洪武十三年春正月癸巳朔，上御奉天殿受朝贺，大宴群臣，命妇朝皇后于坤宁宫，锡宴。
高丽贡不如约，以诏问之曰：“曩元之驭宇，运未百年而天命更，朕代元为君，临御十有三载，四夷入贡，惟三方如旧，独尔东夷固恃沧海，内杀其王，外构民祸，贡不如约，必三韩之地有为，故若是欤？命使往问，叛服不常，将欲何为？”
甲午，御史中丞涂节告左丞相胡惟庸与御史大夫陈宁等谋反及前毒杀诚意伯刘基事，命廷臣审录，上时自临问之。初，自杨宪诛，惟庸总中书之政，以上信任之重也。专肆威福，生杀黜陟有不奏而行者，内外诸司封事入奏，惟庸先取视之，有病己者辄匿不闻，私擢奏差胡懋为巡检，营其家事，由是四方奔竞之徒趋其门下，及诸武臣谀佞者多附之，遗金帛、名马、玩好不可胜数。魏国公徐达深嫉其奸邪，尝从容言于上，惟庸忌之，达有阍者福寿，惟庸阴诱致为己用，冀得其力以图达，为福寿所发，诚意伯刘基亦尝为上言惟庸奸恣不可用，惟庸知之，由是怨恨基。及基病，诏惟庸视之，惟庸挟医往以毒中之，基竟死，时八年正月也。上以基病久不疑，基死，惟庸益无所惮，与李善长等相结，以兄女妻善长从子佑，贪贿弄权，无所畏忌。一日，其定远旧宅井中忽生石笋出水，高数尺，谀者争言为丞相瑞应，又言其祖、父三世冢上皆夜有火光烛天，于是惟庸益自负，有邪谋矣。当是时，吉安侯陆仲亨自陕西归，擅乘驿传，上怒责之曰：“中原兵燹之余，民始复业，籍户买马，艰苦甚矣，使皆效尔所为，民虽尽鬻子女买马走递，不能给也。”责捕盗于代县。平凉侯费聚尝命至苏州抚绥军民，聚不任事，唯嗜酒色，召还，责往西北招降达达无功，上亦责之。二人惧，惟庸阴以权利胁诱之，二人素戆勇，又见惟庸当朝用事，强盛，因与往来，久之益密。尝过惟庸家饮酒，酒酣，屏去左右，因言：“吾等所为多不法，一旦事觉，如何？”二人惶惧，计无所出，惟庸乃告以己意，且令其在外收辑军马以俟，二人从之。又与陈宁坐省中，阅天下军马籍，令都督毛骧取卫士刘遇宝及亡命魏文进等为心膂，曰：“吾有用尔也。”太仆寺丞李存义者，善长之弟，惟庸之壻父也，以亲故往来惟庸家，惟庸令存义阴说善长同起，善长惊悸曰：“尔言何为者？若尔，九族皆灭。”存义惧而去，往告惟庸，惟庸知善长素贪，可以利动。后十余日，又令存义以告善长，且言：“事若成，当以淮西地封公为王。”善长虽有才能，然本文吏，计深巧，虽佯惊不许，然心颇以为然，又见以淮西之地王己，终不失富贵，且欲居中观望，为子孙后计，乃叹息起曰：“吾老矣，由尔等所为。”存义还告，惟庸喜，因过善长，善长延入，惟庸西面坐，善长东面坐，屏左右，款语良久，人不得闻，但遥见颔首而已。惟庸欣然就辞出，使指挥林贤下海招倭军，约期来会，又遣元臣封绩致书称臣于元，请兵为外应，事皆未发，会惟庸子乘马驰骤于市，马奔入挽辂中伤，死焉，惟庸即杀是挽辂者。上怒，命偿其死，惟庸请以金帛给其家，上不许，惟庸惧，乃与善长及涂节、陈宁等谋起事，便遣人阴告四方及武臣之从己者。上日朝，觉惟庸等举措有异，怪之，涂节恐事觉，乃上变告。时商暠谪降为中书省吏，亦以惟庸阴事来告。上曰：“朕不负惟庸辈，何得至是？”命群臣更讯，惟庸辞穷不能隐，遂吐实。
戊戌，群臣奏胡惟庸等罪状，请诛之。于是赐惟庸、陈宁死，又言涂节本为惟庸谋主，见事不成，始上变告，不诛无以戒人臣之奸宄者，乃并诛节，余党皆连坐。惟庸，定远人。岁乙未，事上为元帅府奏差，转宣使。丁酉，授宁国县主簿，升知县。甲辰，迁吉安府通判。丙午，擢湖广按察佥事。吴元年，入为太常少卿，寻升为卿。洪武三年，拜中书省参政。四年，升右丞。六年，拜右丞相。陈宁，茶陵人，初名亮，通经，有治才。元末为镇江小吏，从军至金陵，馆于军帅家。上入金陵，命诸将各言事，军帅武人不能言，令宁代为书陈之。上览之甚喜，召见，擢江南行省掾史。己亥，升广德知府。辛丑，除枢密院都事。癸卯，改提刑按察司佥事。甲辰，升浙东按察使。己巳，擢中书参议。丙午，以事降太仓市舶令。洪武元年，入为司农卿，寻迁兵部尚书。二年，出为松江知府，寻升中书参政。三年，赐名宁，坐事知苏州府。尝督粮，欲事速，集令左右烧铁烙人肌肤，人甚苦之，呼为“陈烙铁”。改浙江参政，未行，惟庸荐为御史大夫，益尚严酷。上尝切责之，宁不改，其子孟麟亦数以谏，宁怒，杖之数百至死。上深恶其不情，尝曰：“宁于其子如此，奚有于君父耶？”宁闻之惧，遂与惟庸通谋。群臣又请诛善长、陆仲亨等，上曰：“朕初起兵时，善长来谒军门曰：‘有天有日矣。’是时，朕年二十七，善长年四十一，所言多合吾意，遂命掌薄书，赞计画，功成爵以上公，以女与其子。陆仲亨年十七，父母兄弟俱亡，恐为乱兵所掠，持一升麦藏于草间。朕见之，呼曰：‘来。’遂从朕，长育成，就以功封侯。此皆吾初起时腹心股肱，吾不忍罪之，其勿问。”封绩，河南人，故元臣来归，命之官，不受遣，还乡，又不去，谪戍于边，故惟庸等遗书遣之。
己亥，胡惟庸等既伏诛，上谕文武百官曰：“朕自临御以来，十有三年矣，中间图任大臣，期于辅弼，以臻至治，故立中书省以总天下之文治，都督府以统天下之兵政，御史台以振朝廷之纪纲。岂意奸臣窃持国柄，枉法诬贤，操不轨之心，肆奸欺之蔽，嘉言结于众舌，朋比逞于群邪，蠹害政治，谋危社稷，譬堤防之将决，烈火之将然，有滔天燎原之势。赖神发其奸，皆就殄灭，朕欲革去中书省，升六部，仿古六卿之制，俾之各司所事，更置五军都督府，以分领军卫。如此，则权不专于一司，事不留于壅蔽，卿等以为何如？”监察御史许士廉等对曰：“历朝制度皆取时宜，况创制立法，天子之事，既出圣裁，实为典要，但虑陛下日应万机，劳神太过。臣愚以为宜设三公府，以勋旧大臣为太师、太傅、太保，总率百僚庶务，其大政如封建、发兵、铨选、制礼、作乐之类则奏请裁决，其余常事循制奉行，庶几臣下绝奸权之患，主上无烦剧之劳。”上然之。
庚子，召山西布政使司左参政偰斯为吏部尚书，河南按察使郑九成为礼部尚书，前北平按察副使刘崧为礼部侍郎，以应天府尹徐铎为户部尚书，俱赐以诰。偰斯诰曰：“朕惟国家之用人也，去取虽在于人主，铨选必由于吏部得人，则拔擢才良，甄别流品，清浊臧否，不致混淆而庶职理矣。尔斯事朕有年，奉职惟谨，察其设施，诚为允当，其以尔为吏部尚书，尔其懋哉。”九成诰曰：“礼之为用大矣，施之郊庙、朝廷，所以治神人，和上下。然自三代、汉、唐以迄于今，其仪物度数亦繁矣哉。朕有天下，命议礼之臣斟酌损益，已有定制，惟在得人，遵守而施行之。惟尔九成谙达典故，进退详审，其以尔为礼部尚书，尔惟敬哉。”徐铎诰曰：“国家以户口、土田、赋役、税粮之事与夫仓廪、府库、会计、出入之方，一归户部，古之制也。非才识周遍，练达时务者，安能居此任乎？尔铎在职公勤，处事通敏，今以尔为户部尚书，尔尚明生财之道，务培邦本，使食货充而国用足，以副朕节用爱人之意。”崧之诰曰：“国家以礼导民，将使天下之人皆由之，其品节之分，制度之详，亦既考定而颁行之矣，非得明达朝章者典掌而遵守焉，岂足以仪表中外乎？尔崧学通古今，举止详雅，故命尔为礼部侍郎，尔其敬以持身，恭以将事，俾朝廷之礼粲然有伦，则海内向风而有化民成俗之效矣。往居乃职，尔惟懋哉。”
罢山西大同府兵马指挥司。
命工部遣官督太仓、镇海、苏州三卫官军造海船一百六十六艘，以备海运。
癸卯，大祀天地于南郊。
罢中书省，升六部，改大都督府为五军都督府，布告天下。诏曰：“朕膺天命，君主华夷，当即位之初，会集群臣，讲求官制，远稽汉、唐，略加损益，亦参以宋朝之典，所以内置中书省、都督府、御史台、六部，外列都指挥使司、承宣布政使司、都转运盐使司、提刑按察司及府、州、县，纲维庶务，以安兆民。朕尝发号施令，责任中书，使刑赏务当，不期任非其人，丞相汪广洋、御史大夫陈宁昼夜淫昏，酣歌肆乐，各不率职，坐视废兴，以致胡惟庸私构群小夤缘为奸，或枉法以惠罪，或挠政以诬贤，因是发露，人各伏诛，特诏天下罢中书，广都府，升六部，使知更官之制，行移各有所归，庶不紊烦。於戏！周职六卿，康庶民于宇内；汉命萧、曹，肇四百年之洪业。今命五府、六部详审其事，务称厥职，故兹诏谕。其左军都督府统属在京骁骑左、水军左、留守左、龙虎、英武五卫，在外山东、辽东、浙江、广东四都司并所辖卫所；右军都督府统属在京虎贲右、水军右、留守右、武德、广武五卫，在外陕西、四川、江西三都司并所辖卫所；中军都督府统属在京神策、广洋、留守中、应天、和阳五卫，在外苏州、太仓、镇海、扬州、高邮、大河、淮安、沂州、凤阳左、凤阳右、凤阳中、皇陵、长淮、怀远、留守中、留守左、徐州十七卫，滁州、徽州、六安、庐州、镇江、安丰、信阳、宿州、洪塘九千户所及河南都司所辖卫所；前军都督府统属在京天策、豹韬、龙骧、飞雄、龙江五卫，在外湖广、福建、广西三都司及福建行都司并所辖卫所；后军都督府统属在京鹰扬、江阴、兴武、横海、蒙古左、蒙古右六卫，在外北平、山西二都司及山西行都司并所辖卫所。
甲辰，定六部、御史台等官品秩。六部尚书，正二品；侍郎，正三品；郎中，正五品；员外郎，从五品；御史台左、右中丞，正二品；左、右侍御史，正四品；在外承宣布政使，正三品；左、右参政，从三品；提刑按察使，正四品；副使，从四品；佥事，正五品；都转运盐使，正四品；副使，从四品。
定五军都督府为正二品，在内亲军指挥司、在外各卫指挥司并护卫指挥司皆为从三品，都指挥使司正三品。以金吾、羽林、虎贲、府军等十卫职掌守卫宫禁，凡有支请，径行六部，不隶五军。
以武官子弟常安等百三十人为参侍舍人。安，振武卫指挥同知常荣之子；荣，开平忠武王遇春之再从弟也。
乙巳，上御奉天门选官，命吏部以北平、山西、陕西、河南、四川之人于浙江、江西、湖广、直隶有司用之，浙江、江西、湖广、直隶之人于北平、山东、山西、陕西、河南、四川、广东、广西、福建有司用之，广西、广东、福建之人亦于山东、山西、陕西、河南、四川有司用之。考核不称职及为事解降者，不分南北，悉于广东、广西、福建汀漳、江西龙南、安远、湖广郴州之地迁用，以示劝惩。
上谓侍臣曰：“人言天子居至尊之位，操可致之权，赏罚予夺，得以自专。朕则不然，凡出一言，行一事，兢兢业业，惟恐上违天命，下拂人情，况赏罚予夺，国之大柄，一有爱憎忿戾于其间，则非大公至正之道，是以此心斯须不敢忽也。”侍臣对曰：“陛下持心若此，太平长久之道也。”
置邳州卫指挥使司。
丙午，更立五军都督府，秩正一品。
革湖州守御千户所。
丁未，罢铁甲、弓箭、毛皮、织染、神帛等局。
罢军需库，置军器局，专典应用军器。凡军一百户，铳十、刀牌二十、弓箭三十、枪四十。
罢龙江分司，置龙江提举司。
戊申，改鸡笼山为鸡鸣山。
己酉，遣使给河南征西将士万九千六百余人绮帛、绵钞有差。
庚戌，定王府左、右相为从二品，左、右傅为正三品。
遣使核天下仓库畜积多寡之数。
辛亥，以府军前卫指挥佥事马龙为广武卫指挥佥事，虎贲左卫指挥使王虎为留守右卫指挥使。
壬子，享太庙。
遣官祭功臣于鸡鸣山庙，以济宁侯顾时以下二百八十人附祭。
癸丑，罢礼部备用库、书画库、凤阳行工部营造提举分司、储用库、盐运司、纲官、押运。
丁巳，迁御史大夫安然为左御史中丞。
戊午，故元平章薛帖木儿来降，贡马，赐绮帛、钞有差。
己未，罢山西、河南、北平、凤阳等城兵马司。
庚申，湖广布政使司言：“商人纳粟靖州、崇山二卫中盐者，每米二石，给淮盐一引，米贵盐轻而商人稀少，宜减价以便之。”乃命减旧则四之一。
辛酉，吏部言：“天下税课司局岁收课额米不及五百石者凡三百六十有四，宜罢之，从府、州、县征其课为便。”从之。
以大都督府掌判官洪彝为吏部尚书。
是月，赐兴武卫征讨还卫将校十三人，绮帛七十八匹。
赐河南等卫征讨还卫将校士卒二万九千二百余人，钞二万八千九百余锭。
赐儒士监生、孝廉、人材、初入仕者衣，人三袭，钞各有差。
广东右卫百户翁显讨山寇房文广，战于矮岭，死之。显，建昌之新城人，自少有胆略，喜读兵书。徐寿辉僭号，攻陷江右，显告其父吉甫曰：“贼势日张，郡邑将不免祸，若能预集义兵，保障乡闾，可以全宗族。”吉甫然之，显乃召募乡兵，屡与贼战，败走之。及陈友谅杀寿辉于太平而自立，以王溥为宣慰元帅，进攻建昌，显遂归之，溥以显为万户。王师取江右，显从溥俱来降，授百户，守漳州。洪武二年，调广东右卫。至是，文广为乱，显以前锋力战而死诏，赠昭勇将军、都指挥佥事，以其子仪袭职为湖广都指挥佥事。