俄人到了来那流域以后，不久就感觉粮食缺乏的大困难。他们从土人听说精奇里河流域产粮甚多，这种传说形容未免过度，好像一到外兴安的山阳就是一片乐地。俄政府于1632年在来那河的中流设立雅库次克城（Yakutsk），派有总管，俄人所谓Voevod。1643年（崇祯末年），总管官彼得果罗文（Peter Golovin）派探险队到精奇里河流域去调查真相。队长是波雅哥夫（Vasili Poyarkof）；队员有喀萨克一百十二名，猎夫十五名，书记二人，引导一人。军器带有大炮一尊，枪每人一杆。他们于是年7月中从雅库次克动身，逆流而上，由来那河入雅尔丹河。11月，未抵河源而河已结冰，不通舟楫。波雅哥夫在河边筑了过冬的土房，留了四十三个队员及辎重，自己遂率领其余队员跋山而南。行了两星期的旱路之后，他们找着精奇里的支河布连塔河（Brinda）。上流仍是一片荒土，到了中流，才发现少数鄂伦春住户，波氏派了七十人到村里去搜粮食。村民起初尚以礼相待；俄人求入村，未蒙允许，就动武了。村民竭力抵抗。到了天黑，俄人空手而归。在饥寒交迫的时候，喀萨克不惜执杀土人或互相残杀以充饥。1644年春，留在山北的队员赶上了，于是合队而行，由精奇里入黑龙江。沿途的土人皆骂他们为食人的野蛮人，有些逃了，有些就地防堵。秋季波氏到了黑龙江口，就在此过冬，强迫奇勒尔供给粮食。
俄人入黑龙江的那一年正是满人入关的那一年。受其扰害的鄂伦春、达呼尔、赫真、飞牙喀及奇勒尔是否曾向其宗主求援，如果求了满人如何处置，这些问题，因为史料的缺乏，无从答复。在入关之初，就是东北边境有警报来，清廷亦无暇顾及。波雅克夫此次的成绩并不好，除了没有发现新乐园以外，他留给土人永不能忘的坏印象。虽然，经过这次的失败，雅库次克的总管知道了传闻的虚实，而波雅克夫仍不失为第一个西洋人入黑龙江者。他在江口过冬以后，由海道北返。几年之内，雅库次克的总管不再费事于南下的企图。
1649年（顺治六年），雅库次克的一个投机的富商哈巴罗甫（Yarka Pavlov Khabarof）呈请总管许他用自己的资本组织远征队到黑龙江去。是时俄人已从土人探知由鄂列克玛河的路比由雅尔丹河的路容易。总管佛兰士伯克甫（Franzbekof）对此事虽不甚热心，但哈巴罗甫的提议既无须政府出资，万一成功，政府反可借私人的力量收征黑龙江流域土人的皮贡，就允许了哈氏的呈请。其实政府的批准不过是一种形式；在呈请之先，哈氏已组织好了远征队，大有必行之势。4月初，他率领队员前进，溯鄂列克玛河直到河源，于是跋山而转入黑龙江的支河乌尔喀（Urka）。此河近额尔必齐，惟稍东。哈巴罗甫到黑龙江的时候，两岸的村落已闻风远逃。哈氏对所遇的少数土人虽竭力巧言诱吸，土人总以喀萨克是食人的一语答之。除在土坑里发现匿埋的粮食外，其余一无所获。虽然，在其给总管的报告书中，哈氏仍夸大黑龙江流域的富庶及积粮之多。他深信有六千兵足以征服全区域，征服之后，雅库次克的粮食问题可得解决，而皮贡的收入可大加增。
哈氏初次的远征虽无直接的成绩可言，他确信亲自到了黑龙江，知道了当地的实在情形。他决志组织第二远征队并改良行军的方法。1650年的夏季，他就出发，所走的路线大致与第一次相同，这次他行军极图迅速，以免土人的迁徙。在雅克萨附近，他袭击了一个村庄，土人与之相持一下午，终究弓箭不抵枪炮，雅克萨遂为所占。土人乘夜携带家眷牲口逃避，哈氏即夜派一百三十五人去追截。次晨就赶上了，一战之后，喀萨克夺了一百一十七只牲口，高兴的返归雅克萨。哈氏在雅克萨建筑了防守的土垒，留下了少数的驻防队，自己遂率领其余队员及枪炮，乘用冰车驶往下流。十天之后，于11月24日他遇着使马的鄂伦春。此处也是弓箭不抵枪炮，一时土人惟有屈服，遵命贡送貂皮。哈氏的投机总算得了相当的收获，于是回雅喀萨过冬。
次年6月2日，哈氏带着三百余名喀萨克，配齐枪炮，出发往下流去。此次要求迅速，以图攻人之不备。正队以前，他预备了八只小船以充先锋。连行四日不见人烟，沿岸的村落皆迁徙一空。第四日晚间，在黑龙江折南的角段发现尚未迁徙的吉瓜托村（Guigudar）。此处居民约有一千，并有五十名八旗马队适在该处收征贡物。我国的记载全不提及，故其虚实难明。哈氏乘夜进攻。据俄人的记载，交火之初，满人就逃了。次晨村落失守，土人欲逃不能。死于炮火之下者约六百六十人，女人被掳者二百四十三，小孩一百一十八，马二百三十七，其他牲口一百一十三。俄人死四名，伤四十名。哈氏的得意可想而知，可惜我方关于此事全无纪录以资对证。
哈巴罗甫在吉瓜托村约留了六星期。他派出的调查队均说直到精奇里河口，土人早已迁徙，惟闻在河口尚有未迁徙的村落。哈氏乘坐小船赶到现在瑷珲城左右，土人事先全无所知，既不能逃，又不能战，大部分都成俘虏。哈氏命土人的长老召集会议。到会者三百多人，均说刚向中国皇帝进了贡，余存无几，一时只能奉送貂皮六十张，以后当陆续补送，哈氏令土人以貂皮赎俘虏。他的投资又得着红利了。土人竭力应酬他，好像他们已甘心投顺喀萨克。但9月3日全村忽迁徙一空，仅留下两个当质者及两个老女人。此举给哈氏一个很大的打击。他原拟在此过冬，不料周围忽然变为全无人烟之地。他们把四个未逃的土人付之火中，遂开拔向下流去了。
9月29日，哈氏行抵乌苏里江与黑龙江合流之处。此地现有哈巴罗甫城，即纪念哈氏之功绩者，我方命名伯力。哈氏在此建筑土垒，准备过冬。赫真人表示和好，因之哈氏不为设防，时常派遣队员出外捕鱼。10月8日，赫真人忽乘虚进攻。相持之际，适外出的队员归来，加之军器相差太远，赫真人大受挫败。从此喀萨克作了当地的主人翁。
按俄国的纪载，黑龙江的土人受了两年的扰害之后，均向中国求保护。我方的纪载亦提及此事，但不详细。《平定罗刹方略》说："驻防宁古塔章京海色率所部击之，战于乌扎拉村，稍失利。"俄国方面的纪录说：海色带有二千零二十骑兵。至于战争的经过则各说不一。海色与哈巴罗甫的战争是中、俄初次的交锋。我国史乘从顺治九年起始有"罗刹"之乱之纪载。按"罗刹"这名词是索伦、鄂伦春、达呼尔诸部落给俄人的称呼。这一战，俄国方面的人数至多不过四百人；我方加入战争者必较多，但是否有二千余名，颇难断定。顺治十四年，宁古塔设昂邦章京一员，副都统一员。康熙元年，昂邦章京改为镇守宁古塔将军。十年，宁古塔副都统移驻吉林。十五年，宁古塔将军移驻吉林，而于宁古塔设副都统。从这年起，吉林将军领兵二千五百一十一名，宁古塔副都统领兵一千三百二十名，从此看出我国东北边境驻军首重宁古塔，后移重心于吉林。惟顺治十四年以前，究有兵多少，不容确定。战争的经过，我方的纪录仅说"稍失利"。俄方的纪录则分两说，一说：
1652年3月24日（俄历）黎明，满洲兵到达俄国土垒之前，俄人正在酣睡之中，倘满人不即施放火枪--他们放枪大概是要示威--哈巴罗甫或将不能生还。幸而他被枪声惊醒了，即时设备。满人又把炮安置以后，就向土垒开火。不久打穿一个洞口，冲锋者即向洞口猛进。俄人火速在洞口之后安置一炮，向冲锋者开放极有效力的弹子，冲锋者因此止住了。而一百五十名俄人从营垒冲出来，以短兵相接。他们从满人夺取了两尊太近的炮。满人的火枪大半被毁之后，俄人就成了战场的主人翁。除上文所说的两尊炮外，俄人尚得着十七杆火枪，八面旗帜，八百三十匹马及几个俘虏。满兵死者听说有六百七十六人遗留在战场之上，俄人仅死十名，伤七十名。
另一说则谓：
交锋之初，中国人得了胜利，一时好像他们能把俄国营垒攻下来。后不知因何原故--或者因为中国的主将过于自信，或者因为他遵守训令--在俄人受迫最紧急的时簇，他忽然下令，要他的兵士不杀也不伤喀萨克，只活拿过来。这一战的最要关键即在此。俄人了解这种形势之后，决志不被活拿。于是一面宣誓，一面冲锋，步步的把中国人赶退了。一个军队不能一面受敌人之火，一面又被禁还火，而保持其地位。中国兵从此丧失战斗精神，向后退避，留下十七杆枪，二尊炮，八面旗帜，八百三十匹马及许多粮食。俄人死十名，伤七十八名。哈巴罗甫从土人--不可靠的来源--听说中国兵死了六百七十六名。
这一战，中国确是败了，但先胜而后败。致败之由，除策略或有关系外，尚因军器不及敌人。至于战败的程度很难说了。此战以后，俄国方面的报告多说喀萨克一听见某处有中国兵，就戒严不敢前进，而且从这时起土人又敢抵抗了。
顺治九年，乌扎拉之战以后，哈巴罗甫率领全队逆流而上，途中遇着雅库次克总管派来的补充队，共计一百一十七名喀萨克及军需。8月，在精奇里河口附近，队员内哄，致分为二队，一队二百一十二人仍服从哈氏，另一队一百三十六人则自树一旗，从此黑龙江上下有二队喀萨克游行抢掠。以往哈巴罗甫及雅库次克总管给马斯哥的报告已引起俄国政府相当的注意和热心，当时拟派兵三千前来黑龙江，以图永久占领。同时，俄国政府对喀萨克的暴行亦有所闻，遂决定先派小援队并调查实况。十年，援队抵黑龙江以后，哈氏返俄复命，但一去未回，他从此就离开历史舞台了。俄国政府亦未实行大队远征的计划。
哈巴罗甫的继任者是斯德班乐甫（Onufria Stepanov）。斯氏于顺治十一年（1654年）的春天进松花江，5月24日遇着中国军队。喀萨克自己的纪录说他们火药用尽，故就退了。虽然，退的时候，喀萨克心志慌乱，大有草木皆兵之势。从松花江一直退到呼玛尔河口，就此筑垒防御。我国军队也追到这地。顺治十二年春，遂围呼玛尔营垒，经三星期之久，无功而返。《平定罗刹方略》说："十二年，尚书都统明安达礼自京率师往讨，进抵呼玛尔诸处，攻其城，颇有斩获，旋以饷匮班师。""晌匮"是很自然的，因为经过罗刹数年扰乱之后，地方居民已经迁徙他处；且清廷又令土人行清野之法，使罗刹不能就地筹饷，而呼玛尔偏北，路途甚远。这是当时在东北行军最大的困准。
顺治十三年及十四年，斯德班乐甫多半的时候在黑龙江的下流，松花江口以东。"十四年，镇守宁古塔昂邦章京沙尔呼达败之于尚坚乌黑；十五年，复败之于松花、库尔翰两江之间。"十四年的战争，俄国方面没有纪载，尚坚乌黑不知在何处。十五年（1658年）的战争，俄国的纪录也甚简略，但其结果则言之甚详。战后，斯德班乐甫及二百七十名队员不知下落，余二百二十名逃散了。我方所得的俘虏和上次在呼玛尔所得的俘虏均安置于北京的东北隅，斯氏是否在内，不得而知。此后黑龙江上无整队的罗刹，散队则时见。"十七年（1660年），巴海大败之古法坛村，然皆中道而返，未获剪除，以故罗刹仍出没不时。"虽然，雅库次克总管从此以后不接济，也不闻问黑龙江的罗刹了。
在康熙年间，罗刹来自也尼赛，隶属于也尼赛总管。从顺治九年起，也尼赛的俄人常有小队到拜喀尔湖以东石勒喀河上。顺治十二年（1655年），也尼赛总管巴石哥夫（Pashkof）根据这些私人的报告，呈请俄国政府许他在石勒喀河上设立镇所，以便征服附近的部落。政府批准了他的提议，且即派他为远征队的队长。他于次年7月18日从也尼赛城动身，带有五百六十六人。他由也尼赛河转其支河昂格勒（Angara），在河的上源跋山而入石勒喀河。顺治十四年的春天，他在尼布楚河与石勒喀河会流之处设立尼布楚城，这是俄人经营黑龙江上流的根据地。不久就缺乏粮食和军火，而所派出寻觅斯德班乐甫的探员全无结果。顺治十八年，留了少数驻防队，遂回也尼赛，巴石哥夫所受的艰难未得着相当的收获。
也尼赛总管在黑龙江上流的失望正如十二年以前雅库次克总管在中流及下流的失望。当时雅库次克因失望遂不愿继续进行，于是有私人哈巴罗甫出而投机。也尼赛亦复如此，此地的私人投机者是柴尼郭夫斯奇（Nikifor Chernigovsky）。柴氏是个盗匪头子，因为杀了一个总管官，他遂率领他的绿林同志跋山投雅克萨去逃罪。他在此地重筑土垒，强迫土人交纳贡品，且自行种植粮食，大有久居之意。同时其他喀萨克有在额尔古纳河筑垒收贡者，有在精奇里河上下骚扰者。我国边民亦有逃往尼布楚而投顺于俄国者，其中最著者莫过于根忒木尔。我国屡次索求引渡，俄人始终拒之。因此，在康熙年间中、俄的关系更趋紧张。
康熙帝原来不想以武力解决罗刹问题。他屡次派人到雅克萨、尼布楚去送信，令俄人退去。同时俄国政府从顺治十二年到康熙十六年亦屡次派使到北京来交涉，因路途相隔之远，文书翻译的困难，罗刹之不听政府命令，及中国在邦交上之坚持上国的地位，凡此种种均使外交的解决不得成功。（战前及战后的外交留待下节叙述，本节限于军事的冲突。）等到三藩之乱一平定了，康熙帝就决定大举北伐。
康熙二十一年（1682年）七月，帝派"副都统郎坦与彭春率官兵往达呼尔索伦，声言捕鹿，因以觇视罗刹情形"。十二月又"命户部尚书伊桑阿赴宁古塔督修战船"。郎坦等的报告以为"攻取罗刹甚易，发兵三千足矣"。康熙帝乃下谕曰：
朕意亦以为然。第兵非善事，宜暂停攻取。调乌拉（吉林）宁古塔兵一千五百名，并置造船舰，发红衣炮、鸟枪及教之演习者。于瑷珲、呼玛尔二处建立木城，与之对垒，相机举行。所需军粮取诸科尔沁十旗、锡伯、乌拉之官屯，约得一万二千石，可支三年。且我兵一至，即行耕种，不致匮乏。
康熙帝在筹划此次征役的时候，最费苦心的莫过于粮食的接济，他以为往年的失败都由饷匮，以致罗刹不能肃清。
二十一年算为觇探敌情之年。二十二年起大事预备，筑瑷珲城为后路大本营，修运船、战船，通驿站，运粮食，调军队，联络喀尔喀的车臣汗，共费了三年。康熙二十四年（1685年）五月二十二日（我国旧历），彭春始带兵抵雅克萨城下。其部队自吉林、宁古塔调去者三千人，自北京调去的上三旗兵一百七十人，自山东等省调去的官一百零五人，兵三百九十五人，自福建调去的藤牌兵三百余人，索伦兵约五百人，总计不过五千人。此外尚有夫役、水手。俄人说此次中国军队有一万八千之多，与实数相差一倍以上。
俄人虽早已知道中国的军事行动，且竭力预防，但等到兵临城下，雅克萨的防守队连商人、猎夫、农民及喀萨克部包括在内，不过四百五十人，不到中国兵数的十分之一！我国军队与外国军队战斗力的比较，从康熙年间到现在，究竟有进步呢，还是有退步呢？彭春第一着发表康熙帝的招抚书：
前屡经遣人移文，命尔等撤回人众，以逋逃归我。数年不报，反深入内地，纵掠民间子女，构乱不休。乃发兵截尔等路，招抚恒滚诸地罗刹，赦而不诛。因尔等仍不去雅克萨，特遣劲旅徂征。以此兵威，何难灭尔。但率土之民，朕无不恻然垂悯，欲其得所，故不忍遽加歼除，反复告诫。尔等欲相安无事，可速回雅库，于彼为界，捕貂收赋，毋复入内地构乱；归我逋逃，我亦归尔逃来之罗刹。果尔，则界上得以贸易，彼此安居，兵戈不兴。倘执迷不悟，仍然拒命，大兵必攻破雅克萨城，歼除尔众矣。
城内的罗刹置之不答。彭春遂开始攻击。
我方关于战争的纪录甚简略：
五月二十三日，分水陆兵为两路，列营夹攻，复移置火器。二十五日黎明，急攻之，城中大惊。罗刹头目额里克舍等势迫，诣军稽颡乞降。于是彭春等复宣谕皇上好生之德，释回罗刹人众。其副头目巴什里等四十人不愿归去，因留之。我属蒙古索伦逃人及被掳者咸加收集，雅克萨城以复。
俄国的纪载大致相同，惟有数点可资补充。第一日的战争结果，俄方死百人。经数日后，教士率居民向总头目官额里克舍拖尔布残（Alexei Tolbusin）要求停战，额里克舍见势已去，遂允所请。他派代表到中国军营议投降条件，所要求者即许俄人携带军器輜重回国。我方接收，事实上有二十五人甘愿留居中国，数目与我方的纪录不同，未知孰是。雅克萨投降的俄人后亦安置于北京城内之东北隅。
罗刹退去以后，中国军队把雅克萨的城垒及房屋全毁了，但四乡的禾苗并未割去，就全军回瑷珲。雅克萨城不但不留防，且未设卡伦；甚至从瑷珲起，全黑龙江上流恢复战前无主的状态。清廷以为罗刹问题完全解决了：足证我国受了四十年的扰害还未认清敌人的性质。
额里克舍的后退全由于势力的单弱。其实在雅克萨战争的时候，也尼赛总管已派有援军在途，共六百人，由普鲁斯人拜丁（Afanei Beiton）率领。额里克舍退出雅克萨后，未满一日，即于途中遇着援军的先锋队百人，带有十足的军器。额里克舍到了尼布楚仅五天，拜丁的大援队也到了。于是也尼赛总管派拜丁额里克舍复整军前往雅克萨。此次他们带了六百七十一人，五尊铜炮，三尊铁炮，均配足火药，后面络续尚有接济。他们到了雅克萨，一面收割四乡的粮食，一面从新建设防具。我国在康熙二十五年二月始得罗刹复来的报告，清廷即命萨布素及郎坦带兵去攻。此次战争较久，较烈。六月，我军抵雅克萨。十月底，俄人防军仅剩一百一十五人，仍不退不降。适俄国政府是时派代表到北京，声明公使在途，要求停战交涉，康熙帝遂下令撤雅克萨之围。中、俄问题从军事移到外交去解决了。