六月二十日（丙辰），上命军机大臣传谕常青、蓝元枚曰：阅蓝元枚所进图内，该参赞等驻扎之鹿仔港迤南东螺社、麦仔寮二处，在红线外，近海边处所，有贼巢二处。现在，鹿仔港一带，一切军粮、文报，皆由海面通达，幸而贼匪无能，未于此处占踞。倘贼匪于东螺溪等通海口岸，私设船只，拦截隘口，使军粮、文报及官兵来往，俱被阻隔，所关非细。或贼匪势穷力竭，由此入海而逃，更难追捕。朕意，现在蓝元枚等剿捕柴坑仔、大里杙一带贼匪，若未能即时廓清，尚需兵力厚集，则莫若趁此添调各兵未到之前，统领将弁先将东螺社、麦仔寮二处贼巢，尽力剿毁；或于往来海口安设官兵，派员把守，毋使贼匪得以窃踞，亦先事预防之一法。着蓝元枚等相机筹画，遵照办理。至台湾府城一带，有常青等率领重兵在彼，足资抵御。但附近城外，在在皆有贼匪屯聚，鹿耳门为一郡咽喉，文报、兵粮往来要隘，恐贼匪狡黠，未必不心生窥伺。常青等不可专注意南路，稍存大意，仍当酌派妥当将备，加意防守为要。再，此时贼匪鸱张，势虽众多，但究系一时迫胁乌合之徒，易于溃散。着传谕蓝元枚等遵照昨降谕旨，务需谆切出示；即称遵旨晓谕。各庄社被胁从之众，皆知悔罪自新，则贼党自当解体。仍着蓝元枚等将近日剿贼情形，并海口要隘有无贼匪屯聚阻隔之处，据实迅速覆奏。
上又命军机大臣传谕福康安、勒保曰：常青本由都统将军甫经简授总督，更事未多，今自到台湾后，一切调度尚能妥协，已出意料之外。但伊究竟年逾七旬，精神未能周到，而恒瑞又系年轻，未曾更事之人，殊不可恃。且常青等昨奏请派一大员到台湾督办军需，其意未必非自揣难以胜任，欲朕另简大臣前往督办军务，不可不预为筹及。朕思此事自应阿桂前往督办。但念伊亦年逾七十之人，不忍令其远涉重洋。和珅，又现在不时手足旧疾复发，且朝夕扈从承旨书谕，难以分身。将来派出之领兵大臣，如海兰察等，亦非常青、李侍尧所能统辖驾驭者。因思福康安年力富强，于军旅素为谙练，又能驾驭海兰察等，若以之前往督办，足资倚任。现在甘省亦无紧要应办之事，着福康安接奉此旨，即带印由驿起程，前来行在陛见，预备差遣。所有陕甘总督，着勒保赴甘肃署理。福康安于途次遇见勒保时，即可将印信交接，尤为便捷。若常青等续有奏报，剿捕贼匪业已得手，不难克期集事，即驰谕福康安仍可于途次回甘肃本任，勒保亦回晋抚之任。
臣等谨按，将军臣常青等，因贼势猖獗，奏请添兵，而于远隔数省，鞭长莫及，竟未暇深筹。目系猝见贼多兵少，不免心存惶惑。我皇上已于邻近省分，如数拨付。而又虑常青年逾七旬，未能周到；恒瑞又少未更事，恐不能迅扫赋氛，因特谕陕甘总督福康安驰驿前来行在，预备差遣。迨后，贼匪日久稽诛，遂星驰前往，一举蒇功，良由睿算先操，神机预定也。
二十一日（丁巳），李侍尧奏言：闽省军糈，现在邻省协济之米，已觉充裕。但近接常青知会，以贼匪甚多，又请添兵剿捕，则米粮自以多备为要。兼以台湾支给乡勇、抚恤难民等项，需米甚多。又近日漳泉一带，雨泽较少，晚禾尚未栽插，将来不免平粜等事。则闽省筹备米石，自以多多益善。臣再四筹酌，江苏省既备碾米十万石，似应即令陆续委员运闽，以裕储备。又，常青既知请增调官兵，是以臣将预备在泉厦之闽兵二千名，即令配渡前往。并两广督臣孙士毅，亦有预备在潮之兵二千名，想接常青咨调，即先令此兵前来。惟所调黔、楚之兵，似觉太远，圣明自有指示。而征兵既增，则一切粮饷、火药及过兵各事宜，俱须预为筹备。现在米粮、银饷、火药三项，俱已宽裕。其由粤入闽过兵各站，既有前次章程，可以照办。至由浙入闽之路，亦札致抚臣徐嗣曾酌定章程，檄饬各州县预备。惟船只一项，厦门蚶江本港不过七、八十只，近因差使较多，已饬沿海州县协雇。今既增添大兵，则船只亦须增备。查浙省现有运米到闽之船，臣现饬蚶厦两厅，择其可赴台湾省，暂行雇留，先赏给口粮，临时再从优给以雇价。其未熟台湾海路者，则代雇舵工水手驾驶。各船户等，俱甚乐从。其余一切事宜，臣惟有悉心筹度，以期无误。奏入。
上命军机大臣传谕李侍尧、李世杰、保宁、闵鹗元曰：前因闽省需用米石，有浙江、江西二省采买三十余万石，足敷储备。是以，李世杰奏请碾米十万石运闽，谕令且毋庸配船起运。并谕李侍尧察看情形，如闽省粮米尚有未敷，再咨会李世杰等委员押运。今台湾剿捕贼匪，现又添调兵共一万一千名，则军糈自应预为宽备。兼以台湾支给乡勇、抚恤难民，并预备漳泉平粜等事，所需米石。不妨多多益善。着李世杰、闵鹗元即将前次碾出仓谷，备运米十万石，迅速派员配船起运，以济急需。再川省素为产米之区，连岁收成丰稔，积储较裕。并着保宁速将川米备办二十万石，即由川江迅速运至江南，交李世杰、闵鹗元一并委员运赴闽省，于军糈民食，更为宽裕。李世杰、闵鹗元务须将船只预行备办齐集，一俟川米运到，即可星速配船陆续起运。毋又若何裕城之推诿迟缓，致误要需。李侍尧接奉此旨，不妨将现在又于江南川省运米数十万石前来接济之处，先令闽人知之，俾军民口食有资，市价不致踊贵，方为妥善。
上又命军机大臣传谕李侍尧曰：朕以湖广贵州等省兵丁与福建相隔数省，未免缓不济急，已降旨派调附近闽省之粤浙二省驻防满兵三千名及粤兵六千名，合之李侍尧现在配渡之二千名，已足该将军等所请之数，足敷攻剿。今李侍尧奏，黔楚之兵似觉太远，是李侍尧业已见到及此，适与朕意吻合。而常青并未能计虑及此。看来，常青见贼匪众多，未免着忙，胸中略无主见，为此甚忧之！至所请京兵，朕未尝不早为筹及。此时，若即令前往，不但伏暑炎歊，长途跋涉，未免延缓，并虑迹涉张皇；且京兵调动，则派出之领兵大臣，亦必须重臣统率。常青昨奏请派大员到台湾办理军需，其措词虽为督办军需起见，而其意未必非自揣难以胜任，欲朕另派大臣前往督办军务。是此事恐非常青等所能办理完结。是以，昨已密谕福康安，令其驰驿前来行在陛见。彼时，若常青等剿捕贼匪不能得手，其势必须调拨京兵，即可令福康安统领前往督办。如日内该将军等续有奏报剿贼得胜之信，即令福康安于途次仍回本任；原可备而不用，此朕虑事于先之苦心也。着将此先谕李侍尧知悉。再，李侍尧奏：蚶江港船本少，现将浙省运米到闽之船，择其可赴台湾者，暂行雇留等语。所办甚是。预行筹备，临期方可遄渡，不至稽迟。至此次添调兵丁，内有广东、浙江二省驻防满兵各一千五百名，此项兵丁，虽不能如京兵之骁勇，然较黔楚绿营自为得力。且与闽省接壤，道路较近，可以早抵该处，以资攻剿之用。李侍尧于各该省续调兵到，遵照昨降谕旨，以九千名拨往常青处，以二千名拨往蓝元枚处，带领进剿；总以愈速愈妙。再，据孙士毅奏：林爽文之母闻已自缢，其父亦已逃潜等语。前解到贼犯林家齐亦有伊父劝诫不从，畏累自尽之供，自非无因。总未据常青奏及。李侍尧驻扎厦门，耳目较近，自必亦有所闻。着即将此事详加访问，无论虚实，即据该督所闻具奏。
二十三日（己未），李侍尧奏言：前在漳州时，据台湾各官禀称，贼中米粮、火药将尽，逆首林爽文蓄发，亲丁亦十去五、六；意为大兵一出，即可势如破竹。昨忽接将军常青等咨会，五月二十四、五等日，出城遇贼，互有胜负。并奏请增兵一万一千，以资协剿，殊深骇异！是从前各官所称贼势稍衰之处，即系贼匪布散流言，以懈我师，而非实在情形也。今南路贼首庄大田于官兵未出之先，预约贼首林爽文来援。林爽文先遣伊弟带二、三千贼至三坎店，又自带众贼欲先攻盐水港，即会攻府城。则常青等出城所遇之贼，想系南北两路贼匪已经会合，并力抗拒。又，府城北面三十里之外麻豆社，为薪米入城之路，有十余庄向未残毁，近亦被贼焚掠一空。而普吉保于五月初间，甫至土库，欲与柴大纪会剿，又闻贼乘间来鹿仔港之埔心庄等处，遂急回兵救援。而沿途所过之棋盘厝等庄，又被贼焚抢。是贼直欲将各处不从贼之庄尽行抢掳，使蒭薪等项，俱无所出。前据柴大纪奏报，诸罗城外已有贼匪截路，禁薪炭入城之语。近又据副将格绷额禀称，鹿仔港近地无可樵采，柴薪甚是难得。是贼即不与官兵接仗，而官兵已为所困。况现在贼势，昨见蓝元枚奏称，彰化北门外遇贼七、八千；普吉保在快官庄遇贼二、三千；守备张奉廷在大肚溪亦遇贼千余。恒瑞札称，府城外来抗之贼，实有万余，而埋伏各庄者，更不计其数。又存留府城之兵，因水土不服，病者千余；是目下南北两路，俱有贼多兵少之势。今不从贼之庄已被残毁，所存祗府城、诸罗、鹿仔港数处，所关非细。惟有仰恳添派大兵，用全力痛加歼除，庶可及早蒇事。查闽兵存营无几，未便再调，惟漳州镇有兵四千，上年因林爽文贼伙多系漳人，是以独未调用。然派往蓝元枚处，俾漳人统漳兵，或未必不得力；而以之派往常青处，臣亦不敢无虑。况贼既鸱张，漳州声息相通，臣现在风闻有逆首林爽文密遣人来内地勾结会匪之说。虽语出无稽，而现据仙游县盘获自台湾渡回十三人，内有陈班一名，验系半截发辫，头有伤痕，形迹可疑，现饬提犯来泉审究。是漳属一带，亦不可不预为防备。臣拟再调浙江兵二千名，到泉州厦门驻扎，以示形势，而备缓急。奏入。
上命军机大臣传谕常青、李侍尧、蓝元枚曰：贼势甚为猖獗，且播散流言，懈我军心，尤为可恨。看来，常青处兵力不敷，急须添兵助剿。前于常青等奏到时，即降旨添派，已足一万一千名之数，并令各该督等迅速挑拨发往。又据李侍尧奏，接恒瑞札称：府城外来抗之贼，实有万余；埋伏各庄者，更不计其数等语。前常青同恒瑞统领将弁出城，分队剿贼，是恒瑞与常青同在一处。如有札会该督事件，自应联名咨达，何以此次李侍尧所接之札，只系恒瑞出名？岂恒瑞与常青又分为两路？抑或系常青年老偶患疾病，未能会办，亦未可定，朕心什为悬注！若李侍尧另有所闻，即行据实覆奏。再，前日普吉保已将回至鹿仔港会同蓝元枚剿贼情形奏闻，而柴大纪剿贼之处，尚未据该镇奏到。今据李侍尧奏，诸罗城外有贼匪截路，不令薪炭入城；又据格绷额禀称，鹿仔港近地无可樵采，柴薪难得。是贼匪甚属鸱张，而蓝元枚于二十三、四等日，进兵打仗，剿杀贼匪后，亦未据续有奏到。着李侍尧将蓝元枚、柴大纪等，连日如何堵御攻剿，打仗得胜情形，一得地方官禀报，即随时迅速加紧驰奏。又据李侍尧奏，闽兵存营无多，未便再调，惟漳州镇兵四千，前因林爽文贼伙多系漳人，未经调用。然以派往蓝元枚处，以本籍之人带领本籍之兵，未必不得力。所虑甚是，自当如此办理。至漳、泉一带，会匪甚多，贼首林爽文遣人勾结之说，虽得自风闻，不可不留心防范；总以静镇为要。至该督拟调浙兵二千名到泉州厦门驻扎一节，浙兵向来怯懦无用，即调驻漳、泉亦不得力，徒劳跋涉，更致虚縻，且需时日。朕意，闽人素称犷悍，且游手无借者更多，不若即在闽省就近召募，俾食钱粮，以充营伍。伊等自必乐从，可以一呼而集。较之浙兵，既属勇健可恃，且游手无借之徒，亦可收以为用，不致为匪，实属两有裨益。李侍尧接奉此旨，即在该省先尽漳、泉一带，速行召募；并不必拘定额数，即多募数千，以备巡防调拨之需，亦无不可。如恐经费不敷，即速行奏明，再由邻近省分拨运解往应用。并着常青、蓝元枚亦各就郡城、鹿仔港一带，广行招募。即曾经被贼迫胁附从者，一经应募投到，不防即令充伍。不必以曾经从贼，过为区别 ，疑而不用，以安反侧。如此办理，不但兵力可以日增，且官军中多得一人，即贼匪少一党恶，既可以充实营伍，又可以解散贼党。常青、蓝元枚等，务须迅速妥办，以期兵数培增，可免远省调动之费，又收化莠为良之益。
同日孙士毅奏言：接准将军臣常青、参赞臣恒瑞知会，如潮州有挑备兵丁，即先遣发一千名，由厦飞渡来台。随后，再备二千名，候旨到日，续行遣发。查前次粤兵四千名赴台会剿，俱在附近潮州营挑拨，臣恐弁兵抽拨已多，不足以资堵缉。是以，先经与提臣高■〈王〈艹佘〉〉商酌，选派督标兵一千名，提标左翼、镇标水师兵各五百名，共兵二千名，并派定带兵将弁，及一切军装、器械、火药、铅弹，俱令携带足数，分驻海阳、潮阳等县各海口，严密巡防，查拿窜匪，稍补前次抽拨之数。今接到闽省来咨，必须添调，即将此项预备堵缉之水陆兵二千名，即日飞饬迅速启程。臣亲赴黄冈点验出境，以五百名为一起，接连前进，不复间日行走。计六月十三日，粤兵二千名，全数入闽境。其后调之二千名，现在一面派拨，一面行调。目下盛夏，大雨时行，如溪河通达，即由水路来潮，可节沿途縻费。至台地既请添兵，火药必须宽裕，臣即于此次各兵随身携带火药外，复就附近各营抽拨三万斤，随后解赴闽省拨用。仍札饬藩司许祖京催办硝磺，赶紧补额。并预备裹带一月口粮，运送厦门支发。至臣前将台湾连得胜仗并风闻逆匪穷蹙情形，冒昧入告，兹常青、恒瑞咨调粤兵赴台会剿，是前次探听未确，实深惶悚！臣现闻五月二十六日与贼打仗官兵，踊跃争先，是日阵亡守备、千把，共有四人，均系粤省员弁。是粤东官兵颇肯勇往向前，奋不顾身，尚为得力。所有常青等令臣听候谕旨，再行饬令起程之二千名，仰恳准予调台协剿，庶于军营有裨。奏入。
上命军机大臣传谕孙士毅曰：前据常青奏到派调粤兵一折，已降旨谕令该督先将挑备兵二千名速行赴闽，再续调兵四千名，共足六千名之数。又派驻防满兵一千五百名，一体派拨，克期配渡。计此时，该督已接奉前旨，即行办理矣。该将军等奏请派调官兵，朕岂有不拨之理，原可不必候旨。除从前挑备之兵二千名，该督已据咨令其分起行走，此刻自早入闽境。其余粤兵四千、驻防满兵一千五百名，该督亦须先期预备船只，派员照料起身，莫致迟误，愈速愈妙。至该督奏，于此次各兵随身携带火药外，复就近各营抽拨三万斤，随后解赴闽省备用之处，火药为行军利器，自应多为筹备，所办好，实属可嘉！至粤东距台湾，远隔重洋，传闻不实，亦属事理之常，该督即据所闻入告，颇见急公，又何妨碍耶！嗣后，如得有信息，总当随时迅速具奏，以收兼听并观之益。即偶有不甚确实之处，朕亦必不加之责备也。
上又命军机大臣传谕常青、李侍尧、舒常曰：常青现在台湾督办军务，其湖广总督之任，虽经舒常署理，而常青系正任，自有应得廉俸等项。但，现在闽省既不支给，而湖广又不便耑差賫送，该将军在台湾一切用度，何所仰给？着李侍尧将常青应得湖广总督分例养廉，即在闽省库内按数给支，以备盘费之用。将来，或由楚省遇便搭解拨还原款，或即在闽省藩库开销，俱无不可。
二十四日（庚申），上命军机大臣传谕常青、李侍尧曰：逆匪林爽文等纠众不法，劫县戕官，实由该地方官平时贪黩废弛，殃民敛怨，以致奸民有所借口，酿成事端。除现在文武各员俟该将军等于事竣后查参严办外，其此次被害各员内，前据闽省获犯供称，同知董启挺、刘亨基官声狼籍，最为地方之害。而长庚，汤大奎，则据该将军等查明，遇贼不屈被害。因思该员等，平日居官操守若何，有无扰累地方情节，及遇贼时，孰为抗节捐躯，孰为贪纵激变，该省官民自有公论。着常青、李侍尧确切访查。若有居官素称廉谨，尚不扰累地方，及到任不久，贼众倡立匪会，并非其任内之事，而遇贼时，实能激发忠义，仗节自殉者，具奏到日，自当降旨，仍予议恤。其贪黩不职，敛怨激变，而遇贼时，猝然被戕，并非出于义愤以身殉难者，即当停止议恤，以儆贪劣，而示彰瘅。业将已经具题议恤者，暂行停给；其未经咨部者，概从缓办，统俟该将军等查奏到日，另降谕旨。至林爽文纠合匪徒，煽诱百姓，皆以地方扰累为辞。该处民人被其用威迫胁，以致日聚日众。但被胁民人，具有天良，常青等此时当遵旨恺切晓谕，以林爽文罪大恶极，势虽猖獗，祗属乌合之众，指日即就歼除。至附从百姓，本属安分良民，不过被贼威胁，无奈听从，并非出于本愿。且伊等即因地方官平时不无扰累，激成事端，但俱已身被戕害，已伸伊等怨忿之心。况朕惠爱黎元休养生息，台湾虽远隔重洋，抚绥轸惜，从无岐视。伊等身被深仁渥泽，天良难昧，又何所顾忌，必欲始终从贼，而不速行悔罪自新乎！若执迷不悟，大兵云集，必至玉石俱焚，悔将何及？伊等务须熟思利害，及早自新。若能即行投出，无论从贼与否，皆属子民，不但可免治罪，且仍得安业归耕，入伍食粮。如伊等能将有名逆首头目擒缚献出，不但无罪，而且有功。从前庄锡舍投出立功，即赏给守备，得邀顶带之荣。此乃众所共知者。如此详悉开导晓谕，俾从贼百姓纷纷投出，不但贼党可以解散，且使贼中头首自相猜疑，于剿捕实属有益。再，现在常青等统领官兵攻剿贼匪，粮饷、火药俱由内地陆续拨解，将来添调各兵到后，应需运往者更多。此等粮饷、军火，最关紧要，着李 侍尧于派员押解时，务须加意慎重，遴选妥干之员，小心年送；并给兵丁防护。倘于途次或有被贼邀截之事，岂非资寇兵而赍盗粮。此事所关非小，着传谕该督必当慎之又慎，加意办理，以期无误要需。
臣等谨按，台湾吏治废弛，不肖之员任意贪婪，殃民敛怨。于结党倡会巨案，并不严究痛惩，以致奸宄无所儆惕，酿成叛逆奸谋。及贼匪起事被戕，若仍得一体邀荣褒恤，竟无殊于仗节抱忠，实不足为贪墨者戒。我皇上录善必归核实，特命督臣常青等，严查其平日居官之政迹，兼参以舆论之品评，以定予夺。斯恩荣不得滥叨，而彰善瘅恶举错咸宜，愈足以肃官方，而励人心矣。