毕义云，小名瞓儿。少年粗犷豪侠，家住在兖州北部，常常打劫来往的行人，州里的人都把他当成祸患。年纪很大才强自克制，改恶从善，出来做官，升至尚书都官郎中。他的性情严酷刚烈，事情处理得大多干练果断。齐神武帝高欢做东魏的丞相，认为毕义云很称职，命他捉拿非法骗取职位的假官，他专门用车轴般粗的木棒拷打他们，获得了大量罪证。然而，也引起很多人的怨恨诽谤，曾被司州的官吏控告，说他杀人灭口，侵吞这些人的财物，并偷偷改换了有关的文书。高欢认为义云察举伪官，难免不引起众人的怨恨，并不追问。义云有所依恃，拘捕了一些官吏，列举他们的罪状，并将他们斩首。因此，锐意刑讯审问，威名日渐增加。
齐文宣帝高洋称帝，任毕义云为书侍御史。对于勋臣国戚，他也照样弹劾。多次升迁，任御史中丞，对官吏的要求和奏劾更加认真严厉。然而，却引起了豪强权要们的不满，多次被他们诬告。先是被汲郡太守翟嵩弹劾，说他的从兄毕僧明拖欠官债。僧明原先任京城地区的长史，不受翟嵩的统属，限时命僧明还债，因此挟嫌报复。并多次派御史去访察，想因此牵连义云。后来，义云又因家里私藏工匠坐罪。他家有十多张织锦的织机，并私自打造金银器物，便被拘禁，不久释放，任司徒左长史。
尚书左丞司马子瑞奏劾毕义云，声称“：天保元年(550)四月，窦氏皇姨将要埋葬的那一天，朝廷百官都到她的府第吊唁哀悼，毕义云却只派一位御史去投递自己的名帖，并没有赴丧致哀。再则，义云自称：妻子死后生活孤单清寒。后来，娶李世安的女儿为妻。李世安替父亲守孝未完，他的女儿就办婚事，所以，特别乞请悄悄迎娶，不敢大肆操办。等到他成婚那天晚上，各种礼仪摆设都很齐备，在限定时间迎娶，有骏马开路，盛大的仪仗排列在路上。又派官府的二十名吏役，穿着鲜艳的衣服，跟随在新娘乘坐的车子后面。真是越礼强求成婚，有违礼教，干犯皇室。毕义云家的资产房宅，足可以称作豪门巨室。忽然与家境贫穷的人家通婚，完全是矫情钓誉。再则，皇帝的车驾到晋阳，朝廷规定：参拜皇帝的起居，官吏四品以下五品以上的，提前一天到南都报到；三品以上的，当天到南都报到。毕义云却违犯成例，报到的那一天，将文表拿到家里签署。参拜起居时，又声称是自己家的忌日而不参加。”于是，朝廷下诏将他交付廷尉治罪。不久，下令免予追究。司马子瑞又弹劾他其他事情十多条，大多琐碎细微，判罪只限于罚金，不至于免职。
司马子瑞的从兄司马消难任北豫州刺史，毕义云派御史张子阶到北豫州察访他的传闻影响。张子阶先拘禁了他的掌管文书的典签和家客数人，司马消难十分害怕，便叛逃到北周。人们议论这件事，归罪于毕义云，说他是为了报复司马子瑞。事情也报告给了文宣帝。原来皇帝宴赏，都让毕义云参加，从此以后，渐被疏远，声望大大降低。乾明初年，司马子瑞升任御史中丞。郑子默正被朝廷重用，毕义云的姑母即是郑子默的祖母。所以义云受他保护，任度支尚书，兼左丞。郑子默被处死后，毕义云左丞的职务也被解除。
孝昭帝高演至晋阳，高元海留住邺城，毕义云深深地依附于他。知道他信佛，便常常跟随他去寺院听讲。为了密切和他的关系，义云无所不用。到了孝昭帝病重，遗诏让武成帝高湛继位。文襄帝高澄的族弟高归彦到京城，武成帝对他疑忌重重。高元海派牛车接毕义云到北宫计议，便与高元海等劝高湛早日即位。毕义云随武成帝至晋阳，参与朝政。不久，出任兖州刺史，给予后部鼓吹的待遇，送他至本州上任。义云气宇轩昂，洋洋自得。劝武成帝即位的功劳，见人都要陈说一遍，并表示愿意向朝廷引见他们。还说与皇帝离别是暂时的，自己不会长时间在兖州任职。在州内云游，先是用铙鼓吹。按部行游时，两部军乐都一齐并用。他还写信给高元海，议论朝廷内的事情。高元海到皇宫，不小心将信失落。给事中李孝贞拾到并送给了武成帝。为此，高元海逐渐被武成帝疏远，李孝贞因此被提拔为中书舍人。高归彦谋叛，毕义云在兖州暗中集结兵马，聚集武器，准备防卫，实在没有别的意思，却被人密奏朝廷。等到高归彦被擒获，追问他的朋党，涉及到了毕义云。武成帝仍记着他劝进的忠诚，竟没有给他治罪，任他为七兵尚书。
毕义云性情豪爽放达，颇好施舍别人。累世任州刺史的职务，家中富足，广有资财。读书人中有生活贫困的，他大多给予接济。等他做了官，却尽情过着骄奢淫逸的生活。建造宏丽壮观的府第，不长时间就落成。其中男女混杂的秽闻传遍朝野上下。任郎官时，曾与左丞宋游道因为公事发生分岐，两人忿怒争论，宋游道在朝堂上辱骂他说：“《雄狐》一诗，就因为你才流传千载。”毕义云听了一句话也答不出来。他的性格凶暴残忍，非一般的人情常理所能推及。在家里残酷更甚，子侄奴仆，经常被打得遍体伤痕。
他有一个很坏的儿子叫毕善昭，性情十分凶狠顽劣。经常与他的女婢通奸。许多下人都遭受他的拷打，他还逼着这些人像牲畜一样戴上笼头，拴在院中的树上，让他们吃草料，折磨十多天才释放。一天夜晚，毕义云被人杀害，凶器就是毕善昭的佩刀，失落在他的院子中。他听说父亲遇难，赶去痛哭，家人得到他的佩刀，他因害怕逃出，藏在平恩郊外的房舍里。天亮后，武成帝命舍人兰子畅到毕义云家里了解案情。这之前，义云新娶了范阳卢氏女为妾，颇有姿色。兰子畅怀疑是卢氏的奸夫杀了义云，准备拷打卢氏。卢氏交待是善昭干的。便将善昭逮捕，关押在临漳监狱，准备斩首示众。邢邵上奏章说“：这是大逆不道的事情，义云又是朝廷重臣，不可以张扬。”便在狱中将善昭斩首，尸体扔在了漳河中。