文宗咸丰五年，冬十二月，云南回民杜文秀起蒙化，袭据大理府，提督褚永昌死之。先是，滇省汉民觊觎永昌回族腴田，于是句结奸胥，朦禀地方官吏，所有回民，一律驱逐徼外。回人失其故业，往往联结黔苗，沿边滋扰，以逞报复。至是，推文秀为渠帅，占据大理府城。永昌提兵迎击，兵溃，致为所戕。
六年，冬十二月，谕云南巡抚恒春剿办滇回。自滇回起事，地方官知曲在汉民，又因回众势大，意专主抚，回民籍求抚以售奸谋。其党在省城者，以训导明赓飏为内援，寻甸东川又倚畏难苟安之知县潘偕汪之旭之徇庇于是麇赴大理进规永昌党首武进士马名魁最为凶悍连破广西州邱北平𢑴等县焚杀尤惨大理绅民赴省请剿总督舒兴阿任信门丁陈喜与巡捕施嘉瑞表里为奸不予准理致回势愈张事上闻命恒春迅筹扫灭寻召舒兴阿赴京以恒春代为云贵总督
七年夏六月恒春自杀调吴振棫为云贵总督时回氛几遍三迤复逼近省城恒春堵御计穷惧甚夜与其妻博禹特氏在署自缢死命振棫统带川兵前往复命前任山东巡抚张亮基率师继进寻授亮基云南巡抚调湖南按察使徐之铭为云南按察使 冬十月革云南在籍侍郎黄琮御史窦垿职总督吴振棫受命入滇沿途调查回汉起衅情形归咎于滇绅黄琮等散帖告示倡议灭回致回民疑畏愤激而成请将琮等革职昭雪回民之冤其汉民有藉团练为名肆行杀掠者即以军法从事诏悉从之闻者皆为琮等称屈
八年夏五月吴振棫奏回民就抚省城解严振棫疏称屯集城外之回民二万馀咸巳解散地方肃淸实则回人因巡抚张亮基驻军曲靖累破回家藉名受抚出具永不滋事甘结以请亮基入城后于城外别筑一城以困之复诱杀亮基之侄自是滇事愈不可为矣 冬十一月吴振棫因病解任以张亮基为云贵总督徐之铭为云南巡抚时振棫受制回人亮基入城后亦为回人看守出入均难自主廷议以振棫懦葱命解任以亮基代之而以之铭继亮基为巡抚
十年冬十月张亮基以病免调贵州巡抚刘源灏为云贵总督时亮基疏叅徐之铭以道员马椿龄知通海县雷焱于抚回复叛袭城时不应迎击逼令椿龄自尽弃焱于市妄意以平回怒复因升任陕抚布政使邓尔恒在滇时意主剿回嫉之俟尔恒行次曲靖阴使副将何有保截杀之诏下之铭回奏而之铭则奏称回民假抚袭城椿龄系在途次病故焱系被伤身死尔恒系行次曲靖被盗戕杀并自陈与亮基办理回务意见不合帝为之罢免亮基以源灏代之
十一年秋七月召刘源灏来京以安徽巡抚福济调升云贵总督时徐之铭为回人所利用亦遂挟回以自固凡新任督抚入滇者之铭皆阴嗾回人软禁之或暗杀源灏遂逗留川境不敢进且称病乞休乃召源灏还京以福济代之福济亦不扺任穆宗同治元年春三月徐之铭奏省城解围回民就抚先是回人马起等率众进逼云南省城有武生马如龙呈称力能解散请亲赴各垒劝导之铭许之省围立解并退出所据各城事闻诏嘉奖如龙命以总兵用
二年春二月云贵总督潘铎为回众所戕云南自回变以来全省分裂其据大理者曰杜文秀归曲靖者曰马联陞踞省城者曰马德新德新为回教中掌杀行辈最先群酋皆听号令时徐之铭虽已罢斥而新授巡抚贾洪诏不敢入滇之铭为诸回拥护托言无人接替踞位奏事如故德新益挟之以为傀儡之铭使德新招抚文秀许割大理永昌丽江三府地予之德新遂亲至姚州议和文秀出示谓马复初（德新宇）已允分给迤西之地矣总兵马如龙亦回中渭魁而慓悍好鬬时潘铎既受命督滇毅然入城欲力振威权安转回汉而德新如龙骄怿不受羁勒颇难措手德新示意欲封平南王铎严拒之如龙亦欲兼并迤东诸郡临安土豪梁士美不服纠众守险如龙请剿之铎不许如龙径率所部往攻铎檄士美固守又檄他郡团练中之与如龙为仇者使与士美合图如龙之铭忌铎立功故泄其谋于德新德新惧铎并图已宻召回弁马荣率党二千馀入城驻五华山道路汹汹皆言荣反荣夙为铎所信任故铎终以荣不负已荣亦不忍于铎未敢发然其众日出骚掠铎亲诣五华书院开谕令移屯城外荣己诺矣方登舆荣揖送其党以矛旁刺铎荣趋护铎已薨居民惊乱回党络绎入城并戕在籍兵部右侍郎黄琮等时布政使岑毓英以兵练千扼守藩署臬司以下皆避入马毓英因语于众曰今贼虽入城吾当死战破之如其不胜与公等阁署自焚未晚也于是沥血誓师分兵守东南门用闲离其党而阴使使召如龙入援方总督之被戕也之铭迎德新入居总督署号令一切德新亦密召如龙欲与共讨荣以示己非叛如龙初闻省城陷以为院司皆己戕比知藩署未失还军驰入省诸绅民率团练至击荣于城内大破之荣遁回武定之铭仍署总督如龙署提督事闻之铭革职逮京以林鸿年为巡抚调劳崇光为总督之铭卒倚回不行朝廷莫能治也
三年秋九月岑毓英攻克寻甸擒马荣磔之 冬十月岑毓英克曲靖擒马联陞磔之
五年夏四月劳崇光奏请以马如龙专办西路回股以岑毓英督攻猪拱箐海马姑等处从之自徐之铭倚回自重盘踞滇中纵回戕杀邓尔恒潘铎于是前后新授督抚如刘源灏福济贾洪诏林鸿年皆畏葱不敢进崇光自拜滇督之命兼程抵昆明僚属徘徊俟进止或尼其出入崇光曰吾尝单骑入广东岛人万计视之蔑如也岂慑叛回哉遂入城诸回驳愕如龙率回弁櫜鞬迎入崇光语于众曰汉回仇杀乃械鬬案非军务也益开诚布公以安反侧如龙等意始安崇光用毓英言用兵先东后西以免牵制因请以如龙办大理一股毓英剿猪拱箐一股得旨报可
六年春二月劳崇光卒以张凯嵩为云贵总督刘岳昭为云南巡抚时徐之铭已死林鸿年逗遛川境不行诏夺职以岳昭补巡抚 秋七月岑毓英攻援猪拱箐回巢进平海马姑诸垒三省边界悉平毓英自攻克镇雄州城阵斩回酋李开甲漆维新等之后复进剿猪拱箐初陶新春据海马姑红厓尖山山壁立斗绝大河带其前鸟道一线攀援而登一夫扼险万人莫进敌中呼为铁桶江山党类日众山隘不能容陶新春复分据猪拱箐其地界滇黔川三省之交八山环合三面崭然惟靑松梁一面为往来之径绝顶孤峰势凌霄汉三泉下注汇山麓为河敌人分据山险山下沃壤曰吴家屯屯有闲道可达海马姑外有二龙关大丫口小丫口三隘坚垒密布出掠退守操纵自如惟大溜口一隘径路险僻毓英令部将张保和林守怀领二千人夜由大溜小径抄出二龙关后掩袭吴家屯自督三千人攻二龙关质明敌倾巢出拒战方酣匆开后军礟声震天敌惊回救两军夹击三隘皆下遂夺吴家屯斩获无算海马姑敌众来援毓英要击于中逄大破之皆溃走又令部将蔡标刘重庆分军围剿海马姑亦克其红厓尖山敌援断遂逼猪拱箐老巢敌凿千馀斤巨石实硝磺松脂引火于蒂自山领坠下又驱牛马冲异损坏二十馀营毓英亲搏战斩悍酋敌始𨚫退营山半毓英令于营前掘深坑敌用前法来攻石尽落坑中军士无所伤敌计穷𡑅守不出敌党多保人裸俗连袂蹈歌相唱和毓英令裸人之从军者遍山环歌讽以解散敌中闻歌而逸者万馀人裸目大红袍来降毓英用其计破敌斩馘二万生擒其大元帅陶新春等川督骆秉章闻捷使人犒师点检敌尸筑为京观是役也谈两军战状者皆咋舌遂合剿海马姑斩陶新春尽平其垒三省边境肃淸计自猪拱箐至灭敌仅百二十四日耳
七年春三月张凯嵩以规避革职擢刘岳昭为云贵总督岑毓英为云南巡抚 夏闰四月岑毓英连破石虎关回垒克复呈贡武定元谋禄劝罗次晋宁澂江等城先是迤西回首杜文秀乘毓英督兵远出倾巢下犯众数十万连陷二十馀城省城戒严毓英自猪拱箐凯旋曲靖闻警倍道来接于是年二月连破大小石坝小板桥古庭庵金马寺数十垒进驻响水关策应各路马如龙来会深悔群回之卖已忸怩不安毓英推诚慰勉约共竭力灭敌如龙感奋由是大局始有转机毓英旋督攻杨林饬将四出分剿躬自往来督战遂叠破石处关敌垒并攻复呈贡等处
八年春三月云南澂江回复叛袭据府城澂江回众上年案已投诚至是复勾结嵩寻诸回首马周等由杨林统越山路袭据府城 夏五月刘岳昭收复寻甸岳昭自上年冬攻寻失利至是经总兵全祖凯攻克要险各隘回目马添顺李芳沅等先后投诚遂收复寻甸 岑毓英肃淸省东回垒攻克杨林团山等处省东诸回𥂟踞于十里铺等处毓英遣部将李维逑等分路进攻先将萧家山敌栅焚烧敌向省北马村一带狂奔自十里铺小遍桥至长坡六十馀里坚垒一律扫荡其杨林团山等处踞回复为毓英弟道员岑毓宝等剿破杨林富民全境肃淸 六月岑毓英克嵩明州及龙陵厅白盐井等处 秋七月岑毓英连破附省李家地老鸦营等处回垒 八月岑毓英攻克易门县城及黑琅等处盐井回巢云南附省回众恃各处盐井以资军用毓英令李维述田仲兴岑毓宝等分路进剿次第收复易门县城及黑琅等处盐井并攻破海口八街等处回巢 冬十月岑毓英攻克楚雄等城毓英遣将分攻楚雄南安定远三城皆下之 十一月岑毓英收复昆阳州城先是马如龙督军进攻昆明未下毓英复遣总兵张保和至设重围以困之城内守将杨振鹏夜开城遁保和设伏擒之并弋获马联魁马生龙等 十二月岑毓英肃清附省土堆回垒并攻克禄丰县城是役回首马得良刘和等皆被获
九年春二月岑毓英等攻克丽江等城及马街等处回巢先是毓英与总督刘岳昭提督马如龙分军三路至是中路克复弥渡宾川及红厓马街各回垒北路收复丽江剑川南路攻克缅宁厅城夏五月岑毓英等克复威远厅城南路肃淸威远为普洱府属久为回首马标占据屡攻未下毓英令诸军会同土练分路进攻力战年馀始将厅城克复并破四垒厓一带回巢南路肃淸 岑毓英攻克姚州城毓英督将李维述杨玉科等攻拔姚州坚城及澂江竹园之龙潭校场萝卜村西山村一带营碉数十其竹园城回亦为张保和等攻破营碉二百馀东西两山苗寨望风归附竹园下坝地方肃淸 八月岑毓英等收复新兴州城是役提督马如龙督军连破王枕山灰寨及附城诸垒遂将州城克复 冬十月岑毓英等攻克永北等厅州城毓英遣将李维述等分攻永北鹤庆镇南三城克之 十一月岑毓英等攻克邓川浪穹两城并先后攻拔凤羽白米庄长邑村链鐡桥各回巢是役提督杨玉科督兵进逼既克浪穹乘胜攻邓川立下复亲搏凤羽白米庄长邑村链鐡桥后各回巢裹创力战皆拔之大理北路一律肃淸 十二月岑毓英等攻克竹园回巢弥勒县属之竹园敌人久据不下毓英遣张保和攻之连破上坝下坝各巢击退馆驿等处援兵立拔竹园老巢毓英复亲将攻克激江附近敌营数十
十年春二月岑毓英攻克澂江府城并收复开化府属之江那土城毓英自将围澂江一年至是克之并拔江那等处 夏四月岑毓英等攻克宾居回巢收复云龙州城并拔茂克各巢杨玉科等攻拔宾川州属之宾居各坚巢云龙州回目赵炳南遂以州城降 冬十一月岑毓英等收复临安府属之馆驿婆兮田心曰者乡各回垒是役毓英督将何秀林张保和等分道围攻次第克之迤东迤南肃清
十一年夏四月岑毓英等攻克永平云南县城二邑密迩大理迤西回众恃为犄角毓英遣杨玉科李维述等攻克永昌府城后分道进攻先从克之并拔曲洞漾濞各敌巢 刘岳昭遣将吴奇忠等越境攻克贵州兴义府城先是回众占据兴义及新城久为滇黔两省边患岳昭遣奇忠等会黔军攻之遂将兴义府城克复 五月岑毓英等攻克赵州蒙化厅城并大理之上下两关毓英遣杨玉科攻赵州李维述攻蒙化厅皆克之自是长驱大理沿途击退敌援直薄大理城下 冬十月贵州提督周达武等攻克新城县城黔省上游肃清 十二月岑毓英等克大理杜文秀自杀全郡肃淸大理东临洱海西倚苍山自文秀占据十有八载攻陷五十三城西及四川东及贵州筑禁城城中外护以土垣城坚且厚提督杨玉科等军自十一月初甸抵城下穴地道轰陷东南外城率军士乘缺口冲入敌据土城犹死拒复以地雷破之更增调五千人环攻其禁城文秀势蹙以子女分寄其大司衡杨荣大经略蔡廷楝家而与妻妾饮毒自尽廷栋舁尸以献气息犹属玉科即拔佩刀割其首驰送省城时毓英亦至部署抚事城中阳称乞款而阴设地雷于行馆毓英令三日内缴军械以半年为期毓英悟其诈亦阳许之而密令玉科选死士二百率同知太和县谭席珍入城受降严布重兵城外定期夹击坑敌万馀三城并克获文秀子女社宗扬赛扬成扬等及其大蒙宰马仲山并荣廷楝等皆磔之大理肃淸
十二年春二月岑毓英等攻克顺宁府城并钖腊等处回巢大理既复杨玉科等乘胜进逼顺宁未至城内敌兵先出分扑大小中山各营会提督假瑞梅师至尘战十日连破敌营碉楼三十二玉科绕攻锡腊以牵制之既克锡腊瑞梅复将桥头山等处敌营木垒碉楼八十馀刬削无遗并攻拔凤山虎山直逼城下围之玉科至与瑞梅等分攻各门节节扫荡是月二十五日遂将顺宁府城收复 夏四月岑毓英等攻克云州城杨玉科既攻克顺宁进围云州与总兵蔡标力战月馀至是克之 五月岑毓英等攻克腾越厅城云南全省肃淸自云州克复毓英督诸将进攻腾越提督和耀曾攻克小猛统及乌士寨马家村各坚巢后会合总兵李维述提督假瑞梅蒋宗汉徐联魁等军环攻腾越克之滇回自咸丰五年倡变大理历时十有九年至是始克底定后虽小有反复不复能为大害矣