永禄十一年（西元一五六八年），流浪漂泊的将军足利义昭来到歧阜。同情拥护他的信长，于九月率军三万，向京都出征。德川家康也参加了这一军伍。
秋高气爽，三万兵马高举旌旗，长枪如林，浩浩荡荡的向京都行军。
京都的松永及三好两党听到这个消息之后，大为惊恐，立即向信长求和，信长答应了。
信长一入京都，立即伴同将军到皇官晋见天皇。
由于连年战乱，天皇多年未获诸国贡奉，皇宫一片萧条。宫门破旧，屋宇倾斜，庭园荒芜。元月里，天皇居然连年糕都不够吃，公卿们更是衣服褴褛。
看到这一副惨淡景象的信长，立即亲自画好宫殿设计图，命令三万部下大兴土木，又下令诸侯归还夺去的朝廷领地。
不到一年之间，信长就恢复了朝廷的气象，于是任命木下藤吉郎秀吉为京都守备，自己返回岐阜。
京都守备是非常显赫的职务，秀吉对信长大为感激，誓言使京都和平安泰。
秀吉认为欲保京都安泰，守军必须以身作则。于是下了一道军令，严禁盗窃与侵扰人民，违者一律斩首。他认为胜兵易骄，所以对部下管理特别严格。
一天晚上，一位兵士在酒店喝酒之后，不付钱就离开。店主追上来请求付钱的时候，遭受殴打。巡视中的蜂须贺彦右卫门正好路过，立刻将其逮捕。听了报告的秀吉断然下令斩首，并将该首级置于京都繁华大道，曝示七天。
京都居民，异口同声的说：“守将木下样，处处为人民看想，对自己部下的罪行也绝对不宽赦，真是公正的好官！”
如此严格的军法下，木下军的军纪良好，守备严密，使得伺隙蠢动的三好及松永两党，无机可乘。
秀吉镇守京都的三年之间，从未发生兵火之乱。
元龟元年（西元一五七０年），信长三十七岁，秀吉三十五岁。
这年四月，一向不服信长的北国越前（福并县）的朝仓义景，开始反抗了。
信长认为绝不可再姑息，下令七万大军出征。
奋勇出击的织田军，翻山越岭，正要攻入越前敦贺。不料，江州的浅井长政突然背叛，从琵琶湖北方偷袭织田军，这使得信长也大吃一惊。浅井长政之妻为信长之妹，也就是说，信长的内弟背叛。受到这种梦想不到的背后突袭，信长只好全军撤退。
此时，秀吉自请殿后。大军撤退后，秀吉据守金崎岩寨，抵御追击的朝仓军，全军表现了誓死守城的决心与气慨。
一夜，月光皎洁，朝仓的追兵，如怒涛般，向金崎岩寨发动总攻击。那知岩寨内空无一人，只剩下旗帜与炊烟飘荡着。
木下军已经往三国山脉中逃亡。不问究竟的朝仓军拚命追击，越度山谷时，突听轰然一声，对面高地落下一大堆岩石，朝仓军半数以上被岩石压倒。原来，秀吉假装逃遁，实则埋伏于此。
翌日，抵达京都的信长等人，正在为秀吉的生死担心的时候，却见他率领着军队安全归来。
信长一见，不禁热泪盈眶地说：“秀吉！余永远会记得你这次的救命之恩。”
逃过险境的信长，一想起平常那么信赖和疼爱的浅井长政，竟背叛了自己，悲愤不已。他决心击灭浅并，即使因而致心爱的妹妹于死地，也是情非得已！
初夏时节，织田军自岐阜出发。行军的速度很快，三天后已迫近浅井长政的本城小谷。长政军自恃有一万余朝仓援军，可以发动猛烈的攻势。
信长邀请率领五千名部队参战的德川家康商量战术。家康主张隔着姊川（在今滋贺县境内之河流）与之对峙，伺机决战。信长见藤吉郎亦表赞同，就决定依此计作战。
元龟元年六月二十八日黎明。朝雾之中，在姊川两岸，信长与家康的联军二万三千，和浅井与朝仓的联军一万八千，肃然对峙。
朦胧中，除了水流声，一片静寂——正如台风来袭前一般，宁静之中隐藏着杀机。
当天色渐白，朝雾渐渐消散的时候，一阵马蹄声突然划破了寂静。
站在河边的德川家康立时警觉。他发现对岸下流地方，有一队敌军正如旋风般，涉水而来。
辨认出敌军旗帜的家康叫喊：“哦，那是浅井的勇将矶野丹波守。”
于是，家康军的火枪队开始集中射击。但是，矶野丹波守率领的突击队仍然向信长的本营冲锋。
这时，织由军第二队坂井右近和第三队池田胜三郎，齐喊一声，向敌方突击队正面冲锋，一瞬间，兵刃相接，人仰马翻。只见阳光照射的水面一片血红。
突击队想必是浅井军中的精锐，织田军第二队与第三队已被突破。
第四队是木下藤吉郎秀吉。他也从来没有遇见过如此猛烈冲锋的敌人，禁不住说：“野猪群冲来了……”
竹中半兵卫一见情势不妙，大叫说：“不好！正面冲突要吃亏。”
但已来不及，又是一场惨烈血战。
幸而德川队适时赶到，从侧面猛攻。
矶野丹波守一看情势逆转，乃大声下令撤退。这时，一个少年跑过去，向他猛刺了一枪，丹波守不防，腰肋被刺中，翻落水中溅起一片水花。
得手的少年，高声喊叫：“崛尾茂助领取丹波守首级。”
突击队的领队大将被杀，土气瓦解，死的死，逃的逃。
日已高升，阳光照得姊川耀眼眩目，两军陷入浴血苦斗。
站在后方高地，目不转睛地观察战况的信长，注意到决定胜负的一瞬即逝的战机来临时，立即大喊：“德川军已经深入敌军右翼，就向那边前进！就向那边冲呀！”
听到这一号令的秀吉，立即向敌军右翼冲锋，部下亦追随其后。
信长见状，笑看喊道：“藤吉郎干得好！我军胜利的时刻到了！”
果然，那儿正是敌军的弱点，战局就此急转直下，浅井和朝仓的联军即刻被压倒，节节败退。织田军乘势追击。
浅井长政终于惨败，逃入小谷城内。