顺治四年丁亥〈（附明桂王时在肇庆称号永历元年）〉正月，路振飞、万年英误闻何吾驺、黄土俊、苏观生、顾元镜等，同隆武逃遁于粤东，辞成功欲泛海往就之。功曰：“先帝当日在汀州业已受难，故众散。何能脱身至粤？恐是好事者假此为名，未可深信。但公既有所闻而欲去，余安可阻以失为臣子一片孤忠热血？”遂令备资斧、船一只送之。时同行有北直进士朱昌时、原金山卫指挥使常寿宁等。后舟次粤之虎门，遇辅明侯林察，方云“是隆武之弟，何吾驺等共立为经武。被两广总督佟养甲同总兵李成栋由惠州昼伏夜行，于去年十二月朔日破城，绍武被擒。非隆武也。”振飞等不敢前，复随林察回厦门依成功。
二月，韩代奉贝勒世子命，统满、汉骑步突至安平。郑芝豹、芝鹏等惧兵威，不敢战；敛其众，挈家资、子女于巨舰，弃城出泊外海。成功生母倭妇翁氏手持剑不肯去，强之再四亦不行。大兵至，翁氏毅然拔剑割肚而死。成功闻报，擗踊号哭，缟素飞师前来。而韩代见船只塞海，亦不敢守，弃之同泉。功殓其母，收整城池，与芝豹、芝鹏等守之。
四月，成功复合郑彩、杨耿等众，入海澄，破九都，玫漳平、龙岩等县。孟全胜发都司王玉等进剿，大破之，彩仍遁厦。
德化县未剃发千人，号义师，扶勋西王朱常湷，张存仁檄蔡应科堵截，遣罗成其剿平之。
张振仁遣郡司倪鸿出舟山，招黄斌卿，卿不从。查卿兴化人，遂拘其眷口，交抚院佟国鼎守。令人世舟山，再招之。又接定海总兵张杰报：松江提督吴胜兆交通鲁王作叛情形，星驰与提督田堆提防。
宜春主朱议术从江西逃入汀州，用李芳泰计，结连新建王等众数万，据归化，清源、清源、延平诸邑。守汀总兵于永绶调兵分途堵截，阵斩议术。
七月，鸿逵见成功远去，虞有鞭长莫及，书说成功曰：“凡事当先固本，而后求末。今汝安平弹丸之地，无长江险要可恃。倘韩代率大队复来，一旦反救不及，将奈何？宜速回师，助汝一旅，合攻泉州，暂作安身。然后蓄兵养锐，窥其衅隙，举兵旁掠。”成功令其族叔看守海澄石尾港〈（时成功年二十四岁）〉”
八月，从九都回。二十二日，会鸿逵于泉之桃花山，乡绅沈佺期、林乔丹、郭符甲、诸葛斌等相率起兵应之〈（佺期字云文，别字复斋，泉之南安人。癸未进士，屡迁都察晓御史。后以医行世，依成功，卒于台湾。乔升，丙子举人，屡迁光禄寺卿，泉之晋江人。符甲癸未进士，晋江人，南京主事；战死，七日不变色，乡人异而葬之。斌字土伦，监纪推官，泉之晋江人）〉。
泉州提督赵国祚，每轻视成功，率骁骑五百、步兵一千五百人，分为两队，一出涂门、一出东门，直冲营垒。成功令洪政、陈新二将统众御之。自辰至午，冲突相拒。鸿逵料不能胜，遣林顺夹攻；功亦令余宽出奇兵截杀，祚兵遂溃。追至城下，鸣金收军。成功每合鸿逵众攻城，成为溜石寨参将解应龙所援。成功请于鸿逵曰：“解应龙在溜石寨作犄角势，此城难玫。叔父可督兵攻城，应龙必来援。侄遣水师一镇桑一筠同杜辉暗袭其寨。另著郭新，余宽暗伏其寨中途，俟彼同救，齐起夹攻，擒之必矣。”鸿逵曰：“可。”随掌号进兵。应龙果来援。至中途，忽流星马飞报“贼玫寨甚紧。”龙即回师，伏起战死。而溜石寨亦为杜辉所破，军声大振。国祚加意防御，日夜巡督。城内已故乡绅郭必昌之子显欲为内应，谋泄。国祚差兵往擒，惟有空室，众骇异。显有爱姬春姊，利显母黄氏珠珥，投国祚乞拣所藏皮箱一，愿首告。国祚许之，遂指后园井中旁石是门。祚令人下扳开，果一大穴，全家在焉，共一十三口，收而杀之。春姊拾皮箱，亦为众所杀；并累及原阁部黄景眆。又西门守将杨义与诸葛斌通为援，适国祚召义守东门，斌不知。是夜率众临城，斌与副将蔡参等全军俱没。祚于是夜禁益严，不敢喘息。功督炮环攻，又令洪政、陈新、余宽、郭泰等领众架云梯齐上。国祚百计御之，不得下。漳州城守王进〈（浑号老虎，河南人。甲寅之变，从耿精忠为都府，被忠勒死）〉闻泉被围，继报溜石寨失，解应龙战死。顿足曰：“城危矣，吾当往救。”漳州总兵杨佐阻之曰：“各有汛地，且未奉总督令，胜败干系是谁担之？”进曰：“公言差矣。贼今从中截杀，制台之檄安能飞过？倘徒坐视，一旦城玻，贼势愈炽，吾城其能保乎？此谓唇亡则齿寒也。公善守城池！吾当往救。”遂将骑兵五百、步卒千人，分为三队。“第一队令总领旗赵英，同左哨千总杨得功，会同安营游击廉郎，声言攻取安平。安平是彼巢穴，势必回救。此效攻魏救韩，以分其势。吾自领一队，相机而动。其馀一队，著右哨千总李玉同、游击祈光秋作援兵。”先遣人称“本镇统领大师，合潮州援兵数万，即日抵泉郡破贼解围，并直捣其穴”之句。
成功闻报，见鸿逵曰：“王进接连潮师救援，不日即到。泉郡坚而未易破，倘以一旅扼五陵而攻安平，则首尾受敌。”鸿逵曰：“如此奈何？当且暂退。”成功曰：“安可退师？可令杨才、张进先去莿园守据。林习山与杜辉整备舡只泊浔尾，以防不测。叔父可督林顺、洪政等急攻其城，侄领郭泰、余宽据营五陵，作两边救援。”逵曰：“可。”王进至大盈，侦知各处联营把守，大路不得进，进一时计绌。继探有小路从南安县出发，令遭人夫备草束接应。诈称欲取安平，著杨德功董之。自带马步，乘夜由冷水井过何坑，出南安，突至泉州城下。与洪政战，政败。国祚于城上遥观，知救兵到。以此亦四面呐喊，处作相助势。鸿逵心虚，急遁金门。而成功亦退安平，泉州围解。入城，进见国祚，请救迟罪。祚谢曰：“非公来速，此城危矣！”进恐守成功乘势取漳，即辞祚回师。成功因报鸿逵从浔尾遁，亦就不援。即将杨才等兵抽罔把守五陵要口，自归安平。后侦知王进仅以一千五百人解围，甚追悔。随唤洪政、余宽二将，领兵从小路埋伏青石宫；又令杨才、郭新二将，领兵埋伏莿园；另令张进带兵接应。五将去后，不日回说王进已过二日矣。
本年，总兵李成栋奉命平粤，以李发代之，待傅冠亦如礼。十一月二十一日，冠与发对奕方罢，发阀文书，谓曰：“今部文到，欲收公！”冠欣然起曰；“早毕吾事，公之赐也。”遂整衣冠向南拜曰：“臣负罪无状，死不足赎！”复回向西拜曰：“祖父暴骨，惟冠之辜，羞见先人于泉下！”取笔题壁曰：“白发萧萧已数茎，孽冤何必苦相寻？拼将一副头颅骨，留取千秋不贰心。”掷笔坐地，引颈受刑。令人执刀，无一应者。又悬赏例，亦不忍下。有从征知府李兰友家丁张福出，受赏施刃，以冠首函寄汀州府狱，观者莫不坠泪。是夜悲风震瓦，暴雨涨河。二十二日，家人传国祯负骸广葬于汀之罗，汉岭，与忠诚伯周之藩相对〈（公首在狱中，夜屡吐白光，同囚之有冤者多见之，祈皆验。狱吏朝夕焚香祀之。忽一夜吏梦公辞曰：“两年受尔殷勤，我欲还矣。”吏神其事，白于令。不数日，公之子果乞骸骨归葬。已奉谕旨来汀，始得合身首殓之，遍体皆黄金色。有旧衣二件弃墓侧，风雨经年，帛色尚如故。行道者伤而奇之，咸曰：“此相公衣也玉。见者拜之，无敢动；后为宁化无赖子取去）〉。
绍武于前岁十二月在明伦堂购书，被李成栋率轻骑，间道昼伏夜行，砍门而入，绍武逾墙匿王应华家。俄而坠城出，为追骑所杀。苏观生题诗壁上云：“人皆受国恩；时危我独苦。丹心佐两朝，浩气凌千古！”题毕自缢而死〈（观生字雨霖，粤之东莞人，拔贡）〉。何吾驺、顾元镜等降。
总督佟养甲安民毕，即令李成栋统骑兵到三水。王澄化退守峡口，王坤趋永历西走。式耜奏曰：“土地乃祖宗之土地，守之则可以设计破敌，使英雄志壮。若轻弃而走，不但上负祖宗，且失天下志士之心。”永历不听，遂乘轻舟上西峡而去，从行者惟瞿式耜一人。成栋至肇庆府，进师梧州。永历奔桂林，巡抚曹熠降。瞿式耜请建都设御，令丁魁楚屯兵岑溪。成栋遣人招之，不肯降；乃伏兵与战，矫败退藤江；伏起，魁楚中箭死。成栋挥军逼桂林，王坤请幸楚。式耜请驻全州，疏略曰：“半年之内，三四迁移；兵心民心，无不惶惑。我进一步，人亦进。一步；我去速一日，人来亦速一日。若去而不守，愚者亦共知拱手送人矣。讲以臣留守桂林。”永历允请。李成栋师至，值焦琏自全州来，督兵合御，琏奋勇冲阵，栋方退，桂林得全焉。
成功因攻泉不克，回安平。有原浙江巡抚卢若腾、进士叶翼云、举人陈鼎俱至，谒成功。功待以上宾，每事必咨之。又得海澄人甘辉，身材五短，猛勇绝翼；漳浦人蓝登，武艺精熟；南安人施郎，机略畅晓；与其弟显贵及邱缙、林壮猷、金裕等朝夕操演部伍阵法。并令堆积粮饷于安平〈（腾字牧州，庚辰进土，金门人。云字敬谓，庚辰进士，夏门人。鼎字尚图、丁卯乡荐，同安人。郎后执法太严，见怒成功，被收欲杀，计逸内地；为海澄公黄梧所知，遂荐于总督李率泰。泰保题副将，将‘郎’换作‘琅’字，事绩详见后）〉。
顺治五年〈（附称永历二年）〉戊子夏五月，成功统林习山、甘辉等犯同安。守将游击祁光秋、协防游击辩郎合领骑步会九都乡勇出御。甘辉挺身出战，守备王廷坐马失脚，被斩，兵溃。成功挥军至城下，光秋与郎急抽兵入城。与知县张效龄议曰：“贼兵势大。恐孤城难守。不如与公今夜乘其无备，开门遁丢，然后请师恢复。公意如何？”龄曰：“食君之禄，守君之土，分所当然。今贼虽众，吾当与公婴城死守，漳、泉二处，必发兵来救。岂可弃城，以自取罪？”郎曰：“公所言者守经，弟所言者行权。贼兵势大，水陆云至，兵伤已过半。即有一二健勇，亦伤弓之鸟，是兵卒不足恃也。地方平坦，城垣低倭，一旦四面环攻，炮器火药甚少，是城郭不足恃也。纵能御之，而援兵迟至，仓廒无积，是粮又不足恃也。有此数难，当达权暂退。再作商量。弟岂不知食背之禄，守君之土耶？”效龄闻言，如梦方醒曰：“非公剖皙，几乎误矣。”约二更，即率骑兵各饱食，同效龄开西门遁。
百姓知文武弃城去，天曙，迎成功入城。功出令安民，不许骚扰，民赖以安。功以叶翼云为同安知县，劝谕追征，以助军需。陈鼎为教谕，传告诸生，起义勤王。忽报辅明侯林察自广东逃回，因与苏观生等共立绍武，曾御永历于三水，后共镇虎门。广东破，不敢归永历，仍回闽见成功，详陈瞿式耜等拥立桂王始末。成功加额曰：“吾有君矣！”遂设香案望南而拜，尊其朔号。即修表，遣原隆武中书舍人江于灿、黄志高二人从海道入广称贺，并条陈时势。即以邱缙、林壮猷、金作裕三将守同安，自领大队舟师至铜山，候永历旨，以便会合恢复。
提督赵国祚知同安陷，飞报总督转题。奉旨遣佟鼐、李率泰，陈锦三大人督师恢复各处地方。七月初三它，檄到。邱缙等闻报，即与叶翼云、陈鼎议战守策，翼云曰：“今新君登极，我藩主志存勤王，叫以一城托我等，自当竭力御守。邱、林二蒋军可督兵守大盈岭，以扼泉师。金将军守苧溪岭？以扼漳师。翼云等督民兵守城。一面通知本爵〈（即芝豹）〉出奇兵于五陵，从中截杀，以分其势。一面飞请藩主回军救援。不知诸公意下如何？金裕等应曰：“公等置得宜；谨听尊命。”即出兵要口。佟鼐督师而至，邱缙、林壮猷列阵以待。被领旗黄有信率骁骑冲突，三大人同提督挥军齐进。邱缙中五箭，林壮猷独力难支，遂遁入城。金裕闻邱、林败绩，空守苧溪岭无益，亦敛军回；与翼云、陈鼎分门死守。三大人于八月十六日晓夜攻击，雉堞平地，城遂破。邱缙、林壮猷、金作裕各巷战力竭死。翼云当城未陷时，谓陈鼎、邱、林三将曰：“余今虽未死于君事，却得死于明土，亦吾辈之幸也。”迨至被擒解见，从容自若，与陈鼎俱不屈被杀。三大人以城内坚拒，伤上卒甚多，发令尽屠戮，血满沟渠，应‘同安血流沟’之讥（附记：有泉州同安金门人陈讳世胄，浑称“鳅仙。”善术数，语事多中。举动似狂。于丙戌游三山，途次兴化，闻仙游油潭里有王志章者，能刺阴阳事，人称活阎罗。往见之，志章业已先知，置片纸于砚底，属童子候之曰：“若世胄到，令自取视。”次日世胄到，童子语知。世胄读至“鳅鱼死半途。同安血流沟。嘉禾断人种〈（嘉禾者乃厦门之别号）〉，安海成平浦”之句，冻悚。奔见成功，以志章言上、陈。功怪其妄，不纳。胄辞归，途次小盈岭暴病而亡。功闻之，亦为之讶。至同安戮屠、血流沟渠，功颇信之。后踞厦门，凡有俘者，悉断其掌放归，以“嘉禾断人种”，欲以压‘种’字识也〈（泉腔：‘掌’读作‘种’）〉。癸卯十月。总督李率泰破金、厦，提督马得功战死，请弃诸岛，移民于内地；筑限界守之，犯者无赦舌而嘉禾果断人种。安平地在界外，亦遂成平浦焉。其谶悉验）。
八月，成功在铜山，整顿船只，训练士卒，候广西永历信到。忽接叶、陈、邱、林告急请援文，即整大队舟师回救。奈北风盛发，难以驾驶，五日方抵金门。侦报同安已破，诸将战死，叶、陈不屈被杀，全城屠戮。功痛哭遥祭，情动三军，遂移师镇海、铜山。漳浦守将王起俸谋降，事泄，弃家从旧镇入铜山；成功受降，加俸总练使，同柯宸枢联络铜山等处，募兵措饷；诏安县五都八林日灼鼓众拒之。功令甘辉往征，日灼旋灭。
十月，江子灿、黄志高同太监刘玉赍永历诏到，晋封成功威远侯。功拜受毕，厚待刘王。遂兴师从云霄白塔登岸。守云霄将张国柱迎战，被施显贵所杀。遂率众攻城。中军守备姚国泰拒守。城陷，国泰巷战，重伤被擒。功惜其忠勇，令医治，用为监督。
粤东原大学士陈子壮、兵科给事中陈邦彦同起兵，船千艘，合攻广东。因故指挥杨可观、杨景烨为内应，谋泄被杀，悬首城上。邦彦战死。子壮遁据高明，遣家人陈荣赍书赴成功处请救。又原兵部侍郎张家玉，会故南海指挥安弘猷、训导张治亦起兵袭东莞县，杀典史张元鼎，知县郑鋈自缢。李成栋闻报，率兵至，击斩安弘猷。家玉走龙门纠众，遣闽将杨可梁亦赍家书至。成功部整师欲从虎门入援。至靖海，闻二家俱遭难，乃止〈（子壮字集全，号秋涛，万历已末探花，东莞入。守高明六个月，城破，被执不屈，引颈受刑。同时受难刑部主事朱实莲，字子洁，天启辛卯举人；邑庠生黄英元、旻元。家玉字贤子，东莞人，崇祯癸未进士。佟养甲遗巡道张元琳至其家劝薙发，玉云带出见，不允。元琳去，玉遂与师林洊谋起兵破东莞。韩如琰自万州来会师。成栋至，弘猷战死，张治、张恂、尹斌咸自缢。玉祖母陈氏、黎氏赴水死。妻彭氏大骂被刃。玉又率龙门众拔博罗，粮尽众溃。玉复走十五岭，集三万馀人攻增城。成栋往援，挥骑冲突。玉阵乱，死战，项中三矢，伤一目，赴水死。割其首，颜色不变。其师林洊被执在狱，临刑吟诗曰：“愿续当年李侍郎，遗言谢世报高皇。独怜一片忠精骨，不死沙场死法场！”张恂宇士和，王子乡荐。张治字台玉，潮之程乡人。安弘猷，字叔壮，灵壁人）〉。
李成栋奉总督佟养甲令，提师攻桂林。后合平南、定南、清南三藩劲旅，直趋武冈。刘承胤令其弟承祖辅永历从间道奔靖州。大学士吴炳被执，不屈二。三藩围武冈？折矢招承胤，胤举城降。部议以其放永历西去，杀之。永历自靖州奔柳州，得何腾蛟、郝永忠、卢鼎兵俱至防御，始安。佟养甲督兵攻全州，何腾蛟率焦琏、郝永忠、卢鼎合滇师赵印选、胡一清分道夹攻，养甲遁。
永历仍还桂林，诸师不和，兵哗争构衅。成栋侦知，乘虚潜师至北门。式耜守城，腾蛟召诸将合凿，栋方退师。栋负平粤有功，而耻受制于总督。偶演戏，其妻张氏见而笑焉。张氏系陈子壮之妾，成栋抄某家，见张氏美丽遂娶之。相从年馀，未见欢颜；今日之喜，必有由也。栋诘之，氏曰：“为见台上威仪，触目相感。”栋令人取冠服自穿，氏起取镜照之。栋跃起曰：“真威仪可观也！”遂萌反念。密属标兵哗索粮饷，齐集教场，然后请养甲出城抚辑。甲不知是计，同栋行。甫坐下，众兵鼓噪，同时剪辫，即飞书通粤西。巡抚耿献忠亦剪辫，江西提督金声桓同副将王得仁杀童巡抚，剪辫反，应之，共尊永历朔。声桓、得仁咸是左良玉部将，李成栋隶高杰标下，且交好，故片纸至却从。永历命兵部侍郎万翔、兵部职方司揭重熙监局铸印，封成栋惠国公、养甲襄平伯、声桓豫国公、得仁建武侯、献忠两广总督。成栋遣原翰林院检讨蔡之俊赍表前往桂林，请驾幸粤。永历下廷臣会议，未定。瞿式耜疏言有云：“驾若东幸，军中将帅谓朝廷乐新复之土；而成栋亦有邀驾之嫌。号令既远，人心涣取，臣恐不能制也。”遂不果行。之俊还报成栋，栋具疏再请曰：“天下乃太祖之天下。今日光复旧业，何为乐新土？陛下若欲中兴，须亲统六师，行间指挥，俾诸将士奋勇戮力；四方咸知有君，自当响应。岂可偏安粤西，优游度日，令天下豪杰寒心乎？此臣鳃鲤至计，非冀邀驾之功。”遂令原给事蒙正发，再往南靖请驾。永历方至肇庆，李成栋率文武跪接如礼。永历抚成栋背曰：“扶今日中兴，全赖卿力，决不吝分茅列土之封。”栋叩首曰：“军旅之事，毋烦陛下深忧，臣自当竭力前进。第运筹帷喔，策应粮饷，岂可乏人？必须元老方可，讲召翟式耜。”永历允奏，随加成栋子李元胤为锦衣卫指挥使，提督禁旅。栋复上疏，速当发诏通成功，连兵恢复。召式耜使者三四去，而式耜固辞；且连上五疏乞休，不允。成栋无奈，陛辞回粤，出师。诏至厦门，成功拜接，遂大整军伍，今芝莞统舟师从虎头门进。
顺冶六年己丑〈（附称永历三年）〉春三月，成功留黄廷、洪政守浦之罗山岭，柯宸植陀盘岭。自统兵马下诏安，师屯分水关。修书遣杨干生入潮州，通总兵郝尚久。久乃成栋健将、郝永忠族侄。前因总兵车任重杀惠潮道李光垣、知府凌犀渠、海阳县桂岳等，横苟肆虐，百姓怨望，成栋侦知，密令尚久声言援漳，假道潮州，屯兵城南。时值元旦，尚久轻裘缓带，从者仅数人，入城拜贺。任重接见，尚失礼益恭，尊为前辈；并陈闽省求救之切，祈为策应，夫役己备，刻即起行。任重许之。尚久见任重不为备，辞出。嘱亲信于寓所之转弯抹角，虔礼款散其左右。藏甲兵于内，整部伍于营，约听炮响，立即抢门。任重果不疑，出城回拜，中计被擒。并其众，报成栋。栋会总督佟养甲。题为朝叫总兵。冻反，驰封尚久新泰伯，久迟疑观望。迨干生赍书至，尚久拒之。成功大怒，率众欲攻潮洲。值施天福引土著黄海如来见，海说成功：“潮州有备，急则难取。不如旁掠诸邑，以缓其心；然后反击，一鼓可得。”功从之，分师旁掠。有海澄人陈斌〈（其掌有人之贰，人浑号为‘大巴掌’。曾从永历于粤东。师败回海澄，与杨广不睦，广率众围之。斌负某三岁子于背，外掩以甲，腰插铁斧，手执大刀，突出杀，至城门，门闭不得出。一手持斧砍门，一手执刀御众。众逼之，斌怒，刀起人伤，人无敢近，碎门逸去，其勇如此）〉率众来降，成功授斌为后劲镇，合击许龙。时张礼踞达濠、霞美二寨，粮甚足。杨广、朱尧、唐圭劝功舍龙击礼，愿为乡导。功于是撤师攻礼。礼闻大队至，弃二寨走青林，遣人乞降。功允之，授为援剿右镇。又令黄山为帅，督诸军从靖海破惠来县，以汪汇为知县、正兵镇卢爵守之。黄山复破黄山寨。成功回揭阳，会鸿逵。闻逵沈死张礼，心甚怜焉；以其无罪遭杀，载其妻子归安平府中，养之。
顺治七年庚寅〈（附称永历四年）〉正月，成功至潮阳，知县常望凤投降。令洪旭督征粮饷。和平寨不服征，遣右先锋镇杨才往攻。才破其寨，屠戮无遗。才不日亦暴病死，成功以林勇代领其众。陈斌引黄亮未来降。
三月，以施郎为左先锋镇、弟显贵为右先锋镇、黄廷为援剿右镇、王秀奇戎旗镇、甘辉亲丁镇。
四月，成功复至揭阳，攻新埠寨。寨长乞输饷，许之。
五月，诏安九甲万礼从施郎招，领众数千来归〈（礼部张要，漳之平和小溪人。崇祯间乡绅肆虐，百姓苦之；众谋结同心，以万为姓，推要为首。时率众统踞二郡，五月来降）〉。
六月，成功引舟师击苏利，风逆，反师围潮州。陈斌烧断广济桥，日夜攻击。尚久死守，乞救于漳镇王邦俊。俊亦奉恢复浦、诏檄，随统大队骑步至长桥，把守罗山岭。黄廷、洪政不战弃城遁。俊安民毕，侦知守盘陀贼众，据险扼守，不得进。邦俊以骑兵往来诱敌，令副将王之刚从盘龙小路度岭，又令游击张胜由杜浔而过云霄，合围攻击。宸枢分头迎战，至炮矢尽，全军皆没。邦俊复云、诏，进师黄冈。成功得报，不恨浦、诏之失，大伤宸枢之亡。知救援至，遂退潮阳。黄亮未乘虚同陈拔五、李英等叛攻行营。甘辉迎击，斩彩父子与拔五等，方定。
八月，芝鹏至潮阳，说成功取厦门为家。成功曰：“彼船只倍多，部将老练。取之不得，反结为仇。”芝莞曰：“建国〈（部郑彩）〉远行，惟联在厦。迩来横征暴敛，民不聊生，取之正当其时。”施郎曰：“征之末见为是，当设计图之。”功曰：“试陈可图之计。”郎曰：“联乃酒色狂徒，无谋之辈。藩主可领四只巨舰。扬帆回师，寄泊鼓浪屿。彼见船少，必无猜疑。其馀者陆续假为商船，或寄泊岛美、浯屿，或寄大担、白石头，或从鼓浪屿转入崎尾，或直入寄碇厦门港水仙宫前。藩主登岸拜谒，悉从谦恭，然后相机而动。此吕蒙赚荆州之计也。”功曰：“此计甚当！但吾欲善取之，庶免杀兄之名”〈（彩，联与成功通谱，故称兄）〉。芝莞曰：“不杀之，恐其部卒恋主；不如杀之为是。建成、元古岂非亲兄弟乎？”成功点首。选健将五百，令甘辉、施郎、洪政、杜辉四将统之，配船四只，其馀依计而行。成功于中秋夜舟到鼓浪屿，联方宴客于万石岩，作彻夜欢。次早，成功登岸拜谒，联尚宿酒未醒。迨起梳栉毕，出会。成功曰：“师屡败绩，赧颜相见。倘吾兄见怜，以一旅相助，得片士栖身，终不敢忘大德。”联曰：“吾弟何出此言？军旅相助，分所当然。”随留小酌，快谈雄剧，终日无倦。成功辞出，见联不为备，密令诸船陆续进港，与联舰比目且约部署，听炮为号，争先过船。成功设酒于虎坑岩还礼，联即赴席。是日投壶角胜，酣畅倍常，至戌刻，方掌灯回。途吹牛山塘，杜辉等伏起刺联，取其首级匿之，飞报成功。功于岩顶放炮，郎勒兵入城。佯搥胸顿足曰：“谁杀吾兄？仇不共戴！”哭甚悲哀。令兵守联与彩宅门，云：“非吾令不许擅入！”出示晓谕，有人报说者，赏千金。并即安民，市井无驾。其诸将船业为施郎、洪政、甘辉等所困。知联死，陈俸、蓝衍、吴豪等咸归焉。继而彩将杨朝栋、王胜、杨权、蔡新等率全队舟师来降。功以栋为义武镇，胜为水师统总。旧将蓝登来见，授为援剿后镇。又遣洪政持书折矢出招郑彩。当彩欲行时，曾嘱联曰：“国姓航船来住，宜备之！”联曰：“少年乳臭，虚名而已，何足介意？”彩曰：“弟言谬矣，切不可以少年轻之，细观调兵，甚有经济。”联掀髯大噱曰：“吾兄行兵半世，何作此儒想？兵船粮饷，胜彼十倍，彼安敢正视？”彩曰：“‘饥虎不可为邻’，吾提师远出，弟当留心防范，切不可以为戏！”迨至接联被杀之报，叹曰：“是吾之咎，托非人也！”迨洪政至，彩曰：“吾年老气衰，细观诸子弟，能继志业，大木耳〈（大木成功弟子）〉。吾愿全师解付。”令弟斌同政回厦覆命，成功大悦，遣官往接。及相见，欢爱如初。言及联事，成功大恸。彩将兵船悉交成功。功见彩诚实，永无猜疑，待之甚厚。卒于厦门。
苏利侦知功航船回厦，率众攻破惠来。守将卢爵战死，知县汪汇不屈自刎。成功差洪政招闽安、铜山、南澳诸岛，咸听约束。功以辅明侯林察为左军、闽安侯周瑞为右军、定西侯张明振为前军、平彝侯周鹤芝为后军，自为中军元帅，用蔡福为内司中军镇。每军大小船一百号，凡有原镇各分隶之。泉州人冯澄世〈（字亨臣，隆武举人，有机略）〉、潘庚锺〈（字道宣，壬午举人，善谋策）〉、纪举国〈（壬午举人，同安人）〉、林俞卿〈（武举人，漳州人）〉、林奇昌〈（隆武学人）〉、蔡鸣雷〈（晋江入，庠生）〉、诸葛倬〈（字士年，隆武恩贡）〉、蒋德璟〈（荐授翰林待诏，迁光禄寺少卿）〉、薛联贵〈（字忠达，乙西举人，广东潮州海阳县人，后投诚任江西粮道）〉、郑擎柱〈（丁卯举人，后投诚）〉、邓会〈（福州人，后投诚，授太原知府）〉等为参军。整备操演，以俟进取。忽黄文从广西间道赍永历诏至。因何腾蛟攻长沙，命马进忠由益阳出，为李赤心所杀。腾蛟不屈死。又南昌破，王得仁伏诛，金声桓赴水死。守赣将高进库为前导，直趋信丰。诸将劝李成栋且退师，栋不允。相持，会久雨，多叛去。栋愤甚，命酒，痛饮大醉。水涨甚，左右挽之上马。马失足，人马俱沈。三日水退，栋立泥中，始知其死。杜永和举全粤投诚，广西危迫，召成功舟师从虎门入，李定国督骑步兵由三水出合攻。成功谢恩毕，用原总兵黄斌卿将黄大振为援剿前镇，守海坛；拨水师阮引、何德、陆师蓝登等属芝鹏，镇守厦门；自率诸镇，配船百馀号，南下勤王。
十一月，至潮阳。时施郎与陈斌不睦，功因未进师。有首黄海如通尚可喜，成功遣林习山袭杀之，宥其馀党，分配各镇，一时乃安。
顺治八年辛卯〈（附称永历五年）〉正月，成功舟师回南澳。以萧拱宸为中冲镇，沈亲为护卫右镇。令洪政、施邸、陈埙、郑文星等回厦门。
二月，成功引舟师至白沙湖，遇暴风。收入盐州港。擢蔡进福为内司水师镇，旋举为水师右镇。
三月，至大星所，杀败惠州援兵，攻其域，下之。时福建巡抚张学圣按泉郡，侦知成功往粤束，立咨驻泉中路总兵马得功，统兵乘虚袭厦门。得功随统辖骑兵，先从五通渡过。水师镇阮引不战而遁。芝莞闻报，席卷珍宝，弃城下船。岛中鼎沸，成功妻董氏怀神主出，步行海滨，见船仔招之曰：“我董夫人也！”舵工林礼泊岸，背夫人落船。夫人曰：“那只船是莞爷的？”礼指以重载者是。夫人令泊其船。芝莞见夫人，忙请曰：“此战舰也，不便居。请夫人到家眷船中，有人伏伺。”夫人知此船系芝莞积藏，识破机关；乃曰：“媳妇喜乘此船。今战征时侯，非此不可”，莞再三相强，夫人坐而不动，得功领五百馀骑往来驰骋，百姓奔窜石洞。原阁部曾樱，人劝其出遁。樱笑曰：“吾今日犹得正命清波，幸也！遁何处？”自缢死〈（曾樱字二云，江西人，丙辰进士。隆武亡，依成功。门人阮文锡、陈恭以僧龛抬下船，至金门王槐家收殓）〉。
张学圣与兴泉道黄澍、原同安县张效龄督大队至，适潮大涨，遂登五通山。一望波涛万顷，而岛屿孤悬海外，险地也。顾哗澍曰：“此乃绝地，我若过去，船只不继，缓急岂能飞渡？实用兵之忌”即下山，引师返。得功知后军已退，不敢坐镇，走实当港，遇郑鸿逵将杨杼素、吴渤与战。得功奋勇，射死吴渤，杼素不敢迫。施郎闻知，率陈埙、郑文星等从厦门港登岸追赶至，得功战少怯。计穷，遣人驾小船见鸿逵曰：“虽彼此间隔，各尽其职；然亦无时不悬念公也。今得功奉令过岛，未曾扰一草一木。奈欲退无舟可渡，得功必死于此。得功死；分所当然；，但恐此岛人民万不能全耳。且公兄在京，眷口在安平，其能安乎？不如宽得功片刻，假渡而归。一举两得，得功幸甚，即公亦幸甚。乞熟思之！”鸿逵动昔日之情，亦以为然，放松高崎守，假渔船数只，渡得功回泉〈（鸿逵初除天津抚院郑宗周坐营，转隶都督孙应龙麾下。登莱之役，应龙失机，逮系天津狱；复与大同巡抚张廷拱同事。未几，与芝龙平红毛功，勋荫锦衣卫掌刑千户。继昔指挥使。癸未，授登州副将。甲申正月，曾应遴荐副将郑鸿逵缓急可用；诏益兵三千，命鸿逵镇守南赣。至弘光嗣位南京，檄守彩石矶，以右军都督挂镇海将军印。时得功为标下守备）〉。
当得功渡厦时，都督郑德、副将周王臣坐快哨，飞奔大星报成功。功即率大队舟师于四月初一日到厦门，计得功已去五日矣。成功大愤鸿逵卖情，令一应镇将下许赴鸿逵衙署，逵遂移师出屯金门之白沙。成功亲历各要口，亲祭阁部会樱。改厦门为思明州，以郑擎柱为思明知州。督民去筑炮台数处，拨劲旅防守。将董氏所乘芝莞船积榈金银，搬充军饷。
初十日，成功大会文武，议厦门芽罪。赏施郎银二百两，陈埙、郑文星银各一百两。芝莞以失机论罪当斩。莞欲辩；而成功已冠带请旨，出隆武所赐尚方剑，斩莞示众。诸将悚然。顷献首阶下，功令悬之街三日，方许收葬。并有“本藩铁面无情。尔诸勋臣镇将，各宜努力。苟不前进怯敌，本藩自有国法在；虽期服之亲，亦难有之。”谕阮引、何德各捆责五十，蓝登姑宽其罪立功。吴勃遣知州致祭，厚恤其家。于是众军股栗，无敢犯。
鸿逵在金门，见成功举动威严，执法无私，亦将船只悉付之。择白沙地方筑寨，广构亭沼，艺植花木，额曰‘华觉’；笙歌唱娱〈（后患足疾。至丙申，王进功攻白沙寨，成功令芝豹往救，进功退。功移鸿逵居金门）〉。成功见鸿逵谢权归隐，擢万礼为前冲镇，陈朝为后冲镇，洪旭守厦门，族兄泰守金门，季叔芝豹同施天福守安坪，张进代李寿守铜山；陈霸守南澳，拒南洋许龙、碣石苏利〈（苏利，粤之饶平东界人，流落海丰时，有闽之同安人苏秦，浑号‘大日公’，标掠海上。利与碣石卫民构衅；争杀不休。民潜出海外请秦为援。秦纠党飞船而入，合民击利。利败，秦遂人碣石。利依秦为裨将，所战必胜。秦喜利同姓，益亲信重。秦偶沾疾，利刺秦自代：明末‘五虎乱潮’之一也。后虽投诚，心怀不轨。迨奉旨迁移入内地，利不遵，遂反；为平南王尚可喜用参将高亮福、守备高亮祯兄弟为前锋，一战而灭。考之碣石卫旧志，花都司有记曰：“卫地二十五步，有强龙入海，必有隗嚣、公孙述辈踞此二十秋。”计利兴灭足二十载，时日无多寡，其应验如此。亮福字玄素、亮祯字履初，海丰赤坡人。玄素当明季之时，潮民苦于缙绅，众共举刘公显为首，玄素其次也。馀马茂素、黄文锦、鲁瑞、演义、吕云璧、傅君祯、曾十千等，为九军。玄素投诚，授参将。许龙潮之澄海人，亦明末‘五虎乱潮’之一，踞南洋横行无忌。后投诚。迨迁移，奉旨入京，官内大臣）〉。
五月，成功见布置得宜，将师移于金门之后浦，操演阵伍，整顿船只，以俟兴师。
七月，太监刘九皋赍永历诏航海至，成功跪接。宣读请安毕，询帝行在，方知驻跸浔州。九皋又说：“去岁曹志建战败，新虎关失守；马进忠又战败于瓜里，师退武冈州，桂林大震。督师于元华、滇镇赵邦选、胡一清、焦琏在平乐，怀私情，按兵不前，以致全州不能守，严关亦失。十月，宁远伯王永祚与胡一清俱乏饷，入桂林，榕江一带咸室壁。留守瞿式耜，命赵邦选出城御敌，选不遵，再促之，挈家去。杨国栋、马赛麟出小路，兵溃，一清亦奔窜。独式耜危坐署中，总兵戚良勋率五骑至，劝式耜速出，再图后举，耜不允；曰：“汝去！汝去！我去不过多活几日。自古及今谁不死？”挥良勋出。总督张同敝亦自灵州逃回，闻城空？惟留守在，入见式耜，曰：“将奈何？”耜应以“封疆之臣，当死封疆，子无留守责；盖去诸！”同敝愿同死。耜回顾左右，惟一老兵而已。令老兵于城上召中军徐高入，将劾印付之，令驰行在。遂张灯取酒，相向而饮。天微曙，数骑至，执耜与同敝去见定南王孔有德。德举手问：“谁是瞿老先生？”耜曰：“余是也。欲何为？城既陷，惟求一死。”德曰：“吾断不杀忠臣，先生何自苦？”耜曰：“天朝大臣，岂你所可说乎？”，德曰：“本藩亦先圣苗裔，天命所在，岂有逆乎？”同敝厉声曰：“你不过毛文龙下走耳，毋辱先圣！”德大怒，喝左右称之。耜曰：“此官詹司马张同敞，不可辱！”德笑而释之，还其衣冠。二人坚讲死，德令暂出别居，遣官劝之薙发，二人不屈。又令为僧；曰：“为僧乃薙发之渐。发短命长，不为也。”绝粒。十一月十七日，受刑〈（给事中金堡已为僧，僧名‘金释’。上书定南王，请葬瞿式耜、张同敞。吴江杨艺，为具衣寇葬于北郊之原）〉。帝闻报，自梧州趋浔州。陈邦传谋劫驾，帝遂冒雨而走，诸臣在后，多被劫掠。至南陵，从行者惟严起恒、王化澄、马吉翔、庞天寿等。并议调孙可望、李定国，合师恢复。因此特差九皋从龙门渡海，来求藩主，督全师从虎门而入，攻粤东，以分其势。”成功曰：“君父有厄，焉敢坐视？”郎择日整舟师行。甫趋过粤之表里，遇台风，船各飘散。成功收入潮阳港。篷索损坏，不果行，回师金门后浦。
左先锋施郎从将曾德犯法当死，脱逃赂匿成功左右，郎侦擒之。功驰令勿杀。郎曰：“法者非郎敢私，犯法安能逃？使藩主自徇某法，则国乱矣。”促令杀之。但持令者乃德挚友，回而不述执法前言，徒诡说“尔欲以藩令胁吾，面叱杀之”之语。成功大怒。次日，传诸将入船，令右先锋黄廷收郎，并父大宣、弟显贵，交林习山守于巨舰。习山令副将吴芳看之。是晚有到船访郎者。曰：“命不保矣，随登岸去。”郎急谓显贵曰；“危在旦夕，兄弟岂可俱毙？弟年壮，速当计脱！”贵曰：“兄雄略胜弟十倍。且我有子，兄尚无嗣才吾与父当之，兄急行，勿多语，恐有漏泄。”郎起，佯喜语吴芳曰：“吾以藩主欲杀我，谁知欲令我备铠甲。此易事也。”取酒与芳欢饮毕，恳芳曰：“伴我登岸，往见当事。”芳见郎举动雀跃，又以父与弟在船，遂信焉。令人随之登岸。郎曰：“大路恐遇人不便，由小径行。”芳之随者是之。至草仔垵，郎出铁锥锥死芳之伴者三人，走匿曾厝坡石洞中。是晚，成功闻报大怒，捆林习山欲杀。拘吴芳妻子，令芳侦寻赎罪。二十一日出令，收大宣、显贵，斩之。严禁船只，晓谕搜索。郎匿数日，饥饿难当，乘昏，奔其部属左营苏茂署〈（时茂顶郎左先锋镇缺）〉，茂方晚食。郎见激之曰：“闻藩主千金高爵购我，细思贤弟与我最厚，特来相寻，免被他人邀功。”茂曰：“茂虽不肖，岂肯卖镇主以求荣乎？且公投生非投死也。茂虽死亦不肯为，公幸勿疑！”饬守门者秘勿扬，随饮郎，藏之。次夜，令心腹备小船载郎去安平，投施天福依芝豹，求为排解。俄而成功知，往召，郎已逸内地。成功得回报，愤其叔父市恩放郎〈（郎于顺治四年依成功，至逃，共住四年耳）〉。
五月；成功擢戎旗中协林胜为援剿右镇。整大队，领中提督甘辉，左先锋镇苏茂，中冲镇蓝登、宣毅左镇杜辉、援剿后镇陈魁、左冲镇郭义、右冲镇蔡禄，后冲镇林明、前冲镇统领余新、奇兵镇杨祖、智武镇蓝衍等，从南溪登岸。漳州总兵王邦俊率骑兵一千，步兵二千，列阵于磁灶以待。杜辉、蓝登奋勇夺先，卒众用藤牌厝抵箭迎敌。骑兵不能胜，矢将尽，少却。余新、杨祖出左。蔡禄、陈魁出右，合击。邦俊势孤，遂溃，入城坚闭不出。
六月，成功回厦。旧将黄兴投见，授兴中权镇。平和人黄梧来归，即授副将。以监督陈六御为北镇，管骑兵。
九月，成功复率众入攻漳浦。王邦俊来援，被甘辉所败，追至马口始收军。提督杨名高接王邦俊‘海逆猖獗’报，统兴、泉各镇营进剿。成功侦知，令蓝衍、杜辉为先锋，以苏茂、郭义私过小盈岭之左埋伏，杨祖、蔡禄衔枚伏于小额岭之右，听号炮三声，各抄出夹攻，使彼首尾受敌。又令甘辉、余新为监阵接获，陈魁、黄梧为救援。自领林明、刘巧、林胜等，登山顶观战。名高知成功兵屯小盈岭，即以骑兵五百为先锋，分步兵三千为二队以应之；又以骑兵六百作二队，为左右救援；自领骑步三千迎战。时冬十一月，天气严寒，名高谓诸将曰：“海贼赤脚，可乘今日冻栗击之。”遂进，遇于岭下，两相交锋，胜负未分。成功令林明发炮。明连发三炮，而杨祖冲出。高分兵接御，苏茂、郭义从后抄杀。高队大乱，死者甚多。名高退同泉州。
十二月，成功乘胜旁掠诸县。漳浦守将杨世德、陈尧策〈（字邦缵，系功之旧将）〉献城投降。授世德英兵镇，尧策护卫前镇。林其昌为漳浦知县。成功见士卒繁多，地方窄狭，以器械末备、粮饷不足为爱，遂与参军等潘庚锺、冯澄世、蔡呜雷、林俞卿共会议。澄世曰：“方今粮饷充足，铅铜广多，莫如日本，故日本每垂涎中国。前者翁太夫人国王既认为女，则其意厚。与之通好，彼必从。藩主何不修书，竟以甥礼自待，国王必大喜，且借彼地彼粮以济吾用。然后下贩吕宋、暹罗、交趾等国，源源不绝，则粮饷足而进取易矣。”成功是之。令兄泰造大舰，洪旭佐之〈（旭字念尽，同安人）〉。以甥礼遣使通好日本？国王果大悦，相助铅铜；令官协理，铸铜熕、永历钱、盔甲、器械等物。以原县户椽黄恺〈（号龙剑，有口辩材能）〉为征饷官，以督征泉、漳、福、兴沿海地方，以资军饷。阮骏、阮美自舟山来归，令原船听用。海澄守将郝文兴遣人密款于成功。功允之，授兴前冲镇。