书生孔雪笠，是孔圣人的后裔，为人宽厚有涵养，善于作诗。他有位挚友在浙江天台当县令，来信请他去。孔生应邀前往，而县令恰恰去世了。他飘泊无依，穷困潦倒，回不了家，只好寄居在菩陀寺，被寺僧雇佣，抄录经文。
菩陀寺西面百步开外，有单先生家的宅院。单先生是世家子弟，因为打了一场大官司，家境败落，人口也少了，便迁移到乡下居住，这座宅子于是空闲起来。有一天，大雪纷飞，道上静悄悄的没有行人。孔生偶然经过单家门口，看见一个少年从里面出来，容貌美好，仪态风雅。少年看到孔生，便过来向他行礼，略致问候以后，就邀请他进家说话。孔生很喜欢他，非常高兴地跟他进了门。见房屋虽然不太宽敞，但是处处悬着锦缎帏幔，墙壁上挂着许多古人的字画。案头上有一册书，封面题名《瑯嬛琐记》。他翻阅了一下，内容都是过去从未见过的。
孔生见少年住在这座宅院，以为他是单家的主人，也就不再问他的姓氏家族了。少年详细地询问了孔生的经历，很同情他，劝他设馆教书。孔生叹息道：“我这流落在外的人，谁能推荐我呢？”少年说：“如果不嫌弃我拙劣，我愿意拜您为师。”孔生大喜，不敢当少年的老师，请他以朋友相待。便问少年说：“您家里为什么老关着大门？”少年回答道：“这是单家的宅子，以前因为单公子回乡居住，所以空闲了很久。我姓皇甫，祖先住在陕西。因为家宅被野火烧了，暂且借居安顿在这里。”孔生这才知道少年不是单家的主人。当晚，两人谈笑风生，非常高兴，少年就留下孔生和他同床睡了。
第二天一大早，就有个小书僮进屋来生着了炭火。少年先起床进了内宅，孔生还围着被子在床上坐着。书僮进来说：“太公来了。”孔生大惊，急忙起床。一位白发老人进来，向孔生殷切地感谢说：“先生不嫌弃我那愚顽小子，愿意教他念书。他才初学读书习字，请不要因为朋友的关系，而按同辈看待他。”说完后，送上一套锦缎衣服，一顶貂皮帽子，鞋和袜子各一双。老人看孔生梳洗完了，于是吩咐上酒上菜。房内摆设的桌椅和人们穿着的衣裙光彩耀眼，不知道是什么东西做成的。酒过数巡，老人起身告辞，提上拐杖走了。
吃完了饭，皇甫公子送上所学的功课，都是些古文诗词，并无当时的八股文。孔生问他是何缘故，公子笑着回答说：“我不是为了求取功名。”到了傍晚，公子又摆上酒菜说道：“今夜尽情欢饮，明天便不允许这样了。”又喊书僮说：“看看太公睡了没有？如果睡了，可悄悄把香奴叫来。”书僮去不久，先用绣囊把琵琶带了回来。过了片刻，一个侍女进来，身穿红装，艳丽无比。公子让她弹奏《湘妃》曲，香奴用象牙拨子勾动琴弦，旋律激扬哀烈，节拍不像以前所听到的。又让她用大杯斟酒，二人一直喝到三更天才罢。
第二天，两人早起一同读书。公子非常聪慧，过目成诵。两三个月后，下笔成文，令人惊叹叫绝。他们约好每五天饮酒一次，每次饮酒必定叫香奴来陪。一天晚上，喝到半醉的时候，孔生的两只眼睛紧紧地盯住了香奴。公子已经明白了他的心意，说：“这个侍女是老父亲抚养的。您离家既远又无妻室，我替您日夜筹划已经很久了，想为您找一位美貌的妻子。”孔生说：“假若真要帮我的忙，必须找一个像香奴这样的。”公子笑着说：“您真正成了‘少见而多怪’的人了，要是认为香奴漂亮的话，那您的心愿也太容易满足了。”
过了半年多，孔生想到郊野去游玩，到了大门口，见两扇门板外边上着锁，便问公子是什么原因，公子说：“家父恐怕结交一些朋友扰乱心绪，所以闭门谢客。”孔生听说后也就安下心来。
当时正值盛夏湿热季节，他们便把书房移到园亭中。孔生的胸膛上突然肿起一个像桃样的疮疖，过了一夜竟然长得像碗一样大了，他疼痛难忍，呻吟不止。公子朝夕探望，连吃饭睡觉都顾不上。又过了几天，孔生痛得更加厉害，渐渐不能吃喝了。太公也来探望，父子相对叹息。公子说：“我前天夜里考虑，先生的病情，只有娇娜妹妹能冶疗。已派人到外祖母家去叫她了，怎么这么久还没到来？”话刚说完，书僮进来说道：“娜姑到了，姨婆和松姑也一同来了。”父子俩急忙进了内宅。一霎时，公子领着妹妹娇娜来看孔生。娇娜年约十三四岁，美艳聪慧，窈窕多姿。孔生一见到她的美貌，顿时忘记了呻吟，精神也为之一爽。公子便对妹妹说：“这是我的好朋友，我们不亚于同胞兄弟，妹妹要好好为他医治。”娇娜于是收起自己的羞容，垂着长袖，靠在床上为孔生诊断病情。手把手之间，孔生闻到娇娜身上散发着的芳香胜于兰花。娇娜笑着说：“应该得这种病，心脉都动了。病情虽然危急，但是还可医治；只是皮肤疮块已经凝结，非割皮削肉不可。”说完就脱下手臂上的金镯安放到孔生的患处，慢慢压了下去。疮疖突起一寸多，高出金镯以外，而疮根的红肿部位，都被收在镯内，不像以前如碗那样大了。娇娜又用另一只手掀起衣襟，解下佩刀，刀刃比纸还薄。她一手按镯一手握刀，轻轻沿着疮根割去。紫血顺着刀流出来，沾染了床席。孔生贪恋娇娜的美姿，不仅不觉得疼痛，反而还怕早早割完，没法再和她多偎傍一会儿。不多时，把疮上的烂肉都割了下来，圆团团的就像树上削下来的瘤子。娇娜又叫拿水来，把割开的伤口洗净。然后从嘴里吐出一粒红丸，像弹丸一样大小，放到割去了疮疖的肉上，用手按着它旋转。才转了一圈，孔生就觉得热火蒸腾；再一圈，便觉得习习发痒；转完三圈，已是浑身清凉，透入骨髓。娇娜收起红丸放回嘴里，说：“治好了！”说完便快步走了。孔生一跃起身追出门外感谢，觉得长时间的病痛像是一下子全没了。而心里却挂念苦想着娇娜的美貌，再也无法控制自己。
从此孔生闭卷呆坐，百无聊赖。公子已经看出他的心事，说：“我为您物色了很久，终于选得一位好姑娘。”孔生问：“是谁呀？”公子回答说：“也是我的亲属。”孔生苦想了好长时间，只是说：“不必要了。”然后面对墙壁吟诵元稹的诗句道：“曾经沧海难为水，除却巫山不是云。”公子领会了他的意思。说：“家父仰慕您的大才，常想联为婚姻。只是我仅有一个小妹娇娜，年龄又太小。我还有个姨表姐阿松，已十八岁了，长相不俗。如果不信的话，松表姐天天都来游园亭，您等候在前厢房，可以望见她。”孔生便按公子说的到了那里，果然见娇娜和一个美人一起来了。这女子画眉弯如蚕蛾的触须，纤瘦的小脚穿着凤头绣鞋，与娇娜难分上下。孔生大喜，便求公子作媒。
第二天公子从内宅出来，向孔生祝贺说：“事情办好了。”于是清扫另一个院子，为孔生举行婚礼。这天夜里，鼓乐齐鸣，热闹异常。孔生觉得好似月亮中的仙女忽然来和他同衾而卧，竟然怀疑广寒宫殿即在眼前。未必在云霄之上了。结婚之后，孔生心里非常满足。
一天夜里，公子对孔生说：“您对我增长学问的指点我永远不会忘怀。只是最近单公子解除官司回来，索要宅子很急。我家想要离开此地西去。看样子已很难再相聚，因而离情别绪搅得心里非常难受。”孔生愿意跟随他家西行。公子劝他还是回山东故乡，孔生感到很为难。公子说：“不用忧虑，可立即送您走。”
不多时，太公领着松娘来到，拿出一百两黄金赠送给孔生。公子伸出两手紧握着孔生夫妇的手，叮嘱二人闭上眼睛不要看。他们飘然腾空，只觉得耳边的风声呼呼地响。过了很久，公子说：“到了。”孔生睁开眼，见果然回到了家乡。这才知道公子并非人类。他高兴地叫开家门。母亲出乎意料，又看到漂亮的儿媳，全家都非常喜悦。等到回头一看，公子早已无影无踪了。松娘侍奉婆母很孝顺，她的美貌和贤惠的名声，传诵远近。
后来孔生考中了进士，被授予延安府司理官职，携带着家眷上任了。他的母亲因为路远没一同去。松娘生了个男孩，取名叫小宦。孔生后来因冒犯了御史行台而被罢官，受阻回不了家乡。有一次他偶然到郊外打猎，碰见了一位美貌少年，骑着匹黑马驹，频频回头看他，孔生仔细看了看，原来是皇甫公子。急忙收缰勒马，两人相认，悲喜交加。公子邀请孔生跟他一起回家去。他们走到一村，树木茂密，浓荫蔽日。进了公子家，见门上饰有金色的泡钉，仿佛世族大家。孔生问娇娜妹子的近况，知道她已经出嫁了；又知岳母也已去世，非常感慨伤心。他住了一宿回去，又和妻子一同返回来。这时，正好娇娜也来了，她抱过孔生的儿子上下抛逗着玩，说：“姐姐乱了我家的种了。”孔生拜谢她先前的恩德，娇娜笑道：“姐夫显贵了，疮口已经好了，没忘记疼吧？”她的丈夫吴郎，也来拜见。在这里住了两夜才离去。
一天，皇甫公子忽带忧愁的神色，对孔生说道：“天降灾祸，您能相救吗？”孔生虽然不知将要发生什么事，但却立即表示自己甘愿承当。公子急忙出去，招呼全家人来到，排列在堂上向孔生礼拜。孔生大为惊异，急问缘故。公子说：“我们不是人类，而是狐狸。今有雷霆劫难，您愿意以身抵挡，我们就都能生存；不然的话，请您抱着孩子走吧，免得让您受牵累。”孔生发誓与公子全家共存亡。于是公子让孔生手执利剑站立在门口，叮嘱他说：“霹雳轰击，也不要动！”孔生按公子说的去办。果然见阴云密布，白昼如夜，昏天黑地。回头一看住过的地方，宽大的房舍没有了，只有一座高大的坟冢，有个深不见底的大洞穴。正在惊异不定的时候，霹雳一声巨响，震撼山岳；狂风暴雨骤起，把老树都连根拔出。孔生虽然感到耳聋眼花，却依然屹立在那里一动不动。在浓烟黑雾之中，忽见有个鬼样的怪物，尖嘴长爪，从深洞中抓出一个人来，随着烟雾上升。孔生瞥了一眼那人的衣裳鞋子，觉得很像娇娜。急忙一跃而起，用利剑向怪物剌去，随手堕落一物。突然又一个炸雷爆裂，孔生被震倒在地，竟然昏死过去。
过了一会儿，天晴云散，娇娜自己慢慢苏醒过来。当她看到孔生死在身旁，便大哭着说道：“孔郎为我而死，我为什么还活着！”松娘也从洞内出来，一起把孔生抬了回去。娇娜让松娘捧着孔生的头，让公子用金簪拨开孔生的牙齿；她自己两手撮着孔生的腮，用舌头把口里的红丸送到他的嘴里，又口对口地往里吹气。红丸随着气进入孔生的喉咙，发出格格的响声。不一会儿，孔生竟苏醒过来。见亲属们都在面前，仿佛如梦中醒来。于是一家团圆，不再惊慌，万分喜悦。
孔生认为墓穴不可久住，提议让大家和他一同回自己的故乡。满屋的人都交口称赞，只有娇娜不高兴。孔生请她与吴郎一起去，娇娜又怕公婆不肯离开幼子，一整天也没商量出结果。忽然见吴家的一个小仆人，汗流满面气喘吁吁地来到。大家惊慌地再三追问他，才知道吴郎家也在同一天遭难，全家都死了。娇娜听说，顿足悲伤，啼哭不止。大家一起慰劝她。直到这时，大家一同随孔生回归故乡的计划才算定下来。孔生进城料理了几天，回来就连夜催促整理行装。
孔生回到家乡后，把自己的一处闲弃的园子给皇甫公子一家住，平常反锁着园门；只有孔生和松娘来到，才开门。孔生与公子、娇娜兄妹在一起，下棋、饮酒、谈天、聚会，亲密得就像一家人。孔生的儿子小宦长大了，容貌美好，有狐狸的神情。他到城里去游玩，人们都知道他是狐狸生的儿子。