清康、雍、乾三朝，比较过的有秩序承平的日子，然到乾隆中叶以后，清室即入衰运。
一、因帝王精神，一代不如一代。乾隆好大喜功，不如雍正之励精图治。雍正刻薄，不如康熙宽仁。惟以国富论，仍以乾隆为最盛。康熙六十一年，户部库存八百余万。雍正间，积至六千余万。自西北两路用兵，动支大半。乾隆初，部库不过二千四百余万。及新疆开辟，动帑三千余万，而户库反积存七千余万。及四十一年，两金川用兵，币帑七千余万，然是年诏称库帑仍存六千余万。四十六年诏，又增至七千八百万。且普免天下钱粮四次，普免七省漕粮二次，巡幸江南六次，共计不下二万万两，而五十一年之诏，仍存七千余万。又逾九年归政，其数如前。康熙与乾隆，正如唐贞观与开元、天宝也。
二、因满族官僚，日益贪污放肆。此与前一事相因而至。满族对中国戒备之心日懈，则其自身缺点劣性日露。乾隆晚年之和珅，为相二十年，所抄家产，珍珠手串二百余，大珠大于御用冠顶。宝石顶数十，整块大宝石不计数。藏金钱、衣服逾千万。夹墙藏金六千余两，私库藏金六千余两，地窖埋银三百余万两。人谓其家财八万万，敌全国当时岁入十年以上。遂有“和坤跌倒，嘉庆吃饱”之谣。其时外省疆吏亦望风贪黩。满臣伍拉纳为浙闽总督，籍产得银四十万有奇，如意至一百余柄。乾隆谓其“如唐元载之胡椒八百斛”。乾隆虽对贪黩时加严惩，然其风终不戢。
三、汉人亦志节日衰，吏治日窳。此复与前一事相因。先论中央。洪亮吉嘉庆四年疏，谓：“十余年来，士大夫渐不顾廉耻。有尚书侍郎甘为宰相屈膝者；有大学士七卿之长，且年长以倍，而求拜门生为私人者；有交宰相之僮隶，并乐于抗礼者。太学三馆，风气之所由出，今则有昏夜乞怜，以求署祭酒者，有人前长跪以求讲官者。翰林大考，国家所据以升黜词臣，今则有先走军机章京之门，求认师生，以探取御制诗韵者。行贿于门阑侍卫，以求传递，代倩藏卷而去，制就而入者。大考如此，何以责乡、会试之怀挟替代？士大夫之行如此，何以责小民之夸诈夤缘？辇毂之下如此，何以责四海九州之营私舞弊？”此则在嘉庆初也。
曾国藩：“十余年间，九卿无一人陈时政之得失，司道无一摺言地方之利弊。”此则在道光朝矣。次论地方。清制，州、县分选、调为二等，而督、抚又得请拣发人员到省试用。故部选之缺，扣留者常十之七、八，铨选之权移于督、抚。督、抚权愈重，州、县包苴愈不可禁。每一缺出，钻营得之者，辄不惜盈千累万之贿，而墨吏日甚一日。外省鬻缺，其弊尤甚于明吏部之掣签。洪亮吉渭：“十余年督、抚、藩、臬之贪欺害政，比比皆是”，是也。又当时道、府官，由州、县起家者十之二、三，由部员外擢者十之七、八。而当时司员则甚少才望。一则由满州之荫生太易，一则由汉员之捐班太多。当时督、抚既多满员贪黩，道、府亦少清望，州、县尚在府、厅、司、道之下，层层管辖，层层剥削，有志节者亦无以自保。故其时读书稍自好者，苟非入翰林得清愿，即退为书院山长，或浮沉朗署，或宁为一教官。故乾嘉经学极盛时期之学者，仕宦率多不达。如是而望州、县之清廉，吏治之振饬，自不可能。章学诚论其时官场贪婪，曰：“上下相蒙，惟事婪赃渎货。始则蚕食，渐至鲸吞。初以千百计，俄而非万不交注，俄而且数万计，俄而数十万、数百万计。”洪亮吉亦曰：“今日州、县之恶，百倍于十年、二十年之前。无事则蚀粮冒饷，有时则避罪就功。”又曰：“吾未成童，侍大父及父时，见里中有为守令者，戚友慰勉之，必代为虑曰，，此缺繁，此缺简，此缺号不易治，未闻其他。及弱冠之后，未入仕之前，二、三十年之中，风俗趋向顿改。里中有为守令者，戚友慰勉之，亦必代为虑曰，此缺出息若干，此缺应酬若干，此缺一岁可入己者若干，民生吏治，不复挂齿颊矣。然吾又尝验之，三十年以前，守令之拙者，满任而归，或罢任而返，其赢余虽不多，然恒足以温饱数世。今则连十舸，盈百车，所得未尝不十倍于前，而不十年，不五年，及其身已不能支矣。”此言夫守令也。
又其言吏胥，曰：“吏胥为官者百不得以。登进之途既穷，营利之念益专。世门望族，以及寒畯之室，类不屑为。其为之而不顾者，四民中之奸桀狡伪者耳。姓名一入卯簿，或呼为‘公人’，或呼为‘官人’。公人、官人之家，一室十余口，皆鲜衣饱食，咸不敢忤其意，即官府亦畏之。何则？官欲侵渔其民，未有不假手于吏胥者。乡里贫富厚薄，自一金至百金、千金之家，吏皆若烛照数计。家之入于官者十之三，入于吏胥者已十之五矣。不幸一家有事，则选其徒之壮勇有力、机械百出者，蜂拥而至，不破其家不止。今州、县之大者，胥吏至千人，次者七、八百，至少一、二百人。大率十家之民不足以供一吏，至有千吏，则万家之邑亦嚣然矣。”此又言胥吏也。
因吏治之不振，而各省遂有所谓“亏空”。其事起于乾隆四十年以后。始则大吏食惏者利州、县之贿赂，偾事者资州、县之摊赔，州、县匿其私橐，以公帑应之，离任则亏空累累。大吏既饵其资助，乃抑勒后任接收。其后循至以敢接亏空为大员，以禀揭亏空为多事。州、县且有藉多亏挟制上司，升迁美缺。自后地方政治，遂惟有所谓“弥补”。宽则生玩，胥吏因缘为奸。急则张皇，百姓先受其累。而民事遂无问者。刘蓉渭：“天下之吏，未闻有以安民为事者，而赋敛之横，刑罚之滥，朘民膏而殃民者，天下皆是。”则天下几何不乱！
四、因户口激增，民间经济情形转坏。乾隆十四年总计，直省人丁一万七千七百四十万有，距康熙五十年方三十年余，所增达七、八倍。又三十余年，至乾隆四十八年，为二万八千四百有三万有奇。又十岁，五十八年，为三万七百四十六万。又二十岁，嘉庆十七年，为三万六千一百六十九万有奇。此由丁随地起，自无灭匿之弊，或有增造以博盛世之名者。然乾嘉人口激增，自为事实。洪亮吉《意言?治平篇》：“人未有不乐为治平之民者。然言其户口，视三十年以前增五倍，视六十年以前增十倍，视百年、百数十年以前，不啻增二十倍。试以家计之，高、曾之时，有屋十间，有田一顷，夫妇二人，宽然有余。以一人生三计之，至子之世，父子四人各娶妇，即有八人。子又生孙，孙又娶妇，已不下二十余人。又自此而曾焉、元焉，视高、曾时已不下五、六十倍，不分至十户不止。隙地闲廛，增六倍、五倍而止矣。田与屋之数常处其不足，而户与口之数常处其有余。又况有兼并之家，一人据百人之屋，一户占百户之田，何怪乎遭风雨霜露，饥寒颠踣而死者之比比乎？”
又《生计篇》云：“今日之亩，约凶荒计之，岁不过出一石。今时之民，约老弱计之，日不过食一升。率计一岁一人之食，约得四亩，十口之家，即须四十亩，其宽广即古之百亩也。工、商贾所入，至少者人可余百钱。士佣书授徒所入，日亦可得百钱。是士、工、商一岁之所入，不下四十千。闻五十年以前，吾祖、吾父之时，米升钱不过六、七，布丈钱不过三、四十。一人岁得布五丈，为钱二百；得米四石，为钱二千八百。是一人食力可以养十人。
今则不然，农十倍于前而田不加增，商贾十倍于前而货不加增，士十倍于前而佣书授徒之馆不加增。且升米钱须三、四十，丈布钱须一、二百。所入愈微，所出益广。于是士、农、工、贾，各减其值以求售；布帛、粟米，各昂其值以出市。此即终岁勤动，毕生皇皇，而自好者居然有沟壑之忧，不肖者遂至生抢夺之患矣。何况户口既十倍于前，游手好闲者更数十倍于前。遇有水旱疾疫，其不能束手以待毙也明矣。”洪氏正值乾嘉盛极转衰之际，此两文正为指出当日由户口激增而影响一般生活之最好例证也。
乾隆末叶，民变之事已数见不鲜。
一、乾隆三十九年王伦临清之乱，唱清水教，运气治病，教拳勇，为白莲教之遗。
二、乾隆四十六年甘肃回叛。
三、乾隆六十年湘、桂、苗变。
四、即川、楚教匪。
尤大者为川、楚教匪，直延至嘉庆七年始平。
川、楚教匪徒党二百万，波及燕、齐、晋、豫、秦、蜀诸省。其口号为“官逼民反”，自诡称明裔朱姓。清廷历时九载，军费至二万万两，杀教徒数十万。其兵士、乡勇之阵亡及良民之被难者无计。清廷仅能制胜者，惟恃乡勇与坚壁清野之法。陕西总督长龄云：“团练有益于今日，有大害于将来。”盖满族武力不足平乱，平乱者全赖民间之自力。逮民间自力一旦成长，则狭义的部族政权，再不能凌驾其上也。【又按：雍正八年，鄂尔泰平西南夷乌蒙之乱，始用乡兵。乾隆三十八年，用兵小金川，多用乡兵。自后遂设屯练乡兵，其饷倍于额兵。嘉庆苗事，傅鼐以乡兵功冠诸将。川、楚之乱，文臣如四川按察使刘清，武臣如四川提督桂涵、湖北提督罗思举，皆乡兵功也。洪、杨起事，湘军始以团练卫乡里，盖承历朝乡兵之风而起。】
嗣是复有浙、闽海寇，【十五年定】山东天理教，【十八年定】更互迭起。至道光末年，乃有洪、杨之大乱。
二、洪杨之乱洪、杨先起，亦以“官逼民反”、“天厌满清”、“朱明再兴”等语为号。农民骚动主因，必由于吏治之不良，再促成之于饥荒。在官逼民变的实况下，回忆到民族的旧恨，这是清中叶以后变乱的共通现象。饥荒可以促动农民，却不能把农民组织起来，要临时组织农民，便常赖于宗教。
秦末东方革命，皆有贵族势力主持，故变乱最像样，有规模。西汉末，如光武以宗室起事，然其先绿林、赤眉等皆饥民集为草盗而已。故骚扰之时期长，社会元气损失大，而成事不易。东汉末年始有黄巾，为民间以宗教结合起事之始。直至清代，十之七不得不赖于宗教之号召。洪亮吉《征邪教疏》：“楚、蜀之民，始则惑于白莲、天主、八卦等教，欲以祈福，继因受地方官挟制万端，又以黔省苗氛不靖，派及数省，赋外加赋，横求无艺，忿不思患，欲借起事以避祸。邪教起事之由如此。”
为要在短期唱乱而临时兴起的宗教，决无好内容。这是农民革命自身一个致命伤。【明太祖其先属于韩林儿，亦以白莲教号召，其后能完全一变为民族的立场，实为明室成事主因。】
因中国疆域之广，饥荒炎歉，只能占大地之一角。而且饥荒有其自然限制，一两年后，情形即变。因一时一地的饥荒而激动变乱，要想乘机扩大延长，势必采用一种流动的恐怖政策，裹胁良民，使他们无家可安，无产可依，只有追随著变乱的势力，这便是所渭“流寇”。【最著者如唐末之黄巢，明末之张献忠、李自成。】这一种变乱，骚扰区域愈大，虐杀愈烈，则裹胁愈多。然而到底违逆民意，依然成为其自身的又一种致命伤。【元末群雄并起，则不须为流寇，此亦见元代政治之普遍黑暗。】
用邪教的煽惑起事，用流动的骚扰展开，这是安静散漫的农民所以能走上长期叛变的两条路子。可惜这两条路子，开始便已注定农民革命的命运，使他们只能破坏，不能成功，除非中途能自己改变。
洪、杨起事的第一因，在其有一种宗教性之煽惑，而将来所以招惹各方面反对，限制其成功，而逼到失败路上去的，便是这一种宗教。
洪、杨因地理的关系，【洪秀全广东花县人，先由嘉应州客民移去。】开始附会采用西洋的耶教。洪秀全“天父、天兄”的造托，一面攫到广西深山中愚民的拥戴，一面却引起传统的读书人之反感。
忠王李秀成《供状》谓：“天王常在深山内藏，密教世人敬拜上帝。亦有读书明白之士子不从，从者俱是农夫寒苦之家，积岁成众。知欲立国深远图者，皆东王杨秀清、西王萧朝贵、南王冯云山、北王韦昌辉、翼王石达开、天官丞相秦日昌六人。除此未有人知道天王欲立江山之事。自教人拜上帝之后，数年未见动静。至道光二十七、八年上下，广西贼盗四起，扰乱城镇。各居户多有团练，与拜上帝之人，两有分别。拜上帝人与拜上帝一伙，团练与团练一伙，各自争气，各自逞强，因而逼起。”
其起事既利用上帝之团结，其扩大依然是恐怖裹胁政策的效用。
李秀成《供状》云：“凡是拜上帝之家，房屋俱要放火烧了。寒家无食，故而从他。乡下之人，不知道路，行百十里外，不悉回头，后又有追兵。”这是农民决意叛变从事革命之真供状。
然而他们已与乾嘉以来屡次的变乱不同，他们能在中国近代史上留下一更重大的影响，正因他们能明白揭举出种族革命的旗号。
太平天国二年，有《奉天讨胡檄》，谓：“满洲之众不过十数万，而我中国之众不下五千余万。以五千余万之众，受制十万，亦孔之丑矣。”当时洪、杨提出种族观念，实为制胜清政府一个最有利之口。又广东有三合会，流行于南洋、珠江流域一带。洪王告人，谓：“三合会之目的，在反清复明。其会组织在康熙朝，目的亦可谓适当。然至今二百年，今日反清可也，复明未见其是。吾既恢复旧山河，不可不建立新朝。”可见民族旧恨，明清之际已往的历史，数百年来流传民间，未尝熄灭。惟洪、杨之起，似乎只可谓利用此种民间心理，而非纯由此发动。所以虽在美、法革命之后，洪、杨诸人依然不脱以前帝王思想之旧习。他们只知援用西方耶教粗迹牢笼愚民，却没有根据西方民主精神来创建新基。此虽似责备洪、杨太苛，然彼辈自始即著意在凭借宗教，并未能更注意到革命政体，这不能不说亦是他们一弱点。
他们在政制上及军事上，亦略有规模。
洪、杨官制，王分四等，侯第五等，其次六官丞相、【天、地、春、夏、秋、冬】殿前检点、殿前指挥、将军、总制、监军、军帅、【领一万二千五百人，辖五师。】师帅、【辖五旅】旅帅、【辖五卒长】卒长、【各分领百人，辖四两司马】两司马，【领伍长五人，卒二十人，共二十五人。】共十六等。又自检点以下至两司马，皆有职司名目。其制大抵分朝内、军中、守土三途。朝内官如掌朝、掌率、尚书、仆射、承宣、侍卫、左右史之类，名目繁多，日新月异。军中官为总制、监军以下。凡攻城略地，常以国宗【当指丞相以上有爵者。】或丞相领军。而练士卒，分队伍，屯营结垦，接阵进师皆责成军帅。由监军、总制上达于领兵大帅，以取决焉。守土官为郡总制，州、县监军，乡军帅、师帅、旅帅、卒长、两司马。凡地方狱讼钱粮，由军帅、监军区画，而取成于总制，民事之重，皆得决之。自都金陵，分克府、厅、州、县，即其地分军，立军帅以下各官，而统于监军，镇以总制。军帅以下至两司马为乡官，以其乡人为之。军帅兼理军民之政，师帅以下，以次相承如军制。又有女官、女兵。总计男、女官三十余万，女兵十万。其行军阵法有四：曰牵阵法、螃蟹阵、百鸟阵、伏地阵。又立水营，则未经训练，不能作战。盖洪、杨初起，其治军有规划，有组织。及到达金陵，即已志骄气盈，不能再有所改进，乃即以军职为民司。又踞长江之险，而徒仗掠夺民船，不再精练水军，宜其致败也。
在政治上亦有几点比较纯朴的理想，如天朝田亩制度等是。
天朝田亩制度，分田为九等。各按家口多寡【不论男女】以行分田。凡天下田，男女同耕，此处不足则迁彼处。凡天下田，丰荒相通，此处荒则移彼丰处，以赈此荒处，务使天下共享天父上主皇上帝大福。有田同耕，有饭同食，有衣同穿，有钱同使。无处不均匀，无人不饱暖。凡当收成时，两司马督伍长除足其二十五家每人所食，可接新谷外，余则归国库，凡麦、豆、麻、布、帛、鸡、犬各物及银、钱亦然。盖天下皆是天父上主皇上帝一大家，天下人人不受私物，物归上主，则主有所运用，处处平匀，人人饱暖矣。凡天下每一人有妻、子、女约三、四口，或五、六、七、八、九口，则出一人为兵。其余鳏、寡、孤、独、废疾免役，颁国库以养。二十五家中设国库一，礼拜堂一，两司马居之。凡二十五家中所有婚娶、弥月喜事，俱用国库。但有限式，不得多用一钱，通天下皆一式。凡二十五家中陶、冶、木、石等匠，俱用伍长及伍卒为之，农隙治事。其二十五家中童子，俱日至礼拜堂，两司马教读圣书。凡礼拜日，伍长各率男、妇至礼拜堂，分别男行、女行，讲听道理，顶赞祭奠天父上主皇上帝焉。争讼则两造俱诉于两司马，不服更诉之卒长，以此达于军帅。凡天下官民总遵十款天条，及尽忠报国者，由卑升至高，世世官爵。或违犯十款天条，及逆命令受贿弄弊者，由高贬至卑，黜为农。凡天下每岁一举，以补诸官之缺。凡天下诸官，三岁一升黜，以示天朝之公。保举之法，先由伍卒之中，查其遵守条命及力农者，两司马申之卒长，以次经历各上司以达于天王。
他们并禁缠足，禁买卖奴婢，禁娼妓，禁畜妾，禁吸鸦片。他们有一部分确是代表著农民素朴的要求。然而一到南京，距离事业的成功尚远，而内部便禁不住内讧起来。
南王冯云山死于全州，西王萧朝贵死于长沙。抵南京后，大权均操于东王杨秀清，专擅甚过。北王韦昌辉、翼王石达开同谋杀秀清。初议杀东王一人，乃北王尽杀东王统下亲戚、属员、文武、大小、男妇，尽行杀净。翼王怒之，复杀北王。洪秀全乃专用安、福二王。安王乃秀全长兄洪仁发，福王乃秀全次兄洪仁达。自此众情离叛，翼王一去不返。时为咸丰二年事。洪、杨之败，已定于此时。
他们前后倡乱十五年，踞金陵十二年，蹂躏及十六省，沦陷六百余城。然而到底没有成事。
三、湘淮军与咸同中兴削平洪、杨的，并不是满清政府及其朝臣，【洪、杨初起不过二千人，广西一省额兵即二万三千，又士兵一万四千，乃不能荡平，任其外溃。直至金陵，所过各省，无能阻者。】而是另外一批读书人和农民。
洪、杨起事以前，汉人皆不得专阃寄。“鸦片”之役，能却敌者皆汉人，辱国者皆旗籍，然犹谴汉臣之立功者以袒旗员。西人固无意于战，旗员以利啖之即止。太平军则与清不两立，不用汉臣无可收拾。金陵既下，曾国藩仍推官文领衔奏捷。盖夙知朝廷意旨，不敢以汉臣自居大功也。
洪、杨的耶教宣传，【并非真耶教。】激动了一辈传统的读书人之反感。洪、杨的骚扰政策，惹起了一辈安居乐业的农民之敌意。曾国藩的湘军即由此而起。
曾国藩世世业农，以在籍【母丧】侍郎帮办团练。自咸丰二年十二月始，至四年出师湖北。有《讨贼檄》，谓：“粤匪自处于安富尊荣，而视我两湖、三江被胁之人，曾犬豕牛马之不若。窃外夷之绪，崇天主之教。农不能自耕以纳赋，谓田皆天主之田也。商不能自贾以纳息，谓货皆天主之货也。士不能诵孔子之经，而别有所谓耶稣之说、《新约》之书，乃开辟以来名教之大变。凡读书识字者，焉能袖手坐观，不思一为之所也。”又曰：“李自成至曲阜不犯圣庙。张献忠至梓潼亦祭文昌。粤匪焚柳州之学官，毁宣圣之木主。所过州、县，先毁庙宇。忠臣义士如关帝、岳王之凛凛，亦污其宫室，残其身首。”
相传太平军围长沙，左宗棠谒见天王，献攻守建国之策，并动天王弃天主耶稣，专崇儒教。天王不能用，左遂逃去，为后来削平洪、杨之重要人物。如罗泽南、彭玉麟等，皆激动于民族文化礼教之保全，以及社会民生秩序之自卫，而奋起杀贼。彼辈不私财，不受朝廷官禄，以书生督领乡民，自卫地方，而渐次推及于近邻，乃一跃而为削平洪、锡之惟一势力。湘军与粤军【即洪、杨】同样抱有一种民族观念。粤军的缺点，在于没有注意到民族文化传统势力之重要，只图激起革命，甚至对于传统文化加以过分的蔑弃，一切目之为妖，而别拥伪造的天父天兄，读圣书，做礼拜。此与满洲入关剃发令，一在外面，一入内里，同样对于真受民族文化之薰陶者为一种难堪之损伤。但湘军诸帅，虽自谓受有传统文化之浇培，以保护民族文化自任，而他们对于民族大义，亦早已丧失。
晚明顾【亭林】、王【船山】、黄【梨洲】、吕【晚村】诸儒之议论，早已为狭义的部族政权所摧残而泯灭。湘军诸帅寄托在异族政权的卵翼下来谈民族文化之保存与发皇，岂异梦寐！因此一方面【粤军】只注意到民族政权之争取，一方面【湘军】只注意在民族文化之保全。他们都不知一个民族的文化与政权之不可分离，而结果乃演出同族相残之惨剧。
粤军的领导人，对于本国文化，既少了解，对于外来文化，亦无领略。他们的力量，一时或够推翻满清政权，而不能摇撼中国社会所固有的道德信仰以及风俗习惯。这是洪、杨失败最主要的原因。【就此点论，洪、杨之天父天兄等等愚民政策，与八卦教、天理教等，还是一鼻孔出气。】
而且洪、杨最先用以愚民的旗帜，他们并未悟到早已向全民族传统文化树敌，而他们军事上的实际活动，却又并没有一个预定的全盘计划。
李秀成《供状》云：“天王攻长沙未下，欲由益阳靠洞庭湖边到常德，欲取湖南为家。到益阳，忽抢到民舟数千，改作顺流而下。到南京后，天王与东王欲分兵镇守江南，而取河南为业。后有一驾东王坐船之湖南水手大声扬言，亲禀东王，不可往河南。云：‘河南水小而无粮，敌困不能救解。今得江南，有长江之险，又有舟只万千，南京城高水深，尚不之都，而往河南，何也？’后东王复想见这老水手之言，故而未往。”据此，粤军其先本未有直捣幽燕之计划，只欲在湖南谋一巢穴。因得舟船之利，遂沿洞庭直下长江而到南京。其所以建都南京不北上者，亦因在长江有舟船利用，故不欲舍之北去也。【但又不从此积极训练水军。】
湘军则虽系地方团练，而一起即有荡平天下之整个准备。
曾国藩在咸丰二年奉谕帮同办理本省团练，而咸丰三年，郭嵩焘、江忠源即议用战船肃清江面，遂定湘军兴水师、造战船之计划。明年，咸丰四年，靖港战败，又重整水师。克武汉，顺流东下。是年，水师挫于湖口，截分内湖外江，不得合并。直至咸丰七年克湖口，内湖外江水师始复合。此后湘军所以能控制长江，直下南京者，凭水师舟船之力为大。
其用兵次第，亦始终牢守一个计划，按步推进。
曾国藩于咸丰三年奉谕酌带练勇驰赴湖北。嗣皖事日棘，又奉谕赶办船只，自洞庭驶入大江顺流东下，与江忠源会战皖贼。咸丰四年，水师挫于湖口。五年，罗泽南回援武昌。六年，罗泽南卒。七年，曾丁忧回籍。湘军克复湖口。八年五月，曾奉谕令驰驿前往浙江办理军务。七月抵九江、南昌，途次奉谕，即以援浙之师，移剿闽省各匪。十月，李继宾败于三河镇。十一月，又奉谕移军赴皖，著斟酌具奏。九年【是年作〈圣哲画像记〉】六月，奉谕著即前赴四川夔州扼守。八月行抵黄州，奉谕饬缓赴川，暂驻湖北，为进剿皖省之计。十年十月，奉谕著统筹全局，保卫苏、常。又奉谕，迅速驰往江苏，署理两江总督。六月，奉谕补授两江总督，并授为钦差大臣督办江南军务。十一年，克复安庆。是年，胡林翼卒。十月，奉谕统辖江苏、安徽、江西三省并浙江全省军务。左宗棠援浙。同治元年，李鸿章赴沪。三年，克复金陵。
此数年间，清廷虽知曾国藩才力可依，然并不曾想以削平洪、杨事业全付湘军之仔肩。忽而令之援浙，忽而令之援闽。忽而令之入川，又忽而令之赴苏。若使曾国藩遵从清廷意旨，必致一事无成，全局失败而止。
惟曾之意中，早有一整个讨平洪、杨之腹本。因此清廷命令，彼必宛转因应，令其与自己计划相应而止。其前锋则由九江逐步推进而至安庆，其后部则由湖南逐步推进而至武汉。稳扎稳打，一面应付洪、杨，一面应付清廷。又一面则团结共事之人才，如骆秉章、胡林翼等。直至咸丰十年，有统筹全局之旨，始稍得舒展。然当时朝意命其驰往江苏，江、浙地方乞援者，又连翩而来。而曾之步骤，依然不变。直至同治元年，始发出浙、苏援师。先后十三年，虽兵事利钝，瞬息千变，而进退计划，前后一贯。反观洪、杨，自三王内讧以后，石达开远行，内部即少可仗之才。李秀成、陈玉成仅为战将，虽东西驰突，不无一逞之威，然中枢不能发踪指示，阃外不能利害专断，狼奔豕突，漫无把握。两两相较，成败自判矣。
曾国虽在军中，隐然以一身任天下之重。网罗人才，提唱风气，注意学术文化，而幕府宾僚之盛，冠绝一时。【薛福成有《湘乡幕府宾僚记》】
其时满臣如赛尚阿、讷尔经额，既先后以钦差大臣失律被谴。文庆为大学士直枢廷，屡请破除满、汉畛域，用人不拘资地。曾国藩初以击贼失利，谤议纷起，文庆独主宜专任讨贼。胡林翼以贵州道员留带楚勇，以国藩荐拔，一岁间擢湖北巡抚。袁甲三督师淮上，骆秉章巡抚瑚南，文庆荐其才，请勿他调。时军事方殷，迭饬疆吏及各路统兵大臣，奏举将才。林翼举左宗棠，予四品京堂，襄办国藩军务。沈葆桢、刘蓉、张运兰，命国藩、林翼调遣。他如塔齐布、罗泽南、李继宾、李继宜、彭玉麟、杨岳斌等，俱以末弁或诸生，拔自戎行。当时称曾、胡知人善任，荐贤满天下。曾、胡之得自由荐擢人才，实为湘军成功又一因。
至于洪、杨自东、北、翼三王内讧以后，天王惟用兄弟、戚属为亲信。
李秀成《供状》：“主上因东、北、翼三王弄怕，未肯信外臣，专信同姓之臣。重用者：第一、幼西王萧省和。第二、王长兄洪仁发，王次兄洪仁达。第三、干王洪仁玕。第四、驸马钟姓、黄姓。第五、英王陈玉成。第六方是秀成也。”
文治制度方面，在南京十二年，可算绝没有些微上轨道的建设。亦不能搜罗原来团体以外之人才。【如钱江、王韬等，气局远不能与左、李、罗、彭相比拟，然粤军并此不能用。】
欲妄想以天父、天兄之欺妄深山愚民者，欺尽天下。
此层虽粤军中将领亦各自知之。如李秀成《供状》即再四提及此层，慨乎言之，谓：“主又不问国事，一味靠天，置军务、政务于不问。”又曰：“不问军情，一味靠天，别无多话。”又曰：“我主不问政事，只是教臣认实天情，自有升平之局。”又曰：“天王号为天父、天兄、天王之国。此是天王之计，天上有此事，瞒及世人。天王之事，俱是那天话责人，我等为其臣，不敢与驳，任其称也。那天朝、天军、天民、天官、天将、天兵等，皆算渠一人之兵，免我等称为我队之兵。称为我队我兵者，责曰：‘尔有奸心。’恐人之占其国，此实言也。何人敢称我兵者，五马分尸。”
如此何得不败？
明太祖所以能成事，一因元朝不能用汉人，一因明太祖自己极开明，能用刘基、宋濂等像样人物。洪秀全所以不成，一因清朝尚知利用汉人，不易推倒。一因自己太昏愚，始终不脱江湖草泽意味。因此他们虽揭举了民族革命的大旗，终因领袖人物之不够标格而不能成功。
东南洪、杨始平，西北捻、回又炽。清廷一无能力，依然仰赖于湘军。
曾国藩于同治三年六月克复南京，十月，即奉谕：江宁已臻底平，即著酌带所部，前赴皖、鄂交界，督兵剿捻。迅速前进，勿少延缓。十一月奉谕：曾国藩无庸前赴安庆，亦无须交卸督篆，仍驻金陵，妥协调度。四年五月，奉谕令至淮、徐一带，督率水陆援军，相机剿贼。又奉谕即前赴山东一带，督兵剿贼。两江总督著李鸿章暂行署理，而命曾国藩节制直、鲁、豫三省。五年，曾荐李自代。六年捻平。洪、杨凭长江之险，湘军特练水师制之。捻以骑兵驰骋，曾又定为长围之法。【自有此法，流寇亦失其作用。】李以淮军遵曾意制胜。甘、新回乱，则左宗棠平之。皆曾一系人物也。
曾、左、胡、李号称同治中兴功臣，然此等人物，仅能平乱，却不能致治。
一因清政府种族观念太深，不能推诚大用。
曾、胡皆以文庆主持于内，始得稍有展布。胡林翼为湖北巡抚，委曲交欢于湖广总督官文，始克尽其为湘军后方之职责。咸丰遗诏：“无论何人，克南京封郡王”，而曾国藩仅得封一等勇毅侯，曾国荃、李鸿章、左宗棠皆为一等伯。南京于同治三年六月克复，十月即命曾国藩离守剿捻。此后曾即往返于两江、直隶两督任，未得为中央官。清廷曾谕国藩保荐督、抚大员，国藩引嫌，谓：“宜防外重内轻之渐，兼杜植私树党之端。”洪、杨平，即亟亟谋遣散湘军，以淮军自代。曾、胡皆善处当时之变局，以自成其所欲达之目的。
二则因胡既早卒，曾、左诸人皆驰驱军旅，效命疆场，未得为中央大吏，于朝政少可献替。
曾氏同治元年五月七日日记，详论洋务，谓：“欲求自强之道，总以修政事、求贤才为急务，以学作炸炮、学造轮舟等具为下手工夫”云云。知曾氏并非专知有兵事，不知有民政者。曾氏对当时朝政极抱不满，然方其在翰院为部臣时，尚敢稍为论列。其后出外操握军权，因种种牵掣顾虑，对朝政即嘿不发言，一意以平乱为主。逮平乱以后，畏谗避谤，急流勇退。遣散湘军，以淮军代。平捻之任，交付与李鸿章。如江南制造局、译学馆及派遣留学生等，只就疆吏可办者办之，于朝政纲领，更无献替。其幕府宾僚，亦极少为清廷重用者。
因此军事上虽足平乱，而吏治官方，依然腐败。酿乱之源，依然存在。只为社会元气大损，一时再鼓不起乱来。急病不死，变成慢病。而其病已成绝症，不可救药。