三十五难曰：五脏各有所，腑皆相近，而心肺独去大肠小肠远者，何也？
然：经言心荣肺卫，通行阳气，故居在上；大肠小肠，传阴气而下，故居在下，所以相去而远也。
肝之腑胆，脾之腑胃，肾之腑膀胱，其位皆相近。心之腑小肠，肺之腑大肠，何以皆相远？
盖血为营而心主血，故营属心，气为卫而肺主气，故卫属肺。心荣肺卫，行阳气而居上，大肠小肠，传阴气而居下，所司不同，其经虽相合，而位则相远矣。
又诸腑者，皆阳也，清净之处。今大肠小肠，胃与膀胱，皆受不净，其意何也？
又问阳宜清净，而诸腑皆阳也，则当为清净之处，然大肠小肠，胃与膀胱，反受秽浊，独不及胆，何也？盖胆无所受故也。
然：诸腑者，谓是非也。经言小肠者，受盛之腑也；大肠者，传写行道之腑也；胆者、清净之腑也；胃者，水谷之腑也；膀胱者，津液之腑也。一腑犹无两名，故知非也。小肠者，心之腑；大肠者，肺之腑；胆者，肝之腑；胃者，脾之腑；膀胱者，肾之腑。
言诸腑虽属于阳，而非皆清净之腑也。《素问?灵兰秘典论》曰：小肠者，受盛之官，化物出焉。盛音承，贮也。言受胃之物，化其渣滓，故云受盛之腑也。又曰：大肠者，传道之官，变化出焉。言小肠中物，至此精汁已尽，变化为糟粕而出，故云行道之腑也。又曰：胆者，中正之官，决断出焉。胆无受而有泻，故云清净之腑也。又曰：脾胃者，仓廪之官，五味出焉。言胃主纳谷，脾主消谷，二者相合，统称仓廪之官，故云水谷之腑也。又曰：膀胱者，州都之官，津液藏焉，气化则能出矣。言膀胱之水，能化而为气，由冲任直上，化津化液化汗，故云津液之腑也。诸腑各有名，如上文所云，皆实指受秽浊者也。盖诸体为阳，而用则为阴，经所谓浊阴归六腑也。惟胆名清净，故不受秽浊，若余腑亦名清净，则有两名矣。《灵枢?本输篇》曰：肺合大肠，心合小肠，肝合胆，脾合胃，肾合膀胱，此其义也。
按：西医言小肠紧接于胃之下口，由幽门起至阑门止，约长二丈，通体皆是脂膜相连，中有微丝管，其胆之苦汁，胰之甜汁，均由微丝管注入小肠，化食物，而所化之精汁，由众液管从膜中吸至颈会管，过肺入心，化赤为血而达各脏。经言小肠者受盛之官，化物出焉者，实指小肠之气化也。其附小肠之脂膜，即三焦之物，而又属之脾。小肠又系心之腑，其相通之道，即由微丝管从三焦上膈，至包络而达心，心遗热于小肠，则化物不出，为痢为淋，脾阴不足，则中焦不能受盛、为膈食便结，三焦相火不足，不能蒸化水谷，则为溏泻矣。大肠由阑门接小肠起，至肛门止，约长五尺余，小肠中物，至此精汁已尽化，变为糟粕而出。经言大肠者传道之官，变化出焉者，指大肠能传道糟粕也。然大肠所以能传道者，以其为肺之腑，肺气下达，故能传道，是以大便秘结，有升举肺气之法也。胆附肝右叶之旁，中贮苦汁，其汁乃下部回血入肝所化，人食后小肠饱满，上逼胆囊，使其汁流入小肠之内，以榨化食物而利传渣滓，此西医之言也。不知胆汁色青而属阳，本得肝阴所生之气化，有是气乃有是汁耳。若以汁论，胆汁多者，胆大而无畏惧；若以气论，则胆火旺者，亦无畏惧。太过者，不得乎中，则失其正，故有敢为横暴之事；不及者，不得乎中，则失其正，故常存惧怯之心。经言胆者中正之官，决断出焉。谓气不刚不柔，得成中正，而临事自有决断也。以肝胆二者合论，肝之阳，藏于阴，故主谋；胆之阳，出于阴，故主断。若夫泻而不受，故名清净之腑也。胃居膈下，其形纡曲如袋，其纹密，故食物易入虽出，上连食管，下接小肠，周遭多细穴，以生津汁，食物经胃津融和，略似浓粥，即出胃之下口幽门，而至小肠头，与胆之苦青汁，胰之甜白汁会合，榨出精液，经众液管吸至颈，即过肺入心，化赤为血。胰者，附脾之物，脾统血，胰中之甜白汁，乃脾血得脾阳之气化而成。经言脾胃者，仓廪之官，五味出焉。盖胃纳谷，脾消谷，二者相合，而后成功，故可统称仓廪也。然胆汁化食，戴元礼入肝之说，有由来矣。膀胱居两跨骨内正中，即阴交骨里，体圆如盘，舒缩自如，下口与前阴相连，上口有小孔甚细，为下焦之脂膜遮闭，饮入之水，由胃下幽门之上小窍，散布下焦网膜，渗入为溺，无溺则缩，溺至则舒，溺多则涨。西医但知膀胱藏溺，而不知水入膀胱，化气上行，则为津液，所剩余质，乃下出而为溺。经言膀胱者，州都之官，津液藏焉，气化则能出矣。其言气化则能出者，谓出津液，非出溺也。气化二字，前于八难肾间动气论中，已约略言之，今再详陈其义。夫气者乃火交于水所化，观十二辟卦，干阳入坤阴而化为气，气升为云为雨，人与天地参，其阴阳之理一也。盖人心主火，人鼻吸入之气，乃天阳也，亦属火。从鼻入肺，历心系，引心火，循脊背之膂筋，下入肾系。又从肾系以达下焦气海。气海者何？即三焦之根，位居脐下，经谓胞室，王清任谓之气府者是也。
凡人吸入之天阳，合心火下至胞室，则蒸动膀胱之水，化气上腾，其气透出膀胱，入于胞室，上循脐旁，由冲任上膈入肺，而还出于口，随呼而出，上出之气，着漆石则为露珠，在口舌脏腑之中，则为津液，又外出于皮毛，以熏肤润肌而为汗，所谓气化则津液能出者此也。老人溺多，化气少而水质多，壮者溺少，化气多而水质少也。吸入从脊，督脉主之，呼出从膈，任脉主之，吸入阳也，火交于水也，呼出阴也，气即是水也。火不足以蒸水，则津液不升，气不得化，水不足以济火，则津液干枯，小水不下，故曰膀胱者，津液之腑也。
小肠谓赤肠，大肠谓白肠，胆者谓青肠，胃者谓黄肠，膀胱者谓黑肠，下焦之所治也。
此以五行五脏之色，以分别五腑，皆名为肠，则俱受秽浊，所以明不净之故也，下焦之所治者，《灵枢?营卫生会篇》曰：水谷者，常并居于胃中，成糟粕而俱下于大肠，而成下焦，渗而俱下，济泌别汁，循下焦而渗入膀胱焉。故五腑皆下焦之气所治也。