窦默字子声，初名杰，字汉卿，广平肥乡人。幼好读书，志向坚定。蒙古军伐金，默被俘。同时被俘者三十人，皆被杀，只有窦默逃脱返乡。家为战乱破坏，母亲尚在，惊恐之余，母子二人均得病，母亲病亡，他带病葬母。蒙军再来，他南逃渡过黄河，依靠母舅吴氏为生。医生王翁把女儿许配他为妻，让他学医。后转至蔡州，遇名医李浩，授他铜人针法。金哀宗迁都蔡州，默怕蒙兵来此，奔往德安。孝感县令谢宪子，把程颐、程颢讲理性之书授与他，窦默读后认为他过去读书谈不上是学习，真正的学习是从此书开始。恰逢中书杨惟中，奉旨招集儒、道、释之士，默因此北归，隐居于大名，与姚枢、许衡朝暮讲习讨论，以至废寝忘食。其后又回到肥乡，以儒家学说教授学生，从此知名于世。
世祖即位前在王府时，遣人召请他，窦默更姓易名隐居不出。使者令其友人先去求见，自己装作平民随其后，默不得已而受命。至王府后，世祖问他治世之道，默首先讲三纲五常。又说：“帝王之道，在诚意正心，心既正，则朝廷远近无不敢不正。”世祖一天要召问三次，其回答都合皇帝的心意。从此以后加倍优待，不让他离开左右。世祖又问当今明于治道者有谁，默荐举姚枢，便立即召枢来任用。不久，命皇子真金从窦默学习，赐他玉带钩，并对他说：“这是金朝内府的东西，你是老人，正适于佩戴，使我王子见此物如见我一般。”久后，默请求南还，朝廷命大名、顺德各给田宅，官府常送去衣物。
世祖即位，召默至上都，问他“：朕欲求像唐朝魏征这样的人，有没有？”默回答说“：敢于冒犯皇上而谏争，刚毅不屈者，要数许衡。论深识远虑，有宰相之才者，要数史天泽。”这时天泽正任汉南宣抚使，立即召回拜为右丞相，任默为翰林侍讲学士。当时初建中书省，平章政事王文统颇受重用，默上书道：
臣侍奉陛下十余年，多次承皇上垂询，听皇上圣训，可见陛下急于求治，无不以利民生、安社稷为目的。过去先帝在位，奸臣擅权，总揽天下财赋，贡进奇货，炫耀豪华，以求皇上之欢心。暗结朋党、离间骨肉关系者，都是这帮人。这些人当权，陛下就不能实现安邦利民之初衷，而陛下怀救世愿望已有多年了。
今陛下上顺天意下应民心，继承皇位，天下百姓莫不欢欣鼓舞，切望盛世。然治理好天下，必须用正人君子。那些夸夸其谈急功近利的小人，必不能奠定国家基础，必不能为子孙做长远打算。讨好献殷勤以求取得宠信的人，若不让他们实现其愿望，那就好了。这种人无论进退都在揣摩皇上的心思，以利害来打动人主之意念，其目的无他，在排斥贤人，独揽政权而已，都是战国时期的苏秦、张仪之流，切望陛下明查。还望陛下务选公正严明有道之士，授以重任，则是天下百姓最大幸运了。
有一天，窦默与王鹗、姚枢都在帝前斥责王文统，说：“此人学术不正，久居相位，必坑害天下。”世祖问：“谁可为相？”窦默说：“以臣看来，只有许衡。”世祖不高兴。王文统十分忌恨窦默，奏请任他为太子太傅。默辞谢道“：太子之位尚未确立，臣不敢先受太傅之名。”因而还是任命他为翰林侍讲学士，详见《许衡传》。默称病请求回归家乡。不久，王文统被诛，世祖回忆窦默的话，对左右近臣道：“往日说王文统不可用的，只有窦汉卿一人。如果还有一二说这话，朕难道会不加考虑吗？”将窦默召回，在京师赐建上等房舍，命官府每月供给俸禄，国家大政必定去征求他的意见。
默与王磐等奏请设两翰林院：其一专掌蒙古文字，以翰林学士承旨撒的迷底里主管其事；其二为翰林兼国史院，仍旧纂修国史，执掌皇帝的诏令，做皇帝顾问，以翰林学士承旨兼修《起居注》的和礼霍孙主持其事。世祖同意照办。默又上言“：三代之所以风俗淳厚，国运长久者，皆是设立学校培养人材所致。今应建学聘师，广选贵族子弟进行教育，作为树立良好风俗的根本。”世祖采纳。默曾与刘秉忠、姚枢、刘肃、商挺侍奉于皇帝之前，默上言道：“君有过错，臣当直言，表示同意或不同意，这是自古就提倡的。今则不然，君说可，臣也以为可，君说不可，臣也说不可，这不是好的政风。”第二天，又侍奉世祖于幄殿，有一猎人失一鹘，世祖大怒，有个侍臣从旁也说此人应加罪惩处。世祖讨厌这侍臣的迎合，命施以杖刑，而释猎人不问，退朝之后，秉忠等祝贺窦默：“非公以诚对待皇上，怎能使皇上有如此之清醒。”
至元十二年，默年八十，公卿皆来祝寿。世祖很有感慨地说：“这样的贤才，如能请上帝让他年轻几岁，使他们留朕左右共治天下该多好。可惜他现已老了！”默既年老，不就职任事，世祖多次派宦官赐珍宝及各种器物去慰问。至元十七年(1280)，加昭文馆大学士，享年八十五岁而卒。世祖深为哀悼，厚赐丧事费，皇太子也给丧葬费钞二千贯，命护送归葬肥乡。
默为人乐观，平时不曾评论别人，与人相处，和颜悦色。在议论国家大事时，却当面争持，人们说西汉汲黯也超不过他。世祖曾对侍臣们说：“朕求贤三十年，只得到窦汉卿及李俊民二人。”又说：“如窦汉卿之心与姚公茂(枢)之才合而为一，真可说是全人了。”后累赠太师，封魏国公，谥“文正”。