苏菲亚既专政，见彼得日为游戏，心窃喜之，顾终恐其年长难制，欲早除之，乃与近幸谋变更军制，以猎夫游荡之徒，厠行间，使之伺隙去彼得。时彼得新婚（见下章），赴柏列亚旅行，将归时，苏菲亚遣人飞檄射击队，诬言彼得罪恶，且布间谍使人民与那尔斯康之党为难。人民知苏菲亚狡黠，相戒不坠其谋。苏菲亚久之无所获，乃更变计谋，募集市中无赖者，授以兵编成一队，阳以拥护彼得为名，实欲使之图弒。未几，彼得有友觉其事，以告彼得，彼得方寝，闻之大惊，无暇更寝衣，驰匿马廐，其友挽马至。彼得乃跃马走一森林。其友挟御袍以从，乃共匿于寺院之内。
苏菲亚知谋败，因欲自掩护，乃上书乞帝早归莫斯科（俄京也），更亲诣寺院谒彼得。彼得以苏菲亚迭为祸乱，不愿与之相见，遗中官持节止之于途。暴徒知为苏菲亚所卖，亦大怨恨苏菲亚，群向彼得谢罪，愿效忠王室以自赎。彼得乃乘机扑灭苏菲亚党，大捕党人，检二一巨魁，处以死刑，其他或流或锢，论罪有差。又引轻犯者数人，于稠人前数之，并宣言此等罪人，终其身皇帝不复加恩遇。处置既毕，幽闭苏菲亚于修道院，与约非大祭日不许与皇族及亲属会见。彼得虽幽闭苏菲亚，然以骨肉故，待之极有恩，除净室以予之，并为之广置奴婢焉。
其后彼得游欧洲时（见下），苏菲亚又作乱。贵族及射击队，反对彼得改革之事，谋背彼得，拥苏菲亚为帝，哥敦将军讨平之。彼得闻报驰归，处罚叛徒，再锢苏菲亚，禁其与闻国事（时苏菲亚已被释放故云）。苏菲亚之乱，几十余年，至是乃平。
【批评】
俄国贵族权力甚盛，故历代君主，非如彼得之英伟者，殆守府而已。夫专制国之君主，号曰专制，而实际乃被专制者。俄之专制与吾国类，而历史亦然，吾国数千年来，宦官女后外戚之祸，史不绝书，俄亦如之。苏菲亚之乱，亘十数年乃平。其他俄史上，于此等事亦复不少。故今日俄国虚无党之凌迫政府，亦可谓甚矣。然其所以不能得政权者，毋亦贵族所把持，非必君主意也。故近日虚无党反对专制者，恒不反对君主，但与其贵族大臣抗。贵族大臣一屈，则帝政自倒。此固征之已事，而可料者也。
苏菲亚专政后，看到彼得整日每天游玩嬉戏，她暗地里很高兴，只是还是害怕彼得长大后难以控制，想要早点除去他，于是就和宠信的近臣谋划，下令改编军队的编制，征集猎人、游荡不守正业的人，夹杂在军队中，命令他们找到时机趁机除去彼得。当时彼得刚刚新婚（内容见下章），去柏列亚旅行，快要回来的时候，苏菲亚派人紧急通知射击队讨伐彼得，诬陷彼得的罪行，而且还布控间谍搅乱，让人民和那尔斯康的余党们的关系不和。人民知道苏菲亚狡猾的骗局，相互告诫不要相信她的阴谋诡计。很长一段时间苏菲亚都没有收获，于是她就改变计划，招募了集市中的一些无赖，授予他们军衔编成一支军队，这支军队表面上是在拥护彼得，实际上是想要图谋杀害他。没过多久，彼得的一位朋友觉察了这件事，告诉了彼得，当时彼得正在睡觉，听到这件事感到十分震惊，他没来得及换掉睡衣，就躲到马棚中，朋友牵来一匹马。彼得立即上马飞驰到一片森林中。朋友带着皇袍跟随着他，和彼得一起躲在了一座寺庙里。
苏菲亚知道自己的计谋失败了，想要隐瞒自己的罪行，于是写信请乞求皇帝早点回莫斯科（俄国的京城），还亲自到寺院拜见彼得。彼得认为苏菲亚屡次作乱，不愿和她见面，命令官员把她挡截在路途中。暴徒们知道被苏菲亚出卖，同样也十分怨恨苏菲亚，都向彼得谢罪，表示愿意效忠王室来赎罪。彼得于是趁机消灭了苏菲亚的余党，大肆逮捕他们，他抓捕了余党中的一两个头目，对他们处以死刑，其他的人有的被流放，有的被囚禁，判定的罪行各有不同。彼得又押着罪行较轻的一批人，带到众人面前清点人数，并且告诉他们，他们这些罪犯，一生都不会受到皇帝的恩待。彼得处置完毕后，就把苏菲亚幽禁在修道院里，跟她约定除了大祭日外不允许和皇族与自己的族人、亲属见面。虽然彼得幽禁了苏菲亚，但是因为他们是亲生骨肉，对待她很有礼节，除了配备给她干净的房间，还给她许多奴婢侍奉她。
后来彼得游历欧洲时（详情见下文），苏菲亚又再次作乱。当时贵族们和射击队反对彼得的改革，谋划背叛彼得，拥护苏菲亚为皇帝，驻扎在莫斯科的哥敦将军讨伐他们，平定了叛乱。彼得听到消息后也很快回国，惩罚了叛徒，再次幽禁了苏菲亚，禁止她听取国家大事（当时苏菲亚已经被释放，所以这么说）。苏菲亚之乱，前前后后历时几十年，到这时才彻底平息。
【评论】
俄国的贵族权力很大，所以历代君主，如果不是像彼得这么伟大，大概只能是守住自己的国家罢了。专制国家的君主，说起来是实行专制，但实际上是被贵族们专制着。俄国的专制情况和我国类似，在历史上也有相同点，例如我国数千年以来，宦官皇后外戚篡权引发的祸乱，在史书上从来没有断绝过，这点俄国也差不多。苏菲亚之乱，前后持续了十几年才平息。在俄国其他的历史时期，像这样的例子也不少。所以现在俄国的无政府主义革命者，逼迫政府交出政权，也可以说是这样的极端例子。他们之所以还不能获得政权，只是因为权力还在被贵族们把持着，不是一定要君主交权。所以，近日这些无政府主义者反对专制体制，但是不反对君主，只是反抗贵族大臣。这些贵族大臣一旦认输，那么专制帝制自然就会终结。这是已经发生过且得到过验证的事，结果是可以预料的。