元叉字伯亻隽，小名夜叉。灵太后临朝听政，因元叉是妹夫，任命他为通直郎。叉的妻子被封为新平君，后改封冯翊君，任女侍中。元叉的女儿早夭，灵太后追封她为乡主。元叉累升至加侍中、领军将军。他在门下兼管总禁兵，深被灵太后所信任。
太傅、清河王元怿因是皇室至亲和有贤德而在朝辅政，他经常想要罢免元叉。元叉便让通直郎宋维出面诬告说，司染都尉韩文殊准备叛乱，立怿为帝，元怿因此连坐被关了起来。后来反复审查没有实据，虽然元怿免于受责，但还是派兵士将他看守在京西别馆中。过了好久，元叉仍害怕元怿最终成为自己的对头，便和侍中刘腾密谋，以欺诈的办法让主食中黄门胡度、胡定一起诬告元怿，说“：元怿送给我们金帛，让把毒药放在皇帝的食物中来毒害皇帝。”刘腾就把他们的话转奏皇帝。明帝相信他们的话，便坐在显阳殿。刘腾关闭了永巷门，灵太后出不来。当元怿入宫时，在含章殿后面遇到元叉，元叉令宗士和直斋上前扯住元怿的衣袂，把他带到含章东省。刘腾宣称皇帝有诏召集公卿议事，于是以大逆论处。公卿们都害怕元叉，没有人敢提出异议。只有游肇坚决不同意。元叉、刘腾只管带着公卿们的讨论结果入宫向皇帝报告，半夜里杀了元怿。
于是，他们伪造了灵太后的让位诏书，元叉便跟太师、高阳王雍等共同辅政。他常常在宫中值日，明帝称他为“姨父”。从此以后，百官们都惶惶不安，不敢出头说话。皇帝移居徽音殿，元叉也住在殿的右侧，他用尽办法来取悦于皇帝，得以自由进出宫中。他总是让勇士们拿着刀剑走在他的前后。元叉又在千秋门外的厂下用木头建造了一座木栅栏，有时进入宫殿时，在里面休息，派心腹严加防守，以防备突发事件。
元叉起初专制朝政时，虚情假意自我掩饰，装出十分勤劳王事和谦虚礼待下士的模样。得志之后，便骄横而又刚愎自用，沉迷于酒色之中，任意封官和废黜，他在宫廷中自己私设仓库亲自掌管，里面装满金钱珍宝。元叉又曾经让妇女躺在送饭的车子里，上面用帕子盖住，进入宫内，出去的时候也是如此。值班的卫士虽然知道，但没人敢说。姑姑姐姐家的女子，他都一同淫乱，不加区别。政事怠惰，制度不肯遵从。州镇官员大都不称职，于是天下便乱了起来。元叉自知行为不合法，担心被罢免。便暗中派遣堂弟洪业，召集武州人姬库根等人一起宴饮，进而相互盟誓，要他们发动叛乱，朝廷就会委派自己当大将军前去讨伐，由此共为表里，这样可以保证站稳脚跟。姬库根等人都赞同他的话，他便厚赠姬库根等人财物，送回州里，跟洪业一起买马。
自从刘腾死后，防卫比较松懈，元叉也觉得比较安心了，经常在外面住宿，每天出游，在其他地方留连忘返。灵太后也略有察觉。正光五年(524)秋，灵太后对明帝说要告诉群臣，请求出家，到嵩山的闲居寺去，要亲自削发。皇帝和群臣大惊，叩头流泪。众人便和太后密谋除掉元叉。皇帝便对元叉流着泪，说了太后想要出家，自己感到忧虑和恐惧。元叉便劝皇帝顺从太后的心意。于是，太后多次坐在显阳殿听政，二宫之间不再有障碍。元叉举荐亲属元法僧任徐州刺史，元法僧以徐州反叛。灵太后多次提起这件事，元叉深感惭愧和后悔。丞相、高阳王雍虽然职位高于元叉，却很害怕他。正好太后和明帝出游洛水，趁便前往元雍家里，共同商量除去元叉的办法。后来元雍跟从皇帝朝见太后，便对皇太后说，元叉父子权力太重。太后说：“是的。元郎如果真是忠于朝廷，为什么不解除军权，以其他职务辅助朝政呢？”元叉听说以后十分害怕，便脱下冠盖请求解除军权。于是任命元叉为仪同三司、尚书令、侍中、领左右侍从。
元叉虽已除去兵权，但仍总管朝廷内外大事，不担心被罢免。这时又有宦官张景嵩、刘思逸、屯弘昶、伏景一起商量要除去元叉。张景嵩因为知道皇帝的嫔妃潘外怜受到皇帝的宠爱，就对她说，元叉正准备害死她。女嫔就向皇帝哭诉说“：元叉不仅想杀害我，也准备谋害陛下。”皇帝相信了她的话。后来元叉外出住宿，便免除他的侍中职务。早晨他想要进宫，守门人不放他进去。不久就将他除名。
起初，咸阳王禧因谋逆的罪名被杀，他的儿子元树逃奔梁国，梁封他邺王。当元法僧反叛以后，元树写信给公卿百官们，揭露元叉的罪恶，信中说“：元叉本名为夜叉，他的弟弟元罗实名是罗刹。夜叉、罗刹，这两种鬼都吃人，如果不是遇到黑风就会一起漂起坠落。呜呼魏国，遭此二灾！恶木下和盗泉水，不休息和不饮用，名胜之地听到枭叫，就不进去不作为，何况兄弟都起这种名字，说明能吞食万物，时间长久暴露，才会相信这些话。”元叉被远近的人所厌恶竟然到了这种地步！
后来灵太后曾经对左右侍臣们说：“刘腾、元叉以前曾经向我索要铁券，希望能够免除死罪，我故意拖着不给他。”中书舍人韩子熙答道“：我听说杀他或让他活下来，岂在于给或不给。陛下以前虽然不给，如何解释今天不杀？”灵太后听说后怅然不已。不久，有人告发元叉和他弟弟元爪准备谋反，先派他的堂弟洪业率领六镇投降的民户在定州造反，元叉又让人勾结鲁阳一带的各蛮族人到伊阙骚扰，元叉兄弟作为内应，已经定好起事时间了，并且得到元叉亲自写的信件。灵太后因为元叉是她的妹夫，不忍心立即处决。群臣坚持要严办，明帝也赞同他们的意见，灵太后便听从了。于是元叉和他弟弟元爪被赐死在家里。太后又因为妹妹的缘故，仍追赠元叉为尚书令、冀州刺史。
元叉的儿子名舒，任秘书郎。元叉死后，他逃亡投奔梁朝，官至征北大将军，青、冀两州刺史。