顺治十七年庚子〈（附永历十四年）〉正月，侦者飞报：“将军达素满骑首程已到福州。”成功集诸提镇、参军议曰：“彼因江南之败，欲乘我喘息未定，前来攻击。候彼整船调兵，必于五月。斯时南风正盛，江、浙沙船未必敢出；惟虑粤东而已。”周全斌曰：“粤东船只，六橹、八橹只好守港，若出汪洋，非彼所长。至于碣石之苏利、南洋之许龙，虽然阳奉，亦恋栈之马耳，岂敢离其巢穴？若漳、泉之师，分头敌之，必可破也。”功曰“尔料诚当。”随驰檄南澳忠勇侯陈霸，准备船只，防敌苏利、许龙。又另檄铜山忠匡伯张进出熕船于官有前游飏，以作南澳援师；谨守八尺门炮台，以备陆路渡江。
二月，成功令工官冯澄世兼工修整诸战舰备敌，又调南北汛各提镇到厦门听令。
三月，将军达素到泉州，会总督李率泰、提督马得功、海澄公黄梧，就泉、漳各港之石码、海澄造鸟船、熕船，捣剿两岛。又知会两广总督李栖凤、碣石总兵苏利、南洋总兵许龙、饶平总兵吴六奇。又调宁波、温、台各港船齐下。
时有总督旗牌张应熊密领率泰孔雀胆一枚往厦门与其小功弟张德。因德在成功处为厨子，谋欲乘其会诸将议事，要用点心时，一齐毒死。德虽喜富贵之徒然，奈心中终坏疑畏，遂将其事转托徒弟王四。四大喜，许之。德随告病在家等候。王四于成功会议取点心时，每欲下药，则浑身寒战。候捧者环立迫催，下之弗及，迨其取去则心安。如此者屡，四甚恐怖，乃归告其父耀。耀大惊曰：“事主而害之，不忠也；受托而背之，不信也。宁为负信，不可不忠。覆宗灭嗣，岂可为之？宜速首无罪！”即同四持孔雀胆告成功。功曰：“吾乃天生，岂人能害？”重赏耀与四，即差护卫擒德全家。德到，低首无言，惟叩首称“该死！”欲擒其兄应熊，供称“已去三日矣。”功令发出教场，令武士万箭射死。后应熊侦知，报率泰。泰叹曰：“谋事在人；成事在天一。果不虚也。”厚赏应熊。火催各港速整船只，以候会剿。
四月，成功政建威伯右提督马信为提督骁骑亲军，同忠定伯林习山守烈屿。以辅明侯林祭为水师总督，督中冲镇萧拱宸等往崇武，御泉港水师。二十六日，报“泉港水师船二百馀号出到祥芝澳，陆兵登岸。其船傍山边而行，来泊围头，兵仍札营。”功随差快哨驰令与林察，将所带战船回泊刘五店御止团头水师，勿使入同安港。戎政王秀奇、杨朝栋总督高崎等处，宣毅左镇黄安协同兄泰守金门城仔角，右虎卫陈鹏、游兵镇胡靖、殿兵镇陈璋守五通、高崎，陆路援剿后镇张志为水师应援，宣毅前镇陈泽、宣毅后镇吴豪守倒流寨，中冲镇刘俊守蟹仔寨，智武镇颜望忠守赤山坪，右冲镇蔡禄守东渡寨，仁武镇康邦彦守神前，后卫镇黄安、左冲镇郭义、前冲镇刘巧、援剿前镇林明往同安港游飏邀敌，闽安侯周瑞、忠靖伯陈辉、援剿右协杨元、援剿右镇林顺、正兵镇杨富、护卫右镇郑仁泊南山边以防海澄出来之师，前提督黄廷、右武卫周全斌、援剿左镇黄昌率赶绘船十只，内装硝、磺、棕、麻、火器之类，寄泊狗子屿、刘石，以备烧船。著英兵镇陈瑞保护家眷暨诸提督文武眷口。又晓谕厦门兵民妇女，拨水师洪善等船尽载过烈屿、金门，而空厦屿。功率陈尧策、刘国轩、洪天祐、戴捷、薛进思等在鼓浪屿尾观敌发令，拨洪旭在镇海旗尾接应。
时总督李率泰正知会将军达素、提督马得功、海澄公演梧、同安总兵施琅各港齐出师，合政两岛。忽有伪镇右虎卫陈鹏差人密款，奉令守高崎地方，欲放空炮，接五通师渡过厦门；厦门得，则成功游魂易于扑灭。率泰纳其降，即飞催粤师合击。
五月初八日，满汉官兵悉配在船，俱约初十日齐出。是日黄梧督诸船乘潮落出海门。功力遣陈尧策持令箭，坐快哨遍传各镇诸船不许擅自起定！当看藩主帅船号炮连发，方许起碇迎敌。如违者斩！正传到周瑞熕船，而海门师大至。尧策不及驰去，与瑞督众战。战逾时，被火药所焚，全船沉没。继至陈辉，辉挥众死拼，损伤过半。辉见势危情急，下舱发火。跳过船者，适逢舱中火药冲起，烧死甚众。馀卒疑为计也，咸不敢过，辉乘迟疑，砍断碇索逸出。成功见周瑞船已焚沉，陈辉伤损弃碇；而黄梧率舟师云至。功执旗剑顾问左右曰：“流平否？”左右答曰：“流已平矣。”成功曰：“流平则潮转，潮转则风随之，速发火炮，俾诸船起碇迎敌三！遂连发三炮。诸船得令尽起，各发斗头熕。功嘱何义守坐驾，自下八桨快哨，来往催战。时近午，潮涌风发，四处齐进。而郑泰又命水师镇蔡协吉率赶绘船二十只，从浯屿继进，合马信、洪旭、黄廷、林顺、周全斌等诸大船于鼓浪屿后象鼻前，横攻焚杀。梧船风不利，潮又逆，互相触坏，眩吐昏迷，强立不定，遂溃，僵尸满海。有船三只，见圭屿，欲拢岸，舵公不允，众疑有异心，杀之。登岸遥望，乃海中孤屿，是绝地也。欲再下船，成功船已蚁至。无奈抽矢出刀，据岸拒之，功见有四百馀众，遣马信折节为誓招之，诸人计穷，乃投刀矢降。后亦被成功溺于海。
其出同安港将军达素、总兵施琅驾船趋高崎以应陈鹏约，但鹏谋投诚，全镇部将悉愈名号；独不通知其左营陈搽，以蟒朴实故也。我师恃有约，船未到岸各争先上。值蟒一队站近水，见满汉兵皆已弃船登岸，势急，不俟号令，即率其所部向前。我师意为来迎，不防。蟒发炮，死者过半。殿兵镇陈璋闻炮响，以为陈鹏发令，亦喊声合击。水师吴豪率船抄其后围攻。所有先锋船只悉沈水陷于掉，十仅一、二归而已。鹏愕然计左，亦挥领兵林雄、领旗协刘雄、前冲营刘俊，亦从东击下。遂大胜，报捷。成功知陈鹏有谋，未敢声破，恐其急变。反密遣洪旭前去称贺，以安其心。旭得令，挑选健将二十猛，坐小快哨一只，由竹坑抵高崎，离有里许上岸。鹏左右报旭至，出接，见旭从者二人。旭又深揖恭贺，以得非常勋劳。赞其用赚兵半渡而击之计，虽古名将不过是也，称羡不绝口。鹏以为机关未泄，谈笑自若，设筵款待。酒毕，旭告辞出，而不即行。停步营前，指其所击之处，摇头咋舌，称其功真大焉。又说藩令 不许起碇，可致闽安侯五军之死。行三五步止，又大赞藩主料风起必从潮，主问潮平，发炮一战，遂胜，真神算也，又行三五步停止，回顾鹏左右数十好汉佩大刀随之。旭冷笑曰：“吾与尔镇主交最厚，今日到营拜贺大功，不过尔镇主见我远来，步送江边，未尽之谈，再为缱绻。何用佩刀跟随？”鹏闻说，亦笑，退其左右，只存管家一人而已。旭又行，又停步，又高谈，如泻瓶中之水，滔滔不竭。直赚至江边，作揖相辞。而舟中二十猛士飞奔，擒鹏下船，驾驶而去。迨营中望见，欲赶来救，业到半江，军士鼎沸。殿后镇陈璋同刑官程应璠至营，出成功谕，仅数鹏通谋罪状，与众无干；军乃安。旭解鹏至，成功问以纵敌渡江，若非胜与璋，则今日之地已属他人矣。鹏哑口。成功遂出鹏于教场，令寸磔以示众。擢陈蟒为右虎衙，统其军；何义为左虎卫，陈璋为宣毅左镇。
六月，发诸镇眷口并百姓妇女回厦门。侦报：“粤师吴六奇遣其左营马嵩带兵至潮洲，札于韩祠之主，为刺客所杀。苏利、许龙船虽出港，见南澳有备，未敢进前，惟游飏观望。迨报闽师失利，亦各敛军还。”成功虽莒大胜，终苦弹丸两岛，难以抗天下兵。集洪旭、马信、黄廷、王秀奇、陈辉、杨朝栋、林习山、吴豪、冯澄世、蔡鸣雷、薛联桂、陈永华等商议：若得有一处，方可以进战退守。诸人无以应，但持南北固守为对。功曰：“吾闻台湾离此不远，意欲整师夺踞，何如？”吴豪曰：“台湾前乃旷野，故太师曾寄迹其间；今为红毛所踞。现筑城二座：一在赤嵌、一在鲲身。临水设炮台，又打沈夹板数只，纡回曲折于内港。凡船欲入者，必由炮台前经过；若越此，则船必触犯沈夹板而破。坚固周密，将二十馀载。取之徒费其力。”成功闻言，亦中止。
七月，成功遣兵官张光启往日本借兵。
十月，将军达素回京。成功欲整师下粤，报原浙江监国鲁王姐于金门令兵部侍郎王忠孝礼葬于后浦。
十一月，出使日本张光启同称：“上将军以其前出兵损失，坚意不允；仅助铜熕、鹿铳、盔甲、倭刀而已。”
顺治十八年辛丑〈（附永历十五年）〉正月，徐孚远从滇归，而粤东路阻，趋龙门之安南，安南国王欲孚远以臣礼见。孚远说系天朝使者，守节不屈。国王亦怀成功威，不敢加害，礼重之，置船送孚远回。见成功，陈说刘九皋、刘之清途中阵亡，惟周金汤与孚远至永安见帝。帝命李定国出师，战败，孙可望投诚。帝被吴三桂所逼，议欲走缅甸。成功闻之，欷歔叹息，而心愈烦，适台湾通事何斌侵用揆一王库银至数十万，惧王清算，业令人将港路密探。于元夕大张花灯、烟火、竹马戏、彩笙歌妓，穷极奇巧，请王与酋长卜夜欢饮。斌密安双帆并艍船一只，泊于附近。俟夜半潮将落，斌假不胜酒，又作腹绞状，出如厕，由后门下船。飞到厦门，叩见成功。功间其来意，斌曰：“台湾沃野千里，实霸王之区。若得此地，可以雄其国；使人耕种，可以足其食。上至鸡笼、淡水，硝磺有焉。且横绝大海，肆通外国，置船兴贩，桅舵、钢铁不忧乏用。移诸镇兵士眷口其间，十年生聚、十年教养、而国可富、兵可强，进取退守，真足与中国抗衡也。”遂出袖中地图以献，历历如指诸掌；并陈土番受红毛之苦，水路变易情形。若天威一指，唾手可得。成功闻其言、观其图，对如六月中暑得服凉剂，沁人心脾，满心豁然。起抚何斌背曰：“此殆天之使公授予也！自当重报。汝勿扬声，吾自有成算。”留斌于内，人莫知焉〈（评曰：谁料位将尽，翻然一著奇。深藏出意外，昼夜使人疑）〉。
成功既纳何斌之言，又详阅其昼图，知水路不从炮台前经过，胸中已有成算。次日，大会诸侯伯、提镇、参军等文武议事。功曰：“自攻江南一败，清朝欺我孤军势穷”遂会南北舟师合攻。幸赖诸君之力，虽然已败，但恐终不相忘。故每夜徘徊筹画，知附近无可措足；惟台湾一地离此不远，暂取之，并可以连金、厦而抚诸岛。然后广通外国，训练士卒，进则可战而恢复中兴，退则可守而无内顾之忧。诸君以为何如？”宣毅后镇吴豪起身对曰：“前日藩主曾以台湾下问，豪已经细禀；非豪之不用命，怎奈炮台利害、水路险恶，纵有奇谋而无所用，虽欲奋劈而不能施，是徒费其力也。”功曰：“此常俗之见，不足用于今日而佐吾之一臂也？”黄廷曰：“台湾地方闻甚广润，实未曾到，不知情形。如吴豪所陈红毛炮火，果有其名。况船只又无别路可达，若必由炮台前而进，此所谓以兵与敌也。”功曰：“此亦常见耳。”建威伯马信曰：“藩主所虑者，诸岛难以久拒清朝，欲先固其恨未，而后壮其枝叶，此乃终始万全至计，信，北人也，委实不知。但以人事而论，蜀有高山峻岭，尚可攀藤而业、卷毡而下；吴有铁缆横江，尚可用火侥断。红毛虽桀黠，布置周密，岂无别计可破？今乘将士闲暇，不如统一旅前往探望：倘可进取，则并力而攻；如果利害，再作相商，亦未为晚。此信之管见也。”功曰：“此乃因时制宜，见机而动之论。”豪复执曰：“台湾实豪屡经之地，岂不知其详？既知其详而不阻谏，徒附会其说以误沈主大事，蒙负罪多矣。”诸将议论不一。陈永华曰：“凡事必先尽之人，而后听之天。宣毅后镇所言，是身经其地，细陈利害，乃守经之见；亦爱主也，未可为不是。如建威伯之论，大兴舟师前去、审势度时，乘虚觑便，此乃行权将略也。试行之以尽人力，悉在藩主裁之。”杨朝栋亦倡言可行。功大喜曰：“朝栋之言，可破千古疑惑。著礼官择日，命世子经监守各岛。台湾非吾亲征不可。”议遂定。
是夜二更，成功祷天，效俗出听背后言，以决征台吉凶。忽闻一妇人唧譨曰：“国姓好死不死，留这一个长尾星，在此害人。”长尾星是吉兆，就于门上留一记号。次日，差卫兵到号处带其妇人来见。妇人惊怖，魂不附体。功询之，方知是出征兵眷。慰之曰：“莫怨藩主，此乃天也。”赏银四两、白麻五斤，令之去。即行檄南澳陈霸防备苏、许二处。又拨郭义、蔡禄二镇，带本部兵土前往铜山，与张进协守，策应南来之师。又以参军蔡协吉佐兄泰守金门。命洪天祐、杨富、杨来嘉、何义、陈辉，督船守南曰、围头、湄州一带，接连金门，以防北来之师，洪旭、黄廷、王秀奇、林习山、杜辉、林读、萧泗、郑擎桂、邓会、薛联桂、陈永华、叶亨、柯平等，又擢洪旭子军磊、冯澄世之子锡范、陈永华之侄绳武三人，共辅世子经，守厦门调度各岛；时经年二十一。功自领马信、周全斌、萧拱宸、陈蟒、黄昭、林明、张志、朱尧、罗蕴章、陈泽、杨祥，薛进思、陈瑞、戴捷、黄白、刘国轩、洪暄、陈广、林福、张在、何祐〈（祐，浑号钻子，漳州平和人。后投诚，征乌喇有功，官襄阳、梧州二处副总兵）〉、吴豪、蔡鸣雷、杨英、谢贤、李胤并其四弟袭，于二月初一日祭江兴师，兵部尚书唐显悦、兵部侍郎王忠孝、浙江军门卢若腾、吏部给事中辜朝荐、右副都御史沈佺期、御史徐孚远、光禄寺卿诸葛倬，监纪许国、进士郭贞一、林兰友、蔡国光等并宁靖王、鲁王世子、滤溪王、巴东王暨留守各提填、参军、文武郊饯东征。
初三日午刻，成功舟师齐出辽罗。是夜放洋。初四早，令人上桅看山。报曰：“澎湖山望见。”至未刻，抵澎湖，即收入娘妈宫；诸船悉到，无一失者。
初六日，功祭祷海岳，并巡视附近诸屿。与众将言曰：“台湾若得，则此为门户保障。”随拨陈广、杨祖、林福，张在等带兵三千，留船十二只，守澎湖。
初七日，功下令曰：“本藩矢志恢复，念切中兴。前者出师北讨，恨尺土之未得；既而舳舻南还，恐孤岛之难居。故冒波涛，欲辟不服之区，暂寄军旅，养晦待时；非为贪恋海外，苟延安乐。自当竭诚祷告皇天并达列祖，假我潮水，行我舟师。尔从征诸提镇营将，勿以红毛火炮为疑畏；当遥观本藩鹢首所向，衔尾而进’。
初八早，成功坐驾竖起帅旗，旁列五方，中悬龙苏。发炮三声，金鼓震天。令洪暄引港船先面东而去，诸提镇照序鱼贯。至未刻，遥见鹿耳门。成功命设香案，冠带叩祝曰：“成功受先帝眷顾重恩，委以征伐。奈寸土未得，孤岛危居！今而移师东征，假此块地，暂借安身，俾得重整甲兵，恢复中兴。若果天命有在，而成功妄想，即时发起狂风怒涛，全军覆没。苟将来尚有一线之脉，望皇天垂怜、列祖默祐，助我潮水，俾鹢首所向，可直入无碍，庶三军从容登岸。”祝毕，令人于斗头将竹篙探水深浅。徐回报曰：“是藩主弘福，水比往日加涨。”成功复问曰：“加涨有多少？”曰：“加涨有丈馀。”〈（评曰：舟速因风便，好如箭脱弦；于今又有水，凡事在皇天）〉成功大喜，放炮、擂金鼓，打招旗与后面船只好看跟踪。又密令何斌坐斗头，按图纡回，教探水者点篙，徐徐照应。转舵扬帆，呐喊从赤嵌城而进〈（评曰：从来在将德，恃险终然宽；曲折百般计，今朝始见难）〉。成功部整队登岸。斌请曰：“急围夺仓 ，然后列阵进兵，恐其焚毁。”其守赤嵌酋长猫难实可见成功大队登岸，军威赫耀，一面遣郎何玑从鲲身请援，一面发炮。
初十日，成功令兵士每名草一束，围屯赤嵌城。遣通事吴万、李仲说实叮：“如不降，周围放火焚之！”实叮惧，出降。功厚待之，令过安平说揆一王。成功克赤嵌城，加额曰：“此天哀吾，特赐此土以为安命。”命各镇罗列安营〈（评曰：方除假面傩仍剧，未了残棋局又新）〉。
揆一王当于元夕赴何斌之请，灯酒笙歌，酣乐达且。斌虽乘月逸出，王以斌为困酒。迨次早觅斌无踪，方知其遁，亦只疑其侵用，岂料引师夺国。十八日申刻，忽风雨骤至，潮水冲岸，声振云霄，闻者惮栗，直交子时方息。天明，王率诸酋长登城望海。影见一人 头红衣，骑长鲸从鹿耳门游漾纡回，绕过赤嵌城而没。王与酋长面面相觑，称异曰：“岂梦耶？”迨至三月初十日午后，遥闻鹿耳门外炮声轰天，急集诸酋长登台，持千里镜照见许多船只，旌旗飞跃。王笑曰：“唐人不知死活，敢犯吾境。著炮台上火炮齐备；侯船到时，接连而发，则无遗类矣。”欢笑自若。少顷，见首船转头向北而上，忽而回东，忽而转北，从者悉依赏船行，尽不从炮台边过。王顾左右荷兰曰：“此港路从来泥沙浅污，今日唐船何得无碍？岂不异哉？”一面令主炮者发炮，炮远弗能及；一面令酋长黎英三带兵落夹板出去截击。迨至人齐，将申酉起风之时，正值潮起风发〈（台地每于申酉时风甚大，今亦然）〉。俄而见大队舟师已达赤嵌，兵士登岸列阵，军威盛壮。王虞其逼城，将拨格夹板者吊起，即令黎英三从鲲身过援赤嵌。甫到三鲲身，遇郎何矶，曰：“兵少难援，且回见王。此兵实天降，非倾国往救，安能御敌？”王曰：“此从何来？”遂挑选排枪手，来日过赤嵌决战。
成功早起，闻安平荷兰击鼓吹笛〈（郎掌号）〉。功知欲出兵，傅诸将谕曰：“荷兰无别伎。惟恃火炮而已。黄昭！尔可带铳手五百名、连环熕二百门，分作三队，前往鲲身尾。列阵以待；侯他对攻。杨祥！尔可带藤牌手五百名，从鬼仔埔后绕过鲲身之左，横冲截杀。萧拱宸！尔整艍仔船二十只，看彼队伍将过七鲲身欲与我们交锋，随朗摇旗呐喊驾驶，作过去攻城状。彼兵见之，自然慌乱，不敢恋战，破之必矣。”调拨已定，又令诸镇列阵静伏守候。荷兰果行至七鲲身尾，方欲对垒，忽见赤嵌快哨摇动，欲过安平攻城，心遂虚。而杨祥领藤牌又到，跳舞横冲。荷兰愈慌，立阵不住，败下，死者过半，退守其城。成功挥军进围，王死拒之。大炮时打，功亦不敢逼。虽督兵围困，只鲲身硬路，其馀悉环水；而荷兰又不时将百馀猛突出打铳，诸军多被损伤。功令兵士斩竹作 除堆土环栅，七鲲身设立门户，置炮台以防之，于是军稍安。
五月，黄安、刘俊、陈瑞、胡靖、颜望忠、陈璋等六镇统船二十只至台。功擢黄安为右虎卫。改赤嵌为承天府，杨朝栋为府尹。又设二县隶之：一天兴县，以祝敬任之；一万年县，以庄文烈任之。
适世子经差兵部主事杨荣押送粮饷、军器暨诸食物到台，成功闻金厦各马咸宁；惟有谣传东山蔡禄、郭义暗通黄梧，欲投诚。功随发密谕，交杨荣回厦门与洪旭，令行单调二镇带全师过台。“若遵令，则无他意；加迟延观望，急除之。”旭接谕，差人往铜山传藩令：“著二镇带本部兵，配所坐船只，即往台湾。”郭义遂整船欲东。蔡禄与其部将陈华、罗栋〈（华，潭之漳浦人，后投诚，官京口总兵；栋，平和人，后投诚，官重庆）〉谋曰：“不意藩令来如此之急。”华曰：“事已八九，岂可半途而废？”栋曰：“恐二爷不允！”禄曰：“二爷是吾事。尔可速差人往海澄公处为要！”华曰：“今夜即去。”禄遂藏罗、陈二将于内，差人讲义。义到，禄曰：“国姓信谗，以大兄之故〈（大兄指万礼。前礼等同盟，以万人合心，以万为姓。万礼部张礼，死南京。成功回厦，建忠臣庙享诸死者，以甘辉为首，次张万礼。后有人怨礼，言其非战死，是逃履水，忙不及去甲，溺死，岂可与阵亡将士齿？成功信之，遂撤去）〉，怀疑我兄弟二人。我业已遣人投诚。我去，汝能保其无恙乎？不如俱去，何如？”义曰：“大兄虽不死于战而溺于水，实亦没于王事，非同谋叛者等。与汝我何干，而相疑至此？”禄一时无以答。其兄万五〈（礼小功弟，即长林寺僧道宗也）〉击榻曰：“君臣不可相疑，疑则必离。今者藩令来召，是疑之渐也。况台湾新辟，荒凉之地，去者多不服水土；此决不可去。若召而不往，非臣子之礼，势雏两立。七弟所见甚高，宜从之。”义意尚踌躇。道宗复迫之曰“自古，英雄弃暗投明；若当断不断，乃妇人之仁也。”义方决，禄即出陈华、罗栋二将，插刀立誓。部将船收回，声言杠俱椇不坚，难以冲过横洋，停泊修整𬊤洗。义、禄又将军器密带入城，欲谋并铜山，虑忠匡伯张进重兵，难于下手。
六月初一清晨，禄往关帝庙求签，得第十七首，诗曰：“田园价贵奸商量，事到公庭彼此伤。纵使机关图得胜，定为后世子孙殃。”即唤庙祝张初向前谕曰：“本镇欲夺一寨，不知此签诗意，胜负如何？尔可解一解。”初接签，读完复曰：“依此签意，随去即得。稍迟，则有备无济矣。”禄闻之，意遂决。传陈华、罗栋并锺瑞等率众阅说许龙兵上山。义、禄分据四门，劫隆武学人忠匡伯张进衙〈（时有隆武丙戌科举人林沃心在铜山，闻知道宗有‘何物释子坏长城，畏死何堪见乃兄’之句）〉。乃兄指万礼也。〈（评曰：天意既如此，帝心怎奈何？一签明说破，报应岂蹉跎）〉。进闻城中辍，急传亲随欲出。而门者奔报目：“万二、万七反了！兵已围城。”进忙坏其印，却从后门登山，向北而走。陈华尾追，进回顾曰：“尔不念房昔乎？何相逼也？”华曰：“无他意，请本爵安民。”进曰：“吾将印交汝。”华得印便回。进欲越城，见无船只停步，而禄又差罗栋至，进无奈回见二镇，说之曰：“吾亦有心久欲投诚，奈无人为引。今既二公举事，何不预知，使吾忽忙？今若不弃，愿与偕行。”禄、义大喜，随出牌谕安民。进曰：“凡事尊让之，可称交善。”禄、义信以为然。初四日，进托病不出。禄促原察言司薛联柱至，欲杀之。道宗卫救，禄虽阳许，而心未灰。桂惧，随道宗住于九仙岩，朝夕不敢离。后同禄、义投诚，按江西督粮道。初六日，吕簇请进曰：“公既与二镇合心献城投诚，亦当整备，恐旦夕兵至，去无及矣。”进泣曰：“进海滨一匹夫耳！生逢乱世，受先帝恩重，位至伯爵。复荷藩主深信，共事恢复，委托土地之寄。今日失守，罪不容诛，尚有何面目与之同行再屈膝于他人？”簇曰：“公既如此，即当飞通世子，用计图之。”进曰：“难矣！二贼用意深久，险阻必周。若他人谋泄，为祸愈惨，为丈夫羞。”簇曰：‘然则坐以待毙乎’？进曰：“惟尔义侠可托，吾欲密置火药数十桶环布卧室，请二贼入内议事，掷火与之偕亡。他兵无主必乱，尔然后按兵请救。”簇跪泣，受计。初七日，簇趋谓禄、义曰：“本爵恐厦门、南澳闻知，合兵前来，则甚费力。何公爷接应，至今未到，心甚忧焉。奈本爵忽染病畏风，尚有机密事不便传述者，烦二位将军入内计议。”禄、义闻请即行。将至府门，小鹿忽跳，遂踌躇末前，而请者又至。禄、义愈疑，随诡答曰：“尔代吾转覆本爵：原欲入内共商，适有紧急军情难缓，俟明日来会未迟一。即反步回。簇急将语覆进。进叹曰：“计不成矣，天也！吾尽吾心而已”叫遂冠带，挥吕簇等左右出。自投火药，发霹雳如雷，黑烟满天，而衙焚，忽进尸自天半下落于街。〈（评曰：开门误揖盗，共事变为仇。无计堪锄却，从容愿与休）〉。
初三日，郑经接禄、义叛铜山报，部戒严，整船。初九日，又接张进赚计不成自焚信，遣黄廷、杜辉、黄元、洪天祐、何义、黄昌、杨来嘉等镇，下铜山擒禄、义。南澳陈豹闻禄、义变，亦亲督舟师会剿。禄、义知二处师动，于八尺门排渡通师过铜山。而海澄公黄梧同右路总兵王进功，督兵驻札陈康，令诏安营副将刘进忠带兵过江接应禄、义〈（进忠后为潮州总兵）〉。
十九日，禄、义任众抢掠，空其城，由八尺门投诚。黄廷合陈豹师登岸，遣将分道追弗及；惟谨守炮台，安插馀民，飞捷报经。经令黄廷等回厦，陈豹仍归南澳。以洪天祐同黄元相继守铜山。
经自监守各岛，仁慈俭恤，谦恭爱人；虽好学善射，但严毅果敢弗如厥父之风也。经聘尚书唐显悦长子之女为妻，端庄静正而不相得，故外多蓄狡童、骚妇为乐。时经四弟之乳母陈氏，年可二十六、七岁，双眉如远山淡扫，不施粉黛，光彩可人；且窈窕轻挑，语言丰韵。经见之，魂销天外。然其母董氏家规严肃，末由接语。一日，经入内候母安，适从陈氏卧旁过。陈氏初起末妆，拨蒙陇眼，娇声曰：“孝哉人子！”经遂停足窗外，曰：“好似睡起海棠初拭目、醉馀杨柳不胜衣。”陈氏娇语答曰：“未逢恩宠先流盼，恐惹梦魂湿泪斑。”，经逼近门首，以手招曰：“人众非言语所。下午偷穿到书院一话，何如”〈（评曰：野马一时剿，真难收住缰）〉？经请其母安出，广稠之际，惟相视以目，传情而已〈（评曰：征笑倾人国，含情惹魂飞）〉。是日，经心不能主，如痴如醉。陈氏亦沾泥柳絮，欲逐春风，遂素服淡妆，下午托抱弟从众于中堂，作匿影藏形之戏，互相躲避，各展其乃。陈氏乘便脱空至经处，经屏左右候之，急搂陈氏于怀，抚其背曰：“真可餐也！”藏于宝帐，共赴高唐之梦，恐人觉之急去。后愈狎䁥，恍如佳偶；惟瞒成功一人而已。
是年，世祖章皇帝宾天，而今上即位，以明年为康熙元年，大赦天下。诸辅臣以闽疆连年用兵，倾费钱粮，而两岛何其未平？请旨切责总督李率泰与兵部尚书苏纳海。会海澄公黄梧一本，内密陈灭贼五策：“一、金、夏两岛弹丸之区，得延至今日而抗拒者，实由沿海人民走险，粮饷、油、铁、桅船之物，靡不接济。若从山东、江、浙、闽、粤沿海居民尽徙入内地，设立边界，布置防守，则不致自灭也。二、将所有沿海船只悉行烧毁，寸板不许下水。凡溪河，坚桩栅。货物不许越界，时刻瞭望，违者死无赦。如此半载，海贼船只无可修葺，自然朽烂，贼众许多，粮草不继，自然瓦解。此所谓不用战而坐看其死也。三、其父芝龙羁 在京，成功赂商贾，南北兴贩，时通消息。宜速究此辈，严加惩治，货物入官，则交通可绝矣。四、成功坟墓现在各处，叛臣贼子诛及九族，况其祖乎？悉一概迁毁，暴露殄灭。俾其命脉断，则种类不待诛而自灭也。五、投诚兵官散住各府州县，虚糜钱粮。倘有作祟，又贻害地力不浅。可将投诚官兵移住各省，分垦荒地，不但可散其党，以绝后患，且可蕃众而足国也。”廷议：遣兵部尚书苏纳海来闽勘迁。湖广道御史李之芳闻之叹曰：“自古养兵，原以卫疆土；未闻弃疆土以避贼也。”上疏曰：“为冒死条陈，乞俯恤民瘼，以固国家事。山贼、海寇，何代无之？但当制驭有方，使民获宁宇；未关堂堂天朝迁民避贼者也。夫迁民，事势之至不可者，今窃为陛下陈之：圣朝仁政，以得民为本；万民归心，以输纳为先。五省沿海一带，遭逆荼毒，正供、杂派输将恐后。此足征顺民之大端，而深可怜悯者也。梁惠移栗，孟子短之。今诏谕欲徙五省沿海边民，何以垂训后世？此臣所谓不可者，一也。昔日明政不修，逆闯犯阙，北京沦没。我朝兴仁义之师，驱除逆党，救民水火，是以率土归心，满、汉一家。今中左弹丸之地，不思征讨，遽迁以避，其如天朝体统何？所谓不可者，二也。郑成功江南大败，胆破心寒。今已远遁台湾，所有馀孽，或剿或抚，呼吸可定；况沿海皆我赤子，一旦迁之，鸿雁兴差，室家靡定。或浮海而遁，去此归彼，是以民予敌。所谓不可者，三也。周成王亦有迁顽民于洛邑，当得田宅以优养之；设庠序以教育之，使其民知礼义而无异心。今欲迁沿海一带，当日出示，谕限数日，官兵一到，遂弃田宅、撤家产、别坟墓，号泣而去，是委民于沟恤也。为民父母，岂忍若是？所谓不可者，四也。江南薄土，一夫受田不满三亩，一家聚食，尚捕鱼贯贩以补不足。圣谕颁下，欲酌给田宅，安插移民。田宅无所措。当道者未有处置，惟催赶自促，使民而逃。贫者不过数日之粮，富者亦但数月之储，逼处内地，无家可依，无粮可食。饿寒道而奸邪生，不为海寇，笔为山贼。一夫持竿，四方响应；其若之何？所谓不可者，五也。郑成功前年欲抚时，求海滨二府驻防，文武官长听其选择，税赋尽输军国之用，尚欲纳东西二洋船饷数万；时正以为不可。今五省之民，沿海已居其半，当道者不思制插安民，只欲尽以迁移，能使贼自毙乎？是贼未必能歼灭、未必能尽降；而国家先弃五省之地土、人民。所谓不可者，六也。江南鱼盐，为富强之资。沿海一带，鱼盐之利何啻数千万？土产之物，百倍其利。况乃日用之需，盐更五谷之辅，一日无盐，物将日腐。且土产年例解京，从此而止。所谓不可者，七也。夫郡县内地，亦赖边界以捍御，故朝廷设边界为郡县藩篱，亦以卫民。今兵不守沿海，尽迁其民，移居内地；则贼长驱内地，直抵其城邑，其谁御之？不如分守内地之兵，拨一半守边界卫所，联络乡民，以相助战守，使贼不敢睨视边界；如是则内地免守。所谓不可者，八也。当道者，不为深谋远虑，操一朝之权，弃百姓过于反贼。万一不顺，问谁之咎？臣今愚忠，冒陈天听，稍可济元元之命，万死不敢辞。或以臣言为可采，则臣死荣于生；倘以臣言无可用，虽不死何益于国？伏望颁除迁移之令、下哀痛之诏，使民沾恩惠、国享长宁！”疏上，留中〈（李之芳山东进土。甲寅之变，为浙江总督。江元勋犯衢州，实赖之芳。后拜相国）〉？
七月，张志、黄明纵管事杨高凌削土番，大肚番阿德狗让杀高反。成功令杨祖征之。祖与让战，中标枪死。其锋甚炽，欲出援荷兰。功复令黄安、陈瑞二镇往征。安设伏诱战，遂斩阿德狗让。抚缓馀党，班师。
八月，揆一王尽出其众，分水攻赤嵌、陆攻鲲身。功令黄安统众御陆，亲统陈泽等左右戎旗配船合击。尘战终日，黄昭获夹板一、小艇三。荷阑大败，仍死守其城。
兵部尚书苏纳海至闽，斥弃海岛，令黄梧孥拏大商贾，毁郑氏之祖坟；惟安海‘五马奔江’水葬者，无处寻觅。挖起者，将大杉木锯开两边，中凿孔相连，将各尸合在内。用铁箍箍上，外加封皮。沿途递解，逢郡县收狱。至福州，因差者横肆无状，威喝县官。县官恶之，以其未奉旨，通详中止。
十月，郑芝龙家人伊大器出首龙与子功不时书信往来，谋为不轨，遂收芝龙。寻而弃龙于燕市，并子弟共十一人。
十一月，成功令宣毅前镇陈泽同右虎卫左协陈冲，驾小船数十只，内装硝磺引火诸物，乘北风烧夹板。又令黄安督众鲲身夹攻。揆一王分众御敌。夹板被烧三只，死伤甚多，王大烦躁。功见大胜，时荷兰势窘，功遣通事李仲入城说揆一王曰：“此地非尔所有，乃前太师练兵之所。今藩主前来，是复其故土。此处离尔国遥远，安能久乎？藩主动柔远之念、不忍加害，开尔一面：凡仓库不许擅用；其馀尔等珍宝珠银私积，悉听载归。如若执迷不悟，明日环山海，悉用油薪磺柴积垒齐攻。船毁城破，悔之莫及。”王与诸酋长闻之悚然，愿罢兵约降，请乞归国。仲出，覆成功。功允其降，许放归国。随将王库银两火药、火炮照册缴纳；其馀诸物，悉听其搬下夹板。
十二月初三日，成功纵揆一王回国。今安平镇城楼，相传内有红毛火药库，不敢开，虑其暗用火石，恐一动便发也。后被朱一贵打开，内系铜熕、药、铅等项。功以荷兰去，台湾平，遂祭告山川神祇，改台湾为东都。附红毛城置第宅，居焉。
初六日，诸镇兵诸成功辕门，告给发月粮扣克，用小斗。质实，杀府尹杨朝栋、知县祝敬、斗给陈伍等示众。以其叔芝莞之长子郑省英为府尹。令黄安监守安平镇，周全斌总督承天府南北诸路，自领何斌、马信、杨祥、萧拱宸等，带铳手三百、牌手三百、弓箭手三百、大刀手二百，备其口粮十日，从新港、目加溜湾巡视。见其土地平坦膏沃，土番各社俱罗列恭迎〈（土番俗无跪，蹲下合掌，即跪之礼也）〉。成功锡以烟布，慰以好言，各跳跃欢舞。观其社里，悉系斩茅编竹，架楼而居。虽无土木巩固，实有踩林幽趣。计口而种，不贪盈馀；以布作幔，不羡繁华。诚三代以上人民也。由萧垄、麻豆、大目降、大武垅、他里雾、半线各处踏勘而回。次日，大会诸提镇、参军议事。成功曰：“大凡治家治国，以食为先。苟家无食，虽亲如父子夫妇，亦难以和其家；苟国无食，虽有忠君爱国之士，亦难以治其国，今上托皇天垂庇，下赖诸君之力，得有此土。然计食之者众、作之者寡，倘饷一告匮，而师不宿饱，其欲兴邦固国，恐亦难矣。故昨日躬身踏勘，揆审情形，细观土地，甚是膏腴。当做寓兵于农之法，庶可饷无匮，兵多粮足。然后静观衅隙而进取。”黄安曰：“开疆辟土，垂业万世，诸将自当唯唯。但欲寓兵于农之法何如，愿请指示。”功曰，“古者量人受田，量地取赋。至商虽变为井田，亦是九一之法，兵民无分。迨至秦，井田废，兵民始分：民任转输，兵任征战。后汉、唐、宋、元屡年征战，兵甲蕃众，筹饷者徒为仰屋；故善为将者，不得不兴屯以富兵。如诸葛屯斜谷、司马屯淮南、姜维屯汉中、杜预屯襄阳，悉是两敌相对，恐转运维艰，士有饥色，故寓兵于农以备敌。若夫元之分地立法、太祖设卫安军，乃天下已平，恐虚糜空乏，故以为农者七、为兵者三，寓农以散兵，非无故也。今台湾乃开创之地，虽僻处海滨，安敢忘战？暂尔散兵，非为安逸，初创之地，留勇卫、侍卫二旅，以守安平镇、承天二处。其馀诸镇，按镇分地、接地开垦，日以什一者瞭望，相连接应，轮流迭更。是无开丁，亦无逸民。插竹为社，斩茅为屋。围生牛教之以犁，使野无旷土，而军有馀粮。其火兵则无贴田，如正丁出伍，贴田补入可也。其乡仍曰“社”，不必易；其敌亦日“甲”，以便耕。一甲三十一戈二尺五寸〈（豪按：据高拱干修台湾府志及王礼修台湾县志，作一甲二十五戈）〉，一戈东西南北四至长一丈二尺五寸。今归版图，亦以此为则，照三年开垦，然后定其上、中、下则，以立赋税。但此三年内，收成者措十分之三，以供正用。农隙，则训以武事；有警，则荷戈以战；无警，则负耒以耕。寓兵于农之意如此”〈（评曰：创业农为本，安军食必先；讲求相寓意，海外有新田）〉。马信诸镇咸起谢曰：“藩主今日不惜辛勤，跋涉兴师，开辟海外乾坤，创业以遗子孙，诚古来之未有也！今又寓兵于农，实万世良法。自当凛遵而行”。即日贴分，各照地方领兵前去开垦〈（评曰：征诛当有兵，安韩可无耕；筹画寓农计，开疆千古名）〉。