（一）镰仓幕府（1192—1333）
源赖朝
初，赖朝起兵，讨伐平氏，遂据镰仓。——镰仓，源氏之关东旧属地也。赖朝于此，招集将士，分遣士卒，因军事之故，镰仓渐成为重镇。既又以军事繁杂，一人不能总其事，乃分侍所、政务所、讼判所之三所。侍所固以管理将士，检定从违者；政务所，则综理军政，施行法令；讼判所，则听断讼罚，惩节罪人：其所长皆以其亲信者为之。赖朝一人，兼握行政、立法、司法三种大权，幕府自身之雏形已略具。及一一八五年，义经逃亡，赖朝使其舅北条时政，镇守京城以控制朝臣，因请置“守护”、“地头”——凡地一段出米五升，以为军饷。法皇许可，赖朝遂悉以家臣分任，而自为总追捕使以管辖之。其明年，赖朝又请设“议奏”，一切朝政，皆经其协议奏请行之，任以心腹十人。由是凡赖朝奏请之事，托议决之名以上奏，无不许可者；其后则虽朝廷施行之事，亦必经其议决，朝廷一举一动，无不在其掌握之中，国内之政权尽归于镰仓。既而赖朝入觐，大宴群臣，穷极珍奇，朝廷授以权大纳言，兼近卫大将，礼遇尤厚。然未几即辞去，复归镰仓。一一九二年，争揽政权之法皇崩；赖朝益横，后鸟羽天皇遂授赖朝以征夷大将军。征夷大将军者，总督诸国之守护地头，治理军政，号令将士者也。由是名实相符，大将军之职，自亲王外，惟源氏任之，遂为幕府之始。
赖朝创幕府于镰仓，前已略举其原因，兹更分述之如下：（一）平氏之灭亡，多由清盛与法皇及朝臣争名，卒至互相倾轧，源氏遂乘之崛起。赖朝鉴于往事，故敬朝廷而远之。法皇天皇，拥听政任命之名，而己则手握实权以监理朝政。其辞权大纳言等职而不居者，恐因虚名招人嫉妒，蹈平氏覆辙耳。（二）当时朝臣工为吟风弄月之文，贪于声色货利之欲。清盛一族，争为公卿，渐染恶风，遂使子弟孱弱，不能将兵，终至败亡。源氏之军队，来自关东，尚质朴，重然诺，轻生命，好服从，一旦来至浊恶刁诈之京城，难免为习尚所移，不复为源氏子孙用，故决去之。（三）赖朝以武力削除平氏，法皇得再听政，后鸟羽天皇因而嗣位，武人得势，气焰方张，必非毫无建树之朝廷所能驱使。幕府之创设实为时代之产儿，不得不然也。至幕府云者，由将军招致贤能，专治军政，赏罚将士；其将士因功受邑，治理其地，惟不得与朝廷通。至于朝廷治理庶政，任免文官，天皇仍拥至尊无上之虚名；而幕府大事，尝以上闻，将军固犹是人臣也。赖朝知人善用：其侍所，以和田义盛为长，政务所，以大江广元为长，讼判所，以三善康信为长；守护皆忠勇之将士；地头又多工会计者。凡此幕吏，于平氏专政时代，多居下位；一旦赖朝擢而用之，士类因益激昂，争先来归。其朝臣之属，率庸弱无能，不能有为，政权愈益归于幕府。赖朝复深沉有度，处事精刻；常以节俭率下，将士畏服；又能留心政治，革除弊政，故国内称治，庶民悦服，无有恶其专者。
然赖朝性极猜忌，杀从弟义仲，并戮其子；叔父行家出亡，则执而斩之；又杀弟义经，而沉其婴儿。后弟范赖，因赖朝出猎，讹言被刺，尝以语慰其妻政子，又被幽而见杀。于是骨肉亲故之中，凡智勇兼备之将，无一存者。方自谓鸟尽弓藏，永绝争夺，为子孙万世之利；乃不数年忽然长逝，而政权遂归于北条时政。其始赖朝病殁，长子赖家继之，年十八。其母政子，时政女也，富于智略，因党母家，专恣放纵，与闻政事。且以子年幼，不令听政，委政务于十三人之会议；而时政为之长，权势日隆。赖家又学于文士，善诗歌，美姿容，尤工媚术，通于将士之女，人心离散。政子骤戒不从，日形瘠弱。一二〇二年，赖家病笃，时政谋分将军之职权以授其子及弟。赖家之舅知之，与谋讨时政。政子亦以告其父。于是时政攻赖家之子及其舅，皆死，且幽囚将军而立其弟实朝。既而杀赖家，又谋废实朝，事泄被放。其子义时代之，专横益甚；隐嗾赖家之子刺杀实朝，又杀赖家之子，源氏之统遂亡。
源氏已绝，政子与义时谋，迎藤原赖经为镰仓之主。赖经，源氏之姻亲也，年甫二岁；由义时辅政，将军但备位而已。先是后鸟羽上皇以赖朝专横，久有翦灭镰仓之志，隐聚工匠，锻炼刀剑，以待时机。会源氏亡，上皇思复政权，而北条氏不省，以陪臣执国政，数忤朝旨。上皇大怒，诏关东将士讨之。事闻于镰仓；义时会诸将，政子泣涕问曰：“故大将军有恩德于关东，固知有今日；今事急，若将赴京师，佑上皇，而灭关东乎？抑戮力同心，念故将军之恩，共保食邑乎？”众皆应曰：“愿誓死以报将军。”于是义时遣兵十九万人西上，径犯京师。此役也，父行者子留，子行者父留，关东之将士，人人殊死战。官军不及二万，多新募乌合之众，未尝临阵；虽据守要害，以逸待劳，终不敌百战之精卒。东军鼓行而西，遂长驱入京。诛与谋诸将，迁三上皇（后鸟羽、土御门、顺德）于远岛，仲恭天皇在位仅数月，以其为顺德之子，亦被迫让位，而立后掘河天皇，时年方十岁也，义时之子泰时、弟时房镇守京师，抑制朝廷，统治畿内，巡抚西南，北条氏之势益盛，朝权愈衰。
北条泰时
北条时赖
既而泰时继父义时执政。泰时性恭让，能节俭，留心民政，人民悦服；尝制定法纲，防割据之渐，规定武人权利，共五十一条，是为《贞永式目》。其条文毫无序次，且未完备，但详载武人食邑，夫死之后，得分给妻妾；邑主听讼，以迅速为宜，公平为归；严禁将士与朝臣往来而已。又此式目，实根据镰仓幕府以来之制度，不过此时始以明文公布，著为定律耳。其后虽以江户幕府之盛，犹兢兢奉为圭臬。至当时朝廷法律，亦甚严密；甚至货物贵贱，概皆规定；郡守尤谆谆然以留心听讼为箴。泰时殁后，嗣者皆聪明有为，克勤克俭，尤以时赖为著。时赖专心民政，尝削发为僧，游历诸邦，考察政事，问民疾苦，是以奸吏绝迹，政治清明。此时赖经拥将军之虚名，寻让位于年甫六岁之幼子赖嗣。会赖经预闻袭取时赖之谋，事泄，送之京师；有谋起兵迎复者，亦族诛。将军赖嗣，愤父为北条氏所逐，阴诱将士图恢复。有告之者，时赖悉知其情，乃废赖嗣，奏请以宗尊亲王为帅；朝议许之。皇族之为将军自此始。然未十年，北条氏又逐走将军，而立其子，年甫三岁。自此以后，将军之年长者，皆为北条氏所废逐。其犹存将军之名者，徒以北条氏以陪臣执国政，人心不服，故借将军以售其欺；但年长居职久，将不愿为北条氏利用，因废逐之。立幼之习，遂为定例。
自唐内乱以来，中日聘报之使皆绝。惟日本僧徒，有至中国诵习佛法，归而为高僧者；中国商船，亦有重载茶叶日用之品至日本者。但日本当时，船工拙甚，其船身狭小，不能涉风涛渡海西来。及至宋季，蒙古崛起于北方，翦灭金夏，蚕食宋边。一二五九年后，忽必烈即位，五年之中，定都燕京；一二六五年，臣服高丽。时高丽君臣，谈经论文，自谓礼义之邦，颇鄙夷蒙古；久历战争，国用匮乏，兵败乃服。其王遣使者赵彝等入朝。赵彝言于忽必烈曰：“日本可通。”世祖素好武功，久欲征服天下，闻之，大喜。乃命使者会高丽向导至日，诏令内属。使者登舟前进，俄为大风所阻，不至而还者再。遂谕高丽，委以日本之事，期其必得要领。一二六八年，使者与高丽人东渡，先至幕府。将军送之京城，其国书中有云：“大蒙古国皇帝，奉书于日本国王。……以至用兵，夫孰所好？王其图之！”会朝廷庆祝皇寿，置之不答；使者守至六月之久，朝议拒绝，遣使出境。盖日本皇族，自谓至上至尊天照女神之胤，国王向以天皇自尊。蒙古书中，称以“日本国王”，而自谓“蒙古皇帝”，日本承诺，则天皇与臣服蒙古之高丽国王相等，岂其所愿乎？又其时幕府方强盛，将士能战，自不为兵威所慑；而蒙古起于荒漠，未娴礼义，日本自不愿为之臣属。一二六九年，使者又至，东渡对马，日人拒而不纳；乃执二人而还，送之燕京。世祖待之甚厚，示以宫室之高巍，侍从之众多，府库之殷实，以为若此可不战而臣服日本；因诏还之。逾年，复使赵良弼偕高丽使者至日，致书日皇，书中又云：“其或犹豫，以至用兵，夫谁所乐为也？王其图之！”朝议答书，草示镰仓；将军不可，令逐良弼。
明年，日本使者至燕京，中有前此放归之二人。其来也，将以侦伺蒙古军队，而为战守之备。世祖已知其情，从许衡之言，示以宽大。于是日人深知蒙古能战之士，皆为骑卒；日本孤立海中，风涛险恶，非大舟不能东渡；而蒙古时无水师，骑兵无所用之；创设海军，尤非旦夕所能；因有所恃而无恐。当是时，日本之高僧，数言“皇天震怒，罪此下民，苟无内乱疾疫，则有外来寇患”。先是，十二世纪之末，日本有寺一万七千，教徒四百七十余万，约占全国人口十分之一。及是，佛寺增至七万二千，信者约三千万人。预言既出，人心惶恐，佥指所谓患者，应在蒙古，举国上下，积极备战。镰仓将军，精选壮士；关东武人，日习武艺；朝臣则减削费用；人民则乐输赋税。盖值北条氏盛时，上下一心，故各事易为。既而良弼又至，皆不报答，世祖震怒，诏高丽造军舰千艘，聚兵四万，贮积军粮，以备东征。国王得诏，上表陈情，极言国用匮乏，不能应命，辞极悲苦。世祖不许，遣使者监工，克期制造。国王不得已，重税人民；民多流离，疾恶蒙古甚于日人。一二七三年，世祖遣兵五千驻于高丽，将征日本。会高丽大饥，军需不敷，其明年，始大举出发，共舟九百艘，载蒙古兵二万五千，韩兵一万五千；舟子九千，皆高丽人也。舟至对马，进攻陷之，屠戮壮丁，污辱妇女，杀及老幼。败报传至，人心益惧，将军乃命全国备战，其故违者，杀之无赦。既闻屠戮之惨，将士益愤，各有战死之心。就军队而言，日本战士，勇猛与蒙古相等；惟无阵法，各手弓矢长戟短刀以御敌。且其时蒙古已有火器；鏖战竟日，日军势败，将退守要害，而援军大至，蒙古兵不能登岸。及夜，日人驶驾小舟，往来攻击。而蒙古兵因高丽水手，谓飓风将至，遂退。此役也，蒙古兵卒，死者一万余人。惟非战败，乃多死于舟破耳。
蒙古兵退朝鲜，奏谓大捷，因矢尽退还。世祖信之，以为日本必有所惧，将不战而服；遣杜世忠等，招日本国王往朝；令臣属中国，如高丽例。镰仓辅臣北条时宗执而斩之，悬首于市。全国上下，益节费用；练重兵，聚军粮；且造小舟，轻便灵巧，以备潜攻。世祖闻使者被杀，复诏高丽造舰千艘，练兵二万。蒙古兵在半岛备东征者，数近五万。时蒙古亦已灭宋，世祖因命范文虎于南方召募水军，制造臣舰，其大者驾驶水兵至三百人之多。诏以阿剌罕、范文虎为大将，率兵十万，征讨日本。既而阿剌罕病不能行，以阿塔海代之。一二八一年，大军十万，自福建东渡，约会高丽舰队，同时进攻。会途中遇风，南方舰队后期而至。高丽舰队，攻击对马等地；日军数战不利，益征兵于诸郡。时值五月，天气炎热，蒙古兵卒死于舟中者，三千余人，而援兵不至，遂退高丽。既而南方舰队，薄近海岸；日军环岸拒守，凡四十万人，身冒矢石，前仆后继，络绎不绝。元军因不能登岸，百战百胜之骑兵，遂无所用；加以大舰，重载军需，行转不便。入夜则日本岛民，辄驾小舟，往来袭击。蒙古军苦之，因聚众舰，锁以铁索，然进攻益难。俄而飓风卒至，波涛腾空，樯折舵摧，船身漂荡，率触礁石，破碎沉没，大将范文虎等择坚舟先遁，弃士卒不顾。数日风止，兵卒方伐木作筏，为西归计；而日人来袭。余众气沮，力不能战，遂遭屠杀，或俘虏，得生还者三人而已。据生还者言，水兵固不听节制，有逃亡者。世祖愤甚，议更东征；会用兵于南方，群臣又谏，乃止。
蒙古自成吉思汗起兵，四出征讨，威及欧洲。迨至世祖，改国号曰元，并吞中国，可谓极盛时代；竟挫于蕞尔之日本。此虽飓风作祟，抑别有故焉，当略述之：（一）蒙古之能战者多为骑兵。骑兵战于广漠之场，可以纵横驰骋；今困于舟中，失其凭依，自无由逞其威武，故虽十万之众，除骑兵外，战斗力甚薄弱。而日军应战者有四十万之众。就人数而言，以一敌四，岂能必胜？况以客军孤立海中，主客之势，既不相如，攻守之利，自相悬绝。（二）蒙古之灭宋也，宋人力战，死者甚众。今其水手乃江南遗民，未忘国耻，岂肯为敌尽力？如《元史》所载：“水手总管等，不听节制，辄逃去。”良非虚言。方当出兵之时，世祖召大将语曰：“又有一事，朕实忧之，恐卿辈不和耳。”既知不和，而又遣之，宜其败也。（三）蒙古军队，极其残酷，所在焚劫，辱人妻女，一二七四年之战，日人已深衔之矣。今战争不力，则国破家亡，如此惨祸，深印入将士之心，故无不力战者。又值佛教正盛，举国信仰，自上皇以及朝臣，争罗僧徒，日夜祈祷。思想简单之武人，固谓佛助之矣，因有所恃而不恐。（四）高丽为蒙古所威胁，国内空乏，人心未服。世祖诏令造舰，聚兵集粮，又值岁歉，赋税奇重，人民散离，其从征士卒，愿力战乎？就地势而言，高丽日本，仅一水之隔，自昔亲善；一旦伐之，因而战胜，且贻后日之忧。故高丽遣军助战，攻破对马，屡败日军，终托故而返。
方元兵之来侵也，龟山上皇祷于神宫，祈以身代国难。自朝廷以及民间，无不拜佛，借求援助；各地寺僧，诵经念佛，钟鼓之声，彻夜不绝。迨大风破沉元舰，僧徒谓由祈祷之虔，收为己功；朝廷因赐以土地，日益富盛；镰仓将军，且建筑大寺以答神贶，以至铸造钟像，金铜缺乏。至于将士，效死杀敌，反无赏赐及增加采地。盖战败元兵，非若源氏之灭平氏，可以夺其土地，分赐将士也。但自元使来后，迄于战事之起，战士日习武艺，所费不赀。战胜之后，将军惧元人报复，令兵严防不懈，所耗尤多。其为守护及地头者，益借权势，管治其地，民众怨愤，北条氏之势渐衰。又其辅政者，年少无知，政权因归于师傅家臣。当是时也，日本政治之组织，亦云复矣。将军夺天皇之权，北条氏夺将军之权，北条氏之家臣，又夺其主之权，内部日形分散，又与朝廷争权；天皇朝臣遂共谋之。先是，八十八代后嵯峨天皇，相继立其二子后深草天皇、龟山天皇；因偏爱龟山，诏定永以其后为嗣。及龟山天皇让位其子，后深草上皇不服，诉于北条时宗。时宗利皇族分离，因立其子为储贰。时宗殁后，龟山一支，有以背上皇遗诏切责关东者。北条氏乃调停其间，定两统迭立之议，以十年为互让期；两统嫉恶益甚，朝权日微。北条氏又分藤原氏为五家，令迭为关白以分其势；任罢之权已操于镰仓，欲为摄政者，无不逢迎其意。但久于位者，非镰仓之利，在位遂不能久。于是藤原氏以虽为关白，不能有为，恶镰仓日甚。会北条高时辅政，耽于酒色，畜犬噬人，贿赂公行，听讼不公，将士遂纷纷据邑以叛。
后醍醐天皇
一三一八年，九十六代后醍醐天皇即位，时年三十有一，慨皇室之衰微，隐谋恢复。会高时失政，天皇阴遣亲臣二人，游历诸郡，审察形势，密诱将士。既而事泄，高时议废帝；天皇赐以誓书，乃止。会皇太子死，天皇欲废两统迭立之议，而立己子；高时固执不可。天皇愤怒，招僧入宫，咒诅镰仓；复命皇子护良为延历寺座主，借交僧徒，隐备战争之用。高时闻之，遣兵径入京城，将废天皇皇子，除公卿与谋者。天皇得信，乘间逸出，至笠置。俄而城陷，为追兵所执。高时迁天皇，使人守之，立皇太子为帝，人心不服。楠木正成起兵于河内；护良亲王亦弃法服，披戎衣，昼伏夜行，匿山谷，践霜雪，起兵据吉野，传檄远近，数高时罪状。高时遣兵袭正成，数为所败；北条氏之无能为，遂昭著于外，四方起兵应护良亲王者日众。于是天皇复乘间逸出，下诏讨高时之罪，各地勤王者，所在皆是，兵势大振。高时之能将足利高氏亦来降，北条氏大惧，奉新主奔镰仓，官军遂收复京师；而新田义贞已起兵关东，进讨高时，自将精兵二万，潜攻镰仓，因风纵火，直入幕府，遂诛北条氏之在镰仓者。时西历一三三三年也。镰仓自赖朝开府，至此告终，凡一百四十一年。
新田义贞
（二）战争时代（1333—1392）
后醍醐天皇，回京之后，先废关白，置左右大臣，辅弼庶政。北条氏采邑，已收为国有，因赐护良亲王等地；又命护良亲王为征夷大将军。遣皇子二人，出镇关东陆奥；除诸将有大功者为守护。又设断决所，议诸将军功。时将士聚于京者数万人，争论不已，旬日之间，定二十余人。天皇谓其失当，诏令覆审；但宽于内侍，虽宫闱嫔妓，亦多有邑。迨军功论定，无地可颁，内敕外议，时有抵牾，往往数人争夺一邑；武人类多失势，嚣然欲动，思复幕府制度。天皇又渐骄奢，耽于宴游，兴作土木，增收地税，发行纸币；贤臣知事不可为，多弃官去。足利高氏者，源氏之后。方义贞之灭北条氏也，高氏亟遣其子收关东军权；事定后朝廷赏赐，复过义贞，且赐以御名曰尊氏，声势日隆。护良亲王忧其为变，数谋诛之；尊氏亦忌亲王威名，密结天皇宠姬，共媒其短。既而诬之谋反，天皇流亲王于镰仓——镰仓，足利氏重兵所在地也。会前将军高时之子有逃亡者，招集余党，侵攻镰仓；足利氏拒战大败，患亲王出逃，遂先杀之。尊氏时在京城，闻镰仓已陷，请自往讨，天皇许之。请为征夷大将军，管领关东，天皇不许。尊氏遂不待诏，潜下关东，击走乱兵；复据镰仓，自为征夷大将军、关东管领，时一三三八年也。尊氏赏赐将士，容纳降卒，武人之郁郁不得志于朝廷者，争来归附。又忌新田义贞，请发兵讨之，并收新田氏在关东之领地以分给将士。义贞上书自辩，天皇命义贞东征；义贞战败，尊氏进据京师。会勤王之师来自陆奥，逐走尊氏，尊氏逃之九州；寻收聚余众，破其地之勤王者，兵势大振，遂率战舰七百余艘来击。尊氏之弟复率步兵二十万会之，京畿震动。于是诸将聚谋；天皇以不从楠木正成迁避夹攻之策，至正成战死。尊氏复入京城，拥立皇子为帝，是为光明天皇。自以无传国重器，不免伪朝之讥，乃佯请降，迎后醍醐还宫，遂幽之，令献传国神器于光明天皇。后醍醐以假者与之，旋乘间逸出，驻于吉野；置百官，建宫室。由是吉野称为南朝而京都平安称为北朝，南北朝争战，凡五十七年。
足利尊氏
后醍醐天皇不欲偏安一隅，志图恢复；又不谙军略，不知攻守之异势，屡遣大军，攻击平安。尊氏则聚关东重兵于京都，兴筑城堡，严守要害，以逸待劳，出奇制胜。南朝之来攻者，率皆败走；能战之将，若新田义贞，若正成之子正行，相继战殁；其能延旦夕之命者，以北朝内乱故也。当时北朝将士，以争权互哄，不得志者辄降南朝；能得志者复和好如初；兄弟可为仇敌，仇敌可为兄弟，时叛时服，阴谋诡诈，不堪毕书。及尊氏病殁，传至其孙义满，任贤用能，黜奸远佞，除积年颓败之风，政治为之一新。于时南朝益蹙，接受和议，授传国神器于北朝，南北复归统一。时一三九二年也。于此南北分离，战争云起之五十余年中，各地武人，势力渐张。交战之时，兵马所过，村城为墟，农民不得耕种，无所得食，有饿死者。复以交通困难，商业不能发达，强悍之徒，因羡武人，多为战士。其战败者，又流为盗贼，由是中韩之倭寇渐盛。
倭寇者，日本亡命之徒，初以图利经商，驾驶小舟，聚于荒岛；其后人数渐多，国家复不能约束，遂事劫掠。适中韩亡命有与之相结者，因知大陆情形，到处骚扰。且以当时明代元兴，江南诸豪，败于太祖，遂与合谋，往来海上，转掠中国沿海诸郡；明廷患之。一三六九年，太祖犹以日军为报复元仇者，特遣使往谕。使者至日，见怀良亲王。王时将起兵，欲得明援，因厚礼使者，命僧来报，附表献物，辞殊恭顺。既而寇仍不已，太祖复遣使往。使者抵京，见将军义满。义满利于通商，又遣僧来报，建文帝且封义满为日本国王。当时明朝以防倭寇之故，于沿海诸郡筑城严备，颇费经营。会日本南北统一，内乱已平，民得安居乐业，义满又奖励通商，数杀海盗，中国之海警暂息。然以用度匮乏，义满因求钱于明，一时明之永乐通宝钱遂流入于日本。——以上之事并涉及室町时代，连带叙述于此。
（三）室町幕府（1338—1573）
南北分争之时，尊氏据守京师，南朝进攻，军多败北，平安遂为重兵之地。尊氏因留于此，而遣其子镇守关东，号曰镰仓管领。乱定之后，义满性侈，不欲离繁华之京师，而返于关东朴质之地；其部下将士，又非来自关东一隅；且鉴于北条氏之远据镰仓，仓卒不能应天皇朝臣之阴谋，终至灭亡；故开幕府于平安，上可以抑朝权，下足以威将士，是为室町幕府。室町者，足利氏之第名也；政自此出，因以名之。幕府之组织与镰仓相类，有侍所、政务所、讼判所，令其族四支迭为侍所之长，号曰四职，统御将士。将军之下，有管领一人，总理政事，使其族三支迭任其职，号曰三管领。关东仍管领之旧制；令上杉氏辅助管领，总理军事。上杉氏分为二支，互为执事。义满又遣人镇守九州，讨灭强大不服者，威振西国；将士大恐，恭顺听命，幕府之基础益固。
足利义满
义满性好奢侈，经营室町，种植花草，红绿辉映，有“花世界”之称；又建别业，筑高阁，壁柱涂金，结构精美，以至国用不足，欲通商于明，借求重利。故尝奉表称臣，乞赐金钱；明因封以日本国王。其子弟在京者，文绣膏粱，染朝臣论文讲学之习；搜罗书画，争致珍宝，身渐文弱，不知武事。惟与朝臣互通婚姻，善护其地，公卿德之，相处甚善。然其后嗣放纵淫乐，乃至夺人之妻，而杀其夫；岁值歉收，民食不足，而赋税仍无度，上下俱病。将军臣属，管领有三，侍长有四，交迭执政，互相嫉忌，推辞责任，内政日坏。其镰仓管领，先得关东人心，将士有不知室町将军者；既而执事上杉氏复专权。会管领有谋代将军之职者，上杉氏谏，因与有隙，卒至用兵，管领事败而死；关东政权，悉归于上杉一族，九州守将，因与豪族不和，复互相攻击，骚乱不已。而南朝遗臣，以其皇胤不得嗣位，违两统迭立之和约，隐助关东之乱。于是各地将士，势权日张，渐非将军所能制；方将军义政时，幕府益微。
足利义政
初，将军义政无子，立弟之为僧者义寻为嗣，命细川胜元辅之。胜元者，掌握重权之管领也。既而义政生子，欲背前约，用其妻谋，托山名宗全（即持丰）辅之。宗全尝管军事，素仇胜元；至是得势，谋逐其党。胜元不服，征兵关东，共十六万人；宗全发西海之兵，共十一万人；皆络绎入京。胜元宗全之宅，在幕府东西，兵列宅前；将军禁其交战，往来和之，终不能成，东西二军，鏖战于京中。东军人众，初战胜利。宗全愤甚，火城内宅第；风助火势，四出蔓延，屋舍殃及者，凡三万余区。会长门之军三万来援，复战大胜。既而宗全胜元相继病殁，两军犹战争不已，后稍散归，乱事渐平。此役也，历十有一年，皇室宫殿、公卿邸宅，多罹于火；书籍珍宝，荡然无存；是为应仁（后土御门年号）之乱。将士归郡，知幕府之无能为也，皆不纳税，据地自主；军事和战，随心所欲，残虐人民，无人敢问；又复重税养兵，兵数骤增，争夺土地，战争继起；乃收朝廷郡邑，夺公卿采地，以至朝臣俸禄皆绝，贫困日甚，每一朝见，衣冠亦相转借。故自一四六五年至一五八五年之间，无让位之天皇。盖武人据地，以兵自恣，对于天皇多敬而远之，若不关己事者；天皇失其威武尊严，天子之位，争者遂少。前谓诸将分据皇邑，皆不纳税，府库因之空虚，无力举行大典。当一四六五年，一〇三代后土御门天皇受禅，以典礼不周，引为恨事。及其崩也，费用不足，尸停暗室，历四十四日之久，始得安葬。其子后柏原嗣位，复不能行即位之礼。越二十年，有僧徒献金一万，始克补行。其后朝廷益穷，墙垣破坏，无资修补；砖瓦碎颓，不蔽风雨；殿前鬻茶，天皇身为肆主，谋什一蝇头之利；又复时赐宸书，借求人民谢礼，暂充日用。至上至尊之天皇，处于此境，亦可哀也。
于此纷扰时期，沿海将士，乃奖励经商，借获厚利。商业最发达者，首推山口。富商日多，幕府将军，尝借其资，豢养战士。借款而后，将军与以权利，听其自主；商民因得养兵自卫，建筑城池，固守险要，借免兵祸，其地遂为全国中之世外桃源，居民日多，学子争集，其势大盛。亡命之徒，动于贸易之利，来至中国，冒险经商，间亦流为海盗。当时明廷，无通商之律、规定税率，无公使办理交涉，无市舶所长划一货价及稽查来船；又不能约束国内奸民，一任滨海牟利之徒，主持其间，货价不一，涨落无定。其欠日人资者，“索之急，则以危言吓之，或以好言绐之”。日人重丧其资，无所控诉，渐有仇视报复之行。会滨海官吏，或绳奸民以法，或托故而夺其资；奸民不服，反与日人相结，袭其衣服，饰其旗帜，往来海岸，转掠诸郡，遂酿成嘉靖年间倭寇之乱。时明承平已久，人不知兵；及闻海警，主其事者，乃招募渔船，以资守望。此等渔兵，远见倭寇旗帜，争先逃匿，寇势益张，登岸劫掠。又明当时陆军，统率无人，军器朽窳，不能一战。倭寇来犯，不过六七十人，遂得蹂躏江浙，祸及福建广东，如入无人之境。幸俞大猷、戚继光严备海防，号令统一，数战破之，而日本内乱渐平，亡命者少，倭寇乃绝。
织田信长
幕府衰微，地方日乱，豪强攘夺，强凌弱，大并小，战争相继不绝。苟利所在，虽叛上弑父，亦所不羞，史家亦谓之战国时代。其割据者，关东则有北条，上杉，武田，足利诸氏；近畿则有浅井，朝仓，斋藤，织田，德川，今川诸氏；中部则有山名，尼子，大内，毛利诸氏；奥羽则有伊达，苇名，南部，最上诸氏；九州则有菊池，少贰，大友，龙造寺，岛津诸氏；四国则有细川，河野，长曾我部诸氏。群雄之中，以织田信长为最强。织田氏者，平氏裔也，居于尾张。信长年少嗣位，豁达任侠，不修小节。其傅作书自杀以谏；信长警惋自咎，亲理国政；木下藤吉归之。藤吉，农家子也；幼而颖悟，长有大志；尝出仕，甚见亲信；左右嫉之，遂归信长，信长因为改名羽柴秀吉。既而今川氏来击尾张，信长率兵，潜攻其营败之。时今川氏据领三河、骏河、远江之地，威势著于四邻，信长破之，兵势大振。天皇闻其英武，赐以统一天下之密诏。信长逐走斋藤氏而据其地，深结德川家康以为援。先是，德川氏为今川氏所窘，尝纳家康为质；自今川氏败后，家康执政，势日强盛。会京师有乱，将军为其下所杀，其弟义昭来奔；信长礼之，奉以入京，讨平乱者。于是严禁侵掠，人民安堵。朝命以义昭为将军。信长寻还，应将军之请，留羽柴秀吉护守京师。复讨畿内诸将，灭之，威名日盛。将军隐忌其功，将欲除之；事泄，信长逐走义昭，足利氏遂亡。时西历一五七三年也。——室町幕府历二百三十五年而亡。
羽柴秀吉（原名木下滕吉郎，后来天皇赐姓丰臣）
（四）三雄平乱（1573—1606）
信长意欲统一国内，会关东能战之群雄，相继病殁，信长率家康诸将讨灭武田诸氏，而并其地。东北一隅，遂不足忧，九州四国，相继内附。惟毛利氏据有中部，前将军义昭归之，势甚强盛。信长遣秀吉进击，毛利氏率大军拒战。秀吉请济师，信长征诸国之兵，将亲援之。分兵先发，而自领卫兵百余，趋京师，宿于本能寺。部将明智光秀谋叛，回兵袭寺；信长之从者，守门力战，多死伤；信长自知不免，纵火自焚死。初，信长遇将士无礼，嘲谑嫚骂，习以为常。尝手掖光秀，抱其首曰：“好头颅，可以代鼓。”光秀惭愤。既又许其幸臣，数年后可领滋贺。滋贺，光秀邑也。光秀惧罹祸，遂杀信长。然信长豪迈豁达，长于兵略。又知人善用，擢秀吉于仆役之中，将士争归，故所向有功；且于全国鼎沸之日，能尊崇天皇，修复太庙，建设宫殿，还公卿邑地，以此人多称之。
信长之死耗传至，秀吉秘之议和，然后班师，径讨光秀；诸将来会，光秀败死，自举兵以来，仅十有三日耳。秀吉与将士会议，立信长之孙秀信为嗣，年甫三岁；其不服者，秀吉平之。自此而后，信长遗将，威名无出秀吉上者，国内大权，悉归秀吉。既而信长之子信雄，与秀吉积不相能，兵事遂起；家康助之，久无胜负，乃和，罢兵。秀吉因遣兵灭近畿之不服者，权势日隆，遂请为关白。初，秀吉起于微贱，将士鄙之，始附于平氏之裔，继称藤原氏之后，欲为征夷大将军。藤原氏有为之谋者曰：“按据故事，大将军非源氏之后不可。公称藤原氏，宜即为关白。”秀吉问：“何谓关白？”对曰：“位亚天子，统御百官。”秀吉喜甚，故有是请。天皇许之；寻迁太政大臣，赐姓丰臣。秀吉尝招降九州，不服；遣兵二十万伐之，水陆并进，攻拔诸城，将士争降。师还，值已兴工十五年之聚乐城告成，秀吉因大会将士，天皇、上皇、皇子、妃嫔，皆来参与；秀吉率文武扈从。扈从者，新礼也。既行享礼；明日，秀吉盛服而出，侍御座之右，使诸将盟曰：“奉戴皇室，遵从关白。违斯盟者，明神殛之！”天皇留跸五日，奉献供亿之殷，前古无此。时关东北条氏不朝，秀吉讨之，将士景从；东北既平，国内大定，遂有征伐朝鲜之议。
自足利氏季世，日本国内，群雄纷扰，与朝鲜之交通中断。秀吉平定群雄，非能收将士采邑，夷为郡县以治理之；不过使暂从命令耳。此等好勇斗狠之武士，逸居无事，易于叛乱；本其求利争地之心，征讨中韩之谋渐萌。当时中国自倭寇乱后，明廷之无能为，昭著于日人耳目。朝鲜既尝为日属，朝贡甚殷，元时反引蒙古入寇；日人虽幸获胜利，仇恨之心，终未尝泯。秀吉自以“梦日而生，凡日光照临之地，概当臣服”。尝大言曰：“征服朝鲜，则中国可服。夫然，则三国为一。”秀吉又惧天主教之势日张，尝毁其礼堂，驱逐其传教徒。然西海将士之信教者甚多，军队强悍，善用枪铳，留在国内，非丰臣氏之利，故遣之远征，可借以杀教势。迨至战争日烈，遣兵众多，教徒虽占少数；但其初志，未尝非欲假手他人而杀之也。一五八七年，秀吉招朝鲜来朝，其王李昖弗应。明年，复遣使往；朝鲜请先惩日本海盗之尝寇其海岸者，而后报聘，使者许之。一五九〇年，韩使来聘；时秀吉从征而归，故不之见。使者俟之五月，始一招见。秀吉倨甚，命人逐之；及船，授之以书，略云：“吾欲假道贵国，直入攻明，施行王化。……秀吉入明之日，其率士卒，来会军营，以为前导。”李昖不答。秀吉再遣使往，终不能屈。秀吉谋于诸将，议决西征。诸藩出兵；近海者出船。诸军来会者，五十万人，战舰数百。命浮田秀家为元帅，小西行长、加藤清正为先锋，率兵十三万人先行。
一五九二年，行长先渡。行长，天主教徒也。舟抵釜山，即登岸攻城；守将率兵六千人拒之，防守甚严，战斗勇猛。惟时日本与欧洲往来，军中已有火器；韩兵犹持刀戟执弓矢以战，自不能拒猛烈射远之枪铳，遂多战死。会援兵大至，复战又败。行长乘胜追逐，当釜山汉城往来之道，犹有可战可守之五城，守将及兵皆闻风逃遁。盖朝鲜承平已有二百余年之久，自谓礼义之邦，妄取中国习尚；朝臣记诵经书，空言仁义；农民耕种，只知纳税；政治窳坏；军队虚存。及使者归自日本，李昖知战祸不免，始于釜山京师之间建筑城邑，严守要害，招补军队；大臣犹有恃明而无恐者，工程类多草率。统兵大员，又无军事经验之文人，以之统乌合之众，其能御亲冒矢石之勇将，久历战争之精锐乎？又当时朝鲜自防倭寇以来，船多裹铁，水兵颇能战；日本战舰为诸藩所出，船小而兵杂；李昖不善利用，未先拒之于海，及已登岸，又不能断其供给。四日之后，清正之兵大至。清正，释教徒也。奉佛虔诚，与行长有隙，闻行长大胜，遂兼程前进。
败报传至汉城，李昖大惧，命子监国，逃之平壤。行长、清正如入无人之境，率兵进据京城。当时行长耶教一军，惟于汉城未恣屠掠耳。清正自以大功为行长所得，愤甚，纵兵焚劫，杀戮人民，掘及坟墓，俄而率军向东北去。李昖已至平壤，招集败兵，诏令勤王；大军来会，守临津江之北岸，木筏舟船尽集焉。行长追击，北进抵江滨，无舟可济，率军佯退。韩人追击之，遇伏大败；行长尽得其舟，追近平壤，又为江所阻，不得进攻。行长谋和，使人立于江滨，手无兵器，但高举一木，上有纸，飘荡于空中，示欲通使之意。韩船至，乃遣人议和。行长许还韩京，惟求借道进攻中国。李昖不许，和议复绝。既而韩兵益众，不欲久待，夜半渡江袭日营。然行长有备，以逸待劳，又大败之；遂夺其舟筏北济，进据平壤，获军需辎重无数。李昖逃义州，行长使人追之，不及。清正一军，自攻入东北，获王子二人。其地多高山大泽，森林遍立，因无地图，数迷失道，军粮不足，益纵兵劫掠，焚毁村居，屠杀壮丁，奸淫妇女。朝鲜农民恨之切齿，所在聚集，其斥候向导，零兵散卒，往往被杀。既而海上鏖战，韩人大捷。
朝鲜水师统领李舜者，战将也。时率水师，严防海岸，焚毁日船。会日舰百艘，运援兵军粮至，李舜纵船四击；朝鲜之水兵，善于驾舟，日船短小，重载货物，尽被击沉。初，秀吉将伐朝鲜，谋购涉风涛渡重洋之炮舰于欧人；欧人因事拒之，故有此败。此役也，日人之援兵粮糈皆沉于海，史家有谓此为朝鲜转败为胜之机者。李昖先已告急于明，使者络绎不绝于道，及奔义州，且请内附。神宗鄙日军为小寇，遣祖承训将精兵五千人来援；为日人所要击，败没，承训仅以身免。事闻，神宗设经略使将兵援之。兵部尚书石星素不知兵，又以宁夏辽东方有事，意欲谋和。有沈惟敬者，商家子也，喜冒险，有口辨，尝至日本，与行长有旧，因遣之往。惟敬至平壤，见行长，定休战期五十日，议割朝鲜南方数道，通聘往来，及封秀吉爵等。和未定，神宗已命李如松为大将，帅兵五万援朝鲜。韩人又得暇搜戮奸民，日人骤失耳目，而李如松之大军卒至，亟攻平壤。行长败走，损失甚巨；退至汉城，清正之军始来会。当是时也，朝鲜之水师，严守海岸，日本之援军遂绝，加以资粮空匮，全军之生死，惟系于战，故军心奋勇，人人殊死战。如松因胜轻敌，不甚设备，战复败退。惟朝鲜因明军来援，士气大振，所在蜂起，袭击日人。行长遣将进攻晋州，又不克而还；日军愤甚，屠戮住民，圮毁城池，往往一城之中，惟余少数苦工为其运输者。既而岁歉，劫掠无所得，望和甚殷；明廷亦以如松败故，复遣惟敬议和。
惟敬再至朝鲜，重赂行长。复至日，谒见秀吉，执礼甚卑，定册封、退兵、还王子二人等约。册封云者，诸将误以为王明也。秀吉喜甚，许之，厚飨惟敬，还王子二人，命行长清正退于釜山。既而明廷诸臣，有谓和议非策者。会秀吉闻诸将攻晋州不克，大怒，命立攻下；俄而城破，竟歼其人民。惟敬复见行长，责其负约；行长以明阳和而隐遣大军对。然秀吉方待惟敬来报，大兴土木，建筑宫殿，穷极壮丽，将以眩使者，且威诸藩。明年，地震，城坏屋颓；明韩之使者皆至。秀吉怒韩无礼，不令王子来谢，不见其使，但见明使者。使者入内，见兵仗甚整，侍卫极众，俄而幄启，秀吉盛服出，使者惶伏，捧金印冕服以进。秀吉戴冕披衣，意甚自得；及读册文至“封尔为日本国王”，乃知非王明也，面色骤变，掷冕服于地，且裂册书，曰：“欲王则王，何待尔封哉？苟吾而王，如天皇何？”将诛行长及明使者，诸将谏救而止，即征兵十四万西征。
方惟敬之议和也，朝鲜诸臣力劾李舜；李昖惑之，夺其爵位，贬为水兵，命文官代之。李舜素得人心，将士多不服；及日舰载兵西来，统领令逆风拒战，遂大败逃散。日军登岸，立复进攻，数破重城。李昖惶恐，再出奔。时明使已返京，韩人告急，神宗得悉其情，逮捕石星，诏令邢玠、杨镐为将，率大兵往援。杨镐将明韩之兵数十万人，攻清正，围之蔚山。清正坚守，杨镐断其汲道，城中至杀马饮溺。会诸将进援，绕出杨镐军后，明军仓皇退走；日军追击，又大破之，兵多逃散。将士报功，各献俘馘，秀吉命埋之，封以为“耳冢”。自水师败后，李昖复起李舜为统领，收集余舰，邢玠知非水兵不能平乱，募江南水兵助之，势稍复振，屡毁日舰，日军虽胜，因不敢前进。既而秀吉病殁，将士罢归，李舜追击，俘获甚多，时西历一五九九年也。
秀吉之用兵，受祸最深者，厥惟朝鲜。土地荒芜，人民流离，屋舍焚圮，死亡枕藉，凡七年之久。受其害者，深恨日人，渐成为历史上之习惯，牢不可破。秀吉悉国内之师，竭府库之力，不能越朝鲜一步，进攻中国；又不能得尺寸之地；其所得者，韩人之疾首痛心深恶日人而已。又此役也，将士携书籍良工归者甚众，书籍开日后江户文学之渐，良工筑日本工艺之基；但其代价，亦云奢矣。明廷援韩，丧师数十万人，糜饷数百万金，扰及全国，府库为虚，其为朝鲜，抑为中国耶？设使不援朝鲜，坐视其被并吞，中国之损失，或不止此。自此战后，韩人甚为寒心，畏日殊甚。及德川家康执政，遣使至韩，招令入聘。国王以告明，求将练兵，明廷不许。既而又以告，朝议听其自主，于是复聘于日。
秀吉起自微贱，善于将兵，平定诸藩，仕至太政大臣；又能尊崇皇室，修筑宫殿，复公卿采邑；更清量田地，除积年私产隐瞒之弊，规定赋率，占收入三分之二，成所谓“官二民一”之制。此种赋税，自今视之，甚为烦重；惟前于此时，毫无定额，收取多寡，惟上所欲，视此固有异耳。秀吉尝整齐圜法，开采金银诸矿，制造货币，民皆称便。又虑诸藩专横，颁新令六条，禁其私自嫁娶，结盟树党，私自战斗，多蓄侍姬等，非无所见也。方秀吉之病，置大老五人、中老三人、奉行五人，政务决于大老，琐事断于奉行；若大老奉行不协，由中老和之。命前田利家辅其子秀赖，时年七岁。秀吉已逝，家康专权，其势日盛，遂开江户幕府之基。