康熙十三年甲寅〈（附称永历二十八年）〉二月，精忠逆形颇露：部曲整齐，门守严谨。有劝承谟“不可同城，恐遭其害。当借出巡以避之，据延、建、汀、邵上游，号召七闽之师于峡西，可以制之。”谟曰：“若如此，是逼其反也，使彼有名。”不听。三月十五日，各官应赴藩衙，谟欲托病不去。而巡抚刘秉政到署邀同往，谟不疑，偕行。甫入大门，炮响，甲兵突出执承谟。守备廖有功见有变，拔刀挺卫，独力难支被杀。承谟遭擒，骂“负国逆贼”不去口，秉政直奔入府内。福州知府王之义、建宁同知喻三畏、闽县知县鞠维谦、侯官县知县刘嘉猷，一时失驾，慌忙无背。欲驰出避难，悉为甲兵砍死。时精忠有密令；“凡文武官员走入府内与不动身者，活！奔出者，斩！”故捷政奔入。遂反，令军民剪辫，自称‘总统兵马上将军’。因承谟于幽室，四环重壁严兵以守之。精忠复差黄镛过台湾，请郑经会师，且以全闽沿海战舰许之。“贵藩将水、吾将陆江、浙唾手可得也。”
经得书，以陈永华留守东宁，令侍卫冯锡范督诸镇船只先行。经统左武卫薛进思、右武卫刘国轩同六官等，继至厦门。
精忠以巡抚刘秉政为总制使，提学道张文韬为吏曹，陈望雷、廖廷云为户曹，金镜、林日光为礼曹，蒋得宏、王子玉为兵曹〈（子玉号东珣，藩下参领也。好翰墨。荐高兆，号云客，为枢密院博士。至乙卯，至玉卒，精忠乃用蔡绍仪为吏曹，即郭景汾也）〉，李似柱、郑章为刑曹，夏季旺为工曹，萧震为福建承宣布政使司，吕应斗为兵备道。以其叔耿继美为左将军，星夜兼程趣浦城，夺踞仙霞关。以曾养性为左军都督，出温州。以叔耿继善为宣威左将军，星夜兼程趣邵武，夺踞五福、杉关。以马九玉为饶骑将军、江元勋为中军都督、王进为左都尉、徐光武为中都尉、朱鸿弼为右都尉、福州城守副将王可就为前都尉、杨明为前将军、郭秉兴为总兵、原黄岩镇总兵武状元武灏为锦衣卫正堂。差官持令箭，于十七日到兴化府，兴化总兵马惟兴抢掠剪辫反。十八日，到惠安县，守将提标前营守备郭维藩同知县彭翼袁剪辫；劫城中百姓反。十九日，至泉州，提督王进功剪辫反，纵兵焚劫。郡中大乱，南、西两街并瞧褛，搜掠彻夜。次日，遣标员吕彪赍敕印，赴省纳款。精忠授进助为平北将军、何可化仍为兴泉道、王者都仍为泉州知府。起南安知县刘祐为行人同、用福州隆武举人林之木为晋江县。独同安城守张学尧与晋江水师营李尚文约束所部，无犯百姓草木，亦剪辫反。泉属诸邑皆下。
二十二日，到漳州府。海澄公黄梧时背生疸。汀漳道陈启泰闻之，即单骑驰中军吴淑署，商议守御之策。淑曰：“有公台在上，非弟所能主。”启泰是之。驰见黄梧，梧曰：“兵民嗷嗷思乱，恐制驭不得。”泰会其意，知无同志之人。遂回衙，差役市棺二十二口，儿入衙内。将二子交托李伦，以为宗祧计。其妻、妾、众女、婴幸者，悉令其更衣自缢。有幼女哭不肯死，泰抱之上吊，且叮曰：“儿尔先走“爷随后就来。”悉入于棺，虚一柩以自待。令传漳州知府胡麒琛、同知张全、通判贾登科、龙溪知县利在三等入，献琛等以“时势使然，奉劝老大人姑暂顺从以待时。”泰笑曰：“大丈夫苟能竭力与有心人共事，是为臣子之职分也。既无同志之人，而又力不能御，惟有各尽其事而已！本道无他，传尔辈言别。”令人开川堂门，诸属员见其棺横满尾，咋舌嗟叹。泰从容自若曰：“诸君姑待之，熕为吾收殓！”望北叩头起，以手中绉巾自缢，面不敢容。胡献琛等哭拜地下，为之收殓（杰泰字大来，辽东盖州人。郑经登岸，闻其忠贞慷慨，令属县设祭。备仪仗鼓乐，礼葬于漳州东之坂。遣康熙丁已年平复，圣祖仁皇帝赐祀其庙。越戊午，圣祖再行福、漳二府祀典。谥曰‘忠贞’。荫其二子，授汝器，官至安徽巡抚。〈（东旭评曰：从容尽节，慷慨成仁。甲寅殉难：惟公一人）〉。是日黄梧剪辫反，遣员赍印敕赴福州纳款。
当吴三桂之将反，差祝治国、刘定先赍书二、札一、谕二，于二十五日到海澄见赵得胜。胜开三桂谕，有曰：“将军临行之时所陈言语，至今寝寐不忘。北方奸谋叵测，行调余等归旗，内中未免有不善之处。特差该员视治国、刘定先赍来耿藩书一封、郑藩书一封、黄海澄札一封、兴化总兵马惟与谕一封，将军斟酌郑氏之书如何送出、耿藩之书如何送投，黄海澄之札不妨直与之，马惟兴将谕差人送去。速会马惟兴起兵，会师钱塘。耿藩顾恋不决，但渠甲兵不愿北行，将军一呼，自能相应，此机不可失。将军勇略过人，毋庸余之筹渎再酌也。”胜览毕，大喜曰：“正逢其时！但郑藩即欲到厦，不须渡海。且光往漳州何如？”治国、定先从得胜议，随入漳州见黄梧。梧阅三桂书，有曰“柯做一疏议撤，所以不敢即撤者，以郑人尚在耳。清朝非有真心爱公，公亦何必恋恋而爱清朝乎？赵将军乃不佞心腹旧将，忠诚可以贯日月。当与之戮力同心，共伸大义，以享茅土……”云云。梧厚待治国、定先。亦即送二人抵福州见精忠。
四月，黄梧因前月署中被雷震，心不安，出居于桥仔头墟园亭。入门少顷，雷从地又起：愈惧。不数日，背发疸，延诸医不能治，而疮大溃。梧忖不能免，令其子芳度拜中军吴淑为叔父；曰：“耿藩复明，郑贼寄寓，虎视眈眈，其实可忧！小子年轻，藉公念见昔之交，善为照顾。余往九泉，亦俱目矣！”淑顿首曰：“爵主安心；天必多相。苟有不幸，淑自当披肝沥胆以扶公子，爵主穿多虑焉！”遂与度同拜。梧令左右腋淑先起。次日，梧疸疼发，难堪而死。淑恐城中乘虚有变，严整队伍，令其胞弟潜、族弟智、文、友，分守四门。又令朱武、蔡隆、陈骥〈（即陈甲也）〉、赖陞等，敛兵守公署。又以黄翌、黄芳各带亲信健将，腋芳度左右，然后发丧。而耿精忠以平和公封梧印敕至，淑率诸将护芳度，拜袭受封，统领全军。淑又教芳度出家帑招兵，收拾城池，制器甲、蓄粮糗。
海澄总兵赵得胜、漳浦总兵刘炎俱剪辫缴印敕反。精忠加得胜为威远将军、刘炎为定远将军〈（炎戊戌武状元，由内侍出任汀协，后擢漳浦总兵）〉，仍檄炎差员出接郑经。炎随遣胞弟煜往厦门接经。经虽优礼煜，煜见厦门瓦砾满地、茅草盈野，船只散处停泊，民居寂寥，心甚轻之。归对炎曰：“海上兵不满二千、船不过百只，安能济事？”炎以其弟言报精忠；忠信之。即通行各沿海边界，照前禁例：‘寸板不许下海’！绝郑经来往。
祝治国、刘定先至福州，见精忠。忠复书会师，令二人归国。治国等仍同海澄，赍三桂书出厦门，见郑经。有曰：“令祖举全闽投诚，大有勋劳；横遭俎醢此百世必报之仇也。令先王存心大义，九死靡他，诚大丈夫特立独行！每言及此，未尝不叹为伟人也。己亥进围金陵，徒以声援不继而还。欲扬光人之名、雪家门之恨，惟此时为然。殿下少承先志，练兵养威，知为观衅而动。今天下大举，正千载一遇，时不可失。殿下速整貔貅，大引舟师，经取金陵；或抵天津，断其粮道，绝其咽喉。此奇兵乘虚，乃捷奏万全；复累世大仇；泄神人共愤，何快如之！”经厚赏治国、定先，答其书曰：“闻殿下忘家为国，不顾其子，欲伸大义于天下，不禁雀跃。既庆朝廷之光复，又喜所怀之不谬，故献一言：自古成天下之大业，必先建天下之大义。以殿下之忠贞，而择立先帝之苗裔，则足以号召人心，而感奋忠义。不佞所以区区道及，亦欲依日月之末光，早建匡复之业。枕戈待旦，以俟会师之举尔。”造监纪推官陈克岐、副将陈文焕同祝治国、刘定先往湖广报命。经遂训练士卒，修整舟师，密令黄兴、杨信入泉、漳各处招集以为援。又差兵都事李德，驾船往日本，铸永历钱，并铜熕矮刀器械，以资兵用。户都事杨贤回台湾，监督洋船往贩逞罗、咬𠺕吧、吕宋等国，以资兵食。另论与留守东宁总制便陈永华：“调土番暨佃丁六分之四，前来厦门听用。”
福宁州总兵吴万幅闻精忠反，差官至，拒之，不放入城，遂整饬即伍，缮修城池，以便御敌。但万福平日贪克寡恩，部卒咸怨之。精忠知万福拒使不从，遣曾养性统兵攻万幅。福登城督御，其众鼓噪杀福，迎性入。
于是全闽皆下。但精忠欲反时，虑漳、泉下游文武不服，故遣黄镛渡海，请郑经以作声援。迨见不数日，驰数骑片檄，而得全闽。且曾养性出寇浙右，平阳总兵蔡朝佐剪辫反，应之，共屯兵飞云渡，窥瑞安。守瑞安副将吴三畏〈（武状元）〉敛兵守备，请救于温州总兵祖弘勋。奈勋业与养性通，按兵不动。性据江札营，密遣一旅从沙园渡江，狂温州。祖弘勋闻提督塞白里同黄岩总兵阿尔泰提师至北岸溪灶，遂令其众鼓噪乏饷。六月朔日，集道、府、厅、县登华盖山大观亭议事。弘勋曰：“行兵当以粮饷为先。今粮饷不足，众哗然而起，谁能制之？”温处道陈丹赤曰：“贼将临城，战则在公；饷则在我，再不致有一日缺食。”永嘉知县马玠曰：“提督现报屯溪灶，我们率兵民共守此城，俟贼势稍衰，窥其隙而破之。至于粮饷，自当策应，毋烦镇台过虑也。”弘勋曰：“诸公有所不知：今三藩并举，四方响应，识时务者当体天顺人，立功业以垂不朽。”丹赤以手中扇指曰：“公出此言，岂不负朝廷委托封疆重任乎？”勋大怒曰：“竖子无状！”左右挥刀斩丹赤手。从役林义田扶，被砍。马玠呼曰：“似比，岂不反了！”遂遭杀。二公骂不绝口而死。玠侄颖姿、家人张亦宝出街，俱遇害。府、厅诸属，咸跪下，愿从弘勋剪辫反，接养性入城。飞骑报喻三畏。畏计穷，遂降〈（丹赤字猷之，别号青城，辛卯科乡荐。福州府闽县人。丁已恢复，以其事上闻。赠通政便，谥‘忠毅’，建祠温州府华盖山，春秋祀之。而永嘉知县马玠不与焉。至康熙四十二年，圣祖南巡，询当时事，方赠玠布政使司，谥‘忠勤’。又御书‘旌劳葵忱’四字扁额，赐建‘双忠祠’，合祀于华盖山上。玠字奉璋，登顺治甲午科乡荐。陕西武功县人。子逸姿，恩荫江苏布政。丹赤子一夔，恩荫浙江运使）〉。养性大合其众，寇黄岩。黄岩总兵阿尔泰亦剪辫反（按养性侵犯浙江，提督塞白里接应蔡朝佐反，会同黄岩总兵阿尔泰，提师至温州北岸溪灶地方。忽而祖弘勋反引养性过新桥，攻乐清县。白里恐截其归路，退守宁波府。八月十九日，养性进屯海坑，又令水师张拱垣率船二百馀号，入泊海澳。白里遣宁波城守游击任惟我同其本标左营游击王英，领兵往扩。迨养性密通阿尔泰，泰亦剪辫反，遂进踞椒出、小梁山、蔡岭、白塔山诸处，连营数十里，窥迫台州，势甚猖獗。时，随征福建提督段应举领师战浮桥头，失利，台州危急。白里率其中营游击洪元、前营游击胡鏖同王英、任惟我往援，屯师双门，离台州八十里，相拒。十月，镶蓝旗贝子主富喇塔提师至，两相对垒。越次年乙卯六月，象山副将罗万里反，合养性断台州、宁波粮道。七月十五日，富喇塔命副都统吴申、巴图鲁李尔塔布等八旗，集仙居县。用王英计，假收毛坪，暗渡乌岩。于八月初八日夺凉坪，踞牛岭，救援台州。〈（按王英，本姓吴，泉之晋江人。投诚，随标浙江，见知于提督塞白里，保英为中营游击，屡立战功。后召平闽，任同安总兵。题复本姓。继从施琅平台有功，历任提督，挂‘威远将军’印）〉。又耿继善同易明、朱飞熊、罗尚之等出江西，陷广信、徽州二府。尚之陷徽州，骄悍横虐，肆恶难堪；又强占民间聘女。百姓愤甚，遂密请大师，乘夜入击。尚之势虚，弃城遁，出仙霞。江元勋有江山县之捷，迨至衢州府清湖。有行家毛念一者，凡藩院差官来往，悉住行中，因而精忠亦知其名。癸丑〈（去年）〉十月，精忠密谕毛念一，令其招集亡命，以作取仙霞翻计，未兔招摇。杭州将军同知差夸兰大带骑兵五百，前来擒拏念一，时未知精忠之变。精忠虑杭州探知来夺仙霞关，即差耿继美同江元勋领金枪手一千，限其十日兼程抢关。继美驻札浦城，江元勋督众出关。至江山县东岳庙前，遇我师。远望手执排枪，误为红棍，直冲而来。被元勋发枪攻打，伤失仅存二三。勋乘势追至衢州府，未敢夺城，只踞铜钱岭。后将军喇哈达，都统赖塔提师到，夺回。元勋退屯九龙山，康亲王驻札金华府。元勋屡争铜钱岭，哈达与塔力御之。后精忠又遗马九玉至衢州，与元勋不睦。忠以中军都权交九玉，以右军都督与元勋，召勋带本部兵回闽，守兴化拒郑经。于是声势大振，有悔请经意。追接刘炎启云：“郑氏附居厦门，孤悬海外，一片荒芜。负犁既无其人，采樵又乏其山。兵不过数千，船仅数百只而已。藉舟楫以为居，乘波涛而剽掠，安能成其大事？当摈绝之，切不可与通往来！聚集亡命，扰我边疆，为害不浅……”云云。精忠意愈决，通饬边汛，不许往来。
经见精忠禁严，差协理礼官柯平入福州见精忠，责其背约。精忠谓平曰：“归道尔主，各地自守，毋作妄想！”平回报，经大怒。令侍卫冯锡范督右武卫刘国轩、左虎卫何祐、戎旗一镇林陞、戎旗二镇施陞等，攻同安。时精忠差员请王进功入省，咨询机宜，召同安城守张学尧协防泉州，又令水师游击华尚兰守同安。故锡范至，尚兰开城迎降。学尧闻报，自泉整旅反整不及。其眷口已送厦门，计穷亦降经。经授学尧为左先锋镇挂荡卤将军印。以同安知县郑麟彩有糜名，复知县事。同人施凤亦帅舟师来降，经授凤为元宿镇〈（凤即施亥，后改名明良）〉。寻而施琅子施齐亦至，改姓王，名世泽，授为女宿镇。精忠征兴化总兵马惟兴出仙霞关，以右都尉王进代之。又征平和公黄芳度兵，度遣原同安总兵黄翌率步兵千人应命。复征海澄威远将军赵得胜兵，胜不应调。精忠檄至，赵得胜虞有不测，差陈自良出厦门降经。经令宣毅前镇江胜入海门，会得胜。表封得胜兴明伯、左提督。经调刘国轩、何祐回，以郑畛为思明知州，将同安、海澄二县属焉〈（按：经承父例，总兵以下皆自委任，如公、侯、伯及提督，必修表请封，然后出印谕）〉。
王进功至福州，谒精忠。忠礼待甚厚，拨中尉徐光武书室与居。周旋缱绻，总不令回泉。进功思忖忠意不善，必欲一网打尽。即密买乡民，驰书夫人并子藩锡，嘱其“谨防图谋，速当为计！尔辈若在，吾可不死。尔辈若所为失算，则无噍类矣。”夫人与藩锡随谋之总领王如虎。虎为夫人计，当博五营商议，夫人是之。密傅五营兼管中营事葛天英、右营张汉相、前营魏其志、后营王耀，告以将军来书意。天英等虽然阳许，心甚狐疑。适精忠羽檄征五营兵将出仙霞关，文书叠至。继报王进领兵即到，五营将领意力决，协力扶夫人。精忠以王进勇略夙望，将吴万幅眷口家资配之，以结其心，命镇守兴化，代马惟兴出仙霞关；因欲图王进功，驰谕令其兼程抵泉，与城守赖玉谋抄进功家。王进随率所部千人至，屯札城内南教场，纵横威福。朝夕与赖玉、戴国用、李尚文往来，计议甚密。葛天英等五营见进有觊觎意、亦督兵提防。如虎甲不离身，率所辖亲随，日夜护卫衙门。进与玉计：“五营兵马繁多，难于下手。”又差人飞启精忠。忠随拨右都尉朱鸿弼带骑兵五百、步旅一千，前来泉州接应。夫人闻报，随请葛天英等因位入内谋曰：“将军被困在省，赖玉与主进二贼共相谋图。今又报朱都尉领兵印至，其祸不远。吾闻先发者制人，当速下手！不可迟延，坐受其害。”天英曰：“夫人毋虑，筹之熟矣。就在明早初一，英等上王进衙门回，同城守等顺上夫人衙门，可令王领旗带兵埋伏左右，以炮为号，先杀赖玉，然后分兵攻王进。”夫人许之。即令出，各自为备。王进接精忠檄，知朱鸿弼领兵将至。忙与赖玉议曰：“五营将士心大疑惑，恐朱都骑兵至必生变。当先下手为是。”玉曰：“兵无主帅，五营虽各调遣，亦是各自为备，无能为也。”进曰：“非此之谓也。形迹已露，若不速举，必为所算。今朱都尉兵一二日必到，可于初二日与公合兵攻之。”玉曰：“可。”六月初一早，葛天英等上王进衙门回至南街，赖玉欲别英等分路回署。葛天英曰：“可到大衙门走走。”玉辞不去。天英正色曰：“将军虽不在家，夫人、小主尚在，岂有不投手本之理？”玉闻天英言，揆于礼有缺，遂勒转马，同天英往提督衙门。藩锡知玉到，差人出请。玉等甫至二门，而外炮响，伏起，砍死赖玉，擒戴国用、李尚文等。即会兵分道攻王进。进闻赖玉被杀，五营兵至，随令除丁搬百姓椅掉门板诸物填塞各巷。亲督所带健勇，据南教扬与战。王如虎首先冲入，被王进一箭伤额，几乎坠马，众军赶上救回。其馀各将，缘督调乏帅而无号令，冲突相持，至晚按守而已。进登涂门楼，遥望泉港船只如叶，疑请海师来合攻。是夜，以羊吊之点鼓，剪香长短而放炮，令军土饱食，结束衔枚，开涂门逸去。朱鸿弼驹步兵将至，闻赖玉等被杀，王进逸去，其队亦各散回。六月初二早，天英等知王进乘夜逃回省城，藩锡遂出戴国用绞于市，而将及李倘文。泉人感尚文闻变日束兵有法，并无扰害，齐赴辕门请救。夫人从民请，释尚文。葛天英等恐王进往省必讲师整甲复来，随与夫人谋降郑经，夫人许之，藩锡令监生吴公鸿往厦门纳抉投降。