恶涛益益急，战云益益催，漳、泉二州之间乃为清、郑血战之中心地。永历四年，成功益整军备。五月，败清将王邦后。八月，败清提督杨名高，遂略漳、泉各州县，降其将杨世德、陈尧策。明年，又败清将陈锦于长泰，锦死之。未几，乃有漳州之战。
漳州之战何？自永历六年四月迄九月，用兵凡三百六十余日，舍兵十数万，舍船数千，漳民饿死者十之三，路毙者十之七，乱后遗骸之大穴三，总数七十三万有奇。爷娘父子一堆草，落日寒流几战场，万劫不灭，国魂其归。吾舌尚存，为述战史。
成功志必欲得漳州，急围之。清将马逢来援。甘辉告成功曰：“今若与清将野战，吾伤必多；不如困之于漳城。”乃让自万松关至漳城龙江一带路诱之。已而马以骑千、步三千至。郑军不与战，夜则喊声四起，马军数数眠起。诘朝，甘辉逆马军，马军疲，又以漳路阻隔，遂入州城。而郑军自后追之。马入城数日，忿突袭成功营。成功自四面要之，马败。守将王邦俊出助战，亦败。当是时，城援已绝，郑军昼夜攻之，尚未下，而福建巡抚宜永贵遽以船二百袭厦门，成功命陈辉防之于崇武，胜之。
而是时，忽忽已仲秋八月，沿漳城河岸以下，血流渊湃，上与苦霖相冲击，绝似一幅血雨图。图内见城一角，距兹三十里，有寨如豆，有人如粒，或运木，或迭石，或沈船，东则塞，南则崩，上如欹，下如倾，沿溪横流四决，土石杂下，细粹不可辨。吾模儗其境，殆郑氏方以八月灌漳州城，历一月工未竣，而侦者来告，闻清固山金砺将会新总督刘清泰来援，成功乃使周全斌迎战，一面尽力攻漳城。已而全斌败，成功乃解围去，而自退于厦门。
漳州之战既终，海澄之战方始。金固山既解漳州围，欲一气尽吞中国南部国民之未薙发、未清衣冠者，乃以永历七年四月进兵海澄，使刘清泰以水师出福、兴二港，为夹攻计。成功侦知之，使林察、周瑞往海坛迎战。中途遭飓风，察舟误入兴化港，死焉。而成功适谍得金固山将于二十八日以全师进营祖山头，遂以五月一日自率大队至海澄，使王秀奇、郝文兴、陈尧策等守镇远寨、甘辉、黄廷守关帝庙，而自筑观战台于天姬宫。越三日，清军数万至，营于天姬宫之前，火炮数百门，旦夕向成功营突发，木栅频坏频立。五日，后劲镇陈魁、后冲镇叶章自炮烟突出奋战，章死之，魁伤于矢。甘辉急开寨夺魁回，而以杨正代统其镇。
是役也，当剧战之中心、而为清、郑胜败之界线者，则以五月八日。是日，金固山自督兵来攻，望见天姬宫旌旗之下，一将指挥左右，火石并发，弹线益益逼近。或劝成功下。成功曰：“天乎！余誓不为大明避一尺寸土！”甘辉见事急，翼成功下，而炮已及，碎台级数层。金固山则又力攻镇远寨。是时郑军岌岌如累卵。
夜尽天旦，炮声忽作，火龙数万倏奔于金固山之营门，马失其蹄，寨掩其帜，缨辫激搏，上腾无际，而苏茂、甘辉已大辟寨门，突以大军攀缘龙尾而上，与清军格鬪于弹林硝雨之里。据历史家言，是时金固山方薄攻海澄城，成功使郝文兴、王秀奇、周瑞等应之。战正酣，地道炮火齐发，于是金固山且战且退，而回兵于漳州。
方是时，清顺治帝已入关十年，四海大定，莫不奴服。呜呼！我试以比例术求之，清以满洲及中国全部之兵力尽注于闽南之一隅，土地得比例若干，人民得比例若干，谋士猛将得比例若干，兵马舟舰粮食得比例若干；而郑氏果以何主义、何气力乃敢来前数挑战！嗟乎！故宫何处，忍烟灭于荆驼；国魂尚存，誓殉生于铁血。而成功亦于时援桴鼓，飨军士，以归于厦门之故营。