六月，吴淑以海澄既得，劝国轩曰：“宜乘破竹之势，迎刃而下漳城。”轩曰：“漳城满、汉骑步计有数万；况城又坚固，未可急围。当先剪其手足，削腹人自溃也。”淑曰：“漳城众虽多，然其气已夺、胆已破，急攻之，正如摧枯拉朽耳。”议未定。十三日，侦者报：“浙江援兵已到同安县。”轩遂与淑分其众；十五日，轩率何祐等劲旅往同安迎敌，淑领一军入攻长泰。亲王以海澄之围未解，星驰召浙江副都统雅长里，提师入闽救援。长里至同安，接总督主堂笔帖式刚舒报：“海澄已陷。”方驻师，俄而飞报“贼兵大队即至。”长里会守将冯昭京、知县齐宗孔、县丞钱钰、典史金荣，以同安四面受敌，不可守；十八夜，咸遁入泉州。
轩入同安城，飞调水陆齐进，合攻泉州。水师五镇林日慧接国轩谕，即整舟师，从泉州港入泊御殿头。提标中营马胜闻报，督一派出南门，又分一旅出涂门。互相攻击，不分胜负。日暮，日慧收其众，退湾鹧鸪头；马胜亦饮兵入城。二十一日，国轩大队至石头街，留石头屯札。二十二早，政南门插。将军杨凤翔令同安副将冯昭京，督众御之，至未刻方退。二十三日，轩分兵屯桃花山，远营东岳庙，直直至清源山。二十六日，攻夺洛阳桥，于是泉州震动。
亲王接刚舒失海澄之报，继闻雅长里退师泉州，随飞调浙江提督石调声同副都统吉尔他布带兵入闽，业于二十四日至惠安。二十五日，报洛阳为贼所据，不敢前。
二十八日，轩令王一继驾船从涂岭截断兴化援师。文令江胜攻南安。守南安把总张应虎同知县宋煜，率兵民守御。胜乘虚攻东北，密溃骁将整旅从西南角倚梯，喊杀缘城应虎与煜巷战，力竭被杀，南安陷〈（煜辽东人）〉。
七月初二日，轩令何祐督黄球、林万侯、高奎、方祁、陈晏、江镇、郑士弘等，分寇诸属邑。永春知县黄宝善、典史焦文宝闻贼云至，不敢守，同千总李德弃城走仙游。德化知县王之纪、安溪知县李钰同千总黄国栋弃城去。调声与吉尔他布于是日午刻接报：“贼屯盘埔铺，西枫亭一带悉系贼艘。”声随传知县胡云龙：“速收拾库藏，即行！”云龙曰：“安可弃城？罪在不赦！”声曰：“地平城低，决不可守。如问罪，本军门与都统担当。”龙方随大队于二更退守兴化。国轩日夜遣将将攻打，城坏百馀丈，屡欲缘城，悉被火桶、火罐、矢石所击，死填沟濠，乃退。
姚启圣初闻：“十四日，长泰县被土人戴苏〈（一名符）〉肪城，降冷吴淑。”继闻：“二十八夜，漳平知县高登联奔龙岩县，城遂陷。而宁洋亦被围。二十九早，守宁把总吴应宾设伏击退。”虑其进攻漳都，加意提防。后闻：“轩提师往同安，复统水陆泉州。”乃喜曰：“贼计绌矣！”以漳之兵多而泉之兵少故也；舍近图远，弃瑕攻坚，岂能胜乎？迨至永春、德化、安溪、南安诸邑俱陷，启圣愈喜曰：“徐当用计破之。”哈达问曰：“贼炽盗盛，公喜愈甚！且言破之见，何也？愿闻其说。”启圣曰：“贼兵不过三万，虑某聚而势雄。今既得诸邑，必当分众把守。众分，则势弱；势弱，则破之易也。止兵法所谓‘兵多贵分，兵少贵合’者。”哈达服其论。
国轩得泉属谙邑，分其众镇守，势稍弱。遂启经，调乡勇充伍，并移乡勇之眷口过台安插，庶无脱逃流弊，缓急可用，亦存寓兵于农之意。经允其请，一时安土重迁，百姓怨望。况泉州被围日久，水陆齐集，公帑不足、军需缺乏，因而重科民间。国轩、吴淑同启时弊，略曰：“为请定画一之规，以救民生，以苏民困事。轩等奉令进取，就地权宜措饷。凡大师之所至，则此地即有供应大师之费。岂宜重为催科？今府县之外，设有督粮；督粮之外，设有饷司；饷司之外，设有宣慰内差；而又加之以卫、镇、义将（卫者：侍卫、武卫等是也；镇者：凡各镇是也；义将者：凡招募之兵以应之。”噫！弹丸之地，有限之民，正供之外，又有大饷、大米、杂饷、月米、橹桨、棕、麻油、铁钉、灰、鹅毛、草束等项；最可惨者，又加之以水梢、毛丁、乡勇。民力已竭，科敛无度！伏乞速为裁罢，以苏民困。…。”之语，上陈。其宣慰使郑省英，亦以“民夫烦苦，营房重难”上启。泉州知府陈延章，亦以百姓困苦已极，条陈时弊：一日，画一政令；二日，停藉乡兵；三日，禁饬招募；四日，讲改饷司。经虽发六官察议，然终不能行。以国轩、吴淑等屡用命，有功，汇叙勋次，略曰：“仲春用兵进取，二月十一日克玉州、三叉河及福计。十八日，夺断江东而三捷。二十四日，入踞石码。三月初二日，大胜赤岭。十一日，计赚水头山。十八日，追逐祖山头。四月十六日，新渡南闸击退援骑。五月初五日，取普贤木栅。十二日，扼守祖山，截笔架大队援兵。六月初十日，破海澄。或戮力行间，鏖战着绩；或守御扼要，凛遵师令。水陆诸将，咸有功次，皆正、副总督调度有方；至以少击众恢复海澄，使其兵将而无一道者，厥功尤懋。其以中提督刘国轩表请晋封为平北将军武平伯；后提督吴淑，表请晋封为平卤将军平卤伯；左虎卫何祐为左武卫，前虎卫林升为右武卫，左先锋镇江胜为左虎卫，共授左都督，仍统兵进取。持谕！”其馀诸将，各加陞有差。
但泉州被围两月，国轩虽百计攻打，而杨凤翔、马长里、马胜与兴泉道王育贤、知府张仲举等文武协心，率兵民坚垒捍御以待救，洪魏赍腊丸密书请兵。兴祚同兴化知府卞永誉同题请自捐资募兵，亲抵兴化府救援。亲王又调江南杨捷、福宁总兵黄大来与参赞大臣副都统禅布等满、汉骑步，于二十日起程，二十六日咸至兴化府。
八月初二日，黄元出使吴三桂回，赍三桂伪称帝函，有曰：“今春，远近文武官吏军民，拥戴劝进，至于再三。乃勉从所请，于二月一日已正位号。方拟遣使相闻，用布腹心；而贵使黄元赍函适至。接览之际，实喜且快。殿下英年壮士，仗挟大义，尝胆卧薪，天人共鉴！……”云云。经笑曰：“老而反愚，妄僣尊大；英雄失望，恐不能久也。”
喇哈达以泉州受困已久，危若累卵，谓启圣曰：“乘此秋凉，提师问道出奇兵，破贼解围。公当善保此城！”启圣曰：“公欲从何路进兵？”达曰：“大路贼营连环周密，急难冲突。吾欲从漳平山道，私通永春、安溪地方以觑方便。”圣曰：“公大有胜算！须谨防伏兵。”初六日，达领大队，从天保而进。十三日，次漳平县。守漳城贼将黄瑞镳卸献城降。达大喜，用镳为前导。至安溪，有翰林李光地〈（同其叔日蚃，练乡勇自卫）〉出迎，合商援泉〈（光地，字厚庵，别号晋卿，庚戌进士。甲寅，耿藩反闽，光地居山，与其叔日蚃练乡勇，扼险不从逆。官至拜相。蚃以军功，官历湖广永州总兵）〉。
吴兴祚在兴化，见大兵咸集，自率一旅，同驿传道王国泰、随征总兵李懋珠、余明杰、副将武灏、柯俊、罗万里等从仙游白鸽寨出，永春黄大来率一旅从仙游广桥、何市出，南安禅布、杨捷、石调声、吉尔他布等满汉骑涉由枫亭大路，进兵惠安。兴祚又启折，令水师总兵林肾督黄镐、何应元，联络陈子威、陈向翌等战舰，由海坛水陆合攻〈（林贤，字尊一，泉之晋江人。水务谙熟，屡有战功。以援剿左镇平金厦各岛，授海坛总兵。黄镐，亦晋江人，以军功授铜山总兵。陈子威，福州闽县人。以平海军功，历任广南韶道、庄凉道，又改调陨襄道？何应元，亦闽县人。以军功授果北口总兵）〉。
十八日，刘国轩接侦报：“各路进兵”，继而报“何祐、黄良骥、王一鹏等战北，叶永春、安溪、德化诸邑。”计欲分师，而兵势单薄，遂传令于二十三日撤围，合吴淑师。二十五日，禅布、石调声、吉尔他布、杨捷等大队至洛阳，见有贼船扼断桥，守桥之北。调声令中营参将王英等，从陈三埧渡河，与贼战。贼将陈陞挥众死御。英连砍数十人、陞方遁。追杀六百馀级，溺水者抚数。方得渡桥，会师泉州。
其守定海楼船中镇萧琛，探知林贤等战船将出闽安镇，大会诸将，计议御敌之策：欲将所有战船，尽据上风上流牵制之。章元勋曰：“藩主令我等御敌，今反散居上流？若林贤船只，一朝顺风直下，厦门震动，是谁之咎？且兵法有云：‘先发者，制人；后发者，制于人’。今乘彼尚未出港，勋愿领大队前去，寄泊港口迎敌。”琛曰：“未可与战。彼会水陆，欲解泉州团，势甚雄壮，当避之！俟其出港，船只飘飏，然后从上风冲下，一鼓可收全积。”元勋虽从众议，终以萧琛怯敌而计左。回船，密将所辖船只整顿，乘五鼓潮起，扬帆直从闽安港进发。将至港口，忽然转风，勋掀髯自如曰：“萧琛无能！此风是天助吾成功也”：林贤知港口已有贼船，分为三䑸，乘潮落冲出。元勋挥船与战，全军覆没。萧琛闻元勋不遵议拙船，叹曰：“竖子恃勇，必误乃公！”即整船往援，已无及矣。退泊海山。报经以：“元勋不遵约束，擅自出兵。”锡范议琛：“坐视不救，故致丧师。”启经召琛回厦，斩之。令援剿左镇陈谅、援剿后镇陈启隆，将朱天贵、萧武、吴兆纲、郭有先等守海山御敌。
国轩以满、汉骑步三路齐至，方撤泉围。次日，至同安县，令军士坠其城垣。仍札营果堂、欧溪、江东桥。郭坑、长泰地方，扼漳泉往来。喇哈达、吴兴祚、杨捷师会泉州，抚残绥黎。饬造同安县城。
二十二日，郑经接侦‘吴三桂死于衡州，诸将立其孙嗣位。改为元‘洪化’。经向锡范、绳武叹曰：“老宿若死，权臣悻悻，定不相服。稚子安能成大事？”
九月，报“启圣发令，欲攻长泰。”轩令吴淑督何祐、江胜等一十二镇，屯浦南。国轩督林陞、林应、吴潜、陈昌、黄良骥等十七镇，列阵溪西，直逼至漳之北门外‘渴马饮泉’处交锋。自辰至未刻，我师稍怯，轩等摇旗扬威。耿精忠挥江元勋督连环炮同金枪手从中攻击，又分骑兵左右出。启圣率其中营副将王英、建协右营游击蓝理同龙山营守备韩进忠、贯口营守备黄富等夹攻，箭如雨下。轩四面受敌，阵遂溃。奔至云英渡，无舟可过，溺死者万馀人；旗帜盔甲，布幔辎重，弃满山野。耿精忠等追至浯浦。启圣立令海防吴延贵造搭浮桥，克复长泰，乘胜夺江东桥。拨詹六奇札桥之西山上；督标前营把总林朝、后营把总李近，带兵札桥之东山上。遂造桥，以通漳、泉往来。又列营于万松关顶〈（王英因解泉围，启圣召其从漳平路来漳浦中营。蓝理，字义甫，漳浦人。后平台澎功，官宣府总兵。历舟山、天津，升福建陆路提督。六奇，漳浦人。以平台功，官至韩州总兵。李近，亦漳浦人。以平十九寨功，官浙江黄岩总兵）〉。
国轩于是日奔回石码，收拾败军。仍扼据澳头、三叉河、玉洲、镇门、象鼻、狮山、石尾一带，与韩大任、赖塔、江元勋、杨捷，曾养性营垒上下相对，不时以大炮互相攻击。启圣又以江东重要，令王英、蒋懋勋、詹六奇交相换守。启圣以漳、泉诸属邑俱下，独海澄一县及石码、镇门，国轩深沟高垒，首尾连环，难以猝攻。乃与赖塔、吴兴祚、杨捷商议，遣漳之进士张雄赍公书出厦门招抚。其书曰：“昔令先王当国家开创之初，蓬蒿未尽，撰臂奋呼，震动天南！然终识顺逆之势，亦尝慕义向风；祇缘群识摇夺，终不忍父老嗟怨，静处台湾。今贵藩能体会先志，念井里疮痍，翻然解甲解兵，纵数千万子弟，尽还耕渔之乐；身享茅土之对，岁时祭器陈于寝庙。天和人顺，永垂世世，岂非千百年巩固之业哉？客岁使还，往宣朝廷德意，已识贵藩仁明。独不能详达彼此衷曲，致数月以来，徒苦士卒，涂炭生灵，亦何益于贵藩哉？在贵藩既不惜此方之民命，则国家亦安得不调兵集马、劳师动众为耶？亦思沿边之岛屿财用民力，能与寰宇之生众较长短哉？即从贵藩下游者，恐今昔人心不同，事势难测。谁无父母？谁无坟墓？与其涉波涛、争尺寸，曷若归乡阎、受朝爵乎？贵藩宁不顾虑及此哉？近即林达还郡，传述贵藩大有恻隐桑梓之心。故修章布悃，惟愿倾心毕谕；并遣蘧使，偕临漳府！”经礼待雄，而与冯锡范、陈绳武等商议，必以‘海澄为厦门门户，不肯让还’为辞，送雄归。复启圣书曰：“顷承明教，拳拳以生民为念。不佞轸念民瘼，甚于麾下。正以生灵涂炭。不忍坐视，故修矛整甲，相与周旋。诚欲拯民水火之中，愈不得不尔。夫宴安江陀，外视民瘼，古人耻之。有大不得已于其中者，亿万生灵亦所共谅也。天心厌乱，杀运终回，苟可休息，罔不如命。客岁张、卞二使来议，曾以肝胆相告。兹张中书至，前言俱在，即与详达，必能代布左右也。林达奔走末弁，踉跄逃去；作何模糊，无事深求。礼应遣员奉教；但贵使之缆未解，而诸将之戈已挥，彼此差池，故未奉命。伏冀鉴原！”启圣览毕，笑曰：“真乃无识之夫，不足较议。夫退守疆土，永享藩封，岂不全美？何执拗若是”十月，复遣泉绅黄志美赍公书，再往厦门劝谕招抚，其略曰：“捧复音，知贵藩惓惓以桑梓为念。息兵安民，实出于恻隐，敢不委婉承命？在仁人君子，披肝露胆，毋事繁文，永缔于好！”经仍执前辞，送志美归，复书略曰：“事欲图其可久，言当慎于厥初。所述台意，责人以难行之事，非安民之实心也。惟裁其可行也，而再教之！”
启圣以招抚不就，查甲辰前例：迁徙人民于内地，仍筑‘界墙’守望，与亲王、吴与祚合疏题请。十二月，奉旨依议。惟广东平南亲王尚之信力争‘不必迁移’，因而粤东无恙。