本书系据故宫博物院先后就清代军机处档案所辑的各种史料，集刊光绪十年（一八八四）中、法战争期间有关台湾的文件，用补前编「法军侵台档」（「文丛」第一九二种）之不足，因以「补编」称之。
按「法军侵台档」一书，原由中央研究院近代史研究所依据清代总理各国事务衙门及外务部档案编印的「中法越南交涉档」选辑；其中固亦有军机处交出或抄交之件，但并不包括该处所有的档案。该处档案，后由故宫博物院收藏。民国二十一年（一九三二）前后，该院就所藏前项档案辑有「清光绪朝中日交涉史料」以外，并接续辑印「清光绪朝中法交涉史料」。其「编辑略例」有云：『起自清光绪元年至三十四年（一八七五～一九○八），凡中、法交涉之关係文件，悉采于册』；可是至二十二年（一九三三），仅编至光绪十年六月，以下并无续刊（已刊二十二卷，分装十一册）。不过，该院文献馆前后编印的「文献丛编」（民国十九年至二十五年刊出第一辑至第三十六辑计八十八种、二十六年继续刊出第一辑至第七辑计六十八种）中，关于光绪十年中、法交涉的档案，尚有片段的收录。本书即以这些不完整的资料，依前编「法军侵台档」所定取材范围选集而成。
本书体例，与「前编」略异。「前编」文件系按收发先后排比，本书则就所集各种资料分别编次。
本书第一部分，即选自「清光绪朝中法交涉史料」。考军机处原档，计分上谕档、洋务档、摺单档、议覆档、电寄档、电报档……等名目。「中法交涉史料」所载文件与「中法越南交涉档」比较，除军机处所有未经交出或抄交的谕旨、摺奏及其杂档以外，更多「电寄」、「电报」两档文件（「中法越南交涉档」并非全无前项档案，只是未录原电文，分别注明「见电报档」等字样；前编「法军侵台档」，因其无电文内容，并其收发日期及往来机关亦略之）。这些电递往来文件，往往足以显示当时的事实真相。本书採补的摺奏甚少，大部份均为「电寄」、「电报」等件；因摺奏等项已见「前编」者，不再重複。
本书第二部分，采自「光绪十年中法交涉电报档」。这一资料原件，载于「文献丛编」后编（按指民国二十六年编印部分。前此编印者，应称为「前编」）第五辑。故宫博物院文献馆缀有「前言」云：『民国二十年（一九三一），本馆曾以军机处档案辑印「光绪朝中法交涉史料」，仅编至十年六月。现整理军机处档案，检得「电报档」一册，每件标题之下，均注「八月某日」而不纪年。查其内容，皆关係中、法越南战役之疆臣来电；当系光绪十年之事。……』。综计此册共载电文三十九件，本书选录二十九件。
本书第三部分，采自「清光绪朝中日交涉史料」。盖「中日交涉史料」辑印于「中法交涉史料」之前，由于中、法战争期间日本有接济法国情事及朝鲜发生「甲申之乱」，中日、中法相互关係的档案，已先于此书刊出。因将其中与法军侵台有关的电报五件，予以录刊。
本书第四部分，则为「醇亲王奕譞尺牍」。这一资料，原载「文献丛编」前编第七辑。故宫博物院文献馆的「前言」云：『军机处档案发见有醇亲王奕譞尺牍多纸，大约为关係光绪十年中、法交涉之事。按当日办理中、法交涉者，初为军机大臣恭亲王奕诉、宝鋆、李鸿藻等；后慈禧后以奕诉委蛇保荣、办事不力，乃于十年三月十三日黜之。十四日，谕军机处云：「军机处遇有紧急事件，著会同醇亲王奕譞商办；俟皇帝亲政，再降懿旨」。至是，奕譞始代奕诉。函中多致许大人、阎中堂；当日军机大臣有许庚身、阎敬铭二人，所称许、阎，或指此也』。全部尺牍共一百零七件，本书录其八九（无关者注「略」）。至各件所书日时虽未冠月，但一经与前编「法军侵台档」及本书前三部分参阅，不难明瞭。这些当时枢府运筹决策的记述，其史料价值显较一般对外发表的文件为高。
本书第五部分，则为「军机处杂档中之尺牍」。这一资料，原题「军机处杂档中之尺牍五通」，载于「文献丛编」前编第十八辑。其「前言」有云：『左录函件五通，均见于军机处杂档中。第一至第四为醇亲王奕譞致军机处尺牍，皆关于光绪十年中、法交涉事件；本刊第七辑曾刊布多通。兹又检得此数函，特续刊焉。……』。因第五通系他事不录，馀四件则全采入。
其次，本书与「前编」还有几项不同：「前编」所有文件的收与发，一以总理各国事务衙门为主体，案题据以拟订。本书前三部分，其主体属于军机处，案题均照原资料所定；后二部分为书牍体裁，以醇亲王奕譞作主体，而专以军机处各大臣为其接受对象。「前编」文件排列，系以总理各国事务衙门收与发之日期为准；而本书后二部无须说明，前三部分是以军机处存档登记月日为序（按清代故事：京内外摺奏，每日硃批后发交军机处，由章京当日别录一份存档，原摺发还原奏人。因而所注月日，均为存档日期）。至别注「发」、「到」字样者，并表示原件寄发以及存档登记各别的时日。「前编」尝于阴曆下经编者查注阳曆，本书因部分资料既未书明月分，兹一概不再添注。
至本书所辑，由于所据资料的不完整，仍觉缺陷多多。诸如光绪十年六月以后只有八月分的「电报档」，以下各月见于「中日交涉史料」者又极少数；其馀更无论矣。因此深感于「中法交涉史料」的未能辑印完全，至可惋惜！岁月不居，自二十二年迄今已逾三十馀载，由于变局频仍，原始资料之保存想亦不无问题，赓续竣事势所难能。由今视昔、以此例彼，对于若干重要史料的整理与刊行，有心人当三致意焉。（吴幅员）