其时朝野将士皆惮王敦，不肯向前去战，各自相推。当时王导密谓帝曰：“今敦在，将士畏惮，不敢向前。今闻敦病甚，其性极急，陛下可作诏书，使人送去见敦，暴敦罪恶，彼心受气，不死将次九分！臣归家，率子弟，称敦见诏气死，代其发哀挂孝，然后下诏，只讨钱凤、王含，休书王敦，则将士认王敦已死，必然奋志向前，可讨王敦，彼之将士，亦自散矣。”
帝大喜，用其计，即使人持诏去，暴王敦之罪。敦得书，果怄气病增，卧床不起，使人催王含进兵。王导归家数日，率子弟挂孝发哀，称说王敦死了。兵以为王敦已死，咸有奋志，于是尚书省誊诏，遣人送敦府下曰：敦辄立元息，以自承代，不由王命，顽凶相弊，志窥神器，天不长奸。敦已陨毙，凤复煽运，今遣司徒导等讨之，诸为敦所授用者，一无所问。敦之将士，从敦两年，违离家室，朕甚悯之。其单丁遣还，终身不调；余皆与假三年，休讫还台。当与宿卫，同例三番。
使人持诏下敦府，敦见诏大怒，而病愈笃，欲即起兵，使郭璞筮之，璞曰：“无成！”敦疑璞助温峤，欲杀之，恐人议论。敦问曰：“吾寿几何？”璞曰：“明公起事，祸必不久！若在武昌，寿不可测！”敦大怒曰：“卿寿几何”？璞曰：“命尽今日日中。”敦怒甚，收璞杀之。乃即召兄王含及钱凤人告曰：“吾疾笃，难以御众，汝等可与邓岳及周抚率众五万，先向京师，吾随后接应。”凤问曰：“事克之日，天子云何？”
敦曰：“尚未南郊，何称天子？便尽卿兵势，但可保护东海王、裴妃而已。”
七月，王含水陆五万，奄至江宁南岸，人情恟惧。温峤恐其兵过，放火烧了朱雀桥，以挫其锋。
明帝欲尽将兵击含，闻朱雀桥已焚，大怒于峤。峤曰：“今宿卫寡弱，后兵未至，若贼豕突，社稷且恐不保，何爱一桥乎？”明帝方息怒，命峤等同屯桥岸矣。
司徒王导遣使遗书王含曰：
近承大将军已不讳，兄此举谓可如昔年之事乎？昔年佞臣乱朝，人怀不忿，如导之徒，心思外济；今则不然，大将军未屯于湖，渐失人心，临终之日，委重安期，诸有耳者，皆知将为禅代，非人臣之事也。先帝中兴，遗爱在民，圣主聪明，德洽朝野，兄乃欲妄萌逆行，凡在人臣，谁不慎难？导门户大小，世受国厚恩，今日之事，明目张胆，为六军之首，宁为忠臣而死，不为无赖而生也！
含见书，怒而不答。明帝集诸将商议，诸将曰：“王含、钱凤，众力百倍，苑城小而不固，趁军势未成，大驾自出拒战。”郗鉴曰：“群逆纵逸，势不可当，可以谋屈，难以力竞。且含等号令不一，抄盗相寻，旷延日久，必起义士之心。今决胜负于一朝，万一蹉跎，虽有申胥之徒，何补既往哉！”明帝从之。明帝乃率诸军出屯，而帝当夜募壮士，使将军段秀等率千余人渡水，掩其无备。
秀等领计，率一千二百人夜渡河，平旦与含军相遇于越城。
两下交锋，未战十合，王含败逃，被秀大破之而还。段秀，乃匹磾弟也。
王含既败，领残兵退屯于别所。王敦闻知大怒曰：“我兄老婢耳，门户衰，世事去矣，我当力行！”因作势而起，困乏复卧。乃谓兄子王应曰：“我死汝便即位，先立朝廷百官，然后茔葬。”应拜受其言。至夜，王敦愤惋而死。诸葛瑶谓王应曰：“今丞相归天，不可发丧，若三军闻知，则在外将士，不肯尽心出战。不如秘之，将铺席裹尸，埋于厅中，只管饮酒调将，去攻建康；待取得京师，然后发丧。”应曰：“其计甚妙。”于是使近侍将王敦尸以席蜡涂其外，埋于厅中。每日与诸葛瑶饮酒淫乐，不理军事。
明帝虽胜一阵，心中犹疑寡众不敌，乃使人说沈充降，许以司空。
沈不奉诏，遂起兵与王含合兵，来攻建康。当司马顾扬说充曰：“举大事而天子已扼其咽喉，锋挫气沮，持久必败；若决破钱塘，因湖水以灌京邑，纵舟师以攻之，此上策也！藉初至之锐，并东西军之力，十道俱进，众寡过倍，理必摧陷，此中策也。转祸为福，召钱凤人议事，因斩之以降，此下策也。”
沈充不能用。
刘遐、苏峻得诏，率精兵二万人至。次日沈充战，两下交锋，充、凤大败，被遐、峻大破之。
时，浔阳太守周光，率千余人赴敦营求见王敦，王应辞以疾重，不能出见。光料得敦已死，乃退谓兄周抚曰：“王公已死，兄何为与钱凤作贼耶？”众愕然，抚方以实告光。光遂出，佯以为发兵助凤，因而入斩钱凤，付抚诣阙，自请其罪。沈充为故将吴儒所杀，传首建康。王含见事不成，与王应烧营夜遁。
次日，明帝闻沈充、钱凤之死，王含烧营而逃，方始收军回宫。
却说王含欲奔荆州，其子王应曰：“不如投江州叔父彬处。”含曰：“大将军素与江州不睦，何如欲归之？”应曰：“此乃所以宜归也！江州当人强盛时，能立同异，此非常人所能及；今观困厄，必有愍侧之心，荆州叔父舒守文，岂能意外行事乎？”含不从，遂与应奔荆州。
荆州刺史王舒遣军迎之。惧朝廷见罪，乃以酒款待王含父子，二人饮得大醉，王舒使人执缚，沉其父子于江死之，遣使奉表入朝。
却说江州刺史王彬，闻应大败，当来奔己，密具舟待，不至，深以为恨而退。
于是敦党悉平，有司奏明帝，使人发敦尸，焚其衣冠，跽而斩之，与充、风之首，同悬于南郊，百姓观者，莫不称庆。
郗鉴曰：“前朝诛杨骏等，皆先极官刑，后听私殡；臣以为王诛加于上，私义行于下，宜听敦家收葬。”明帝许之，敦家人收敦尸首，乃葬之。
王导等皆以讨敦功，受帝封赏。有司奏王彬等当诛，明帝下诏曰：司徒导以大义灭亲，犹当百世称之，况彬等皆其亲近乎，悉无所问！
帝诏敦纲纪除名，参佐禁锢，温峤上疏曰：敦刚愎不仁，忍行杀戮，处其朝者，恒惧危亡。原其私心，岂遑安处，其赞导凶悖，自当正以典刑，如其枉陷奸党，宜施之宽宥。
明帝览之，未及问，郗鉴曰：“先王立君臣之教，贵于仗节死义，王敦佐吏，虽多逼迫，然进不能正其逆叛，退不能脱身逃遁，准之前训，宜加义贡。”明帝不从，乃听峤议而行矣。