康熙六年丁未〈（附称永历二十一年）〉正月，有河南人总兵孔元章在京候补，陈情愿往台湾招抚立功。奉旨：“准其驰驿入闽，与藩、院商配招抚。”
五月，元章至福建。航船过台，传宣朝廷德意招抚。经厚待元章，以“台湾远在海外，非中国版图。先王在日，亦只差‘薙发’二字。若照朝鲜事例，则可。”元章回，水师提督施琅愤甚，上疏曰：“为边患宜靖，逆贼难容，谨陈荡平机宜，以效忠款，以奠永安事。窃照郑贼负嵎海上，久阻声教，致干剿讨。遁窜台湾绝岛，恃险负固。虽戢翼敛迹；而蜂虿有毒，沿边将为不轨。堂堂天朝，万国宾服，岂容馀灰以滋蔓患？日者朝廷广开鸿仁，遣官招徕，德至宽大。兹总兵孔元章招抚回归，只称有‘的确公议’。臣密询押船官林元勋，渡载孔元章往台湾，探贼中情形，未必归诚实意。使果倾心向化，则海靖边宁，无庸计论。今使命两次到彼，并无的当伪官同来输诚；惟听口传，岂可凭信？倘复顽梗如故，似难中止。臣荷恩深重，与贼仇不共戴，视此逆贼跳梁，能无扼腕！虽躬履险阻，身历波涛，亦必灭此朝食。伏思贼党盘踞于台湾，沃野千里；粮食匪缺。上通日本，下达吕宋、广南等处，火药军器之需、布帛服用之物，贸易备具。兼彼处林木丛深，堪于采造舟揖，以致穷岛一隅，有熕南顾。为今之计：顺则抚之，逆则剿之。若恣其生聚教训，恐养痈为患！且此时经制船只，尚堪远驾过洋，舵梢现有可选。迟之数年，船只久坏，再造则损内帑之金；舵梢拨散，召募安得惯洋之人？万一蠢动，实费驱除。以臣愚见，不如乘便进取，以杜后患。夫兴师所难，在于招兵、措饷、制器、造船。今欲大举，所不庸计虑者。闽省水师官兵共一万有奇，经制陆师及投诚闲旷官兵，为数不少，皆为防海而多设也；就水师中选拨精锐者，可得六七千；海澄公臣黄梧标下惯海并壮练者，可择选二千有奇；乘投诚尚未拨散，内多有惯海舵梢及精锐者：可选择数千。此数若未敷足用，就与陆师中酌选，凑共二万，便可为劲旅，兵在精不在多也。闽省全辖，大小戈船共二百只，选拨一百七十只；小快哨一百只，选拨七十只；其馀留为防汛及载粮糟、传报往来军情之用。应再造大水舟居船十馀只，以充前锋；另造渡马船二十馀只，便于配载。计此新造三十馀只之船，为费不多。其经制大小戈船，现在题请例应大修。伏乞动部给此应修银两，发付修茸。不用溢额增加，舟揖业已坚牢。将豫备之兵粮船器，充东征之战胜攻取，无烦征召，不事荡费。戮力讨平，海甸永清，诚长便之举也！惟是航海远征，后先抵岸，各兵凑集，非亲征训练，临时难以信恃。兵额既定，分拨八千为水，在船以接战；一万二千为陆，登岸以进取。臣将此二万之师分为水陆，躬督择练。加之数月，将得兵心；兵如将意，方可渡海远征。至于选任将领，畴堪前矛？畴堪后劲？必其经历战功，身先士卒，夙有成效者，乃堪委任。臣于闽中经制及投诚将领，稔知有素。另俟命下之日，会议选拨定数，具册报闻。臣矢志报国，敢遗馀力？第思任维艰而责綦重，伏乞皇上赐臣稍以便宜，得于军中申严号令，庶肤功克奏。当密敕督、抚、提诸臣，会商妥确：催督修造战船，备足粮饷，选调官兵，付臣整练完备，相机进取。居者行者各尽更力，则动出万全。前次东征，两阻风涛之险，逆贼虽末扑灭，人谋亦未允臧。投诚官兵眷口多在彼处，新附人心，参差未一。鸠乌合之众以事敻海之表，其未至误公者，诚赖国家之福。臣奉有成命，勉应击楫，固逆知其难也。今臣思选拨将士，修茸船只，操练习熟，纪律严明，成算在胸，故敢虑胜而动。盖澎湖为台湾四达之咽喉、外卫之藩屏。先取澎湖，胜势已居其半。是役也，当剿抚并用。舟师进发，若据澎湖以扼其吭，大兵压近，贼胆必寒，遣员先宣朝廷德意。如大憝熟势穷，革心归命；抑党羽离叛，望风趋附，则善为渡过安插，可不劳而定。倘执迷不悟，甘自殄绝，乃提师进发，次第攻克，端可一鼓而收全局矣。但远征外岛，风信靡常，当假以岁月，不可限以定期。臣整备舟师，枕戊待时，或急据以掩袭，或慎重以制胜。奏捷迟速，虽难预定；然满腔血诚，贼一日未灭，臣一日未安。筹度时势，定当扫馀氛而拯黎元，义不可以贼遗君父之忧。且数年以来，沿边江、浙、闽、粤弓多设水陆官兵，布置钱粮动费倍增，皆为残孽未靖之故。如台湾一平，防兵亦可裁减；地方益广，岁赋可望，民坐得宁，边疆永安。诚一时之劳，万世之逸也。若以臣言可采，伏乞皇上敕部议覆施行。
十月，孔元章至京覆命，以其无定局而中止。
十一月十六日，施琅‘讲剿疏’上。
康熙七年戊申〈（附称永历二十二年）〉正月初十日，奉旨：“渡海进剿台湾逆贼，关系重大，不便遥定。著施琅作速来京，面行奏明所见，以便定夺。并召郑鸿骏、郑缵绪、周全斌、何义等入京，分陈辉、黄廷、杨富、陈蟒、杨来嘉等于各省兵屯田。”施琅接报，即欲登程；第分拨未定，志切进剿，又尽陈所见，密奏：“密集为遵旨尽陈所见，缘系克取海上情形面奏难尽，谨详沥披陈，仰祈睿鉴事。窃照郑成功倡乱二十有年，恃海岛为险，蔓延鸱张，荼毒生灵，故当时不得不从灌折地，绝其派取之路。嗣而皇上广开德意，招徕抚馁，渐散其党。郑成功疑惧，乃遁台湾，以为兔窟。又幸天心厌绝，遂促其亡。康熙元年间，兵部郎中党古里往闽公干，臣备将逆岛可取之势，面悉代复上疏密陈。荷蒙愈旨，仰藉天威，数岛果一鼓而平。逆薛郑经窜逃台湾，负嵎恃固。去岁朝廷遣官前往招抚，未见实心归诚，从来顺抚逆剿，大关国体，岂容顽抗而止？伏思天下目统，胡为一郑经残孽盘踞绝岛，而折五省边海地方画为界外以避其患？自古帝王致治，得一土则守一土；安可以既得之封疆，而相割弃？况东南膏腴田园及所产鱼盐，最为财赋之蔽，可资中国之用；不可与西北长城塞外风土为比。倘不讨平台湾，匪特赋税缺减，民困日蹙；即防边若永为定例，钱粮动费加倍，输外省有限之饷，年年协济兵食，何所底止？又使边防持久，万一有惧罪弁兵及冒死穷民以为逃窜之窟，遗害匪浅，似非长久之计。且郑成功其子有十，迟之数年，长成群强，假有一二机觉才能，收拾党类，结连外国，联络土番，羽翼复张，终为后患。而我沿边各省水师虽布设周密，然臣观之，亦只区守汛口。若使之出海征剿，择其精锐习熟将兵，实亦无几。况后来惯者老、练者任，何可恃御？臣蒙皇上逾格擢用，恩泽深重，分应图贼以尽厥职。每细询各投诚之人及阵获一二贼伙，备悉贼中情形，审度可被之势，故敢具疏密奏。蒙旨宣召微臣进京面奏，谨将台湾剿抚机宜，为我皇上陈之：查自故明时，原住澎湖百姓有五六千人、原住台湾者有二三万人，俱系耕渔为生。至顺治十八年郑成功新带水陆伪官兵并眷口，共计三万有奇，操戈为伍者不满二万。又康熙三年间，郑经复带去伪官兵并眷口约有六七千，为伍操戈者不过四干。此数年来，彼处不服水土，病故及伤亡者约有五六千，历年过来窥犯被我水师擒杀亦有数千，陆续前来投诚者计有数百。今虽称三十馀镇，多系新拔，俱非夙练之才，或管五六百者、或管二三百者不等。为伍贼兵，计算不满二万之众，船只大小不上二百号。分为南北二路，垦耕而食，上下相去千有馀里。郑经承父馀业，智勇无备，战争匪长。其各伪镇，亦皆碌碌之流，又且不相浃协。贼众散处，耕凿自给，失于操练，终属参差不齐。内中无家眷者十有五六，岂甘作一世鳏独、宁无故土之思？但贼多系闽地之人，其间纵使有心投诚者，既无陆路可通，又乏舟楫可渡，不得不相依为命耳。郑经得驭数万之众，非有德威制服，实赖汪洋大每驻之锢禁。如专意差官住招，则操纵之权在乎郑经一人，恐无率众归诚之日。若用大师压境，则去就之机在乎贼众；郑经安能自主？是为因剿寓抚之法。大师进剿。先取澎湖以扼其吭；则形势可见，声息可通，其利在我。仍先遣干员往宣朝廷德意，若郑经势穷向化，便可收全绩。倘顽梗不悔，俟风信调顺，即率舟师，联䑸直抵台湾。抛泊港口，一股往北路笨港〈（蚊港）〉、海翁窟港〈（海尪窟港）〉口，或用招诱、或图袭取，使其首尾不得相顾，自相疑惑，疑则其中有变。贼若分则力薄，合则势蹙，那用正用寄，随机调度登岸，次第攻击。臣知己知彼，料敌颇稔，卒节制之师，贾勇用命，可取万全之计。倘贼踞险固守，则先清剿其村落党羽，抚辑其各社土番。窄狭孤城，仅容二十馀人。用得胜之兵而攻无援之城，使不即破，将有垓下之变，贼可计日而平矣。夫兴师，惟虑募兵措饷。今沿边防守经制及驻札投诚闲旷官兵，皆为台湾而设，听臣会同藩、公、督、伯、提、镇诸臣挑选调拨：惯海者，拨为舵梢；惯战者，练为战兵；择其精锐有脚跟者，方可用充征旅，无事征募动费之繁。此等兵饷，征亦用、守亦用，与其束手坐食于本汛，孰若简练东征于行间？至修整船只，就于应给大修银两内领修，可无额外动支。船只未移用，则浙、粤二省水师亦为防海设立，均可选用。仍行该督、提选配官兵，各举总兵一员，领驾协剿。然远征绝岛，所谓浙、粤二省船只海船，须用惯熟澎湖、台湾港路舵梢数人，就于福建投诚官兵内挑选分配。如投诚兵中选配不足，则将投诚兵查其老弱者汰退，别募惯洋之人顶补粮领。因此现在兵额粮饷不须分外加增，无烦夫役挽输。安配定妥，等候风期。毋论时日，风信可波，立即长驱，利便之学，诚莫过于此者。兹既调用浙、粤二省船只，则臣前疏请造水艍船十馀只、渡马船二十馀只二项，俱就于二省中船只改修应用，可省新造之费。但水路行兵，出海水深，则用大船；进港水浅，则用小哨。今当新造小快哨一百只，以为载兵进港及差拨哨探之用。又当新造小八桨二百只，每大船各配一只，到台湾临敌之时可以盘载官兵，蜂拥而上，其小快哨每只新造只用价银四十两，小八桨每只新造只用价银十五两，二项共该用钗七千两，为费不多。若台洒一平，则边疆宁静，防兵可减，百姓得亭升平，国家获增饷税，沿边文武将吏得安心供职，可无意外罪累；臣前疏故曰：‘一时之劳，万世之逸也’。臣荷国厚恩，职任闽鞋水师，平贼报称，分所宜然。且目击迁民之困、心切父弟之仇，故靡刻不以灭贼为念，少尽臣、子之职。然航海远征，调兵遣将，乃国家大事，出自皇上睿裁。其馀兴师应行事宜，臣前疏已经奏明，仰祈睿鉴，俯赐全览施行。”疏上，留中。
四月，部文到闽，催施琅进京，琅即进京陛见。授琅内大臣，裁水师提督缺，悉焚诸战船。设总兵一员镇守海澄，以马化骐任之。次第催拨各投诚官兵，分配外省开垦。
六月，水师提标游学锺瑞〈（原同郭义、蔡禄献铜山投诚者）〉见琅留京，水师缺裁，而移驻信到，乃与中军守备陈陞谋劫海澄，遣人出厦门通江胜。胜代瑞转请于经。经接启大喜，即遣统领颜望忠带熕船十只到厦门，同江胜接应锺瑞。瑞谋不密，业为陆路提督王进功所知，密召骑步，星夜来海澄擒瑞。瑞知谋泄兵至，情急弃妻子，只身奔出界外，登太武山放火。适有透越船，载瑞过厦门见江胜、颜望忠。忠知事不可为，同瑞过台湾面经，陈其‘负恩叛铜山’之罪。经曰：“此乃万二、万七奸谋，非尔所能左袒者。今诚心来归，竭力相助，切勿疑二！”瑞即首称谢。经与瑞改其姓为金，各汉臣；援授剿后镇。王进功知锺只身逸去，会藩院讳其谋叛，报瑞出御海贼阵亡，荫其二子守备。
广东巡抚王来任巡视边海。见流民颠沛，屡欲会疏开复，苦无同心。迨病危，叹曰：“此表未尽，不但负吾民，且深负吾君！”遂书遗疏曰：“题为微臣受恩深重，捐躯莫报，谨将临危披沥一得之愚，仰祈睿鉴，臣死膜目事。臣以一介庸流，荷蒙皇上不弃葑菲，简拔兹任。才不称官，事多丛脞，顷接邸报，蒙部院考臣不能兴利除害：奉旨革职。臣负委托，实当其辜，臣接邸报之日，正臣沈痾之时。臣所患之病，在胃不得受食，茹则复吐。初拟尚可救药，少缓须臾之死。不意病势日笃，危在旦夕；生还阙下，无得望矣！伏念臣蒙世祖章皇帝豢养之恩；由通政司参议升补参政，升补西城监察御史。奉差巡视陕西茶马，升大理寺少卿、陞顺天府府尹。康熙元年二月内，蒙皇上陞臣勋襄抚治。适值会剿西山房县郝尧寄等贼，奉旨，敕臣雇夫肩运粮草。尔时房竹一带久为贼踞，路径不通，民夫裹足不前。臣躬自开辟山径，疏通河路，直抵上龛，再至砮石、安塘传递，始得转输接济。又兼图、穆两将军统领满、汉大兵驻发进剿，夜以继日了不遑安处。遇岩涧险峻之地，卒多步行。筹虑劳？，实伤心脾。及事竣凯碇，臣亦奉命裁缺，回京候补，即患病卧治数月，复蒙皇上补臣粤东，力疾赴任。自康熙四年八月十三日，受事两年，钱粮盐课等项，俱幸全完。地方民生利病，虽不能尽除；然臣曾陈六大害，请旨永禁。其有不便于民者，臣不惮弹厥心力，整剔而安全之。而民困若犹未苏者，皆短于才耳；而心则不敢自安也！臣自九月旧病复作，因当大计与京察而并举，不敢入告。由是而病入膏盲，至此已追侮莫及矣。臣上有六旬之老母、下有黄口无知之诸孤，均不足念。惟臣自勋抚以至今日，虚糜大官之俸约四年有馀，受恩未报，死不瞑目！臣在粤两载，地方之情形，臣颇深悉。皇上孜孜求治，臣有真知灼见，至死不言，不几仍负罪于地下乎？谨披沥为皇上陈之：一、粤东之兵各宜速裁也：省会平藩甲兵与四翼总兵官，有城守都司兵丁？顺德有水师提督兵，又有水师左右二路，与高、雷、潮、廉、饶、琼等各镇兵；潮州又有续顺公兵，此外各州县又有城守兵丁：是无地非兵。每年计费粮饷二百四十五万，本省起存地丁盐课杂税共计一百二十馀万，尚需外省协济一百馀万。是朝廷实有此疆土，不能有其赋税，而且用他省之银以养兵。且养兵不在沿海边界，而尽在腹裹之地，兵多更无益也。臣谓国用耗蚀全在兵，而民生困苦亦扰于兵。省会之兵既有平藩雄师坐镇，已得居重驭轻之势。其馀九府，不过声势犄角，酌其要害，量设防守。如遇小盗窃发。城守一旅便叮消弭。若山海巨盗，有平藩之师可以随时进剿：是兵不贵多也。廷讲不肯减兵，不悉地方情形。恐议裁兵，一旦有事，首尾不应，不肩其过。今粤东山海之伏莽已靖，所有者，不过朝聚暮散鸡鸣狗盗之徒耳：兵实贵减也。一、粤东边界急宜展也：粤负山面海，疆土原不甚广。今概于边海之地，再迁流离数十万之民，每年抛弃地丁钱粮三十馀万两。地迁矣，又在在设重兵以守其界之地；立界之所，筑墩台、树桩栅，每年每月又用人夫、土木修整。动用不赀，不费公家丝毫，皆出之民力。未迁之民，日苦于派答。流离之民，各无栖止，死丧频闻。欲民不困苦：其可得乎？臣谓将原迁之界，急弛其禁，招徕迁民，复业耕种与煎晒盐斤。将外港、内河撤去桩栅，听民采捕。将腹内之兵尽撤，驻防沿海州县，以防外患。于国用不无可补，而祖宗之地又不轻弃，更于民大有裨益也。如谓所迁弃之地兵虽少而御侮之患甚大，臣思设兵原以捍卫封继而资战守，今避寇侵掠、虑百姓而资盗粮，不见安壤之策；乃缩地迁民，弃门户而守堂奥，臣未之前闻也。臣抚粤二年有馀，亦未闻海寇侵掠之事。所有者仍是内地被迁之民相聚为盗。今若展其疆界，即他盗亦卖刀买犊耳。舍此不讲，徒聚议以求民瘼，皆泛言也！一、香山之横石矶口子宜撤也：当年迁立边界之时，以香山不可弃，议设官兵防守比土。香山外原有澳彝，以其言语难晓，不可耕种，内地既无聚札之地，况驻香山数百年，迁之更难，昨已奉命免迁矣。是县与澳，皆为内地矣。所宜防者，防其通外海耳。当时奉行者，乃于横石矶立一口子。食粮米计口而授，每几日放一关。其一切用物，皆藉幸禁稽查，留难勒扰不许出。县与澳共口数万，断绝往来生业，坐食致困，愁苦难言。若论其地未迁，则为界内之人，其横石口子似宜免设，使其人得贸易于内，以通有无。准于澳内设兵，防其通海接济，庶民彝可以长活。若仍立口子，即有粮米出曜，彼地之人即绝生业，何处有银买米？臣谓不过数年，则其人皆枯褐矣，以七三事，皆功令所甚严，谙臣之所忌讳。臣属纩之谋，毫无所私；总以身在地方，目击情形，为此仰体皇上子惠元元至意，以尽公忠一念之诚，不得不沥血上言。臣虽生不能报国，死亦可以无憾矣。伏乞皇上敕即议施行！”是时四海无事，天子厌兵。闵王来任遗疏暨李之芳谏‘勿迁移’疏，上恻然，深知边疆迁斥流亡之惨，随差都统特等巡视会勘。两广总督周有德同特等睹边民执香跪接道路，喜皇仁之踊跃，见栖止失所，悯流离之颠沛，即去溪河桩栅，便民采捕资生。其近界外之民，准出开垦。随具疏曰：“题为展界设防，既奉特旨，迁民望恩甚切，亟恳复业，早濡皇仁事。窃惟粤东沿海地方，设立边界，将界外之民迁之界内。今蒙特遣都统特等前来会勘海边，安设兵将，防守封疆。粤民闻之，远近悦服。臣等自潮城抵惠、嘉，所过都邑，黄童白叟无不焚香顶祝。迁民千百成群，欢呼载道，拥臣等马首号诉云：‘自立界以来，尽失旧业，乞食无路。今闻皇恩开界安民。小民可望复业，有如苏生。但恳早开一日，早救一日之命’！立随泣下，处处皆然。臣喜见其欢呼之情，又不忍见其愁苦之状，随加意抚慰，宣布朝廷德；莫不踊跃。臣思前此之界，原以绝接济之弊。我皇上仁同天地、明见万里，迁民失业，久在睿鉴之中。臣今身任地方之责，目睹流离之惨，若候会勘之后方请安插，恐时日尚缓，不能待命。臣历行界外，一望青草，径路阻芜，即令民皆复业，力难一时开垦。又须早示招徕，预备牛种，需之岁月，方可资生。臣不得不陈情形，为民请命！伏乞皇上怜悯迁民望恩之切，敕下臣等勘过地方安设兵将后，一面即同该管府县，查照迁民旧籍，给与前业，亲行安插；不许豪强隐占欺凌，亦不许无赖匪类影射混冒。及今急为料理，明春庶可耕种。迁民早还故土，即救旦夕之危，地方早得安静，钱粮亦得起科。臣仍申饬郡县，严行保甲，时加稽察。其有官兵设防于外，亦不患有奸人交通接济之弊。至于无主荒田，列册汇报，酌议屯兵，统候臣等会勘事竣另疏外，仰体皇上爱民之心，从地方起见，特先吁陈，伏乞睿鉴，采择施行。”圣祖仁皇帝随允周有德之请，并裁二路水师暨饶镇等兵。