏州的乌合之众会集在晋州。双方的军队还没有交战，孙揆就被捉住了，燕州军失败，所以河西、岐下的军队也就望风溃败、逃散，而张浚、韩建也就归于失败。朱全忠因为镇州、魏州不援助军粮而居中观望，派遣庞师古率军讨伐魏州，攻占了十个县。罗弘信请求议和，庞师古才退兵。棣州刺史张蟾被青州将领王师范击败。新授职为平卢节度使的崔安潜从棣州回到朝廷，再授为太子少师之职。
三月初一，任命暂署青州兵马留后王师范为检校兵部尚书，兼任青州刺史、御史大夫，充任平卢军节度使、观察使、监押新罗渤海两蕃使等。淮南节度使孙儒被宣州观察使杨行密杀害。当初，杨行密扬州失守，占据了宣州，孙儒率军对他攻打、围困了三年。这年春天，淮南发生大饥荒，军中的士卒患传染病而死的占十之三四。当月，孙儒也患病，被部下抓了起来，投降了杨行密。杨行密便合并了孙儒的部下，重新占据了扬州。
六月，王..出兵增援李存孝，李克用派兵大举讨伐镇州。
七月，太原军由井陉出兵，屯驻在常山镇，大肆劫掠镇州、赵州、深州各郡。幽州节度使李匡威亲自率领三万名步骑兵增援王..。
八月，李克用班师。
九月，初一为丁未日。九月初九，天子赐给左军中尉杨复恭几杖，令其以大将军职衔告老退休。杨复恭发怒，称说有病而不接受诏书。
十月，初一为丁丑日。十月初八，天威军使李顺节率领禁军讨伐杨复恭，杨复恭的养子玉山军使杨守信率军进行抵抗，在昌化里列成战阵。昭宗登上延喜楼，布置士兵自卫以等待局势的变化。双方相持到晚上，不战而退。这天夜里，杨守信便带着他的部下护卫着杨复恭离开京师，边打边走，出了通化门，经由七盘这条路去商州。杨守信又命令义子张绾作为殿后。永安都的头领安权追上了张绾，把他捉住而返回。
十一月，朱全忠奉上表章，请求调换时溥的节镇职务。当月，汴州军攻陷宿州，于是授予时溥太子太师之职。时溥的部将刘知俊投降了汴州军。镇州王..、幽州李匡威再次谋划进攻定州以瓜分其土地，王处存向太原李克用求援。
十二月初一，任命光禄大夫、门下侍郎、右仆射、平章政事、监修国史、署理度支使、上柱国、彭城县开国男刘崇望为检校司空、同平章事，兼任徐州刺史，充任宁武军节度使、徐宿观察处置使。当时李顺节仗恃着皇上的恩宠恣意横行，出入都以兵卒甲仗跟随自己，两军中尉刘景宜、西门君遂害怕他有非分窥伺的图谋。十二月十一日，两军中尉传下诏令召见李顺节，李顺节带着三百名甲士跟随在自己后面。走到银台门时，掌门官传下诏令不许跟随的人入内。两军中尉在陈放甲仗的屋子迎候李顺节，落座以后，令部将嗣光审斩李顺节，头颅随剑而落。李顺节的部下知道他死了，大声鼓噪着出了延喜门。这天，天威都、捧日都、登封都三支部队发生动乱，抢掠永宁里，到晚上才安定下来。以户部尚书郑延昌担任中书侍郎、平章政事，执掌度支事。
景福元年(892)春，正月初一，皇上驾临武德殿接受朝贺，大赦天下，改年号为景福。凤翔的李茂贞、..州的王行瑜、华州的韩建、同州的王行约、秦州的李茂庄等上表指出：兴元杨守亮接纳叛臣杨复恭，请求共同派遣本部军马讨伐，并自行准备供给军用的粮草，不向度支司支取，只要求加授李茂贞山南招讨使的名义。内臣宦官都不同意他们的奏章，昭宗也认为李茂贞取得山南之后会有窥伺朝廷的野心，很久不颁发诏书。李茂贞发怒，和王行瑜一起，不等诏令下还是不下，就发兵进攻兴元。李茂贞多次请求发布授予招讨使的命令，又给宰相杜让能、中尉西门君遂写信，语句中有指责谩骂的话，凌辱轻蔑王室，昭宗心里不能容忍。
二月初一为丙子日。二月十五日，太原、易定的军队合力攻打镇州，王..再次向幽州告急，李匡威率领三万名步骑兵前往。当时太原的军队驻扎在常山镇，易定的队伍驻扎在坚固镇，燕州、赵州的士卒分兵抵抗他们。
三月，李克用、王处存收兵而退。
四月初二，左军中尉西门君遂杀死天威军使贾德晟，当时贾德晟和李顺节都执掌天威军。李顺节死后，西门君遂憎恶贾德晟，以诬陷之辞上奏，杀了他。这天，贾德晟部下的一千多名骑兵出奔到凤翔，从此以后岐州军队更加强大。
五月初一，决定任命河南尹张全义为检校司徒、同平章事，兼任孟州刺史，充任河阳三城节度使、孟州怀州泽州观察使。
七月，燕州、赵州的士卒合力增援邢州，太原军大将李存信率军在尧山抵抗，王..被打得大败而回。
十一月初一，凤翔、..宁的军队进攻兴元府，攻陷该城。山南西道节度使杨守亮和前左军中尉杨复恭、判官李巨川突围逃跑，将去投奔太原。李茂贞表示由他的儿子李继密暂时掌管兴元府事务。
十二月初一，华州节度使韩建奏报说，在乾元县遇到兴元府溃散的士兵，击败了他们。其中杨守亮、杨复恭都已被斩首，行刑完毕，均将头颅传送到京师。
景福二年(893)春，正月初一，决定任命暂署剑南东川兵马留后的顾彦晖为检校尚书右仆射，兼任梓州刺史、御史大夫，充任剑南东川节度使、观察使。当时王建连年进攻顾彦晖，李茂贞想要和王建争夺东川，因此上表请求正式授予顾彦晖节旄斧钺，表示和他修好。
二月初一，太原李克用率军进攻镇州，军队到达井陉，王..害怕，再次向幽州求救。二月十五日，李匡威再次前来增援王..，太原的军队回到邢州。
三月初一，决定任命捧日都头陈..为广州刺史、岭南东道节度使；任命扈跸都头曹诚为黔州刺史、黔中节度使；任命耀德都头李钅延为润州刺史、镇海军节度使；任命宣威都头孙惟晟为江陵尹、荆南节度使，均加授特进、同平章事的职衔。命他们各自前往节镇任职，全部削除军权。当时朝臣们的看法，认为李茂贞傲视、轻侮皇上的命令，统兵的武将难以驾驭。想要任用杜让能和亲王统率禁军，所以革去了五名禁军将领的兵权，让他们兼任平章政事，使他们心里高兴。太尉杜让能册封授职，将食邑增加到六千户。当月，幽州节度使李匡威的弟弟李匡筹占据幽州，自称留后，用兵符追回出征各营的士兵，士兵们都返回了幽州。李匡威既然没有了退路，就派判官李贞抱到京师去上奏朝廷，请求朝见皇上。王..感谢李匡威曾经援救、帮助自己之恩，便在恒州建造了一座府第迎来李匡威住在那里。
四月初一，汴州将领李重师、牛存节攻陷徐州，节度使时溥全家自焚而死。朱全忠派部将庞师古镇守徐州。
六月初一为丁酉日。六月十九日，幽州节度使李匡威阴谋杀害王..而夺取他主帅的地位，恒州三军进攻李匡威，把他杀掉了。六月二十二日，决定把太尉、门下侍郎、平章政事、晋国公杜让能的食邑增加到九千户。门下侍郎、吏部尚书、平章政事崔昭纬晋升阶官光禄大夫，中书侍郎、平章政事郑延昌兼任刑部尚书，并将食邑增加到一千户。任命祠部郎中、知制诰陆..为中书舍人，仍担任翰林学士。幽州节度使李匡筹派使者传令给王..，质问他杀害李匡威的罪责。两员藩将之间结下了仇怨，朱全忠派遣判官韦震前往幽州，令李匡筹与他和解。
七月，李克用起兵进攻镇州，在平山击败了王..的军队。王..害怕，乞求缔结盟好，请求用兵卒和粮草帮助他进攻邢州，李克用允许了他，便令军队凯旋，返回襄阳。七月十七日，决定任命凤翔陇州节度使、检校太尉、中书令、凤翔尹、上柱国、岐王、食邑四千五百户李茂贞为兴元尹、山南西道节度使等。任命中书侍郎、同平章事徐彦若为检校尚书左仆射、同平章事，兼凤翔尹，充任凤翔陇州节度使。当时李茂贞仗恃兵力，要求兼任山南节度使，昭宗很久都不颁发任命的诏书，李茂贞上奏的表章很不恭敬，大肆诋毁时政，皇上不能容忍，准备起兵向他问罪，因此以徐彦若取代他。
八月初一，任命嗣覃王为京西招讨使、神策大将军李钅岁任招讨副使。
九月初一，任命武胜军防御使钱霮为镇海军节度使、浙江西道观察处置使等，并把镇海军节镇的治所迁移到杭州。九月初十，覃王率领扈从皇帝车驾的五十四军进攻岐阳，屯驻在兴平。李茂贞率军迎战，屯驻在銩稨。九月十七日，岐阳的李茂贞军进逼兴平，朝廷的军队不战而自溃。李茂贞乘胜逼近京师，进驻于三桥。九月十九日，昭宗驾临安福门，将观军容使西门君遂、内枢密使李周潼斩首，派中使向李茂贞颁赐诏书，令他收兵回归本镇。李茂贞把军队布列在临皋驿，一条条地列举宰臣杜让能的罪行，请求将他处死。决定将太尉、平章政事、晋国公杜让能贬职为雷州司户。
十月初一，赐杜让能自尽，他的弟弟、户部侍郎杜弘徽因受杜让能株连也被赐死。
十一月，决定任命凤翔陇州节度使李茂贞代理中书令，晋封为秦王，兼兴元尹、山南西道节度使。..州节度使王行瑜赐以“尚父”之号，赐给铁券。任命门下侍郎、吏部尚书、平章政事、监修国史崔昭纬兼任尚书左仆射，充任诸道盐铁转运使；任命特进、署理右仆射韦昭度为司空、门下侍郎、同平章事、弘文馆大学士、太清宫使、延资库使。命中书侍郎、刑部尚书、平章政事、署理度支使郑延昌停止执掌政务，署理尚书左仆射，这是他因病而自己请求罢免的。任命新被授予凤翔节度使的徐彦若重新执掌政务。户部侍郎、暂掌户部事务的王抟以本职任同平章事。
乾宁元年(894)，正月初一，皇上驾临武德殿接受朝贺，宣布大赦令，改年号为乾宁。凤翔李茂贞来朝见皇上，大肆陈列兵卫，献上歌舞伎三十人，皇上在内殿宴请他，几天以后才回到藩镇。当时李茂贞据有山南道的梁州、洋州、兴州、凤州、岐州、陇州、秦州、泾州、原州等十五个以上州郡，甲兵勇猛强大，欺凌、压迫王室，颇有窃取皇权的意图。
二月，汴州的军队在东阿把兖州、郓州的军队打得大败，王宣州、瑾州的形势危急，向太原求救，李克用派兵去救援。
三月初一，太原军进攻邢州，攻占该城，擒获太原军叛将李存孝，用囚车押送到太原，用车裂的刑罚处死了他。李克用派大将马师素暂时执掌邢氵名团练使的事务。
五月，蔡州贼将孙儒部下的将领刘建锋攻破潭州，自称为湖南节度使。任命翰林学士、中书舍人陆..为户部侍郎、知制诰，暂时充任的官职。
六月初一，李克用攻陷云州，俘获大同防御使赫连铎，派他的偏将薛志勤镇守云中。
十月初一，任命中书侍郎、平章政事王抟为湖南节度使。任命翰林学士承旨、礼部侍郎、知制诰李石奚为户部侍郎、同平章事。宣布决定的那一天，知制诰刘崇鲁走出班列哭着说李石奚是一个奸邪之人，他勾结、依附宦官，不可居于宰相的地位。因而这道制命没有执行。十月十九日，决定由御史中丞崔胤担任兵部侍郎、同平章事。当月，李克用派太原军进攻幽州。
十二月，幽州节度使李匡筹突围逃跑。李克用攻陷幽州，任命李匡威原来的部将刘仁恭担任幽州兵马留后。当月，李匡筹向南逃跑，前往关塞，到景城时，被沧州节度使卢彦威杀害。
乾宁二年(895)春，正月初一，河中节度使、检校太师、中书令、河中尹、上柱国、琅笽郡王王重盈去世，三军拥立王重荣的儿子、行军司马王珂执掌节度留后事务。
二月初一，王重盈的儿子，陕西节度使王珙、绛州刺史王瑶起兵讨伐王珂，并上表控告王珂假冒姓王，并不是王重荣的儿子。王珂、王珙争着要当蒲州主帅，皇上派中使去劝慰他们。
三月，决定任命中书侍郎、同平章事崔胤为检校尚书左仆射、同平章事、河中尹，充任河中节度使、晋绛慈隰等州观察处置使。浙东节度使董昌冒用国号，称为罗平国，年号称为大圣，任命婺州刺史蒋腢为宰相，并非法地任命其他官职。镇海军节度使钱霮请求率领本部军队进行讨伐，皇上允从。任命翰林学士承旨、兵部侍郎、知制诰赵光逢为尚书左丞，仍为暂时充任的职务。太原李克用奉上表章，说王重荣对国家有功，他的儿子王珂应当承袭父职，请求赐给他节仗斧钺。..州王行瑜、凤翔李茂贞、华州韩建各自奉上表章，说王珂是螟蛉义子，不应该继承父职，要求任命王珂为陕州刺史，王珙为河中节度使。天子因为先允准了李克用的所奏，很久不颁发圣旨下来。
五月初一为丁巳日。五月初八，李茂贞、王行瑜、韩建等各自率领精兵几千人入宫朝见皇上，京师的人非常恐惧，人们都逃亡奔窜，官吏们无法制止。昭宗驾临安福门等待他们，三名主帅来了之后，在城楼下面行舞蹈拜见之礼。昭宗来到楼前的高台上亲自对他们说“：你们都是藩镇的大将，应当保持人臣的气节，带着军队入朝而不事先上奏请示，你们是什么意图？”李茂贞、王行瑜汗流浃背，无法回答，只有韩建陈述了入朝觐见皇上的理由。皇上把他们一起召到城楼上，各赐给他们一杯酒，然后在同文殿宴请他们。李茂贞、王行瑜极力诉说朝臣和宦官之间互相倾轧，深为时政之害，请求诛杀那些为害特别严重的朝臣和宦官。于是贬斥宰相韦昭度、李石奚，不久就在都亭驿杀害了他们。
又杀了几名宦官，三人才离开京师。王行瑜留下他的弟弟王行约，李茂贞留下他的养子李阎圭，各率领两千名士兵为宫中宿卫。当时这三个主帅共同策划废掉昭宗而拥立吉王为帝，听说太原方面起兵才罢休，留下士卒宿卫皇宫而离去。五月十六日，把均州司户孔纬、绣州司户张浚都贬职为太子宾客。任命翰林学士、户部侍郎、知制诰陆..为兵部侍郎，是暂时充任之职。
六月初一，任命京兆尹、嗣薛王李知柔兼任户部尚书、署理度支使，兼任诸道盐铁转运使等。六月初六，任命太子宾客孔纬为吏部尚书，不久又恢复其开府仪同三司、署理司空、门下侍郎、同平章事、弘文馆大学士、太清宫延资库使、上柱国、鲁郡开国公之职，食邑四千户，实封食邑二百户，并授予“持危启运保..功臣”的尊号。当时孔纬在华州，随即因太原军来到而停止赴京。命太子宾客张浚再任光禄大夫、署理兵部尚书、上柱国、河间郡开国侯，食邑二千户。张浚在长水，也不前去京师。再次任命王抟为中书侍郎、平章政事。
七月初一，李克用率领全军渡过黄河，以讨伐王行瑜、李茂贞、韩建等举兵入宫的罪行。七月初五，同州节度使王行实放弃州郡进入京师，对两军中尉骆全权、刘景宣说：“十万沙陀军到了，请让我迎奉皇上的车驾临幸..州，有城垣可以据守。”当时刘景宣依附凤翔李茂贞。七月初八夜间，李阎圭和刘景宣的儿子刘继晟、同州节度使王行实一起放火，抢劫东市，请求皇上出走。皇上听说发生动乱，登上承天门，派遣诸侯王率领禁军抵抗他们。捧日都头李筠率领本军的士卒侍卫城楼上的皇上。李阎圭派遣凤翔的兵卒进攻李筠，弓矢射到了皇上御座所在楼房的门扉上。皇上害怕，下楼和亲王、公主、宫人共几百人临幸永兴坊李筠的军营中。扈跸都头李君实率领人马接踵而来，就和李筠一起，两都的士兵侍卫着皇上出启夏门，憩息于华严寺，以等待随后来到的宫人。当天晚上抵达莎城镇。京师的官员、百姓跟随皇上出走的有几十万人，等走到南山的谷口时，受暴热中暑而死的有三分之一。天快黑的时候又被强盗抢劫，恸哭的声音震动山谷。暂时授命京兆尹李知柔掌管中书省事务，并担任随驾置顿使。宿了两夜，宰相徐彦若、王抟、崔胤三人来到，皇上便移住到石门镇的佛寺中。于是命令署理枢密使刘光裕、薛王李知柔回京师去安排一切，集合禁军以准备宫中防卫。七月十一日，李克用派遣偏将阎谔奉上表章前来慰问，奏报说军队停驻在河中，等候皇上进退的动静再派兵前往..州。七月十二日，皇上派遣内官张承业到李克用军中发布诏令，即命他监督太原行营的兵马，出发前往新平。又命内官郄廷立到泾州传达诏命，命令张钅番派遣泾原的军队和李克用的军队会合。皇上在南山半个多月，李克用仍然在河中府，没有到达渭北。皇上害怕凤翔李茂贞的兵卒劫持他转移到别的地方去，便命令延王把御服、鞍马、玉器等带到河中府去，对李克用宣布圣命说：“朕因为遭到刘景宣、骆全馞、王行实、刘继鹏内外勾结的奸谋，他们在两宫放纵士卒作乱，转眼间燃起烟尘，到处抢劫杀戮。我偶然摆脱了兵刃的锋芒，便乘上车辇出走，所临幸的地方，只在京师的近郊。因为知道你统率着强大的军队驻扎在蒲坂地方，因而多次飞马传下诏书，接着又派遣使臣前往。希望你以社稷为忧，以君亲为念，必定会考虑、响应朕的征召，急速商讨恭奉君命的行动。谁知道时间快到两旬，你的表章还没有来到，使朕感到十分忧急，睡觉、进食都不安。莫非是因为忠义之心和你负疚的心情不能相切合，或者是路途上有什么阻滞？如今专门派一名亲信，以便恳切地托付勋将贤臣，故而派延王李戒丕、丹王李允和供奉官王鲁行等宣示朕的旨意。你应当立即督率雄兵，直接前往..州、凤翔，扫平妖孽的巢穴，以拯救国家的危局，这是朕所希望于你的。”
八月初一，延王到达河中府，李克用已经派遣前锋抵达渭北，又命令史俨率领五百名骑兵前往皇上驻跸处侍卫圣驾。八月初五，李克用亲自到达渭桥寨。八月初九，在梨园杀死..州军的几千名士卒，俘获其大将王令陶献给朝廷。皇上又下诏，令..州节度使李思孝率领本军讨伐贼军。八月十三日，决定任命河东节度使、开府仪同三司、暂署太师、中书令、兼太原尹、北都留守、上柱国、陇西郡王李克用为..宁西面行营都招讨使。以夏州节度使李思谏充任..宁东北面招讨使，以泾原节度使张钅番充任..宁四面招讨使，以河中节度使王珂充任行营供军粮料使。李茂贞听到之后很恐惧，杀死李阎圭、武秃子，将他们的头颅传送到皇上驻跸处，奉上表章请罪。八月十七日，决定削夺王行瑜现任的官职爵位。改授李克用为..宁四面行营都统。他的大将盖寓、李存信、阎谔，判官王让、李袭吉等，都颁发诏令给予赏赐。又任命河中府都监袁季贞充任..宁四面行营兵马都监押。八月十八日，李克用派儿子李存贞奉表章到皇上驻跸处，请求皇上的车驾返回皇宫。皇上下诏回答说“：昨日延王返回，说你忧虑时局，体察国情，坚守礼仪，表达忠诚之心。在接待中，应对举止都尽到了为臣的节操。你完全理解了我的肺腑之言，体察了我所给予的恩遇荣宠，冷静地思索你尊奉人主的心意，果然合乎知遇之臣的本分。我想选取本月二十四日再返回都城，希望亿万百姓能得到安宁，依靠着我有如长城一般的勋劳德行，迅速实现剪灭、扫荡贼臣的谋略，以宽慰黎民百姓的愿望。”八月十九日，又令延王传布诏令，命令李克用派三千名骑兵前往三桥屯驻，以准备皇上返回皇宫。八月二十七日，皇上的车驾回到皇宫。八月二十八日，司空、门下侍郎、平章政事、监修国史、诸道盐铁转运使崔昭纬停止执掌政务，任太子宾客。任命河中兵马留后王珂为检校司空，兼任河中尹、御史大夫，充任护国军节度使、河中晋绛慈隰等州观察使；任命幽州兵马留后刘仁恭为检校司空，兼任幽州大都督府长史，充任幽州卢龙军节度使、监押奚契丹两蕃使等；已故左军中尉杨复恭被追授为开府仪同三司、魏国公。这都是服从李克用所奏请而决定任命的。
九月初一为甲寅日。九月初三，决定由光禄大夫、署理尚书左仆射、门下侍郎、同平章事、监修国史、上柱国、东莞郡公徐彦若任司空、门下侍郎、同平章事、太清宫修奉太庙等使、弘文馆大学士、延资库使，充任诸道盐铁转运使等。决定由正议大夫、中书侍郎、同平章事王抟任金紫光禄大夫，兼礼部尚书、集贤殿大学士，执掌户部事务。均赐予“扶危匡国致理功臣”的尊号。九月初十，司空、门下侍郎、平章政事、太清宫修奉太庙等使、弘文馆大学士、延资库使、上柱国、鲁郡开国公孔纬去世，追赠太尉职衔。
十月初一，朝廷的军队在梨园寨击败贼军，俘获、斩杀的敌军数以万计，因此王行瑜只得据城固守。十月初四，决定赦免在押的囚犯，敕令节录的文字说：“有的人担当的责任像柱石一样崇高，地位像宰辅一样重要，或者把军权托付给他，或者让他参与机密。然而竟因为遭到多次诽谤，终至于落下祸国的罪名，想到我那众多的善良百姓，叹息他们死于非命。凡属大顺年以来没有罪过而被强行削除官职的，都应当恢复官职、资历。其中杜让能、西门君遂、李周潼以下的官员，都给予昭雪平反，赐还他们原来的爵位待遇。韦昭良不久以前居于宰相之位，屡次拓展宰相的事业，王行瑜强求尚书令的官职，只有他能压抑这种无理的要求，以致蒙受沉冤，估计就是由这件事引起的。李石奚的文章宏阔富赡，远远超出其同辈人，竟然因为朋党的嫌隙，被排挤到死地，凡是有识之士，谁能不叹息呢！应该同时为他们昭雪洗刷，仍旧恢复原来的官职爵位。”又敕令：太子宾客崔昭纬贬职为梧州司马；水部郎中、知制诰刘崇鲁贬职为崖州司户。又下诏给..州行营都统说：“..州节度副使崔钅延，在攻破贼军时不要让他漏网脱逃。崔钅延和崔昭纬去年结成朋党，和王行瑜来往勾结。构成祸胎，本来就是由于这个奸贼。交付给四面行营知其原委。”当月四个方面的军营在..州大会师。
十一月初一为癸丑日。十一月十日，王行瑜和他的妻子，以及部下五百多人突围出逃，到达庆州，王行瑜被其部下杀死。连他的家属在内共二百人，一起到军营去请求投降，李克用派偏将阎锷把他们献给京师。
十二月初一，昭宗驾临延喜门接受战俘，百官在楼前表示祝贺。决定任命李克用暂署太师、中书令，晋封为晋王，食邑九千户，改赐“忠贞平难功臣”的尊号。当月李克用班师返回太原。决定：皇上第三子李臿封为棣王，第五子李禊封为虔王，第六子李..封为沂王，第七子李礻韦封为遂王。
乾宁三年(896)春，正月初一，决定任命特进、户部尚书、兼京兆尹、嗣薛王李知柔为检校司徒，兼任广州刺史、御史大夫，充任清海军节度使、岭南东道观察处置使。任命尚书右丞崔泽为凤州刺史。魏博节度使罗弘信在莘县击败太原军。此前，兖州、郓州向太原的李克用求救，李克用命令藩将史完府、何怀宝等率一千名骑兵前往。太原军在莘县战败后，李克用又命令大将李存信屯驻在莘县，魏州人经常借走这条路，而李存信约束军队不严格，有时候侵扰魏州的百姓。罗弘信发怒，设伏兵袭击李存信，李存信的军队夜间中伏崩溃。从此罗弘信和南面的梁州结好，而与太原绝交，至此兖州、郓州都陷入罗弘信手中。
二月初一，决定任命通王李滋为开府仪同三司，掌管侍卫及各道的军事。任命银青光禄大夫、户部尚书、嘉兴县子、食邑五百户陆..为兵部尚书。
三月初一，任命考功员外郎、集贤殿学士杜德祥为工部郎中、知制诰。
四月初一，湖南军队发生动乱，杀死他们的主帅刘建锋，三军拥立他的部将暂署邵州刺史马殷为兵马留后。镇海军节度使钱霮进攻越州，攻陷该城，将董昌处斩，平定了浙东。决定加授钱霮为检校太尉、中书令。
五月，贬职为梧州司马的崔昭纬被赐予自尽。决定金紫光禄大夫、户部尚书、门下侍郎、平章政事、监修国史、上柱国、太原郡开国公王抟担任检校尚书左仆射、同平章事，兼任越州刺史，充任镇东军节度使、浙江东道观察处置使。
六月初一，李克用率领沙陀、并州、汾州的部众五万人进攻魏州，抵达魏州的外城，大肆劫掠其属下的六个郡，攻陷成安、洹水、临漳等十几座城池，这是为了报莘县兵败之仇。凤翔节度使李茂贞怨恨朝廷讨伐朱玫，停止向朝廷进贡，策划着要进犯宫阙；皇上命令覃王整治军队以等待变乱。当月，李茂贞奉上表章，请求率军入朝觐见皇上。皇上命令通王、覃王、延王分别统领安圣、振宸、保宁、宣化等四军，以保卫京师附近地区。六月十七日，李茂贞的凤翔军进犯京师附近地区，覃王在娄馆抵抗敌军，接战失利。
秋，七月初一为庚辰日。七月十三日，岐州的军队逼近京师，诸侯王率领禁军护卫皇上的车驾准备前往太原。七月十四日，皇上停驻在渭北。华州的韩建派他的儿子韩充奉上表章问候皇上的日常生活起居情况，请求皇上到华州驻跸，于是授予韩建京畿都指挥使、安抚制置使、催促诸道纲运使等职。皇上下达给韩建的诏令说“：一开始出发上路就已经在河东，如今暂时到....去。”七月十五日，皇上驻跸于富平。韩建前来朝见皇上，流着泪奏道：“藩臣倔强不服从朝廷，不止李茂贞一人。虽然太原李克用的军队来救援皇上，还是不宜于到太原去。我所镇守的藩镇，控制、扼守着关内畿辅地区，兵力虽然微少，足以巩固自身。陛下如果轻易放弃京师附近的地方，到极远的边塞地区去，离开了先帝的陵墓和宗庙，难道不痛心吗？丧失了朝廷的金城汤池，也不是好的办法。如果圣驾渡过黄河，必定难以恢复。决策如果不正确，后悔就来不及了。希望陛下暂时留驻在三峰，以图恢复。”皇上也流着眼泪说“：我拿李茂贞没有办法，在气愤中想不到事情的困难，你的话是对的。”七月十六日，皇帝在下圭阝停留。七月十七日，皇上驻跸在华州，以署衙作为行宫。当时岐州的军队进犯京师，宫室和市场被糟蹋得只剩一片灰烬，自中和年以来修理建造的成就，全都一扫而光了。七月二十六日，决定任命金紫光禄大夫、中书侍郎、兼礼部尚书、同平章事、集贤殿大学士、掌户部事、上柱国、博陵县开国伯崔胤为检校尚书左仆射，兼任广州刺史、御史大夫，充任清海军节度使、岭南东道观察处置使。七月二十七日，决定任命翰林学士承旨、尚书左丞、知制诰、嘉兴县开国子、食邑五百户陆..为户部侍郎、同平章事。
八月初一为己酉日。八月初六，新授命的镇东军节度使钱霮暂掌浙江东道军州事务。八月初十，决定任命户部侍郎、平章政事陆..为中书侍郎，兼掌户部的事务。
九月初一，汴州朱全忠、河南尹张全义和关东的藩镇都奉上表章，说秦中有灾殃，请求圣驾迁都到洛阳。朱全忠、张全义说他们为各藩镇做出了表率，修理整治洛阳的宫室。皇上特颁优诏答复了他们。九月十七日，决定新授命为清海军节度使的崔胤重新执掌政务。崔胤出京任节度使，朱全忠两度奉上表章请求允准所奏，说崔胤不应当离开相位，所以才有这道圣命。九月十九日，决定中书侍郎、集贤殿大学士、掌户部事务陆..贬职为硖州刺史，这是因为崔胤对于陆..代替了自己感到愤怒，在皇上面前诬告陆..结党庇护李茂贞的缘故。九月二十八日，决定任命镇国军节度使韩建为检校太尉，兼任中书令，充任修复宫阙使、京畿制置使、催促诸道纲运使等。任命京兆尹孙亻屋为兵部侍郎、同平章事。
十月初一，任命中书舍人、暂掌礼部贡举事务的薛昭纬为礼部侍郎。十月初五，决定任命兵部侍郎、同平章事孙亻屋为中书侍郎，充任凤翔行营招讨使。十月初七，孙亻屋在驿舍与诸将相见，以商议进军的事。十月十一日，李茂贞奉上表章请罪，愿意改进侍奉君王的礼仪，继续承担按时上贡的义务，并献上十五万钱，以帮助修整京师的宫阙。韩建操纵了这件事，军队便没有出发去讨伐李茂贞。
十一月初一，任命韩建兼任京兆尹和京城把截使。
十二月初一，李克用放纵士卒在魏博各城邑掳掠人口，抢劫财物。任命前翰林学士承旨、尚书左丞、知制诰赵光远为御史中丞。太常寺礼院奏请临时建立皇上在外祭祀的宗庙，以备举行祭享的大典。皇上允从。
乾宁四年(897)春，正月初一，皇上的车驾驻跸在华州的行宫，皇上接受群臣的朝贺。正月初七，汴州将领庞师古攻陷郓州，郓州节度使朱王宣和妻子荣氏突围，朱暄逃到中都，被当地人杀死，荣氏被汴州军队所俘获。朱全忠任命庞师古为郓州兵马留后。宰相孙亻屋被停止执掌政务，暂时代理兵部尚书。
二月初一为丙午日。二月初三，汴州将领葛从周进攻兖州，攻破了城池，节度使朱瑾逃到杨行密那儿，他的部将康怀贞投降葛从周，朱全忠任命葛从周担任兖州兵马留后。从此，郓州、齐州、曹州、棣州、兖州、沂州、密州、徐州、宿州、陈州、许州、郑州、滑州、濮州等州郡都落到了朱全忠手中，惟有王师范镇守青州，但也向朱全忠表示忠心。二月十四日，决定朝议大夫、暂署右散骑常侍、上柱国、荥阳县男郑綮担任礼部侍郎、同平章事。二月初八，将硖州刺史陆..贬职为工部尚书。二月初九，华州守城将领花重武报告，睦王以下的八个诸侯王想要谋杀韩建，把圣驾转移到河中府去。皇上听说了这个情况之后感到很惊骇，召令韩建来京当面向他发出谕旨，韩建以有病为托辞，不敢前来。皇上便命令通王以下诸侯王前去韩建府衙所在地自陈其情。韩建后来上奏说：“今日未时，睦王、济王、韶王、通王、彭王、韩王、仪王、陈王等八人来到我的府衙，不知道究竟为了什么事。我酌量情况，不应当与各位王爷当面提及，加上王爷们在我府中待得太久，恐怕不太合适。何况睦王等人和我之间，朝内朝外事情不同，尊卑的礼节也相悬隔，至于具体的事端，彼此没有侵犯过，忽然来到我府中，他们的用意实在难以猜测。”又引用晋朝王室八王扰乱天下的事实说：“请依照原来的制度，令各位王爷住在十六宅，不应当执掌兵权。为皇上殿后的那些捧日都、扈跸都之流的军人，都是街市中的无赖之徒，不能够侍卫圣驾，请把他们解散，以使大家安心。”昭宗不得已，都按照韩建说的办。当天，就把八王囚禁在另外的府第，为皇上殿后的四个侍卫军二万多人都被解散，并在大云桥下将捧日都头李筠处死，从此天子的卫士全部都没有了。二月十一日，韩建奉上表章，请求封授皇太子、亲王，以作为维护城池的措施。二月十四日，决定册封德王李裕为皇太子。决定封皇上第八子李礻必为景王，封第九子李祚为辉王，封第十子李祺为祁王，封第十一子李礻真为雅王，封第十二子李祥为琼王。
三月初一为丙子日。三月初三，决定晋封韩建为昌黎郡王，改赐封号为“资忠靖国功臣”。任命光禄大夫、兵部尚书、上柱国、河间郡开国侯、食邑二千户张浚为尚书左仆射，仍和原来一样充任租庸使。
四月初一，就地加授福建节度使王潮为检校尚书右仆射。韩建献上有关封授的建议十条，其中第三条是：太子和诸侯王都请安排师傅进行教导。于是任命太子宾客为诸侯王侍读。宰相郑綮因病请求辞官退休，即命他停止执掌政务。
五月初一，任命国子博士朱朴为右谏议大夫、同平章事。
七月初一，皇帝和学士、亲王们一起登上齐云楼，西望长安，让乐工们演唱御制的《菩萨蛮》词，演奏完毕，都流下眼泪，泪水沾湿了衣襟，覃王以下还附和着一起唱。
八月初一，任命工部尚书陆..为兵部尚书。韩建和..州三个镇将，一向就有无视君王的行为，等到李克用杀了王行瑜，心中常切齿痛恨。去年圣驾将临幸河东府，便派延王李戒丕出使太原，见了李克用，陈述皇上有视察地方的意思。当月，延王从太原返回。韩建奏道：“自从陛下即位以来，和左近的辅臣关系恶劣，都是因为各王侯执掌兵权，凶徒们幸灾乐祸，以致圣驾不得安宁。不久前我上奏罢除诸侯王的兵权，实在也是担心发生意外的变故。现在听说延王、覃王心中仍然包藏着阴谋，希望陛下圣断不要犹疑不决，在动乱没有发生的时候先发制人，就是社稷之福了。”皇上看了说：“难道到这个地步了吗！”过了几天，因为皇上没有答复，韩建就和执掌枢密使事务的刘季述假传圣命发兵，包围了十六宅。诸侯王们十分恐惧，披散了头发沿着围墙喊道“：皇上救儿子们一命呀！”有的登上屋顶，有的爬上树。当天，通王、覃王以下十一个王以及侍奉他们的人，都被韩建的士兵簇拥着，到了石堤谷，无论年长年幼都杀了，而韩建也得了阴谋叛乱的名声。接着又杀了太子詹事马道殷、将作监许岩士，将平章政事朱朴贬官，这都是皇上所宠幸亲昵的人。
九月初一，任命御史中丞狄归昌为尚书右丞。任命刑部侍郎杨涉为吏部侍郎。决定任命镇海军节度使钱霮为镇海军节度使、浙江东西道观察处置使、杭州越州刺史、上柱国、吴王。
冬，十月初一，任命华州节度使韩建兼任同州刺史、匡国军节度使。朱全忠派遣他的部将，暂署徐州兵马留后庞师古、兖州留后葛从周率领兖州、郓州、曹州、濮州、徐州、宿州、滑州等地的士卒七万人渡过淮河讨伐杨行密。决定任命太中大夫、前御史中丞裴贽为礼部尚书，掌管贡举事务。幽州节度使刘仁恭在安塞把沙陀军打得大败，李克用仅仅单骑得以幸免。
十一月初一为壬申日。十一月初二，淮南大将朱瑾暗中派出水军在清口袭击汴州军，庞师古全军覆没，庞师古被俘获。当时葛从周正从霍丘渡过淮河，军队抵达濠州时，听说庞师古被击败，便退军了，经过两夜而到达氵卑河，正要渡河而朱瑾的军队来了。当天，葛存周的士卒几乎全被杀死淹死，逃回来的不满一千人，只有牛存节一军因为先渡河而免于被歼。等抵达颍州，天降大雪，气候严寒，又死了十之五六，自古以来战败丧师没有像这样严重的。从此以后，杨行密据有长江、淮河之间的地区。任命检校司空、暂时掌管兖州兵马事务的葛从周为兖州刺史，充任泰宁军节度使；任命颍州刺史王敬荛为检校尚书左仆射，兼任徐州刺史，充任武宁军节度使，这是按朱全忠的奏书任命的。
光化元年(898)春，正月初一，皇上的车驾驻跸在华州。任命兵部侍郎崔远为户部侍郎、同平章事。各道府进奉修整宫阙的钱，派遣京兆尹韩建入京师计划度量。朱全忠派遣判官韦震前来奏事，请求兼管郓州。当时朱全忠在兵败之后，想要扩大自己的权限，以便扼死相邻藩镇的变乱。幽州节度使刘仁恭仗恃着安塞的胜利，想要吞并河朔地区，当月派遣他的儿子刘守文率兵袭击沧州，沧州节度使卢彦威放弃城池而逃跑，刘守文便占领了沧州，自称沧州节度留后。
四月初一，决定册封淑妃何氏为皇后。皇上驾临陟屺寺，在韩建所献的御庄上宴请随从的官员。
五月初一，因为册立皇后而大赦天下。汴州军将领葛从周率领部众进攻李克用辖治的邢州、氵名州、磁州等州，攻陷了这些地方。朱全忠派葛从周担任三州兵马留后。
六月初一，皇帝来到西溪观看渡河竞赛。全国的藩镇守臣、文武百官奉上表章，请求皇上的车驾返回京师。
七月，汴州将领氏叔琮攻陷赵匡凝辖治的隋州、唐州、邓州等地。皇上敕命，把华州升格为兴德府，原主官刺史改为尹，左右司马改为少尹，郑县为次于赤县的畿县，官员的资望全部同于五府。册封华岳庙为佑顺侯。
八月初一为戊戌日。八月二十二日，皇上的车驾从华州返回京师。八月二十七日，皇上驾临端门，下诏大赦天下，改年号为光化。
九月初一，任命御史中丞狄归昌为尚书左丞。决定任命镇国军、匡国军等军镇节度使韩建署理太傅、中书令、兴德尹，晋封为颍川郡王，赐给铁券，并由皇上御笔书写“忠贞”二字赠给他。韩建多次上表推辞王爵，于是改封为许国公。魏博节度使罗弘信晋封为临清郡王。当月，罗弘信去世，追赠太师职衔，追谥为庄肃。亲兵拥立罗弘信的儿子、节度副使罗绍威执掌兵马事务，朝廷不久赐给他节仗旄钺。
十月初一，河南尹张全义就地加授侍中。汴州将领朱友恭从江西行营返回，经过安州时杀死安州刺史武渝，派部将镇守安州。汴州将领张存敬率军袭击蔡州，蔡州刺史崔洪向他表示忠诚，请求让他的弟弟崔贤在汴州做人质，张存敬答应了他。
十二月初一，李克用的部将潞州节度使薛志勤死去，泽州刺史李罕之乘潞州没有了主帅，偷袭潞州而占领了它，派他的儿子李颢向汴州请降，朱全忠上表请授予李罕之节度使之职。
光化二年(899)春，正月初一为己未日。正月十三日，任命兵部尚书陆..为兵部侍郎、同平章事。
二月，蔡州刺史崔洪被亲兵所逼迫，和他们一起逃窜到淮南。当时崔洪让弟弟崔贤到汴州去做人质，汴州人遣送崔贤回到蔡州，征调三千名士兵出征。蔡州的士兵发生动乱，杀死了崔贤，便拥戴着崔洪渡过淮河。朱全忠命令他的儿子朱友裕镇守蔡州。幽州节度使刘仁恭驱策十万名燕州士卒，将要兼并赵州、魏州。当月攻陷了贝州，无论年少、年长的全都杀掉，把尸体投入清水，河水被尸体堵住而不能流动。刘仁恭于是进攻魏州。罗绍威向汴州求救。
三月，朱全忠派大将张存敬率军救援魏州，部队屯驻在内黄。葛从周从邢州、氵名州率领强劲的骑兵八百人进入魏州辖境。燕州将领刘守文、单可及听说汴州军屯驻在内黄，带兵前去进攻他们。张存敬在内黄东面设置伏兵，把燕州军打得大败，俘虏杀死三万人，生擒单可及。刘守文带着残余的部众返回魏州，被张存敬、葛从周乘机袭击，燕州军再次失败，仅仅刘仁恭父子脱逃。汴州、魏州的军队合兵一起在后面追击，赵州军队又在其东面边境拦击，从魏州到沧州的五百里距离之间，尸体互相枕藉。
这年春天，有一道白气穿过天空，像一条白练一样，从西南方一直贯通到东北方，不久就发生了燕州军战败的事。
四月，汴州将领氏叔琮从上党进军攻打太原，军出石会时，被沙陀军擒获他的前锋将领陈章，氏叔琮就退回去了。
六月，决定任命昭义军节度使、检校太尉兼太师、侍中、潞州大都督府长史、陇西郡开国公、食邑三千户李罕之为孟州刺史，充任河阳三城节度使、孟怀观察使等；任命检校司徒、孟州刺史、河阳节度使丁会为泽州、潞州节度使，这都是按照朱全忠的上奏而任命的。六月十五日，李罕之到怀州，死在驿舍里。陕州军队发生动乱，杀死他们的主帅王珙，拥立都将军李..为陕州留后。六月二十五日，决定任命前太常卿刘崇望为吏部尚书，任命兵部侍郎裴枢为吏部侍郎，任命户部侍郎薛昭纬为兵部侍郎。
七月，青州署理海州事务的将领牛从毅带领着全郡人投向淮南，杨行密便据有了海州。
十一月，陕州的衙将朱简杀死李..，自称为陕州留后，投降汴州。朱全忠上表任命朱简为陕州主帅。
光化三年(900)春，正月初一，任命礼部尚书裴贽为刑部尚书。正月十四日，朱全忠上奏说：“我的本籍宋州砀山县，承蒙皇上的恩典升格为辉州，这地方低洼潮湿，难以修建房舍，请把辉州的治所迁移到单父县。”皇上允准，并将辉州赐号为崇德军。
四月初一，汴州、魏州合军进攻沧州，以报复侵入外城的那一战，葛从周连续攻陷沧州、德州的郡县，王..派遣使者和朱全忠和解，又令刘仁恭和朱全忠修好，汴州和魏州的军队班师返回。五月十四日，皇后、太子参谒九庙。
六月初一，朱全忠上表奏称陕州兵马留后朱简为乡里同宗，改名为朱友谦，请求朝廷实授节旄斧钺。皇上允从。
六月十二日，将特进、司空、门下侍郎、平章政事，监修国史王抟贬职为崖州司户，不久即在蓝田驿将其赐死，枢密使宋道弼、景务修也一起赐死。他们受到崔胤的诬陷，说他们三人在朝内外互相勾结。
七月初二，兵部尚书刘崇望去世，追赠为司空。七月初九，兵部郎中薛正表担任右谏议大夫。任命许州刺史朱友恭为检校司徒、颍州刺史；任命左武卫将军赵霖为检校左仆射、许州刺史；任命宣武军押衙刘知俊为检校右仆射、郑州刺史，这都是依朱全忠的上奏而任命的。七月二十三日，决定任命武贞军节度使、澧州朗州叙州等州观察处置使、开府仪同三司、检校司徒、同平章事、朗州刺史、上柱国、冯翊郡开国侯、食邑一千五百户雷满为检校太保，封授冯翊郡王，其余官职照旧。封授武泰军节度使、黔中观察处置使、光禄大夫、检校尚书左仆射、黔州刺史、御史大夫、上柱国赵崇为天水县开国子、食邑五百户。七月二十五日，决定昭义军节度留后、光禄大夫、检校司空、上柱国孟迁担任检校司徒，兼任潞州大都督府长史、充任昭义军节度副大使，执掌节度使事务、潞州磁州邢州氵名州等州观察处置使，并封为平昌县男、食邑三百户，这是依从李克用的上奏而决定的。任命金紫光禄大夫、暂署兵部尚书、上柱国、乐安郡开国公、食邑一千五百户孙储暂署兵部尚书，兼任京兆尹。七月三十日，决定“忠烈卫圣镇国功臣”、剑南西川节度副大使、执掌节度使事务、辖区内营田使、观察处置使、统押近界诸蛮使、兼任西山八国云南安抚制置使、开府仪同三司、检校太尉、中书令、成都尹、上柱国、琅笽郡王、食邑三千户、实封一百户王建兼任剑南东川、武信军两道都指挥制置使，加授食邑一千户，其余官职照旧。这是因为当时王建攻破了顾彦晖的梓州，兼并了东川的洋州、果州、阆州等州的缘故，又任命忠义军节度使、山南东道辖区内观察处置使、三司水陆发运使、开府仪同三司、检校太尉、中书令、兼职襄州刺史、上柱国、南平王、食邑三千户赵匡凝署理检校太师，兼任中书令，加授实封食邑一百户。
八月初一，朱全忠上奏章说：“原先把汝州割属于许州，希望退还给东都管辖。河阳府原先管辖泽州，现在由于被蕃戎外族占据，回归和失控没有一定，希望暂时把河南府的王屋、清河、巩县三个县划属河阳府。”皇上依从。八月初八，决定“忠贞平难功臣”、河东节度使、辖区内观察处置使、开府仪同三司、暂署太师、兼中书令、北都留守、太原尹、上柱国、晋王、食邑九千户、实封食邑七百户李克用加授实封一百户。八月十二日，任命朝请大夫、虞部郎中、知制诰、上柱国、赐紫金鱼袋颜荛为中书舍人。八月十四日，决定前归义军节度副使、暂署兵马留后、银青光禄大夫、检校国子祭酒、监察御史、上柱国张承奉为检校左散骑常侍，兼任汝州刺史、御史大夫、充任归义军节度使、瓜州沙州伊州西州等州观察处置使、押蕃落使等。八月二十五日，太原军大将李嗣昭进攻氵名州，攻了下来，擒获汴州将领朱绍宗。汴州将领葛从周率军前往增援，李嗣昭放弃氵名州而离去。葛从周在青山口拦击李嗣昭，太原军大败，葛从周乘胜进攻镇州。八月二十七日，决定荆南节度使、忠州万州归州夔州涪州峡州等州观察处置使、水陆催运使、开府仪同三司、检校太尉、兼职中书令、江陵尹、上柱国、上谷郡王、食邑三千户成..担任检校太师、中书令，其余官职仍和原来一样。八月二十九日，决定“扶危匡国政理功臣”、特进、署理尚书左仆射、兼职门下侍郎、同平章事、监修国史、暂掌度支事务、上柱国、清河郡开国公、食邑二千户崔胤担任开府仪同三司，晋封为魏国公，并加授食邑一千户，其余官职仍和原来一样。
九月初一，朱全忠率领三镇的军队进攻镇州，王..心中恐惧，派遣判官周式、副大使王昭祚、主事梁公儒的子弟到汴州去做人质，并献出犒赏军队用的十五万匹绢，请求订盟和解，朱全忠允许了他。张存敬便从深州、冀州进军，进攻瀛州、莫州，攻破了二十个郡县，因大雨道路泥泞而受阻，不能到幽州。便向西前进，攻陷了祁州，在沙河北面把中山州将领王处直的军队打得大败，进驻于怀德驿。于是又进攻定州，节度使王郜逃奔太原，亲军衙将王处直杀死孔目官梁汶，献出二十万匹绢请求订立和约，得到朱全忠允许。朱全忠便任命王处直担任义武军节度留后。九月二十日，决定“扶危匡国致理功臣”、开府仪同三司、署理太保、兼门下侍郎、平章政事、充任太清宫使、修奉太庙使、弘文馆大学士、延资库使、诸道盐铁转运使、上柱国、齐国公、食邑五千户、实封食邑一百户徐彦若担任检校太尉、同平章事、充任清海军节度使、岭南东道辖区内观察处置使、供军粮料使等。九月二十一日，决定光禄大夫、中书侍郎兼吏部尚书、同平章事、充任集贤殿大学士、执掌户部事务、博陵郡开国公、食邑二千户崔远停止执掌政务，暂署本职。九月二十三日，决定左仆射、门下侍郎、平章政事、监修国史、执掌度支使事务崔胤充任太清宫使、修奉太庙使、弘文馆大学士、延资库使，仍旧掌管度支使事务，兼充诸道盐铁转运使。由光禄大夫、中书侍郎、兼职户部尚书、同平章事、上柱国、吴郡开国公、食邑一千五百户陆..担任门下侍郎、户部尚书、监修国史。任命正议大夫、署理刑部尚书、上柱国、河东县开国男、食邑三百户、赐紫金鱼袋裴贽为中书侍郎，兼任刑部尚书、同平章事，充任集贤殿大学士。任命银青光禄大夫、暂署尚书吏部侍郎、上柱国裴枢为中枢侍郎、同平章事，执掌户部事务。九月二十六日，革去光禄大夫、尚书右仆射、租庸使张浚的租庸使之职，暂时署理本官。
十月初一为乙卯日。十月初七，任命前清海军节度副使、朝散大夫、检校左散骑常侍、御史大夫、上柱国王溥署理左散骑常侍，充任盐铁副使。十月二十九日，决定任命保义军节度留后、银青光禄大夫、检校户部尚书、兼御史大夫、上柱国朱友谦为金紫光禄大夫、检校尚书右仆射，兼任陕州大都督府长史、御史大夫，充任保义军节度使、陕虢观察处置使。
十一月初一为乙酉日。十一月初六，左右军中尉刘季述、王仲先废掉昭宗，把他囚禁在东内的问安宫，请求皇太子李裕监国。当时昭宗把执政的权柄委托给崔胤，崔胤依仗着朱全忠的帮助，逐步压抑宦官。而皇帝从华州回到皇宫以后，颇在游猎和饮酒方面放纵自己，喜怒无常，自从宋道弼等得罪被处死后，宦官们特别害怕。这一天，皇上在苑中行猎，酒醉得厉害，当天夜间，亲手杀死几名宦官和宫女。初六这天，已经到辰时和巳时，寝宫的门还没有打开。刘季述到中书省去对宰相崔胤说“：宫中一定发生了什么意外的事，做臣子的怎么能坐视不管呢？我们是内臣，可以根据具体情况自行处置。”便带了一千名禁军把门打破进去了，问内宫的人，探悉了昨晚发生的事情。刘季述等就出来和宰相商量说：“皇上的行为像这样，不是一个能保全社稷的君王，废除昏君，拥戴明皇，是有先例可循的，这是有关国家存亡的大计，不是谋逆作乱。”即把百官召来，出具文状签名，崔胤等不得已被迫签了名。刘季述、王仲先和汴州的进奏官程岩等十三人请求陈述事由，陈述完毕，刘季述上殿以罪臣身份听候处理，左右军的将士齐声高呼万岁，于是突入宣化门，走到思政殿便开始杀人，一直进到乞巧楼下，皇上忽然看见士兵来到，惊得从床上跌了下来，爬起来想走，刘季述、王仲先把他扶起来让他坐着。何皇后立即出来拜见他们说“：将军们护着官家，不要让他吓着了，有什么事听取将军们的商量。”刘季述便拿出百官们一起签名的文书，说：“皇上倦于治理国事，朝廷内外官员们的情绪都希望由太子监国处理国政，请陛下在东宫颐养天年。”皇帝说“：我昨天还和你们在一起高兴地喝着酒，不知不觉喝多了，哪至于到这个地步呢！”皇后说：“圣上就按他们这几位将军说的话办吧。”于是就当着皇帝的面取出玉玺交给刘季述，当时皇帝和皇后就共乘一辆车，和平时侍从左右的十几个宫人前往东宫去了。进宫之后，刘季述亲手把宫院的门锁上，每天只从窗户中把装着食品的食器送进去。当天，把太子迎来监国，假传昭宗的圣旨称昭宗为太上皇。十一月初十，宣布太上皇的决定，由太子登基即皇帝位，宰臣、百官、各方镇都晋封爵位，增加俸禄，又赠给百官白银一千五百两、绢一千匹、绵一万两，以作为接济，这都是刘季述为了讨好朝臣们而做的。当时朱全忠在定州军营中，崔胤和前左仆射张浚一起向朱全忠报告变乱，请求他率兵前来问罪，朱全忠即从军营返回大梁。
十二月初一为乙卯日。十二月二十九日夜间，前来护驾的盐州都将孙德昭、周承诲、董彦弼率军进攻刘季述、王仲先，杀死了王仲先，提着他的脑袋来到东宫门口，大叫道：“反贼王仲先已经被斩首了，请陛下出宫来慰问、告谕士兵。”宫人打坏了锁钥，皇上和皇后才得出来。
天复元年(901)春，正月初一，昭宗重新恢复帝位，登上长乐门城楼，接受百官朝贺。朝班还没有退，孙德昭擒获刘季述来到楼前，皇上正要质问斥责他，刘季述已经被乱棒打死，便把他的尸体陈放在大街上。正月初二，决定任命孙德昭为检校司空，充任静海军节度使。正月初三，宰相崔胤晋封勋位为司空。正月初六，朱全忠对程岩加械具，折断双足，用囚笼押送到京师，在街市上处死。决定把皇太子李裕降为德王，改名为李..。正月初七，决定任命孙德昭为安南节度，检校太保周承诲为邕州刺史、邕管节度使、经略使，任命董彦弼为容州刺史、容管节度使等，并任检校太保、同平章事。将神策军使李师虔、徐彦回处死。皇上敕命说：“我即皇帝位以来，已经有十四年了，总是仰慕皇天爱护生灵的德行，从来没有以杀戮为快乐的心肠。不久前刘季述等幽禁羞辱我，逼我威胁太子。李师虔是逆贼亲厚的心腹之人，被他们选到东宫来主持卫戍，我的举止呼吸，都要让他侦察窥伺。每当我有什么需求索取，都不供给、奉承。需要纸笔就害怕我做诏书，索取锥刀就担心我用作武器，对我进行各种各样的凌辱。连出入宫禁的人都要进行搜查。我所穿的衣服，白天穿着，晚间脱下来洗，天寒地冻的日子，寒冷的痛苦难以忍受。妃嫔和公主们，连被褥都很缺乏。一点赋钱都不送进来，一尺一寸的衣料都难求。六个人都是同一主张，五个人都施逞着自己的威势。如果要列举他们的罪状，那是笔墨所难以穷尽的，如果允许他们的生命保全，那就是枉法，应当全部处斩。”当时朱全忠既已使河朔等三个军镇降服，便想要图谋王室，实行篡位取而代之的阴谋，但因为李克用在太原，害怕他和自己相争。当月，朱全忠命令大将张存敬率领三万名士卒，从含山出发袭击河中节度使王珂。晋州刺史张汉瑜、绛州刺史陶建没有料到贼军会来到，城池的防守没有准备，都带着全郡投降了。张存敬便转移军队去包围河中，王珂向太原李克用求救，李克用无法救援，王珂就据城对张存敬说：“我和汴王有旧交情，等汴王到了我就投降。”
二月初一为甲寅日。二月十五日，朱全忠抵达河中，便把王珂和他的哥哥王王..、弟弟王瓒全家都迁到汴州去，命令张存敬镇守河中。当月，决定任命朱全忠为检校太师、署理中书令，并晋封为梁王。
三月初一，朱全忠带着军队回到汴州，上奏朝廷说：“河中节度使每年上交税盐三千车，现在由我代管盐池二处，请允许我加二千车，每年上交五千车税盐。等五处盐池修理完毕，再按照平时上交的税额进贡。”皇上允从。
四月初一，汴州军队大举进攻太原，氏叔琮率领三万名士卒从天井关进攻泽潞，泽潞节度使孟迁率上党投降。氏叔琮从围柏长驱而出，在洞涡驿扎营。葛从周率领赵州、魏州、中山的军队从土门进入，攻陷承天军，和氏叔琮会师。当时正值大雨天气，粮草供应不上，汴州将领为保住部众而退回。四月二十二日，皇上在宗庙举行祭祀大典。当天，皇上驾临长乐门，下诏大赦天下，改年号为天复。李茂贞从节镇前来朝见皇上，皇上在寿春殿赐宴，李茂贞进奉钱款几万缗。当时中尉韩全诲以及北司的内官和李茂贞相友善，而宰相崔胤则和朱全忠相友善，四个人各自互为表里通声气。朱全忠想要皇帝迁都至洛阳，李茂贞想要迎接圣驾到凤翔，各人都有挟天子以号令诸侯的意图。
五月初一为壬午日。五月十九日，决定门下侍郎、户部尚书、平章政事陆..加授兵部尚书，并晋封特进的阶官。五月二十一日，决定以朱全忠兼任河中尹、河中节度使、晋绛慈隰等州观察处置使、安邑解县两地榷盐制置使。
闰六月初一，决定任命河阳节度使丁会仍和以前一样担任检校司徒，兼任潞州大都督府长史、昭义军节度使，以代替孟迁；任命孟迁为检校司徒，并任河阳节度使。这是朱全忠奏请的。并请求在昭义军节度使的官阶内除去邢州、氵名州、磁州三州。再以泽州作为其属郡，河阳节度使则只以怀州为属郡，皇上允从。朱全忠又奏请把齐州隶属于郓州，皇上允从。
十月初一为己卯日。十月二十日，朱全忠带领着四方镇的军队七万人前往河中，京师的人听到这个消息非常恐惧，有钱人都逃跑奔窜到山谷中。
十一月初一为己酉日。十一月初四，中尉韩全诲和凤翔护驾都将李继诲奉迎车驾出京临幸凤翔。当天，汴州军队攻陷同州，俘获同州守将司马邺，华州节度使韩建派遣判官李巨川去表示忠诚。十一月初六，汴州军屯驻在灵口。十一月初七，朱全忠知道皇帝离开京师出走，便回军去进攻华州。大部队屯驻在赤水，朱全忠率领亲军驻扎在西溪。韩建出城投降，朱全忠便暂任他为忠武军节度使，以陈州作为治所。十一月初九，宰相崔胤命户部侍郎王溥到赤水寨去催促朱全忠率军迎接圣驾。十一月初十，朱全忠从赤水前往长安，崔胤率领自太子太师卢知猷以下的文武百官在坡头迎接朱全忠。十一月十二日，汴州军前往凤翔。十一月二十日，汴州军到岐下。朱全忠派判官李择、裴铸进城向皇帝奏事，说：“我在河中接到崔胤的信，说奉皇上的密诏，令我率领士卒迎接圣驾，我不敢擅自进城迎接圣驾。”昭宗对于崔胤矫传诏命很气愤，连续下诏令朱全忠率领士卒返回本镇。十一月二十三日，朱全忠带着军队离开凤翔，退而转攻..州。十一月二十六日，决定“扶危致理功臣”、开府仪同三司、署理司空、门下侍郎、平章政事、充任太清宫使、弘文馆大学士、延资库使、诸道盐铁转运使、暂掌度支事务、上柱国、魏国公、食邑五千户、实封食邑二百户崔胤贬职为朝散大夫、暂署工部尚书。十一月二十七日，..州节度使李继徽以..州城投降汴州军，朱全忠便把他的子女留在河中，而让李继徽随军前进。朱全忠把汴州军扎营在三原。
十二月初一，崔胤从长安来到三原寨，和朱全忠一起谋划进攻凤翔的事。
天复二年(902)春，正月初一，皇上的车驾驻跸在凤翔。朱全忠在三原，李克用派大将周德威进攻慈州、隰州、晋州等州。朱全忠回到河中，命令他的部将朱友宁率领五万人屯驻在绛州，在蒲县西北把太原军打得大败，然后朱友宁乘胜追击逃敌，攻陷汾州，进而包围太原。皇帝派谏议大夫张岂页到晋州去告谕朱全忠，令他和太原李克用议和。恰值朱友宁两次作战失利，汴州军便返回了关西。
四月初一，朱友宁统领大军屯驻在兴平。
五月，岐州军出战，在武功县南面的汉谷被打得大败。朱全忠听到捷报，亲自率领五万汴州军西征。
六月，汴州军进驻于虢县。六月十三日，进而包围凤翔，朱全忠派判官入城迎接圣驾。
九月，岐州军出战，又遭失败。
十一月，..州节度使李周彝率领部众救援凤翔。
十二月初一，汴州将领孔京力乘虚攻下..州，俘获了李周彝的妻子儿女，李周彝立即率领士卒前来投降。于是..州、宁州、..州、坊州等州郡全部陷于汴州军之手。李茂贞心中恐惧，策划杀宦官以解除危机。
天复三年(903)春，正月初一，皇上的车驾驻跸于凤翔。正月初二，皇上派太监到朱全忠军中，李茂贞也派军将郭启奇来传达皇上想要返回京师的意图。正月初四，青州军的偏将刘寻阝攻陷了朱全忠的兖州，又派偏将入城奏闻皇上，当天，又暗中在华州发难，杀死华州守将娄敬思。皇上又命令户部侍郎韩亻屋、赵国夫人宠颜向朱全忠表示慰问。正月初九，朱全忠派判官李振入城上奏皇上，皇上命翰林学士姚洎传达敕命，命令朱全忠传唤崔胤，令他率领文武百官前来迎接圣驾。正月十一日，皇上令礼部尚书苏循传达诏令。赐给朱全忠玉带，并令朱全忠安排蒋玄晖随侍在皇帝身边。正月十五日，蒋玄晖和中使共同押送中尉韩全诲、张弘彦以下二十个人的首级，并告知四镇士兵皇上返回京城的日期。正月十六日，皇上派中使驰马前去华州追请崔胤来凤翔，崔胤以患病为托辞不来。正月二十二日巳时，皇上的车驾离开凤翔，到朱全忠的军营中。朱全忠穿着素服等待发落。眼泪流下来，不能控制自己，皇上亲手从身上解下玉带赐给他。正月二十三日，皇上的车驾停驻在扶风，令朱友伦总管兵卒侍卫皇上。正月二十四日，停驻在武功。正月二十五日，停驻在兴平，宰相崔胤率领百官迎候谒见。当天即下达敕令，任命崔胤暂署司空、门下侍郎、平章政事，恢复太清宫使、弘文馆大学士、延资库使、诸道盐铁转运使的官职，掌管度支事务，魏国公所封的食邑仍和原来一样。正月二十六日，圣驾停驻在咸阳。正月二十七日，圣驾入京师。天子穿着素服在太庙哭泣，然后改穿皇帝的冠冕朝服，进谒九庙。仪式结束后，皇上驾临长乐楼，下诏大赦天下，百官表示祝贺。朱全忠处在左军。正月二十九日，皇上在内殿宴请朱全忠，由宫内乐工奏乐。当天，决定在内侍省将内官第五可范以下共七百人全部赐死，各道的监军以及小使，全部由本道的节度使处斩后奏报皇上，这是按照朱全忠、崔胤所奏而决定的。皇帝为他们悲痛叹惜，亲自做悼文祭奠他们。
二月初一为壬申日。二月初三，决定赐予朱全忠“回天再造竭忠守正功臣”的称号。二月初八，决定任命辉王李祚充任诸道兵马元帅。又决定任命“回天再造竭忠守正功臣”，宣武军、宣义军、天平军、护国军等军镇节度使，汴州、宋州、亳州、辉州、河中、晋州、绛州、慈州、隰州、郑州、滑州、颍州、郓州、齐州、曹州等州观察处置使，太清宫修葺宫阙制置使，度支解县池场使，开府仪同三司，检校太师，暂署中书令，河中尹，汴州、滑州、郓州等州刺史，上柱国，梁王，食邑九千户，实封食邑六百户朱全忠兼署太尉、中书令，充任诸道兵马副元帅，加封食邑三千户。任命宰臣崔胤暂署司徒，兼任侍中，掌管六军十二卫。任命吏部尚书、平章政事裴枢为检校右仆射、同平章事，兼任广州刺史、清海军节度使、岭南东道观察使等。二月十三日，决定将门下侍郎、兵部尚书、同平章事、监修国史陆..降职为沂王傅。二月十八日，皇上在寿春殿宴请朱全忠，又令朱全忠写信给李茂贞，令其娶平原公主。同州节度使赵翊、陕州节度使朱友谦前来朝见皇上。决定任命朱友裕为华州刺史，充任感化军节度使。二月二十四日，在保宁殿击鞠为戏，朱全忠得了第一名，皇上令内宫的乐工送酒致贺，并当面赐予副元帅的官诰文书。任命新授给广州节度使的裴枢为门下侍郎、吏部尚书、平章政事、监修国史；任命户部侍郎王溥为同平章事。二月二十七日，朱全忠返回大梁，行前皇上在内殿宴请他，酒宴摆在延喜门。当天，朱全忠和四个镇的判官都参加了宴饮，皇上来到殿前台地与朱全忠流泪相别，朱全忠离去后，皇上又派中使追赶着送去御制的五首《杨柳枝》词赐给他。二月三十日，平原公主抵达京师。
三月初一，朱全忠带领四个军镇的军兵征讨王师范。在此之前，朱全忠的大将朱友宁、杨师厚的前军兵临淄州、青州，王师范向淮南方面求救，杨行密派手下的将领王景仁率领一万名士卒前去救援。
四月初一，西川王建率军攻打秦州、陇州，这是乘李茂贞兵势弱小的机会，并派遣判官韦庄入朝进贡，以结好于朱全忠。
五月，决定凤翔、陇右、四镇、北庭行军使，彰义军节度使，泾州、原州、渭州、武州观察处置使，押蕃落使，开府仪同三司，暂署尚书令，兼任侍中、凤翔尹、上柱国、秦王李茂贞任检校太师，署理中书令。原先，李茂贞欺凌王室，朝廷姑息迁就，加授他为尚书令，到这时因为朱全忠正署理着太尉的职务，李茂贞害怕，才因而请求罢免尚书令。崔胤上奏说“：六军十二卫只有空名，实际上并没有士兵。京师的侍卫，也是靠着亲军。请求每军酌量招募一千一百人，六军共安置六千六百人。”皇上允从。便命令六军诸卫副使、京兆尹郑元规订下标准，在民间招收。决定任命颍州刺史朱友恭为检校司空，兼任徐州刺史，充任武宁军节度使，这是依朱全忠上奏而任命的。
六月，青州、淮南军和汴州军在临淄交战，汴州军大败，朱友宁战死，他的首级在淮南传送示众。
九月，汴州将领杨师厚在临朐将青州军打得大败。荆南节度使成..率领水师前去救援鄂州，澧州朗州的雷彦恭乘江陵空虚前去袭击，攻陷了江陵。成..部下的士兵听到这个消息溃散奔回，成..愤怒，投水而死。赵匡凝便率军袭击荆州，占据了城池。
十月十五日，汴州护驾都将领朱友伦击鞠从马上摔下而死，朱全忠发怒，杀死一起击鞠的几名军官。
十一月初一，王师范率同青州投降杨师厚，朱全忠还是令王师范执掌青州的事务。..州、凤翔的士兵逼近京畿地区。汴州军屯驻在河中。青州偏将刘寻阝以兖州投降葛从周，这是秉承王师范的命令而行事的。朱全忠嘉奖了他，任命他为元师府都押衙，暂时掌管..州留后的事务。
十二月初一为丁卯日。十二月十五日，决定任命礼部尚书独孤损为兵部侍郎、同平章事。十二月三十日，决定署理司徒、侍中、太清宫使、弘文馆大学士、延资库使、执掌六军十二卫事务、诸道盐铁转运使、执掌度支事务、上柱国、魏国公、食邑四千五百户崔胤贬职为太子宾客。将署理刑部尚书、兼京兆尹、六军诸卫副使郑元规贬职为循州司户。当天，汴州扈驾都指挥使朱友谅杀死崔胤和郑元规，皇城使王建勋，飞龙使陈班，阁门使王建袭，客省使王建..、前左仆射、上柱国、河间郡公张浚。这是因为朱全忠将逼迫皇上到洛阳去，怕崔胤、张浚反对而采取的措施。
天..元年(904)春，正月初一为丁酉日。任命翰林学士、左拾遗柳璨为右谏议大夫、同平章事，赐紫金鱼袋。正月初三，决定任命兵部尚书崔远为中书侍郎、同平章事、集贤殿大学士。正月十三日，朱全忠率军屯驻在河中，派遣偏将寇彦卿奉上表章，请求圣驾迁都到洛阳。朱全忠命令长安的居民按户口册籍迁居到洛阳，拆下房屋的木料，从渭水顺流而下漂浮到黄河，长安居民一家家的连声痛哭，一个多月都没有停止下来。秦中人在路上大骂说“：国贼崔胤把朱温召来颠覆国家，使我们落到这个地步，天哪！天哪！”正月二十一日，皇上的车驾从京师出发。正月二十七日，车驾停驻在陕州，朱全忠在路途上迎候，谒见。
二月初一为丙寅日。二月初十，朱全忠辞别皇上前往洛阳，亲自监督施工。四月初一为丙寅日。四月二十八日，皇帝派遣晋国夫人可证传诏告知朱全忠，说皇后分娩后身体尚未恢复，决定十月再去洛阳宫。朱全忠认为皇上有意拖延推迟以待变化，非常生气，对偏将寇彦卿说“：你赶快去陕州，一到，催促皇帝当天就出发前来！”
闰四月初一为乙未日。闰四月初三，皇上的车驾从陕州出发。闰四月初八，皇上驻跸在谷水的行宫。当时崔胤所召募的六军士兵在他死了之后全都跑光了，跟随皇上东迁去洛阳的，只有各位王子、小黄门侍者十几人，连在内苑供奉击鞠的小孩一共才二百多人。朱全忠在陕州时就担心这些人会发生变故，想要把他们全部除掉，用汴州的士兵作为皇上的侍卫。到谷水顿的时候，朱全忠指使医官许昭远告发内苑的人阴谋叛变，借机设下幄幕把他们和皇上分开，在饮酒进食的时候把他们全部活埋了，便以他们要谋反为由奏闻皇上。从此以后，在皇帝前后左右侍卫的人，都是汴州的士卒了。闰四月初十，皇上的车驾由徽安门进入洛阳，朱全忠、张全义、宰相裴枢、独孤损做先导。当天刮大风，天上落下尘土，一两步之内就看不清东西，天快黑时才逐渐停止。皇上拜谒太庙，礼仪结束之后回到宫室，驾临正殿慰问从行的官员和卫士，接受朝贺。闰四月十一日，皇上驾临光政门，下诏大赦天下。敕令说：
顾念中州，有着便于侯伯方镇会盟朝见的路途；国运遭逢着不幸到极点，就应当顺应古今消灾避祸的良策。何况洛阳本是建都的旧京，又是我皇家的第二处住宅，轩辕皇帝的陵园通向它的左边，周的王城郏辱阝延伸到它的前面。周平王东迁洛阳，延续了姬姓的王朝；汉光武定业在东都，发展了刘氏的宗绪。他们重新建造新都，是为了祈求皇天赐予长远的运数，这都是因为恶劣的机运，才想要开启昌盛的时期。有的是为了逃避西方戎狄的侵犯，有的是为了歼灭作乱的妖孽。我遭遇家门的不幸，陈布德行不英明，十年以来，三次遭受流亡之苦。这也是因为灾星纠缠着秦州、雍州，叛逆兴起于..州、岐州。开始是临幸石门，以躲避卫兵的动乱；接着是两次转移到华州，因为畿辅被侵犯而受到惊吓。弓矢射中了我的车驾，为危殆而忧急；大火延烧到皇宫和宗庙，倍受欺凌和威胁。叛臣和宫中的小人竟至于通同一气，奸佞凶恶的人互相勾结，致使刘季述把我幽禁在偏室，韩全诲把我劫持到右辅凤翔。没有哪一个不是以军队包围内殿，嚣张的气焰直达九重宫阙，都想凭借武力以容留自身，只思仿效赵高指鹿为马以威胁众人。假传天子的号令，欺凌蔑视外藩守臣，任意发布文告诏令，想让忠臣良将获罪。即使有各地的节镇郡守齐心协力地匡扶朝廷，却因受军律的限制而被阻隔在远方，想要报效朝廷的恩宠也因为地域遥远而不能。副元帅、梁王朱全忠因为兼任畿辅附近的节度使，总领四镇的军队，从远地前来岐阳，亲自迎接圣驾。经过多次劳苦的战斗，把凶横的祸首尽数剿灭，军营宿在野外达三年之久，终于使銮驾返回京城。咸阳、镐京每年都要更新其宫阙，杜让能、崔王圭完全类似于宦官，朕应当推重再造社稷的功勋，以端正中兴朝廷的运数。..州、岐州又造事端，巴州、蜀州连年兴兵，上负朝廷的恩遇，下毁邻州的和睦。焚烧宫殿的烈火，更延及近邻地区；逼迫圣驾退避的凶锋，再次侵犯了禁苑。有时太一星官总是逗留在皇后的寝宫之上，荧惑灾星长久地环绕着井宿天区。秦州的分野出现了连年灾祸的征兆，从地形上看没有比洛阳更好的地方。有一两个忠臣，以及四方志同道合之士，发誓要用好的谋略来为王室竭尽民力。魏州、镇州、定州、燕州的士卒乘着黄河的航船全部到达；陈州、徐州、潞州、蔡州的军将和我一起坐着巨大的车辇到来。砍倒荆棘，重新建立了朝廷；扫除灰烬，变换了众多的宫室。左边是宗庙，右边是社稷：肃穆、崇高、威严；前面是宽大的殿堂，后面是重重的回廊：和谐、华丽，深邃。公卿们共同议定，又以占卜作为参考。就在甲子这美好的一年，孟夏的第一个吉祥之日，备办皇帝的车驾离开陕州地方，排列百官成行抵达洛阳的郊外，看到这富盛繁华，得到了很大的安慰。到太庙谢罪，忧惧惊扰着胸怀；登临端门，心中凄恻，百感丛生。这是因为一个人得不到皇天庇..，致使人间百姓不得安宁，工役艰苦疲惫，忠臣良将尽都心力交瘁，能够建树迁都的大业，期望延续八百年的基业。应当广布浩大的皇恩，等待这和乐的庆典，荡涤瑕疵污垢，完全更新自己。决定大赦天下，改天复四年为天..元年。唉，朝廷赦免了罪人的过失，也就安定了宫室。即使是宗庙的祭筵，也已经关闭在新室；而各先皇陵寝上的松柏，也遥遥地隔绝于旧都。将要致力于国家的安宁，难以表达心中的缱绻思慕。朝中的文武百官，以及所配备的办事僚属，千里迢迢地追随我来到，应当端整自己，专心处理政务。既已广布恩德，就应当重新效命尽责，正当开国的初期，一定要惩罚那些怠慢职守的官员。”
闰四月十四日，敕令：今后除留用宣徽两院使、小马坊使、丰德库使、御厨使、客省使、阁门使、飞龙使、庄宅使等九种使职外，其他使职全部罢除。内苑中冰水方面的公务委派河南尹承担，并不用内廷的夫人传令宣旨。将医官阎..之、国子博士欧阳特处死，因为他们擅自谈论星象的征兆。宰相裴枢兼任右仆射、诸道盐铁转运使、监修国史。户部尚书、门下侍郎、平章政事独孤损掌管度支事。中书侍郎、平章政事柳璨掌管户部事。
五月初一为乙丑日。五月初二，决定河阳节度使张汉瑜为同平章事。皇上在崇勋殿宴请百官，皇上赞述朱全忠的功勋业绩，因而说到驾临光政门楼上的前一天府衙官员丢失了大赦天下的诏书，幸亏元帅府中收得赦书副本才得以宣布施行，几乎误事，中书省不能说没有过错。宰相裴枢等站起来请罪。宴饮到中途，皇帝起来更衣，把朱全忠召到小阁中私宴，朱全忠恳切地推辞。皇帝说：“我认为全忠功绩崇高，想到斋中去说一说心里话，以表示托庇仰赖的意思。全忠既然不想来，就叫敬翔来罢，我和他说一说。”朱全忠令敬翔悄悄地退席，然后上奏皇帝说“：敬翔也喝醉酒出殿去了。”五月初五，朱全忠向皇上告辞返回大梁，皇上在崇勋殿宴请朱全忠，这一天下着大雨。五月二十一日，命翰林学士、左谏议大夫、知制诰沈栖远暂署本职，这是他因病陈请的缘故。五月二十三日，敕令河南省的畿县，原先减少的一名县尉，现在可以按照京兆府的先例，重新设置一名。五月二十九日，中书省上奏说：按照今年四月十一日的大赦令，陕州都督府改为兴唐府，原来的都督府长史改为尹，左右司马改为少尹，录事改为司录，陕县定为次赤县，其余的县定为畿县。皇上允从。
六月初一，..州杨崇本侵犯、劫掠关内，朱全忠派遣朱友裕把军队屯驻在百仁村。六月初三，通议大夫、中书舍人、赐紫金鱼袋杨注充任翰林学士。六月初七，封三佛齐国入朝使蒲诃粟为宁远将军。六月十四日，决定金紫光禄大夫、太子少傅卢绍署理太子少保辞官退休。银青光禄大夫、太子少师、天水男、食邑三百户赵崇署理检校右仆射。六月二十一日，任命京兆府少尹郑韬光为太常寺少卿，任命前侍御史韦说为右司员外郎，任命前进士姚岂页为校书郎，前进士赵颀、刘明济、窦专均担任秘书省校书郎正字，这是按柳璨的上奏任命的。荆南襄州忠义军节度使、开府仪同三司、检校太师、中书令、江陵尹、襄州刺史、上柱国、楚王、食邑六千户赵匡凝应立即准备册封的礼仪。
七月初一，朱全忠率军讨伐..州、凤翔。七月初二，朱全忠从汴州到达洛阳，皇上在文思..场宴请朱全忠。朱全忠进来的时候，有的官员坐在廊下，朱全忠发怒，用鞭子抽打通引官何凝。七月初四，决定金紫光禄大夫、署理御史中丞、上柱国韩仪贬职为棣州司马，侍御史归蔼贬职为登州司户，这是因百官对待朱全忠不恭敬而受到的处罚。七月十二日，决定任命中大夫、中书舍人、上柱国、赐紫金鱼袋杜彦林为太中大夫，署理御史中丞。七月十五日，决定任命兵部郎中萧颀为吏部郎中，任命户部郎中徐绾为兵部郎中，任命司勋员外郎张茂枢为礼部郎中，任命监察御史郗殷象为右补阙。七月十七日，决定武昌军节度使、鄂州岳州蕲州黄州等州观察处置使兼三司水陆发运使、淮南西面行营招讨使、开府仪同三司、检校太师、中书令、西平王、食邑三千户杜洪加授食邑一千户，实封食邑二百户。七月二十八日，中书省上奏说：“西京原来有一座凌烟阁，画着功臣的像，现在迁都到洛阳，应当决定也修建一座。天下兵马副元帅、梁王朱全忠的勋劳业绩为当世第一，请允许在凌烟阁旁边另建一阁，以表彰梁王的特殊功勋。”皇上允从。
八月初一为壬辰日。八月十一日夜间，朱全忠命令左龙武统军朱友恭、右龙武统军氏叔琮、枢密使蒋玄晖在椒殿杀死昭宗。自从皇帝迁都到洛阳，李克用、李茂贞、西川的王建、襄阳的赵匡凝察觉了朱全忠篡夺皇位的阴谋，便结成同盟举行反朱全忠的起义，而以振兴、恢复唐室为说辞。皇帝是个英明雄杰而不随和的人，朱全忠正进行讨伐西面敌人的事，担心宫中发生变故，因而加害皇帝以断绝他人的指望。皇帝自从离开长安以后，每天都担心发生不测之事，和皇后、宫人只是陷溺在饮酒中以宽慰自己。当月十一日这天，朱全忠指令判官李振从河中来到洛阳，和朱友恭等人一起商量这件事。当夜二更，蒋玄晖挑选龙武军军官史太等一百名士兵敲内宫的门，说军队有紧急情况要当面奏明皇上。宫门打开之后，蒋玄晖每道门留下十名兵卒。来到椒殿院，贞一夫人打开门键，对蒋玄晖说“：有紧急奏报不应当带兵来。”史太抓住贞一夫人就杀了，急忙来到殿下。蒋玄晖问“：皇上在哪里？”昭仪李渐荣来到轩前对蒋玄晖说：“院使不要伤害皇上，宁可杀了我们这些人。”皇帝正喝醉了，一听到这话立即起来。史太持剑进入椒殿，皇帝只穿着单衣绕着屋柱逃跑，史太追上去杀死了他。李渐荣用身体护着皇帝，也被史太杀死了。又抓住何皇后，要杀害她。何皇后向蒋玄晖哀求，蒋玄晖因为朱全忠只命令杀死皇帝，便放了何皇后而离去了。皇帝死时三十八岁，群臣敬奉谥号为圣穆景文孝皇帝，庙号昭宗。天..二年(905)二月二十日安葬于和陵。