王敦字处仲，是司徒王导的堂兄。他父亲王基，官至治书侍御史。王敦年少时生有一双奇眼，娶晋武帝的女儿襄城公主为妻，授官为驸马都尉和太子舍人。当时王恺、石崇以攀比豪奢为荣。一次，王恺设置酒席，王敦、王导都在坐，有个艺妓吹竹笛，稍稍走调，王恺便将其殴打致死，满座宾客动容，唯独王敦神色如故。又一天，他再次造访王恺，王恺让美人行酒，客人如果饮酒不尽，就杀死美人。酒行到王敦、王导面前，王敦故意不拿酒杯，美人悲伤恐惧，面容失色，可王敦依旧若无其事。王导平素不饮酒，但担心美人因此遭罪，便勉强饮干一杯。王导回家以后，叹息说：“处仲如果身当要职，而又心怀残忍，是不会有善终的。”洗马潘滔看了王敦的双眼后说：“处仲已露出蜂目，但豺狼的声音还未发出，如果不吃人，也终会被别人所吃。”太子被贬迁许昌时，诏令东宫属官不得相送。王敦同洗马江统、潘滔，舍人杜蕤、鲁瑶等，不顾禁令，在路旁流泪遥拜，受到当时议论者的称赞。不久，又升为给事黄门侍郎。
赵王司马伦篡位时，王敦的叔父王彦是兖州的刺史，司马伦命令王敦前去慰劳王彦部众。正巧碰上诸王兴起义兵，王彦也接到了齐王司马礒的檄文。但因害怕司马伦的兵力强大，一时不敢响应。王敦劝导王彦起兵响应诸王，结果王彦因此建立功勋。晋惠帝反正，王敦被升迁为散骑常侍、左卫将军、大鸿胪、侍中，出任广武将军、青州刺史。
永嘉初年(307)，王敦被征召为中书监。当时天下大乱，王敦把随公主过来的百余婢女全部配给将士，把金银宝物散给众人，单车回到洛陽。东海王司马越从荥陽来朝拜，王敦对他的亲信说：“如今天下大权集于太傅一身，可是选拔人才、上表奏章，尚书还是沿用旧裁决，现在太傅来到，必定会进行诛罚。”不久，司马越便逮捕并杀掉了中书令缪播等十余人。司马越让王敦担任扬州刺史，潘滔劝谏说：“如今把处仲放任到都城之外，使他肆意发展豪纵之心，这是自招灾祸。”司马越没有听从。
以后又征拜王敦为尚书，没有就职。晋元帝诏他作安东军谘祭酒。恰巧碰上扬州刺史刘陶死了，惠帝又授王敦为扬州刺史，加封广武将军。不久，又晋升为左将军、都督征讨诸军事、假节。元帝初镇江东，威名未振，王敦与堂弟王导等同心拥戴，促成中兴事业。时人评价说：“王与马，共天下。”不久，又与甘卓等讨伐江州刺史华轶，并斩杀了他。
蜀地贼寇杜..作乱，荆州刺史周岂页败退逃走。王敦派遣武昌太守陶侃、豫章太守周访等讨伐杜..，自己进驻豫章，作各军的后援。陶侃大破杜..，王敦便上表提拔陶侃作荆州刺史。不久，陶侃又被杜..部将杜曾打败，王敦因为处理指挥失误，便自贬为广武将军，元帝不许。陶侃消灭杜..，王敦因为是元帅，晋升为镇东大将军、开府仪同三司，加封都督江、扬、荆、湘、交广六州诸军事、江州刺史，封为汉安侯。从此，王敦开始自己选拔设置官吏，兼统州郡。不久，杜..部将杜弘南逃广州，请求讨伐桂林乱贼将功折罪，王敦答应了他。陶侃进行阻击，杜弘无法前进，于是便投降零陵太守尹奉，尹奉将他送给王敦，王敦让他作将，不久便受到宠信。南康人何钦占据险固之地，聚众数千人，王敦加封他四品将军，从此，王敦专权的迹象逐渐彰明了。
建武初年(317)，王敦又升迁为征南大将军，仍保留开府仪同三司的官职。东晋新朝初建，又拜侍中、大将军、江州牧。他派遣部将朱轨、赵诱讨伐杜曾，被杜曾斩杀，王敦又自贬，免除侍中，并辞去江州牧一职。不久，又加封为荆州牧，王敦上疏说：
“从前汉高祖以神武革命，开创帝业。文帝以贤慈继承在后，继承洪业，倡导清静无为，业绩可比于西周成王康王。贾谊作文章叹息，以为天下在倒悬之中，虽言有褒贬抑扬，但不失事体。今圣朝初建，百业待振，过去段匹石单派使者请求向朝廷报效忠节，还没有功劳，便把一州土地交给他。现今，靳明等为国雪耻，要除掉大逆，这类志向，都是想附翼圣朝，鹏程远举。虽然功大应该得到奖掖，但也应该有所限制，以防微杜渐，一开始就要慎之又慎。假如中途愿望不能实现，就滋生事端，这都不是忠义之士，而是要博取一朝的恩荣。天下逐渐兴起弊端，根源就在这里。春秋时代，天子微弱，诸侯奢侈，晋文公想推崇周室，以至于有求隧之请；周襄王以礼相让，闻义而服，自此诸侯没有人敢超越制度。臣以为当前大敌未灭，为了暂时应急，朝廷便增置诸多嘉奖，封官晋爵多有重叠。现在从臣以下，应该都废除，一则断绝群小矜功自恃的奢望，再则平伏夷狄多欲之心。若再三拖延，顺合适应小人的心愿，便会使奸妄小人生出异心，群臣之间互相埋怨，指责朝廷，谗谀之言蜂起，臣可以推断，到时陛下就难以纠正了，这是安危的关键，普天下的心愿。
“臣门户特受恩荣，备兼重权，赐恩偏重，超过公族。这种情形，就是一般士民也认为不可，我岂独能安心处之。假如我们一家耽误了陛下，国家倾覆便会随之而来，到时就是焚身剖心，陛下又哪里来得及追悔呢？希望陛下体察我的忠心，借此机会，减少我的官爵，授予贤俊之人，使有识人士稍得安慰，以便于各尽所能，这样人人都会受到鼓励。州牧之号，实不敢当，连同侍中貂蝉一并奉回。同时，我建议朝廷并官减职，以此堵塞小人的非分之想。”
元帝诏令不许。王敦再次坚辞州牧。元帝听任他做刺史。
当时刘隗当权，对王氏家族很疏淡，王导等人很不平。王敦上书言志(疏文略)，奏表到了朝廷，王导封好后还给王敦，王敦又派人呈上奏表。
起初，王敦刻意进取，崇尚清谈，口不言财色。既素有重名，又在江左建立大功，便专擅地方军政大权，手握重兵，从官都已显贵，威权无人可比。于是便想在朝廷专权，有了篡逆之心。元帝对他又怕又恨，便将刘隗、刁协引为心腹。王敦更加不平，从此双方的猜疑产生了。每次喝酒以后，就吟诵魏武帝曹操的乐府歌：“老骥伏枥，志在千里。烈士暮年，壮心不已。”用玉如意敲打唾壶为节拍，壶边被敲得尽是缺口。后来湘州刺史甘卓被迁到梁州，王敦想让从事中郎陈颁代替甘卓，元帝不答应，更让谯王司马承镇湘州。王敦又上表陈述古今忠臣总被君王怀疑，而苍蝇般的小人在中间挑拨是非，他想以此感动元帝，元帝却更加忌讳他。不久，元帝为王敦加羽葆鼓吹，官府中增加从事中郎、掾属、舍人各二人。元帝命刘隗为镇北将军，戴若思为征西将军，征调扬州奴为兵，打着外讨胡人的旗号，实际上是防御王敦。
永昌元年(322)，王敦率军向京师进发，以诛刘隗为名，上疏说：
“刘隗以前在门下任职，奸佞谄媚，谄陷忠良，迷惑圣上耳目，以至身居要职宠位，扰乱常规纲纪，肆意作威作福，使有志之士不敢开口。大兴劳役，騷扰百姓；向外假口征讨胡人，对内大肆培植亲信；超越制度，以黄门侍郎散骑常侍为参军，这是魏晋以来，还未有过的事情，倾尽柄库资藏，损公肥私；赋税不均，百姓嗟怨，私免良人家奴，散布个人恩惠，大田本可充国家仓库，现在被他割配，充实了刘隗军。我从前请求迎接诸将妻子儿子，圣恩听许，可刘隗拒绝，使三军将士莫不怨愤。再者徐州流民辛苦多年，家计始立，刘隗全部驱逐他们，从中获利，充实私人库府。当陛下创业之初，士人投靠王官，本因国家有非常之喜庆愿蒙荣恩，而刘隗按旧名册让他们充征役。流民客户，经年历代，或灭亡死绝，或用钱自赎，或被放逐，或是父母时的事与本人无涉，而罪名却加到了主人头上，百姓哀愤，怨声盈路。他想北渡降敌，打着远离朝廷的旗号，事实上他密知国家机要，驻军险要之地，升迁属官，随心所欲，奸诈贪婪，无与伦比，就是魏无忌、太宰喜否、弘恭、石显，也不能与之相比，因而，远近愤慨，人民失望。
“臣充国家宰辅之位，与国家共存亡，诚然缺乏陈平、周勃式的济世方略，可是自己不顾鲁钝，志在保存社稷，哪能坐视成败，使圣上蒙受损失呢？事不得已，今才进军京师，共同讨伐奸孽，希望陛下细察明究，速斩刘隗首级，那么就是众望所归，皇业复兴有望了。刘隗的首级早上挂出，诸军晚上退兵。从前商朝太甲不遵守商汤王的制度，险些被颠覆，幸好采纳了伊尹的方略，殷商才又复兴。汉武帝雄才大略，也被江充的谗佞邪说迷惑过，以至父子相残，流血染红土地，但最终却能醒悟，不失大纲。今日之事，有过于此，希望陛下三思，听取正确的意见，这样，便能使四海安泰，社稷永固。”
又说：
“陛下从前镇守扬州，虚心下士，选贤任能，宽厚得众，所以君子尽心，小人尽力。再加之我才微质陋，但却能竭忠尽智，奉献谋略，因此远近望风而归，有识之士竭诚效力，王业也由此兴盛，新朝得以兴建，四海人民都翘首盼望天下太平。
“自从陛下宠信刘隗以来，刑罚失度，街谈巷议，都说国家像东吴将要灭亡的时候。听到这些话让人惶恐迷惑，精魂飞散，不觉胸臆摧破，泣血横流。陛下应当为保全祖宗基业、保存国家神器着想，细察我前后的上奏疏文，怎么会抛弃忽视忠言，而去相信奸邪呢，如此，谁不痛心呢！希望陛下拿出奏表，征询朝臣的意见。危机已著，应早作决断，这样也好让各路兵马早还，不致虚扰京都。”
王敦的同党吴兴人沈充起兵响应王敦。王敦到芜湖，又上表陈述刁协的罪状。元帝大怒，下诏书说：“王敦凭恃宠信，竟猖狂叛逆，如今我好比太甲，行将被他幽闭。是可忍，孰不可忍也！现在我亲率六军，讨伐叛逆，有杀死王敦的，封五千户侯。”召集戴若思、刘隗会师京都。王敦哥哥王含当时作光禄勋，叛逃投奔王敦。
王敦到达石头城，想进攻刘隗，他的部将杜弘说：“刘隗的敢死队众多，不容易攻克，不如先进攻石头城。周札刻薄少恩，兵士不为他效命，进攻他必胜。周札败了，刘隗就会逃走。”王敦采纳了这个意见。周札果然大开城门接纳杜弘。其他将领同王敦交战，王师被打败。进了石头城以后，王敦拥持大军不朝见皇帝，却放纵士兵在城内外劫掠。各级朝官逃散，只有两个侍中伺奉皇帝。元帝脱去战袍，穿上朝服，回头对王敦说：“想得到我的地位只消早说，我可以一个人回到琅王牙，何至于将百姓害得如此困苦！”王敦收捕了周岂页、戴若思，并杀害了他们。元帝只得让王敦作丞相、江州牧，晋爵武昌郡公，封邑万户，并让太常荀崧到王敦那里拜官，又加羽葆鼓吹，王敦假意辞让不受。王敦回军武昌，多害忠良，宠树亲戚，让他哥哥王含做卫将军、都督沔南军事、总领南蛮校尉、荆州刺史，让义陽太守任忄音都督河北诸军事、南中郎将，自己则亲自都督宁、益二州。
元帝死，明帝太宁元年(323)，王敦暗示朝廷征召自己，明帝便亲手写诏书召他，诏文在《明帝纪》。又使兼太常应詹拜授王敦黄钺，班剑武士二十人，奏事不提自己名字，入朝不趋走，带剑穿履上殿。王敦移镇姑孰，明帝派侍中阮孚赏牛酒犒劳，王敦称病不见，派主簿受诏。明帝又以王导作司徒，王敦则自命为扬州牧。
王敦得志之后，暴烈傲慢越加厉害，四方的朝贡多入自己府库存放，将相和地方州牧的任命全都出于他一门之中，迁徙王含为征东将军，都督扬州、江西诸军事，堂弟王舒为荆州牧，王彬为江州牧，王邃为徐州牧。王含字处弘，凶顽刚暴，为时人不齿，只因王敦器重，所以屡升要职。王敦以沈充、钱凤为谋主，诸葛瑶、邓岳、周抚、李恒、谢雍为爪牙。沈充等人都凶险骄恣，助纣为虐，自相残杀，又大举营造府第，侵夺别人田宅，发掘古墓，劫掠行旅商人，离散百姓，举国都知道他们的恶行。王敦的从弟豫章太守王棱，日夜进谏，言辞恳切，惹恼了王敦，便被暗杀了。王敦无子，收养了王含的儿子王应，等到王敦病重，便拜王应为武卫将军作自己的副手。钱凤对王敦说：“倘若命有不测，应该把后事交给王应。”王敦说：“这是非常之事，哪里是常人能担负的！况且王应年少，哪能担得起大事呢？我死之后，不如放兵散伙，归附朝廷，借此保全门户，这才是上计。退回武昌，保持朝贡，收兵自守，这是中计。乘我不在，率领全军进攻都城，万一侥幸成功，这是下计。”钱凤对他的同党说：“主公的下计乃是上策。”于是同沈充谋划商定，等王敦死后发难。
王敦猜忌周札，便将他全族诛灭。常从督冉曾、公乘雄等是明帝的心腹，王敦又杀害了他们。因为从前的卫士还多，便命令削减三分之二。王敦病情加重，诏使侍中陈晷、散骑常侍虞马斐问疾。当时明帝正要讨伐王敦，微服来到芜湖，观察王敦的营垒，又多次派遣大臣问候他的起居情形。同时升迁王含为骠骑大将军、开府仪同三司，王含的儿子王瑜为散骑常侍。
王敦以温峤作丹杨尹，想使他侦察朝廷情形。温峤到达后，一一报告了王敦谋反的策划。明帝想讨伐王敦，但知道人民被他的权势所震慑，就伪称王敦已死，然后下了讨逆的诏书(诏文略)。
王敦病情更加沉重，不能统率三军，便派钱凤、周抚、邓岳等率领三万大军向京师进发。王含对王敦说：“这是我们的家事，我应当出征。”于是便让王含作元帅。钱凤等问王敦说：“事情成功之日，天子还有什么话说？”王敦说：“还没到南郊祭天，怎能称天子？到时只是竭尽所能保护东海王和裴妃即可。”又上疏陈述温峤罪状，并以诛奸臣作为借口。
王含到达江宁，司徒王导写信给他，晓以利害，实施告诫劝降之策(原文略)，王含没有答复。
明帝派中军司马曹浑等在越城向王含进击，打败王含。王敦听说之后，发愤说：“我的兄长只是个老女婢罢了，门户已经衰败！兄弟中文武兼备的，如世将、处季都早死了，如今大势去了。”告诉参军吕宝说：“我将亲自前进。”说着便作要起床的姿势，病体困乏，又倒卧下去。
钱凤等到达京师，在水南驻军。明帝亲自率领六军抵御钱凤，连连战胜。王敦对羊鉴和养子王应说：“我死之后，王应便即位。先设置好朝廷百官，然后再筹划安葬事宜。”起初，王敦才开始发病时，梦见白犬从天而降，下来咬他，又看见刁协乘着轺车指引，怒目相对，命令左右捉拿自己。不久，王敦就死了。终年五十九岁。王应秘不发丧，用席子裹着王敦的尸体，又在外面涂了一层蜡油，就埋在议事厅中，然后同诸葛瑶等人照常纵酒婬乐。
沈充从吴地率领万余军士到了，同王含会合在一起。沈充的司马顾..劝说沈充道：“如今举行大事，可天子已把握住必键，我军已锋挫势摧，军心涣散，稍有动摇犹豫必然招致祸灾。现在如果决破栅塘，用湖水淹没京师，努力发挥水军的战船的功力，这就是兵书所说的不战而屈人之兵，这是上策。借初到的锐气，合东南各军之力，十路兵马俱进，众寡超过一倍，势必摧陷京师，这是中策。转祸为福，因败为胜，召集钱凤来议事，然后乘机斩杀了，再去投降，这是下策。”沈充不能采用这些计策，顾..便出逃投奔吴地了。王含又率大军渡过淮水，被苏峻等迎击打败，沈充也烧营而退。
不久，周光斩杀了钱凤，吴儒斩杀了沈充，首级一齐传到了京师。有司商议说：“王敦叛逆罪恶滔天，他有篡位废君之望，应该依照崔杼、王腸的先例，剖棺戮尸以彰首恶。”于是发穴出尸，焚烧了王敦的衣冠，让他半跪着受刑。王敦、沈充的首级一同悬挂在城南浮桥上，围观者莫不称快、欢呼。王敦首级悬出后，没有人敢来收葬。尚书希阝鉴对明帝说：“从前王莽用头血漆錾车，董卓用肚腹在街市上点灯，王腸活埋人，徐香复焚首。前朝诛杀杨骏等人，都是先用官刑，然后听任人埋葬。《春秋》同意齐襄葬纪侯，魏武帝称赞王修哭袁谭的义举。由此看来，国法加于上，私义行于下。我以为可允许私人收葬，借此弘扬义举。”明帝下诏同意，于是家人便收葬了王敦。王含父子乘着单船投奔荆州刺史王舒，王舒命人将他们沉入江中，其余的党羽都平伏下来了。
王敦眉目疏朗，性情简脱，尤善于评鉴人物，精通《左氏春秋》，口不言财利，尤好清谈，时人不理解他，只有族兄王戎认为他是奇人。战阵指挥，千里之外肃然，但部下多騷乱没有军纪。晋武帝曾召集时贤共论伎艺之事，人人都有论说，只有王敦神情漠然，满脸厌恶。自称善于击鼓，说着便振袖扬袍，音节清韵，神气自得，旁若无人，满座都惊叹其雄迈爽朗。石崇骄奢婬逸，暴殄天物，厕所里常有十多个奴婢侍列，都有姿色。厕所里放置着甲煎粉、沈香汁。有上厕所的，都换新衣服后再出来。客人大多羞于脱衣，可王敦脱掉旧的，穿上新的，面无愧色。奴婢们集在一处说：“此客人必能做贼。”王敦也一度沉溺于女色中，身体拖垮，左右劝止他，他说：“这事很容易。”就打开后阁门。将数十名婢妾一起驱逐出去，各自放归，时人惊叹他异于常人。