原文以明弘治十七年（1504年）马思进《武经总要·百战奇法》刻本为底本（简称“马本”），以明万历二十七年（1599年）唐富春《武经总要·百战奇法》刻本（简称“唐本”）和王鸣鹤《登坛必究·百战》刻本（简称“王本”，但该刻本仅存录《百战奇法》前集之五十战）、崇祯九年（1636年）所刻《韬略世法》丛书收录的《百战奇法》之汪淇参订本（简称“汪本”）为参校本，对照有关正史原著进行校勘的，凡是重要校正处，均在本书“注释”中加以说明，不另出校记。原文校勘中需要强调说明的问题有二：
其一、该书所引古代兵法（即“法曰”内容），凡与原著不同且影响原意的，均据原著校改，并在“注释”中说明校改理由；引文字词虽与原著不同，但不影响原意的，一般只注明原文，不作文字改动；凡引文脱漏成分，则补足后加方括号“〔 〕”。
其二、该书所引的史例，凡引文与史籍相悖者，均据原著予以订正；引文字词虽与原著不同，但并未改变原意的，一般不再更改；引文凡有重要脱漏，不补则影响文义连贯完整或者减煞该书军事特色的，则据史书原著予以增补，所补成分加方括号“〔 〕”。
注释力求准确、简明，一般不作字源、词源考证。注释的主要内容是：生僻字词释义，重要专用术语，兵法引文及史例出处，历史人物及地名，重要校勘注文和足以证明其成书时代的避讳文字。这里需要着重说明的，史例中所涉及的历史人物，一般都加注释，但同一人物在不同篇目中多次出现时，只注释首次；战例中所涉及的历史地名，一般都注明今地名，但同一朝代的同一地名，虽在不同篇目史例中多次出现，只注释首次，不同朝代的同一地名，则分别注释。