八月初九日琅拜疏曰：“题为恭报微臣先抵台湾安辑，仰祈睿鉴事。窃惟澎湖克捷、台湾求抚，兵民俱己削发，臣业经前后具疏赍缴伪藩郑克塽降表，进上御览，应当候旨，钦遵奉行。兼以出征官兵所需粮饷，督臣即于六月十一日回省，悉皆臣拨船过洋，来往载运发给。今各镇营官兵秋季粮饷，过四十馀日倘未运到，故未得前去台湾。如督标所拨付朱天贵等坐赶绘船、双帆艍船，于六月二十二夜内，朱兴即带一十三只径不请令，私自逃回；尚有五十一只，配载官兵二千二百五十六名，督臣于阐六月十二日差参将洪范、传宣杨俊功赍咨文到澎湖守侯，尽行吊回矣。兹本月初八日，伪藩郑克塽修书差副使何士隆同曾蜚赍送前来伪武平侯刘国轩、伪忠诚伯冯锡范各致书一封到澎湖臣军前，称说：台湾兵民数十万，恐人心危疑不一，事久生端，请臣速去安辑。臣立即会同行间各镇臣酌派各船留守澎湖，以为接运粮糈之用；臣统率水陆官兵船只，拟于十一日开驾，前抵台湾弹压，暂行安辑，将要紧之人先载入内地。仍移咨督、抚或亲临安插、或酌委有司前来料理。仰候敕差户、兵即臣到时，与督、抚二臣商酌，安插得宜。臣到台湾，察阅人民土地情形，另疏题报。更有请者：臣右眼自六月十六日冲击贼䑸，被铳打伤，医治至今，两月有馀，犹昏昧未明，勉强在军调度。剿抚之事勾当，臣职已尽，伏乞俞旨准臣班师回汛调治，俯赐睿裁施行！为此具本，谨密题请旨。”
十一日，琅统吴英、林贤、陈昌、扬嘉瑞，陈龙等镇协营守备，配坐船只，从澎湖开驾进发。郑克塽得何士隆、曾蜚回信，知琅将到；乃差士隆同礼官郑斌暨父老彩旗鼓乐，坐小船出鹿耳门迎接。克塽率国轩、锡范、绳武、洪磊、何祐、黄良骥等文武俱列队，并番民等齐集海挺，恭迎王师。琅等诸船因风轻微，至十三日方到。但鹿耳门港路纾回，自相撞冲，触坏船十有馀只。塽令何祐飞驾快哨引港，祐即随其转湾处树青为号〈（树青以长木坚海底，上用树叶缚之，俾驾船者便于观志港路出入。今至各港路犹然）〉。方进台湾，登岸札营。会克塽国轩等，欢爱倍加。禁止搔扰百姓，士民安堵乐业，长不易亩、工不闭肆。与国轩等谈竟日夜，各恨相见之晚。随分送克塽、国轩等诸文武官员袍、褂、靴、帽，择吉于十八日薙发。所有各社土番接踵而至，皆悉赏其袍、帽、银牌及烟、布之类，皆欣然踊跃。安插已定。遂恭报入台湾日期疏曰：“题为恭报舟师已抵台湾，投诚官兵急需粮饷，伏乞敕旨应给事。缘照臣总统水陆官兵船只于本年八月十一日自澎湖开驾进发，业已题报在案。其澎湖地方，臣酌拨水陆官兵共三千员名、大小船三十馀只，留守山海防御。臣于本月十三日到台湾鹿耳门。伪藩郑克塽遣小船前来接引入港，伪侯刘国轩、伪伯冯锡范率领各伪文武官员到军前迎接。急随于本月十八日削发，臣逐一分发袍、帽、外套、靴全副。其各乡社百姓以及土番壶浆迎师，接踵而至。臣宣布皇仁，酌量给赏银牌、袍、帽、靴、烟、布疋，悉欢欣踊跃。其故明监国鲁王世子朱桓呈缴金册一副，同滤溪王朱慈爌、巴东王朱江、乐安王朱浚、舒城王朱慈𤌄、奉南王朱熺、益王宗室朱镐等，亦赴军前投见。询称：宁靖王朱术桂闻大师克取澎湖，即全家自缢而死。臣就朱慈爌等追取各原受册印；据称流落多年，贫窘销用，见各住草地耕种度活。兹朱桓等宗室数人，应载入内地，移交督、抚，听其主裁安插。惟臣舟师今抵台湾，细阅港道纡回，地势窄狭，波涛湍息，可谓至险至固。臣虽用兵颇能筹度，及至此观看周详，若非皇上威灵远震，未可力斗取胜也。顾输诚向化之举，在各伪文武官员悉怀疑畏，独伪侯刘国轩决意倾心，以生死听命于朝廷，免贻生灵涂炭。此其人毅然慷慨，见机力主归命，遂使我师不用战攻而得全国，其功不少。倘荷皇上宽恩，授以爵秩，当有可效之才也。又阅土地肥饶，出产五谷，沃野千里。人民土番杂处，甚为稠密。应去应留，臣经具疏题讲，未奉敕旨。仰冀迅赐睿夺，俾得钦奉遵行。更有请者，台湾伪官兵，听其归农者甚多；而入伍者亦不少，当即暂给粮食，以安新附者之心。若承交接管，此项粮饷何从以应？臣于本年八月初八日承兵即札付：覆奉俞旨：其愿入伍投诚兵丁，著即补经制缺额数内，钦遵在案。第查此时额缺零星，查补无几。再四筹维，闽、粤、江、浙四省溢设营兵，盖因台湾负抗、飘突靡常，故增添堵御。今台湾既平，海外可以无患。请就福建内地阵营先行酌量裁撤，将所裁溢额之粮饷暂给投诚之兵需，可无外费公帑，赤移缓就急，一时权宜策应之计也。臣一面题请，一面挪废发给。俟凯旋之日，应撤应留，以听部议定夺。臣现今出师台湾，船只来往，越过两重海洋，水程辽远。值兹秋冬，北风盛发，阻滞难行，动经匝月不等，非比春夏可以计期而至。伏乞皇上睿鉴，迅饬部议：或如臣所议裁汰、或应就何项措给，敕下督、抚，著令作速遵行，以应发给投诚兵需，庶免悬空矣。兹在台湾，如鹿耳门、大港、隙仔港、马沙港、蛲港、打狗港、上下淡水等处，俱已调拨船兵，分布守御。臣带水陆镇营官兵，一半登岸驻札，一半在船。至伪藩郑克塽、伪侯伯刘国轩、冯锡范等及各眷口，应即一并载入内地。缘此时风劲浪狂，舟楫难行，容俟九月炒风浪稍平，即拨载移送督、抚安插。所有伪官印札、兵民户口等项繁多，一时汇造，夫得就绪。俟其造明，交缴到臣，即具疏赍进。缘系恭报舟师已抵台湾事理，贴黄难尽，伏乞皇上俯赐全览施行！谨密题请旨。”
二十二日，施琅奉牲币，祭告成功之庙，有曰：“自南宏侯入台，台地始有民居。逮赐姓启土，世为岩疆，莫可谁何！今琅赖天子威灵，将帅之力，克有兹土，不辞灭国之诛，所以忠朝廷而报父兄之职也！但琅起卒伍，于赐姓有鱼水之欢。中间微嫌，酿成大戾。琅于赐姓，剪为仇敌，情犹臣主；芦中穷士；义所不为！公义私辟，如是而已！”祭毕泪下。
二十三日，琅率吴英、国轩等踏勘南北二路，见其山川峭峻、土地膏腴，茂林修竹，人烟辐辏，且番民杂处耕种，实海外之雄镇。若弃而不守，则将来不但宵小窃据，亦必为红毛所图；其贻害地力，又不仅吾闽一省。自当请留，以作边海屏藩。二十六日，琅回。二十八日，即将朱桓等诸宗屋拨船载过厦门，咨交督、抚安插。
九月初一日，国轩面琅请曰：“台湾业已安平，交公料理。轩岂可久居于此，以生外议？宜单骑进京陛见，生死付之朝廷。”琅是之，即拨船与之。初六日，国轩辞克塽、锡范等，先渡海。至省，见启圣、金𬭎，驰驿进京。琅一面发还各省难民，又拨船护送郑克塽、冯锡范、洪磊、陈绳武、刘国昌、何祐、林陞、李茂等诸文武眷口过厦，听启望安插。国轩至京陛见，圣祖大悦，即授为天津卫总兵。迨郑克塽、冯锡范到京陛见，授克塽正黄旗汉军公、锡范正白旗汉军伯，赐第宅居京师。
十一月，琅见诸凡业已就绪，遂将台湾地方交吴英总统把守。二十二日，班师。至澎湖，巡视调理。二十五日，亲祭阵亡诸将士。二十六日，开船，是夜放洋。二十七日。午刻到厦门。
十二月初一日，琅往福省，与部堂苏督、抚会议台湾弃留。众以留恐无益，弃虞有害，各议不一。琅遂决意主留，题疏曰：“题为恭陈台湾弃留之利害，仰祈睿鉴裁夺事。窃照台湾地力，北连吴会，南接粤峤，延表数千里，山川峻峭，港道纡回，乃江、浙、闽、粤四省之左护。隔离澎湖一大洋，水路三更馀遥。查明季设水澎标于登门所，出汛至澎湖而止，水道亦有七更馀遥。台湾一地，原为化外，土番杂处，未入版图也；然其时中国之民潜至生聚于其间者，已不下万人。郑芝龙为海寇时，以为巢穴。及崇祯元年，芝龙就抚，将此地税与红毛为互而之所。红毛遂联络土番，抚纳内地人民，成一海外之国，渐作边患。至顺治十八年，为海逆郑成功所踞；绅集亡命，挟诱土番，荼毒海疆，窥伺南北，侵犯江、浙。传及其孙克塽，六十馀年，无时不厪宸衷。臣奉旨征讨，亲历其地，备见野沃土膏，物产利溥，耕桑并捐，渔盐滋生；满山皆属茂林，遍处俱植修竹，硫磺、水藤，糖蔗、鹿皮以及口切日用之需，无所不有。向之所少者，布帛耳；兹则木棉盛出，经织不乏。且舟帆四达，丝缕踵至；饬禁虽严，终难杜绝。实肥饶之区，险阻之域。逆孽乃一旦凛天威、怀圣德，纳土归命，此诚天以未辟之方舆，资皇上东南之保障，永绝边海之祸，岂人力所能致哉？夫地方既入版图，土番、人民皆属赤子；善后之计；尤宜周详！此地若弃为荒陬，复置度外，则今台湾人居稠密，户口繁息，农、工、商、贾一行徙弃，安土重迁，失业流离，殊费经营，实非良策！况以有限之船，渡无限之民，非阅数年，难以报竣。使渡载不尽，苟且塞责，则该地之深山穷谷窜伏潜匿者，实繁有徒，和同土番从而啸聚，假以内地之逃军闪民，急则走险，纠党为祟，造舟制器，剽掠滨海。此所谓藉寇兵而赍盗粮，固昭然较著者。甚至此地原为红毛聚处，无时不在涎贪，亦必乘隙以图。一为红毛所有，则彼性狡黠，所到之处：善能鼓惑人心；重以夹板船只，精壮坚大，从来海外所不敌。未有土地可以托足，尚无伎俩；若再得此地，数千里之膏腴，复附依泊，必倡合党伙，窥窃边场，逼近门庭。此乃种祸后来，沿海诸省，断难晏然无虞。尔时，复动师远征，两涉大洋，汪波不测，恐未易再建成效。如仅守澎湖而弃台湾，则孤悬海中，土地单薄，界于台湾、远隔金厦，岂不受制于彼而能一朝居哉？是守台湾，即所以固澎湖也。台湾澎湖一守，兼之沿边水师汛防严密，各相犄角，声气关通，应援易及，可以宁息。况昔日郑逆之所以得负抗逋诛者，以台湾为老巢、以澎湖为门户，四通八达，游移肆虐，任其所之；我之舟师往来有阻。今地方既为我得，在在官兵星罗棋布，风期顺利，片帆可至，虽有奸萌不敢复发。臣业与即臣苏拜、抚臣金镕等会议之中，部臣、抚臣以未履其地，未敢造次；臣阅历周详，不敢遽议轻弃者也。伏思皇上建极以来，仁风遐扬、威声远播，四海宾贡、万国咸宁！日月所照，霜露所坠，凡有血气，莫不臣服！以斯方拓之土，奚难设守以为东南之藩篱？且海氛既靖，内地溢设之官兵，尽可陆续汰减，以之分防台湾、澎湖两处。台湾设总兵一员、水师副将一员、陆师参将二员、兵八千名；澎湖设水师副将一员、兵二千名。通共计兵一万名，足以固守，又无添兵增饷之费。其防守总兵、副将、参、游等官，定以三年或二年转陞内地，无致久任，永为成例。在我皇上优爵重禄，推心置腹；大小将弁谁不勉励竭忠？然当此地方初辟，该地正赋。杂饷，殊宜触豁。现在一万之兵食，权行全给；三年后开征，可以佐需。抑且寓兵于农，亦能济用，可以减省，无庸尽资内地之转输也。盖筹天下之形势，必求万全。台湾虽属外岛，实关四省之要害。勿谓彼中耕种，犹能少资兵食，固当议留；即为不毛荒塽，必藉内地挽转运输，亦断断乎其不可弃！惟弃留之际，利害攸关，恐有知而不言之惫。如我朝兵力，比于前代，何等强盛！当时封疆大臣，无经国远猷，矢志图贼；狃于日前苟安为计，迁五省边地以避寇患，致贼势愈炽而生民颠沛。往事不臧，延祸及今；重遗朝廷宵旰之忧。臣仰荷皇恩，天高地厚；行年六十有馀，衰老馀生，频虞报称末由。熟虞该地形势，而不敢不言。盖臣今日知而不言，至后世万干滋蔓难图，窃恐皇上责臣以缄默之罪，臣又焉所自逭？故当此地方削平，定计去留，莫敢担承，臣思弃之必酿成大祸，留之诚永固边圉。会议之际，臣虽谆谆极道。难尽其辞。在部臣、抚臣等耳目未经，又不能尽悉其概。是以臣于会议具疏之外，不避冒渎，以其利害，日行详细披陈。但事关朝廷封疆，重大，弃留出自乾断；外台湾地图一张。附马塘递进御览。绿系备陈台湾去留事宜，贴黄难尽，伏乞皇上睿鉴全览施行！”圣祖览琅疏，下部议。议：台湾伪为承天府、万年州、天兴州，今改为台湾府，辖三县；以附郭为台湾县，南路为凤山县、北路为诸罗县〈（一本作“令改为嘉义县，又于淡水增设彰化一县”）〉。仍设道官一员，兼辖区门地方；又在于一万额制兵内拨出五百多名、守备一员，辖之，为遭标。其营制陞转额设，悉依施琅所议。议上，奉旨：“依议。”遂收入版图，设置学官教化，永为海外文物富饶之邦矣（东旭诗曰：新辟天南海外方，人民安堵不须忙；雨顺风调升平福；一统山河帝祚长！附纪：厦门鼓浪屿当于万历甲辰三月初十日雷震一石，其文曰：“草鸡夜鸣，长耳太尾。衔鼠干头，拍水而起。杀人如麻，血成海水。扬眉于东，倾陷马耳。生女灭鸡，十倍相倚。志在四力，一人也尔。庚小熙皡，太平伊始。”当时人多不解其意。今事后，方觉其‘蕇鸡夜呜，长耳大尾’，凑来是郑字，应在郑芝龙也。‘街鼠干头’，天干之头是甲、衔鼠是子，成功是甲子年生也。‘拍水而起’是应成功之踞金寺厦。‘杀人如麻，血成海水’，是应成功之征战害民。‘扬眉于东’，是应成功之踞台湾。‘倾陷马耳’，是应‘冯’字，言冯锡范专权。‘生女灭难，十倍相倚’；‘十倍’为‘兆’、‘生女’合成‘姚’字，应在脱启圣。‘志在四方，一人也尔’，合之为‘施’，应施琅也。‘庚小熙皡’，庚小为‘康’字，应在康熙癸亥年之平山海为一。而‘太平伊始’，实赖姚、施二人之功。观比，可见沿海遭劫数十年者；莫非天也，人复何撼焉！余甲子仲冬至台湾，曾有一律曰：霸气已消王气兴，荒夷图入版图名；升沉有数子戈息，礼乐无私教化行。月冷雄魂应坠泪，史香吊鬼岂虚声。看来世事皆前定，白日寒云不胜情〈（吊鬼指宁靖王）〉。