慕容垂，字道明，是慕容皇光的第五个儿子。他年幼时聪慧有气度，身高七尺七寸，手垂过膝。慕容皇光非常宠爱他，常常看着他而对几位弟弟说：“这个孩子豁达不拘小节，终究能毁家，也能兴家。”所以，名叫霸，字道业。慕容皇光对他的恩遇超过了世子慕容俊，慕容俊因而愤愤不平。慕容垂因消灭宇文有功，被封为都乡侯。石季龙来侵犯被打败，退兵之后，仍然有兼并的谋图，又派遣部将邓恒率领数万军队驻扎在乐安，作进攻的准备。慕容垂领兵驻扎在徒河，和邓恒相持，邓恒害怕慕容垂而不敢侵犯。慕容垂年轻时喜欢游猎，因为打猎时坠马折断了牙齿。慕容俊僭即王位以后，将慕容垂改名为慕容谷阝..，表面上以敬仰春秋谷阝..为名，而内心实则是厌恶他而改了他的名字。不久，因牵涉到谶书的文字，于是去掉..旁，便以垂为名。
石季龙死后，赵、魏发生内乱，慕容垂对慕容俊说：“到来的好时机容易失去，抓住机会要迅速行动，兼并弱小，讨伐昏乱，现在正是时候。”慕容俊因国内新遭大丧，不允许。慕舆根对慕容俊说：“王子说的话，千载一时，不可失去。”慕容俊任命慕容垂为前锋都督。慕容俊饱克了幽州，准备坑杀投降的士兵，慕容垂规劝说：“正义之师应吊民伐罪，是前代的常典。现刚刚平定中原，应当以恩德去安抚百姓，坑戮的刑罚不能作为王师的先声。”慕容俊听从了他的意见。慕容俊称帝以后，封慕容垂为吴王，并调他镇守信都，以待中、右禁将军身份录留台事，广收东北之利。又任命他为征南将军，荆、兖二州牧，在梁、楚以南很有声誉。接着又升任他为司隶，自伪王公以下没有谁不因为畏惧而不敢正立。当时慕容日韦继承了伪皇帝位，封慕容恪为太宰。慕容恪非常器重慕容垂，经常对慕容日韦说：“吴王具备的将相之才，十倍于我，先帝因为按长幼的次序，将我的地位提到吴王的前面，我死了以后，希望陛下委政于吴王，可以说亲情贤良都兼顾了。”慕容垂在枋头大败桓温以后，威名大振，慕容评十分忌恨他，于是图谋杀害慕容垂。慕容垂害怕祸及自己，与世子慕容全一起逃走投奔了苻坚。
自从慕容恪死后，苻坚就暗暗存有吞并慕容日韦的想法，由于惧怕慕容垂的威名而未敢表露出来。现在听说慕容垂来投靠自己，苻坚非常高兴，亲自到郊外迎接，拉着他的手，礼仪非常隆重。苻坚的宰相王猛忌恨慕容垂的雄才大略，劝苻坚杀害慕容垂。苻坚不仅没有听从，而且任命慕容垂为冠军将军，封他为宾都侯，以华陰五百户为食邑。王猛讨伐洛陽时，让慕容全担任参军。不久，王猛派人对慕容全假传慕容垂的话说：“我已经向东准备回到故国，你可自己设计脱身。”慕容全相信了，于是就去投奔慕容日韦。王猛向苻坚上奏述说慕容全叛逃的情况，慕容垂听到这个消息，非常害怕，也向东逃去，走到蓝田，被追赶的骑兵擒获。苻坚在正殿接见慕容垂，安慰劝勉他说：“卿家国失和，投奔了我，令郎志不忘本，一直怀念故乡。《尚书》不是说过吗：‘父亲是父亲，儿子是儿子，决不相互牵连。’你为何过分忧惧而像这样狼狈呢？”于是恢复了慕容垂的爵位，恩惠礼遇如当初一样。
苻坚俘虏了慕容日韦，慕容垂随苻坚进入邺城，招集本族子侄，看到他们，感到非常悲哀，见到慕容日韦原来的官吏，显得很不高兴。前郎中令高弼私下对慕容垂说：“大王你的资质才能著名当世，遭到无妄之祸，栖伏坎坷，也算是艰难的了啊。上天昭示良机，国运暂归于秦，这就是飞鸿渐进之始，龙将要兴云布雨的时候，希望你用仁慈去抚慰他们。况且，超乎世俗的胆略必定怀念遗留的风俗，如今恰好应当法网疏阔，以弘大蕴含养生之义，接纳旧臣的后代，以建立不世之功。为何要因一时愤怒而抛弃他们呢？我认为大王你不应该这样。”慕容垂采纳了他的意见。慕容垂在苻坚朝中，历任京兆尹，进而封泉州侯，凡是他参加的征战，都建有大功。
苻坚军败于淮南的时候，惟有慕容垂的军队没有损伤。苻坚只带领一千多人马投奔慕容垂，慕容垂的世子慕容宝对慕容垂说：“家亡国破，纲纪废弛，图谶显示的极尊贵贤达的人，应当使中兴之业更昌盛，建立像少康恢复夏朝那样的功业。但时机已来而运气未到，所以藏才不露，等待有利时机。现在苻坚被天弃绝，失去德政，众凶已土崩瓦解，可说是上天创造的好时机，都给了我们。千年难遇的时机，现在却正是时候，应顺从皇天的意旨，乘机取代他。况且建立大功业的人不顾小节，行大仁的人不念小惠。前秦既然废毁了我们的三京，窃取了帝位，仇恨和耻辱之深，没有超过这些的。希望你不要义气用事，受到点小恩惠而忘记了国家大事。掷詂蒲的吉兆已经显示出来了。”慕容垂说：“你说的话是对的，然而他诚心诚意来投靠我，怎么能杀他呢？假若天意要灭他，除去他的机会很多。况且纵然让他回到北边去，再等待他出现失误，这样，既不辜负我一向的心意，又可以用义取得天下。”慕容垂的弟弟慕容德进言说：“邻国间相互并吞，自古以来都存在。秦国强大而吞并了燕国，秦国衰败又被消灭，我们杀苻坚是为了报仇雪耻，难道就辜负了一向的心愿吗？当年，邓祁侯不采纳雅甥、聃甥、养甥要杀楚子的意见，最后被楚国所灭，吴王夫差不听伍子胥的劝告，被越王勾践所杀。前事不忘，后事之师。希望你应像商汤王、周武王那样建功立业，不要重蹈韩信失败的覆辙。趁苻坚土崩瓦解的机会，替代上天惩罚他，斩除逆凶，恢复宗祀，建立中兴之功，继承盛大的事业，得天下的重大机会不应当失去。如果放弃数万军队，再给他掌握军队的权力，就是违背天意而等待后害，这不是好计谋啊。古语说：‘当断不断，反受其乱。’希望兄长你不要再犹豫了。”慕容垂说：“我当初被太傅排挤，投身到秦王这里来，又被王猛诬陷，秦王给我洗清冤诬，并且以国士之礼待我，对他的恩德我还未报答。假使秦的国运必定衰败，天数应归我，杀掉苻坚的机会何愁没有呢？关西之地，正好不是我们的，自然有想侵占的人，我可以拱手而定关东。君子不乘乱取利，不先挑起祸乱，可暂且观察事态的变化。”于是把军队交给苻坚。当初，慕容宝在长安，与韩黄、李根等人在一起饮酒赌博，慕容宝正襟危坐，发誓说：“世人都说扌雩..(赌博)能显灵，难道是虚妄的吗？如果我今后能够得到富贵，就连续得三个卢。”于是三次投掷，都得的卢，慕容宝拜而受赐，所以说叫五木之祥。
苻坚到了渑池，慕容垂请求到邺城去祭拜祖先的陵墓，以树立国家的威严刑律，安抚戎狄。苻坚同意了他的请求。权翼进谏说：“慕容垂是武将中的名将，可以说是当今的韩信和白起，实为中国东部的豪杰，他的志向是不愿被人调用。不久前，因为避祸前来投靠，不是仰慕威德而来的，给他分封千座城也不能满足他的要求，冠军的封号难道能使他称心吗？况且，慕容垂像鹰一样，饥饿的时候，就依附人；吃饱了，就向高空飞去。遇到风尘大作的好机会，必定有凌云之志。只应该把绳索拴得更紧，不能够任其所欲。”苻坚不同意这样做，派他的部将李蛮、闵亮、尹国率三千人马送慕容垂，又派石越去守邺城，张蚝去守并州。
当时，苻坚的儿子苻丕已住在邺城，慕容垂到了以后，苻丕让他住到邺西，慕容垂向苻丕陈述了苻坚在淮南战败的情况。正好苻坚的部将苻晖报告说丁零、翟斌召集人马准备进犯洛陽，苻丕对慕容垂说：“翟斌兄弟因为王师小有失败，竟敢放肆猖狂，我这些子弟兵，恐怕难以和他作战，除了冠军你英略过人之外，没有能够消灭他们的。我想拜托你带兵去攻打他们，可以吗？”慕容垂说：“下官我是殿下你的鹰犬，怎敢不唯命是听呢？”于是，苻丕赐给慕容垂很多金银、布帛，慕容垂全部谢绝，只请求归还自己原来的田园。苻丕答应了他的要求，并且调二千士兵给慕容垂，又派他的部将苻飞龙率氐族骑兵一千人作慕容垂的副手。苻丕告诫苻飞龙说：“你是王室的心腹，虽然年龄小，地位低，其实你应是军队的主帅。慕容垂是三军的统领，你应该作为图谋慕容垂的主帅，用兵制胜的权力，防微杜渐的谋略，都委托给你了，希望你尽力去做好。”慕容垂请求进邺城拜祭祖庙，苻丕不允许。于是慕容垂衣内穿铁甲进入邺城，亭吏禁止他到祖庙去，慕容垂大怒，杀了亭吏，焚烧了亭子，愤愤而去。石越对苻丕说：“慕容垂在燕国时，破国乱家，自投奔到我朝以后，受到超过常规的待遇，忽然敢于轻慢和侮辱军事长官，并且杀亭吏，烧亭子，谋反的形迹已经显露，终久会成为祸乱的根由。他现在将领老弱，士兵疲惫，正可袭击而消灭他啊！”苻丕说：“我军在淮南被打败，众散亲离，而慕容垂能侍卫圣上，诚不可忘。”石越说：“慕容垂既然不忠于燕国，难道他肯尽忠于我们吗？况且他是逃亡之人，主上对他宠信如同我朝的旧功臣，他不能铭记恩泽发誓效忠，而首先陰谋作乱，现在不攻打他，必定会成为后患。”苻丕不同意这样做。石越告诉别人说：“苻丕父子好存小仁，不顾天下大计，我们这些人最终将成为鲜卑人的俘虏啊。”
慕容垂到河内以后，杀了苻飞龙和全部氐兵，招募远近的将士，达到三万人。渡河以后，烧毁了桥梁，下令说：“我本来在外面凭借秦的旗号，而实际则在谋划着自己国家的复兴。对于不遵守法度者，军队有法规，能坚决执行命令者，奖赏则不超过当天。待天下平定以后，论功封赏爵位，决不相负。”
翟斌听说慕容垂即将渡河，派使者去推举慕容垂为盟主。慕容垂拒绝说：“我们父子投靠秦朝，在危险的时候得到救济，承受主上不世之恩，主上对我们有再生之惠，虽说我们是君臣，但恩义如同父子，怎么可以因出现一点小矛盾，便怀不忠之心呢？我本来是想救豫州，不会和你们在一起，为何到我这里来议论这件事呢？”慕容垂进而想攻占洛陽，所以用臣下的礼节去见苻晖，现在又不能确信翟斌是否真有诚意，所以，用以上这些话拒绝他。慕容垂来到洛陽，苻晖紧闭城门坚守不出，不与慕容垂来住。翟斌又派长史河南的郭通去劝说慕容垂，慕容垂同意了他们的要求。翟斌率领军队和慕容垂相会，并劝慕容垂称帝。慕容垂说：“新兴侯是国家的正统，我的君主。如果以诸君的力量能够平定关东，应当用大义去告诉秦朝，奉迎新兴侯来治理国家。至于当皇帝，则不是我的心愿。”慕容垂和众人商量说：“洛陽四面受敌，北面被黄河所阻，要想控制燕赵，却没有占据有利地势，还不如向北进军，占领邺都，据此而控制天下大势。”大家都认为是这样。于是慕容垂带领军队向东进军，派建威将军王腾在石门搭建浮桥。
当初，慕容垂离开邺都的时候，他的儿子慕容农以及他哥哥的儿子慕容楷、慕容绍，还有他弟弟的儿子慕容宙都被苻丕留在邺都。慕容垂杀了苻飞龙以后，派田生偷偷地告诉慕容农等人，要他们在赵魏地区起兵策应。于是，慕容农、慕容宙逃到列人，慕容楷、慕容绍逃到辟陽，众人都响应他们的号召。慕容农西到上党招请库辱官伟，东到东阿招请乞特归，他们都各带领数万军队到来，共聚众十几万人。苻丕派石越去讨伐慕容农，被慕容农打败，并在阵上杀了石越。
慕容垂率军队到了荥陽以后，于太元八年(383)自称大将军、大都督、燕王，按照皇帝的礼仪行事，改年号为燕元。下令称统府，府中设置田佐，王公以下的人都向慕容垂称臣，凡是他所封拜的，都像诸侯王一样。任命翟斌为建义大将军，封河南王；封翟檀为柱国大将军，弘农王；封他的弟弟慕容德为车骑大将军、范陽王；封他哥哥的儿子慕容楷为征西大将军、太原王。军队共有二十多万人，从石门渡河，长驱直入进攻邺城。慕容农、慕容楷、慕容绍、慕容宙等人率领军队和慕容垂会合。慕容垂立他的儿子慕容宝为燕王太子，封功臣为公、侯、伯、子、男的人共一百多人。
苻丕于是派侍郎姜让对慕容垂说：“去年圣驾失去凭依，你保护銮驾，勤劳王事，赤心高义，超过了先贤。现在你应该遵循以前的作法尽忠贞之节，为何要放弃山一样高的功劳，做这些过分的事情呢？有了过错贵在能改正，这是先贤们都称赞的事情啊。希望你应好好考虑，现在醒悟还不晚。”慕容垂对姜让说：“我受主上的不世之恩，所以想保全他的儿子长乐公，使他带着所有的军队和人员回长安，然后修复燕国宗庙，与秦朝永为友好邻邦，为何你不明白机运，不把邺城还给我们呢？大义能灭亲，哪能只顾义气呢？你们如果执迷不悟，我也准备以兵戎相见。现在事情已成了这个样子，恐怕你一个人请命已办不到了。”姜让高声指责慕容垂说：“将军你不被自己的家国所容，投奔到圣朝来，燕国的尺寸土地难道有将军的份吗？主上在第一次见面时认为你是奇才，主上与将军风范、族类各异，气味不同，同心协力，托以大事，对你的宠爱超过自己的宗族子侄和旧臣，职务与藩王同等，自古以来君臣之间情意深合的，难道有超过这些的吗？正当要将未成年的孤儿托付给将军，授以疆场征战之命，为何王师出现一点挫败，便有了二心？况且你师出无名，终将不会成功，上天要废除的事情，人无法扭转。将军兴起无名之师，想兴办上天所要废除的事，我认为办不到。长乐公是主上的长子，声望和恩德超过周代的唐叔卫叔，担负着守卫陕东的重任，为保卫朝廷的连城，他怎么能束手以百城之地输给将军你呢？大夫为王事效死，国君为社稷捐躯，将军想自毁冠冕，拔除根本，堵塞源泉，自然可以任将军用兵，何必再让我多说呢？但顾念将军以七十高龄，将要把首级悬挂在白旗上，将军原本是超乎世俗的忠臣，忽然变成叛逆的鬼魂，我私下为将军痛心啊！”慕容垂默然不语。慕容垂手下的人劝慕容垂杀掉姜让，慕容垂说：“古时两国交兵，使者往来其间，狗见了主人之外的人总是要狂叫，何必要问罪呢？”于是放姜让归去。
慕容垂给苻坚上表说：“臣下我才能不及古人，招致祸起萧墙，身遭难时，投奔圣朝。陛下像周武王、汉武帝那样施恩于人，卑臣我叨蒙陛下眷顾之恩，使臣位于将军之列，爵位愧在王侯之中，臣发誓尽力献出我的忠诚，常常害怕办不到。去年夏天桓冲前来送死，剿灭桓冲以后，回来又去讨伐郧城，俘获敌人以万计，这实在是陛下神机妙算带来的奇绩，也是愚臣舍生忘死取得的胜利。我正准备到桂州饮马，将旌旗挂到闽会的城头上，不料上天却助凶逆，使陛下你大驾班师。陛下单人独马到臣这里来，臣侍奉护卫陛下没有二心，岂但陛下圣明可看出臣的忠心，就是皇天后土也知道这些。臣遵奉陛下的命令北巡，却受到长乐公制约。然而苻丕对外失去民心，对内多怀猜忌，让臣住到城外，不让臣进城拜谒祖庙。当时，逆贼丁零侵犯豫州，苻丕强迫臣一人前去讨伐，限定了出师的日程，只给臣老弱士兵二千人，并且都无兵器，接着又派苻飞龙暗中当刺客。到了洛陽以后，平原公苻晖又不信任和接纳臣。臣私下考虑：进，我没有淮陰侯韩信的功高逼主的忧虑；退，没有李广失利的过失，只害怕受到谗言伤害，以辱自己的清白。丁零及夷夏诸将，因为臣忠于陛下反而被疑，于是推臣为盟主，臣受陛下嘱托，能善始而不能善终，臣哭泣着遥望西京，挥泪进军。军队驻扎在石门，各路人马云集到这里来，不期而至的军兵，即使当年周武王大会诸侯于孟津，汉高祖集各路大军于垓下也不会有如此盛况。臣想让长乐公率众奔赴本国之难，臣当以礼遣送，而他固守匹夫之志，不晓变通之理。臣子慕容农召集旧有人马，用以防备不测，而石越率领邺城的全部人马，轻率地掩杀过来，两军还未对阵，石越已被杀。臣虽然单车独骑，而归顺者云集，这实在是天意，不是臣的能力所能办到的。况且邺城是臣国家的旧都，便应当赠送给我，然后面向西受您的支配，守卫东藩，这样，既显示了陛下对臣的知遇之恩，也成全了愚臣感恩报德之意。现在臣进兵围困邺城，并用天时人事开导他。而苻丕看不清时机和天命，紧闭城门自守，经常出来挑战，兵刃相交，臣常常害怕飞矢误中，伤了陛下的太子。臣的诚心，未上书陛下之前，就控制军队，不敢大举进攻。天命有推移，去来是常事，望陛下明察此理。”
苻坚回信说：“朕以不德，愧承天命，君临万邦，三十年了。远方夷族没有不来朝拜的，只有东南一个小地方，敢于违抗王命。朕于是统率六师，奉天命而惩罚逆凶，不料，天意不祥，导致王师溃败。全赖你一片忠心，辅佐护卫我，国家不亡，你出了大力啊。《诗经》上说：‘中心藏之，何日忘之。’正准备任用你为宰相，封你为君侯，希望能广泛救助，使国家解脱危难，同时报答你建立的功业，何曾想到伯夷忽然自毁冰操，柳下惠忽然成为婬夫！看了你的奏表，真替你惋惜，使我在朝臣面前感到惭愧。当初，你不被本朝所容，单人匹马投靠于朕，朕对你十分宠爱，授你以将位，待你为上宾，用你如旧臣，爵位和朕的功臣一样，我们曾盟誓，同心协力，肝胆相照。朕以为你能食椹怀音，一直保持到老。哪想到蓄了水而翻了船，饲养野兽反受其害，悔之已晚，将何所及！你用荒诞的言论骇人听闻，夸大自己的力量超出常规，周武王的事，难道是你这个庸人可以议论的吗？出笼的鸟，不是罗网能羁绊得住的；脱网的鲸，不是用网可以制服得了的！举足跳跃，放任情怀，何须告知，念你垂暮之人，老了成为逆贼，活着是个叛臣，死后成为逆鬼，嚣张气焰在陰曹地府都能显现，生人和死人都要受你的毒害，中原儿女，该是如何痛惜！朕的命运兴衰，哪能由你决定呢？但长乐公、平原公都很年轻，在邺城和洛陽遇到你，朕忧虑他们的谋划不称朕的心，所遗憾的仅此而已。”
慕容垂攻下了邺城的外城，苻丕固守中城，慕容垂派军队围绕中城挖深沟包围了中城，将年老体弱的分派到魏郡、肥乡，又筑新兴城以屯积粮草兵器，引漳河水灌邺城内城。
翟斌私下暗示丁零和西人，让他们向慕容垂请求让翟斌当尚书令。慕容垂询问诸位大臣，安乐将军封衡面色严厉地说：“马能行千里，却不能免于被套上笼头拴上绊索，说明畜牲不能用人的方法去驾驭它。翟斌这个戎狄小人，遇到好的机会，兄弟被封为王，自..兜以来，叛逆者还没有这种福气。福禄太多而不知止，又有这种要求，他已神经错乱，一年之内，他必定灭亡。”慕容垂仍然克制忍耐，宽容了他，下令说：“翟王的功劳应居首相之位，但既然拜相台还没有建起来，这个官位就不能马上设置。等到天下统一了，再议这件事。”翟斌大怒，秘密约应苻丕，偷偷地派丁零去挖决堤防将水放掉，事情败露以后，慕容垂杀了翟斌。翟斌哥哥的儿子翟真率领他的部下向北逃到邯郸，带兵向邺城进发，想与苻丕形成里应外合之势。慕容垂命令他的太子慕容宝、冠军慕容隆领兵打败了他。翟真从邯郸向北逃走，慕容垂又派慕容楷率骑兵追赶他，两军战于下邑，慕容楷被翟真打败，翟真于是在承营屯兵。慕容垂对诸将说：“苻丕已是穷寇，必定死守，不会投降。丁零这个叛贼，是我的心腹大患，我想将军队驻扎到新城，放开道路，让苻丕逃走，进可以报秦主往日的恩惠，退为攻击翟真作好周密准备。”于是率军队离开邺城，向北驻扎到新城。慕容农在黄泥攻击翟嵩，并打败了他。慕容垂对范陽王慕容德说：“我有意放苻丕逃去，他不去，欲引晋军来加强邺城的防守，我们不能不管。”于是又领兵进攻邺城，并放开一条让苻丕西奔的道路。
慕容垂准备在中山建立国都，慕容农率领数万人迎接他。群臣听说慕容日韦已被苻坚杀了，都劝慕容垂僭即皇帝位。慕容垂因慕容冲已在关中称帝，不同意。
东晋龙骧将军刘牢之率兵救援苻丕，到邺城以后，慕容垂领兵迎战，被打败了，慕容垂撤除了对邺城的包围，退兵驻扎新城。接着慕容垂从新城向北逃走，刘牢之带兵追赶慕容垂，接连几次战斗，慕容垂军都失败了。两军又于五桥泽交战，刘牢之的军队失败，慕容德和慕容隆领兵在五丈桥截击刘牢之，刘牢之驰马跳过五丈涧，正好苻丕带来救兵，刘牢之才幸免于难。
翟真离开承营，领兵驻扎到行唐，翟真的司马鲜于乞杀了翟真和翟氏全族，自立为赵王。承营人又杀了鲜于乞，迎立翟真的堂弟翟成为主，翟真的儿子翟辽逃向黎陽。
高句骊人侵犯辽东，慕容垂的平北将军慕容佐派司马郝景带军队前往救援，被高句骊人打败，于是辽东、玄菟被占领。
建节将军徐岩在武邑反叛，驱逐掠夺了四千余人，向北逃往幽州。慕容垂用快马传达命令给幽州守将平规说：“只可坚守，不要出战，等到消灭丁零以后，我要亲自去讨伐他。”平规违抗命令出城接战，被徐岩打败。徐岩乘胜进入蓟州，抢掠千余户而去，所过之处烧杀抢掠，又占据了令支。
翟成的长史鲜于得斩翟成而投降，慕容垂进入行唐，全部坑杀了翟成的部卒。苻丕放弃了邺城，逃向并州。慕容农攻克了令支，斩杀了徐岩兄弟。进而讨伐高句骊，收复了辽东、玄菟二郡，屯兵龙城。
慕容垂定中山为国都，众幕僚劝他即皇帝位，准备典仪，修建祭拜天地的礼坛。慕容垂听从了他们的劝告。在太元十一年(386)即皇帝位，大赦境内，改元为建兴，设置百官，修缮宗庙社稷，立慕容宝为太子。封左长史库辱官伟、右长史段崇、龙骧将军张崇、中山尹封衡为吏部尚书，封慕容德为侍中、都督中外诸军事、领司隶校尉，封抚军慕容麟为卫大将军，其余的人都被授予不同的官职。慕容垂又追尊自己的母亲兰氏为文昭皇后，迁走慕容皇光的皇后，将兰氏和慕容皇光合葬，让她享受祭奠。博士刘祥、董谧建议说：昔日尧的母妃在帝喾的王妃中只位居第三，并没有因儿子尧显贵而超越正妃姜女原的地位，这说明圣王之道应以公道为先。慕容垂没有听从他们的建议。
慕容垂派征西将军慕容楷、卫军将军慕容麟、镇南将军慕容绍、征虏将军慕容宙等人分别向苻坚的冀州牧苻定、镇东将军苻绍、幽州牧苻谟、镇北将军苻亮进攻。慕容楷给苻定等人写信，晓以祸福利害，苻定等人都投降了。
慕容垂留太子慕容宝守卫中山，然后率领诸将向南进攻翟辽，任命慕容楷为前锋都督。翟辽的部下都是燕赵一带的人，都说：“太原王之子，是我们的父母。”相互约定都来归附慕容垂。翟辽非常害怕，派使者请求投降。慕容垂到了黎陽以后，翟辽脱去上衣，裸露身体前去谢罪，慕容垂好言安抚他。
慕容垂又为太子慕容宝建造承华观，让慕容宝总领尚书正事，大小事情都委托他去办，慕容垂只是总揽大要而已。立他的夫人段氏为皇后。又以慕容宝领侍中、大单于、骠骑大将军、幽州牧。在龙城建留台，封高杨王慕容隆录留台尚书事。慕容日韦及宗族中被苻坚杀害的人，一并招魂祭奠，进行安葬。
清河太守贺耕在定陵聚众反叛，响应南边叛乱的翟辽，慕容农领兵讨伐并杀了贺耕，同时拆毁了定陵城。接着带军队进入邺城，因为邺城太大难以固守，所以在凤陽门大道的东面又建了一座隔城。
尚书郎娄会上书说：“守孝三年，是天下的通行规定，兵荒马乱，往往废除常礼就以权宜的办法取士。人们争相竞争，不以正当手段求取荣升，及至有人身穿孝服，仍参加战争，难道都是忠于国家？其间也有很多是想从中谋取利益的。圣君设置教化，不因国家动荡变乱而改变制度，不因出现丧乱而改变风化，所以能杜绝强横竞争之门，阻塞奔波追逐之路。陛下时逢百代君王的末期，开拓中兴之业，天下逐渐平定，兵革将要停息，实在应当清除一些不正确的做法，遵循旧的规章。官吏遇到大丧，也听任他尽三年守孝之礼，则四面八方的人都受到感化，人们就服从礼制。”慕容垂没有听从。
翟辽死了以后，他的儿子翟钊代他而立，带兵攻逼邺城，慕容农击败并赶走了他。慕容垂率军队在滑台讨伐翟钊，驻扎在黎陽津，翟钊在河南岸拒守，诸位将领怕翟钊的兵精将勇，都劝谏不宜渡河。慕容垂笑笑说：“小子能有什么作为，我今天为你们杀了他。”于是移营到西津，造牛皮船一百多艘，船上装载疑兵兵器，沿河流而上。翟钊先用主要力量备守黎陽，看到慕容垂的军队向西津而去，于是离开营地向西去拒敌。慕容垂暗暗派桂林王慕容镇、骠骑将军慕容国在黎陽津夜渡，在河的南岸扎营。翟钊听到这个消息马上带军回救黎陽，士兵非常疲惫和饥渴，逃回滑台，翟钊带领妻子儿女率领数百人马向北奔赴白鹿山。慕容农追赶他，俘虏了他的全部人马，只有翟钊一人逃到长子。翟钊所管辖的七郡共三万八千户都安定如常。慕容垂将徐州七千多户流人迁到黎陽。
慕容垂和大家商议准备征伐长子。诸将都劝他不要出征，因为慕容永还没有失败的迹兆，再加上连年征战，士兵疲怠，请求等待他年再出兵。慕容垂正想同意，但听到慕容德的计谋以后，笑着说：“我的计策已决定了。况且我已经老了，掏出口袋底里的智慧，还足以战胜他，不想留下逆贼去连累子孙。”于是发兵七万，派丹杨王慕容瓒、龙骧将军张崇到晋陽去攻打慕容永的弟弟慕容支。慕容永派他的部将刁云、慕容钟率五万军队驻扎在潞川。慕容垂派慕容楷从滏口出兵，又派慕容农带兵进入壶关，慕容垂自己领兵驻扎在邺城的西南，一个多月仍停兵未进。慕容永认为慕容垂可能用诡诈之道讨伐他，于是，统率诸军在太行、轵关设防。慕容垂领兵进入天井关，到了壶壁。慕容永率精兵五万前来迎战，依仗河曲扎营自守，派遣使者前去下战书。慕容垂在壶壁以南列阵，慕容农、慕容楷领兵为两翼，慕容国带兵在山沟里设下埋伏，然后和慕容永交战。两军对阵，慕容垂领兵假装败却，慕容永带兵追了几里路，慕容国带领伏兵突然出击，切断了慕容永的后路，慕容楷、慕容农从两边掩杀过来，慕容永的军队大败，被斩首八千余人，慕容永逃回长子。慕容瓒攻克了晋陽。慕容垂进而包围长子，慕容永的部将贾韬等人背叛了他，并作为内应。慕容垂的军队攻入长子城，慕容永逃向北门，被慕容垂的先头部队擒获，慕容垂历数他的罪状之后杀了他，同时被杀的还有慕容永手下的公卿刁云等三十多人。慕容永所统辖新旧八郡共七万六千八百户及他的车子、衣服、伎乐、珍宝等都被慕容垂所得，于是众多的东西都齐全了。
慕容垂命令慕容农去攻占河南，占领了廪丘、陽城，太行、琅王牙诸郡的守将都抛弃城市逃散了。慕容农又攻占了临海，委任郡守以后，领兵回朝。慕容垂在龙城的祖庙里宣告战争的胜利。
慕容垂派太子慕容宝以及慕容农与慕容麟等人率八万大军讨伐魏国，又派慕容德、慕容绍带领步兵、骑兵共一万八千人为慕容宝的后续部队。魏国听说慕容宝将要到来，迁移到河西。慕容宝领兵到河岸，心中害怕，不敢渡河。退回驻扎在参合，忽然出现了大风黑气，形状像堤防，时高时低，覆盖在军营之上。僧人支昙猛对慕容宝说：“大风云气来得突然而猛烈，是魏军将要到来的征候，应该调兵抵挡它。”慕容宝笑笑，没有采纳他的建议。支昙猛坚持自己的意见，于是派慕容麟率领三万多骑兵为后队，以防非常事变。慕容麟以为支昙猛说的是假话，就纵骑游猎，不一会，黄雾笼罩四野，日月失色，当夜魏军掩杀过来，慕容宝的军队溃不成军。慕容宝和慕容德等人带领数千人马冲出重围逃去，才幸免于难，士兵生还者只有十分之一二，慕容绍死于乱军之中。当初，慕容宝到幽州的时候，所乘车的车轴无故折断。术士靳安认为这是凶兆，坚决劝慕容宝回军，慕容宝大怒，不听从靳安的劝告，所以落得惨败。
慕容宝对参合的失败非常遗憾，多次说魏国有可乘之机。慕容德也说：“魏国人倚仗参合之战取得的胜利，大有欺侮太子的意图，应当定下高明的策略，以灭他们的锐气。”慕容垂同意了慕容德的意见，留慕容德守卫中山，亲自率大军从参合出发，凿山开路，驻扎在猎岭。派慕容宝与慕容农带兵出天门，派征北将军慕容隆、征西将军慕容盛带兵翻过青山，在平城袭击魏国陈留公泥，并攻陷了平城，将三万多魏人带回国。
慕容垂回军来到参合，看见往年打仗的地方尸骨堆积如山，设祭凭吊，死者的父兄同时号哭，军士极度悲痛。慕容垂羞愧愤闷而吐血，因而病倒了，只得坐着马车前进。走过平城以北三十里病情加重，修筑燕昌城而回。慕容宝等人到了云中，听到慕容垂病重的消息，都领兵而回。慕容垂到平城以后，有叛逃的人前去告诉魏国人说：“慕容垂害病已死，装尸的车就在军中。”魏国人又听到参合传来的惊天动地的哭声，就以为果真如此，于是派兵追赶，得知平城已被占领，才不再追赶，退兵住在陰山。慕容垂到了上谷的沮陽，于太元二十一年(396)去世，当时他七十一岁，在位十三年。慕容垂死前留下命令说：“现在祸乱还很多，丧礼要一律从简，早晨死，晚上就停柩，事情完毕就穿孝服，三日以后，脱去孝服，就治理政事。强敌总在寻找时机，希望你们秘密行事，不要发丧，到了京城再举哀办丧事。”慕容宝等人都遵照慕容垂的遗命行事。慕容宝追封慕容垂为成武皇帝，庙号世祖，墓叫宣平陵。