仁宗嘉庆元年，春正月，湖北荆州白莲教匪作乱，命巡抚惠龄剿之。白莲教者奸民，假持斎治病为名，伪造经咒画像，以惑众敛财，安徽刘松为教中领袖，事发被捕，遣戍甘肃。其徒刘之协、宋之清等，分赴川陕、湖北一带布教，久之，党日众，遂倡言劫运将至，以河南鹿邑王发生诡托明裔朱姓，为煽动流俗之计。事觉，皆伏诛，而刘之协乘间逃走，于是有旨大索。川县官奉行不善，逐户搜缉，辗转株连，奸民乘间煽之。而枝江聂杰人、宜都张正谟遂起而作乱，宜昌之长乐、长杨等县匪大起，皆以官逼民反为词，蔓延五省。时国家方以征剿苗匪治军为苦，贵州则石柳邓，湖南则石三保、吴半生、吴陇登、吴八月等。八月虽未久就获，其子廷义、廷礼仍负嵎自若。教匪事起，无兵应调遣，因令就近剿治。 三月，荆州总兵富志耶擒摄杰人于枝江，襄阳人姚之富与教匪齐林之妻王氏复起事。 冬十一月，教匪渡瀼河，逮提督永保治罪，以惠龄总统军事。时苗匪石三保、石柳邓、吴廷义等皆就获，吴陇登投诚。
二年，夏五月，解惠龄任，以陕督宜绵代之，以姚之富、李全、王延诏等，分三股，由白马石抢渡汉江。惠龄既不沿江截杀，又不追剿故也。寻改勒保总统军事。
三年，春二月，逮将军明亮下于狱，以匪首齐王氏窜走渡江，不能拦截故也。 夏六月，禠都统德楞职，以教匪高均德窜入川境故也。寻诸军逼匪三坌河，大破之，齐王氏、姚之富皆坠崖死。 秋七月，参赞勒额登保擒罗其清于方山坪，移师袭冉文俦于通江，斩之，川北两巨股皆平。同时总统勒保，击毙林亮功于梁万间，王三槐投诚，而勒保以生擒奏。三槐解至京，帝亲审讯，三槐有官逼民反之供，帝亦为之恻然。
四年，春正月，授勒保为经略大臣，各路均归节制。时帝知教匪之蔓延皆由统兵大臣承受和珅风旨，专以老师糜饷，杀胁从冒功赏为目的，因赐和珅自尽；以勒保任经略，罢逮失机及肇祸诸臣，分别治罪，更定剿抚方略，下哀痛之诏，行甭野之策，定绿营兵之优恤，开诸贼自新之路，自是大憝伏法，庙谟更新，始渐收讨贼之效。 秋七月，逮经略勒保，以明亮代之。勒保任经略半年馀，安坐达州，不图进取，致教匪取于楚省，日益猖獗。 八月，改命额勒登保为经略，以明亮不胜任故也。寻命尚书那彦城，以钦差大臣赴陕监明亮军，逮治提督庆成、陕抚永保。时三帅不和，师久无功，故有是命。
五年，春三月，内大臣德楞泰大败冉添元于四川之马蹄冈，擒之。添元横行川中，蹂躏数十州县，至是被获。寻又败贼于潼河，歼匪首雷士玉、孙嗣凤、张子璁等。 夏六月，河南布政使马慧裕捕获匪刘之协于叶县，送京师诛之。时甘肃各匪为诸军追遣，局促于汉北，数日灭。刘之协既诛，谕诸道将帅，布告群贼，又御制邪教说，宣示但治从逆，不治从教之旨，剧寇失反侧安，自是大局始稍稍镇定矣。
六年，春二月，陕西提督杨遇春大败贼于西乡之两河口，擒贼目王廷诏等十馀人送京师。时额勒登保经略有方，川陕十馀万贼埽除殆尽，所存者不过二万馀，皆散处边僻。
七年，冬十二月，额勒登保等奏报川陕馀匪肃清。时贼皆败馀，惟茍文明尚存残众二千馀，驰突甘陕。诸军百计剿捕，至七月间，斩文明于秦岭之花石崖。至是首逆已尽，残匪无几，额勒登保乃会同三省督臣，以大功戡定报闻。其馀孽分道埽荡，将及一年有奇，始克肃清。此次军事，阅时九载，糜费达二亿两，甫获葳功。而四川新兵之变，又纷起矣。
十一年，秋七月，陕西宁陕新兵作乱，命领侍卫内大臣德楞泰驰往办理。先是教匪之役，以额兵征发不便之故，各地增设乡勇，谓之新兵，以宁陕粮贵，每兵于例饷外，月给盐米银五钱，定议三年减一钱。时当实行减给之期，布政使朱勋以未奉部文，并四钱亦停发。新兵大哗，遂戕官劫库狱以叛。时提督杨遇春方入都，宁陕总兵杨芳调署提督，闻变，皆驰赴援。 冬十月，宁陕新兵蒲大芳等降。夺德楞泰职，戍杨芳于伊犁。先是川陕军中，二杨齐名，而芳尤得士心。新兵叛，先护送芳家属至石泉，而后举事。至是芳至军，请遇春按兵缓攻，而己单骑入贼垒，说其酋蒲大芳等来降。德楞泰令尽释归伍，而以叛兵震惧，兵威穷蹙乞命奏。帝震怒，责德楞泰专擅废法，夺其职，谓芳平日纵兵酿变，遣戍伊犁。使率降卒出关后，尽诛之。而文吏停饷激变，罪置不问。是役芳以招抚叛军万馀，有奇勋，而反获遣，闻者冤之。未几，遂有四川绥定、陕西西乡两次之兵变，虽不旋踵而定，亦见人心之至不平矣。
十二年，冬十二月，总统浙闽水师提督李长庚，大破海贼蔡牵于南澳洋面。蔡牵遁入安南海，长庚旋中弹死。牵与长庚，同为福建同安人，善捭闻，能用众。先是安南阮光平招纳濒海亡命，资以师船，令劫近海商船，输入其国，以佐国用。光平死，子福映新受中国封，受约束，杜绝海贼，于是艇匪之在闽者悉为牵所并，势甚猖獗，纵横海上七八年。虽数为长庚所败，然前后督臣玉德、阿林保皆满人，忌长庚功，百计掣其肘，故牵每败归后，啸聚转众。十年冬，复以百馀艘犯台湾，又联合土匪万馀攻府城，自称镇海王。翌年二月，长庚以浙师三千馀渡台，水陆并进，五战皆捷，困牵于鹿耳门，计日可擒。而牵散赕四百馀万，赂督标援兵，得以残舰三十馀突围出海。 帝逮治玉德，新督阿林保至，置酒款长庚，从容语之曰：“大海捕鱼，何时入网？海外事无左证，公但斩一酋，以牵首报，某即飞章报捷，而以馀贼归善后办理，则公受上赏，某亦邀次功。孰与穷年冒鲸波，幸万一哉？”长庚慨然曰：“石三保、聂人杰之事，长庚不能为。且久视海舶如庐舍，不畏险也，誓与贼同死，不与贼同生！”阿林保不悦，屡劾之。既不得逞，则屡飞檄趣战，责以逗挠。幕客劝长庚封章以奏，长庚砍舷怒曰：“大丈夫以死报国，不受唾面辱也！”至是整军进。下令皆持短兵，为必死计，与牵太战于黑水洋。牵穷迫仅馀三舟，几被擒者再。其奴林阿小识长庚，由运窗发火枪中长庚，遂死。而福建援将张见陛窥总督意，不战，遽引舟师退，牵得遁走安南。
十四年，秋八月，浙江提督邱良功、福建提督王得禄，合击蔡牵于渔山外洋，破之。牵抽水死，海道肃清。牵闻长庚死，自安南回棹，联合朱𣸣游弋浙海。后𣸣为闽军轰毙，其弟渥率所部降，牵势孤。良功、得禄与长庚，皆柴大纪裨将，誓同生死。及长庚战殁，日夜思为复仇，至是合两省水师击牵于定海之渔山外绿水洋，血战一日夜，毁牵坐船之柁楼。牵知不免，因举炮自裂沈于海，其馀党先后出降，海道乃通。然不出数年，又有天理教匪之乱。
十八年，秋九月，湖南滑县天理教匪聚众作乱，据县城，县令强克捷死之。命直隶总督温承惠为总统驰往剿办。天理教，白莲教之绪馀也，其传习畿南一带者，有八卦、荣华、红阳、白阳诸目。八卦教党徒尤众，遍布直隶、河南、山东、山西等省。以河南滑县李文成、直隶大兴林清炎之魅，更名天理教。文成党数万，最盛，而清密迩宫禁，贿通内侍，外倚文成之众为援。会十六年秋，彗星见西北方，钦天监谓其占主兵，奏改十八年闰八月于次年二月。诸贼遂附会之，以为不利润八月之兆。又以其经中有“二八中秋，黄花落地”之语，乃愈神其说，谓据星象，应在九月十五日午时，将乘帝幸木兰时据京师。滑县令强克捷侦知，密封白抚臣高杞及卫辉府知府郎应骐，请兵掩捕，皆不应。克捷乃捕文成，断其胫，下之狱。其党以事迫，不及待期，遂于是月七日，聚众三千据城叛。戕克捷，出文成于狱，于是直隶之长垣、东明，山东之曹定陶、金乡，同时杀官围城，而曹及定陶皆陷。帝在中途闻变，立命直督温承惠发兵驰剿。 教匪犯禁城，皇次子旻宁御之，败贼中和门外。匪首林清被擒伏诛，滑县群贼以仓卒起事，不及为林清外应，清遂以是月十五日，使其党二百馀由宣武门潜入，抉武器杂酒肆中。日晡时分，犯东西华门，太监刘得才、杨进忠、高广福、关进喜等引之上城，各出白旗招展，或书大明天顺，或书顺天保民，皆以白巾裹首。号呼雉堞间。将入养心门，为皇次子旻宁所见，发枪，殪其二，馀贼错愕不敢前。禁军入，遂悉就擒。寻擒清于黄村，皆正法。帝得警报，还京师，首下诏罪己曰：“我国家以前何等强盛，今乃有此事，皆朕凉德所致……”痛苦者久之。又责诸臣，谓“近日诸大臣因循迨玩，有为朕宣劳者，众必阴捣杀之，以致有些大变”云。又帝之在热河闻变也，阁臣董图诰力请回銮，至于泣下；曹振镛劝帝务持镇静。时人因谓之语曰：“庸庸碌碌曹丞相，哭哭啼啼董太师。”二人闻之，灰笑相谓曰：“此时之庸碌啼哭，颇不容易也。” 冬十月，褫温承惠职，以陕督那彦成代之。初，李文成既据滑，欲结队北上，有教谕吕姓佯降贼，因说之曰：“昔川楚教军，纵横九年，所以终于失败者，因不据城池，无所守故也。今可闭关自守，以待他郡救援，然后会师北上，始保万全。”文成信之，遂屯兵道口，为声援京师计。时承惠与巡抚高杞皆按兵不动，乃诏彦成代承惠，而命固原提督杨遇春剔之。 十一月，那彦成等攻破道口，进图滑县，李文成自焚死。彦成、遇春以十月至卫辉，合兵攻道口，破之。山东运使刘清署、直督章煦，同时扫清境内，而滑县城坚厚，粮又足，急切不能下，适文成轻车潜出，入辉县山中，将募集党众，为牵制之运动。总兵杨芳假及之，文成纵火自焚死。 十二月，那彦成等攻克滑县，擒教匪牛亮臣等斩之。滑县平，彦成用杨遇春策，穴地攻城。城溃，贼屠戮殆尽，擒亮臣及徐安国、王道隆，而宋元成、刘宗顺、冯相林皆阵斩之。三省方报勘定，而陕西南山木商夫役，复以岁饥，罢工掠食，聚众数千，焚木厢。抚臣朱勋乃以教匪闻，诏长龄、杨遇春讨之。
十九年，春正月，长龄等生擒箱贼首逆陈四、尹朝贵，零匪全数殄灭，箱匪肃清。 冬十月，江西民朱毛俚谋逆，建号后明，事觉伏诛。先是，有胡秉辉者购获残书一部，内有阵图及俚词，商同、邱添泽、杨易、卢胜辉，以毛俚朱姓，可假托明裔，聚集积善禅林，协谋起事，称后明，晏朝年号，遍发伪札。为抚臣阮元侦获，磔胡秉辉等十七人，绞程麟祥等三十五人，毛俚逸去。
二十年，夏四月，四川中赡对番酋洛布七力作乱，四川总督常明讨平之。 秋九月，塔什密里克回人孜牙墩作乱，命大学士松筠，驰往喀什噶尔剿之。寻孜牙墩为参赞成宁等所擒，回庄照常安业，召筠回京。以长龄为伊犁将军。
二十二年，春三月，云南临安边外夷民高罗衣作乱，总督伯麟讨平之。罗衣等以内地商贩，出边贸易，侵夺夷人生计，借名驱逐汉人，集众万馀人，自称窝泥王，劫掠江外土司，窥伺边郡。事闻，命伯麟迅即派兵进剿。寻获罗衣及伪军师章喜等，皆伏诛。
二十三年，夏六月，临安江外逆匪高老五作乱，总督伯麟派兵剿平之。老五为罗衣从子，因查拏逆党，逃往藤条江外，纠众抢掠土司地方，僭称小窝泥王。渡江，进簿府城，伯麟派都司桂朝阳等擒之，馀逆并歼除。