康熙十八年已未〈（附称永历三十三年）〉正月，福建上自福宁、下至诏安，赶逐百姓，重入内地。或十里、或二十里，凡近水险要，添设炮台，星棋罗布，稽查防范。
启圣虽一时迁徙人民入内地，终以海澄未复为隐忧。坐卧思维，大得良策。忽有海上投诚道黄性震上书平海，内有曰：“郑经不远木偶，皆由左右之绯彩；国轩虽然桀黠，全赖羽翼以纵横。总恃阻隔波涛，故历二世；即有仪、秦，莫可鼓其居舌。倘能高位厚禄，买散人心，不用干戈，立可收其绩效。……”等语。启圣读而奇之，与衷相合，切中时弊。随以漳州卫改为‘修来馆’，用黄性震董理，招海上文武兵民〈（性震，字元起，漳浦人。以投诚功，历官湖南布政司）〉。文官投诚，即以原衔题诗，准照职推补。武官投诚，一面题请换札，一面保题现任。兵民如果头发全长者，每人赏银五十两”，如头发短者，每人赏银二十两；愿入伍者，立拨在营，给以战饷；愿归农者，立送回籍，饬府县安插，不许豪强欺凌，宿怨报仇。且有以先长头发投诚领赏者，嫖赌已完，逃出，复以短头发投诚领赏者；且有一种屡以短发投诚者骗赏。给赏者识之，白启圣。圣曰：“非证尔银。他肯来就好。若责一人，则坚彼逃回之心也。”赏而不问。以此，投诚者络绎相继。又以江东桥为漳、泉要道，且逼近三叉河而通北溪漳平、宁洋等县，使无专守，恐防范不及，为贼所踞，遂题设副将一员专镇，以詹六奇任之。
刘国轩自溪西败绩，退守观音山，扼把各要处。迨闻江东专设重兵，谓吴淑曰：“姚启圣足智多谋，今既添设重兵扼守江东，是有欲从北路而进兵。果堂逼近，须为预防。倘果堂有失，则三叉河、石尾等处非我们所有。”淑曰：“公之料敌，审而且详；自当留意。”轩曰：“不出五日，启圣必从此进兵。”随密授方略与镇将，伏众守候。启圣果以相对何日得平，与赖塔、韩大任到万松关顶观敌，并巡视各处要口。启圣向塔曰：“贼营处处相连，一时未可骤破。但观果堂一寨，逼近江东桥，实为东边之要口。若得此寨，便可乘势破石尾诸营区。”塔曰：“公算极当。可驰谕与詹六奇，令其驾八桨合攻，并夺三叉河。”圣曰：“如此水陆齐进，可以破贼。”乃调集骑步听令。
二月十一日黎明，塔与大任率骑兵攻果堂。杨捷、黄大来率步旅应之。而国轩、吴淑于初十夜环伏其众于壕底，虚掩寨中旗帜，塔等以其无备，将次寨边，寨上方发炮擂鼓，旗帜森列，四面伏起。轩左出、淑石出，祐、胜从中而出，林陞、陈昌二军从旁冲出，似欲去夺关、抢桥。大任、大来虽分兵御战，终难取胜。又疑抢关，遂退，伤失甚多。詹六奇正督船欲出三叉河合攻，忽闻随征守备邓茂公飞马从岸上急止之曰：“陆师已退，不可远离：恐贼乘势夺桥！”六奇是之，遂敛其军守伏。陈昌等远望江东旗帜，知有备，不敢前。〈（茂公，字鼎卿，诏安人，武弟子员。佐六奇，屡有机谋。后从施琅平台澎功，官广东香山副将）〉。
二月间，郑经接侦报水师林贤欲督诸船出，随委援剿左镇陈谅为帅，督陈起明、朱天贵等御敌。谅用心分布，殚力提防。二十九日，见南风大盛，天色晴明，谅令起明硕大赶绘一十五只，驶上南日，以作回援之师。又令朱天贵领鸟船一十五只，飏驶围头、湄州，以作后援。谅自率大队熕船，进五虎门。快哨飞报林贤，贤随督战舰并陈子威等联络哨船，共一百馀号，一齐冲出。互相政击，烟焰蔽江，轰声震天，未分胜败。徐而南风盛发，陈谅乘风潮，冲入䑸内，左右横打。贤船回身，自相撞冲。忽朱天贸顺风而来，发炮助威。陈起明亦从北逆飏，亦至合打。贤等失船十馀只，又被天贵并一只，陈谅掷火罐烧一只。贤乘潮起，仍收入港内，陈起明见贤船尽退，急于追赶，不防礁浅，触舵而坏。谅望见，令快哨往救。随鸣金收军，回泊海山。报捷，经差郑斌赍银币到海山犒赏。加谅为北路统领，馀各陞擢有差。
时水陆浩繁，地方窄狭，粮饷不足。经令思明知州李景，议派殷户助饷。有孀妇樊门辛氏捐银三百两，经嘉奖之。其馀照上、中、下均派不等。厦门因丁巳岁二月初十日，经在漳奔出，踉跄不敢喘息，即欲登舟东归。全岛百姓遮道留之，曰：“且昔先藩在日，未有台湾，惟金、厦各岛，尚与抗衡，今藩主何去之速，而弃我民也？”经曰：“欲守两岛，恐乏粮饷。”百姓齐应曰；“藩主若肯驻札，护卫百姓；我们每户每月愿输米一斗，以佐军食。”因此径方停驻。岂料日久，百姓各寻势荫免。按月征米无几。遂令副銮仪陈庆，挨门逐户清查，一概不许影藉名色荫免。且于是日起，每户每月要征米二斗。百姓一时怨望，道路侧目。国轩见军糈不足：又屡屡加征百姓，随自辞俸禄。并请捐资月养辖兵，启曰：“轩谬荷俸禄，固出中兴隆典；第军糈繁费，何敢再 金钱？请辞月俸，愿竭微资自给辖兵三月，稍宽百姓万一。”经允从之。于是吴淑、何祐、江胜、林陞等俱上启，循国轩例。援剿前镇施明良捐银一千两助饷。水师五镇蔡仲雕分守惠安沿边，以其老耄不能约束，经令虚宿镇王杰统其众，调仲雕回厦。仲雕驾小船入泉州投诚。巡抚吴兴祚用之。各镇营欲请饷兵，又不敢；欲捐资养兵，又无力，是以怀凝观望。折冲左镇吕韬率众投诚。〈（吕韬，原漳州城守营守备。出守江东桥，战北，阴通国轩。事露，启圣参拏解省审问。轩侦知，遣英义镇林彪带众伏于同安界牌，截抢归海）〉，木武镇陈士恺挈眷入漳州投诚；牛宿镇郑奇烈同纪朝佐请入山招募措饷，经允之，亦率众投诚。启圣俱委以随征营将。寻而题诗陈士伟为延平副将。郑经亦以各镇营分汛横征，百姓重困，遂通行饬禁；略曰：“水陆镇营，分疆固圉，就地措饷，实出权宜。近察尔等暴索横征，苦累生灵；或借端抗饷，焚掠无遗，殊可痛恨！相应严饬，务遵法纪，以副勤恤至意。敢有仍前害民，定以军法从事。毋违！特谕。”又仍设监纪一员，上目浙江舟山、下至广东达濠，监察核查各镇营地方，大小措饷办船按季造报，不许重为科敛。
郑经自甲寅岁接耿精忠书，统众西渡，将台湾地方委总制使陈永华留守。华胸藏韬略，持己廉正：法严约束，夜不闭门，百姓乐业。后见经诸弟微有恃势，占夺民田，华虽屡遏止，似若艰于破面执法。遂以“元子年登十六，聪明特达，宜循‘君行则守’之典，请元子克𡒉监国。”经尤其请。四月初六日，遣礼官郑斌赍谕抵台湾，同陈永华立克𡒉监国。𡒉，永华婿，每事悉受华教，明敏果断。诸叔有欲夺占，事闻，𡒉让诸叔曰：“当以国为家，百姓足，则自足矣！何必自有为哉？”必执不可。诸叔不敢横为；百姓喜有天日。
初十日，启圣以沿边地方接济，皆由台堡疏防，议欲设炮台。离泉州六十里，有东石地方者，刻日兴工，名日‘灵水寨’。百姓虞其界禁，悉出东石贩盐藏贮。一时盐价高贵至一两二、三钱之间。十八日，屯田道郑时英在东石征饷，见盐价高贵，启请兼理盐政，经允之，仍设饷司二员，催督官买官卖，漏私者罪斩。又檄林陞：遣其辖下右协副将杨忠，往南北盐埕掘盐。将行，升戒之曰：“盐埕逼近竿岭寨，乘潮而击、乘潮而出，方保无虞。若停住其间，恐生意外，悔之无及！”二十二日，忠不遵陞谕，船泊深沪。督掘二日。竿岭寨防飞报泉州提标中营参将马胜。二十六日，胜卸督骑步千人，星夜往剿。平明而至，四面攻击。忠奋勇与战，身中数箭，且战且退，卫其众欲登舟遁去。奈马胜逼之紧，忠计难脱，投海而死，诸贼尽没。升闻之，叹曰：“惜乎！健将不听吾言，宜其死也！”报经，经亦怜惜之。遂寝掘盐事，调二饷司回，责时英多事。
五月，启圣督造堡台，严禁接济。除国轩所据之处无可奈何，其馀地力加倍设御防范。国轩亦以“石码固垒，启圣必艰于进兵；但同安浔尾与厦门高崎咫尺带水，且前岁厦门癸卯之役，李率泰提师亦由此入岛，宜筑台寨，重兵预防。此实未雨绸缪至计，勿使临时慌张”，启请，经从之。令李景抽民夫，并取讨砖石、揪锄等类，驰谕国轩，到彼处择筑。国轩将石码营盘交吴淑巡督。坐快哨至厦门见经，带快哨与陈昌、黄良骐二旅往筑‘浔尾塞’。同安守将知浔尾塞，率骑步千人，前来攻击，轩已分布埋伏，骑兵一到，四面齐起，杀伤甚众，遂退。轩亦收军，督造石城一座、土城一座，命将守把。又巡至汀州，再筑一座。
时有泉之同安人江机，绰号“楞子”；与杨一豹同纠众，归耿精忠。忠授机左军都督，出寇江西。迨精忠归正，机即统其所部，招集馀党将万人，寇闽、浙、江右交界之所。康亲王及三省督、抚屡遣官招之，机不从。密令其中军杨麟，伏行至厦门，纳款于郑经。经允其降，授机为征彝将军。机率众欲下海，途由建宁。守建宁副将刘起龙督兵截杀，不期机先分某半，欲去攻城。起龙恐城有失，随领全师回援。机见龙兵抽回，乘势掩杀。起龙兵大乱，身中流矢，无心恋战。回至城中，是夜身亡。飞报亲王、启圣，圣驰令各处隘口，重兵把截。一面差官再招之。机见山路遥远，而各处守御又紧，计绌，随率众投诚。
康亲王见刘国轩布置周密，一时不能即平；中书苏矿以“边海残黎受困已久，欲申前议招抚，息兵安民”，启请亲王，亲王许之，遂遣使致书于郑经，有曰：“谋发盈庭，事归独断。既感贵执事之万钧，更欲践季布之一诺也。惟诚惟决，伏侯确示！”经得书，与锡范、绳武议曰：“苏中书欲申前约和议，以安边黎，诫盛举也！”复札略云：“‘诚决’两言，予实嘉纳。惟以此致意贵亲王：若肯降心相从，则何犹豫之有？”矿阅其书有可为之机，将回书缴呈亲王；并请欲遣其胞侄埕往厦，以申所约。亲王允请。埕从泉卅之安海出厦门，见经。经集六官，埕致亲王之命：“若贵藩以庐墓桑梓黎民涂炭为念，果能释甲东归，照依朝鲜事例，代为题请，永为世好，作屏藩重臣。”经曰：“当先王在日，亦只差‘削发’二字。今既亲王能照朝鲜事例，不削发；即当相从，息兵安民也。”锡范曰：“海澄实为厦门之户，决不可弃。今既承亲王之命，将海澄为往来公所。”埕曰：“欲照朝鲜事例，贵藩当退守台湾。凡海岛归之朝廷，以澎湖为界，通商贸易。海澄乃版图之内，岂可以为公所？此不但亲王不敢题请，即埕亦不敢代为转启也。”锡范曰：“息兵安民，地方相守，岂有弃现成土地之理乎？当照先王所请，年纳东西两洋饷六万两。”埕曰：“既如此，又非埕之所得自专。必当再请于亲王，看王如何施行。须得一人同往福省报命；苟有成说，亦免于仆仆往返也。”经是其言，令酌举一人为使；陈绳武举宾客司傅为霖有材干，堪为使者〈（为霖，乃洋商傅参宇之子。前投诚，任松江府通判。有机智巧令，绳武雅重之，荐为宾客司）〉。经令为霖同苏埕从安海登岸，由泉州入省，先见苏矿。矿将经书上亲王，有曰：“此苏中书两启，欲息兵安民，故专一介面商。今特遣宾客司傅为霖驰报，仰侯明旨！”亲王待为霖礼甚隆。议往来事宜，并海澄作为公所。为霖曰：“若千岁永镇闽邦，则藩主并行往来；倘千岁奉命回京，各设官来往。”亲王以地方重务，责任全在总督，未可轻为定议；令为霖顺途抵漳见启圣。圣曰：“寸土属王，谁敢将版图封疆轻议作公所？此前院清泰刘公之所谓‘无此庙算也”已。遂阻其议，但见为霖应对便捷，加礼相待；且惜其才而不为世用，执手恋恋，馈赠甚隆。为霖感激，亦恨其不能执鞭随镫也。为霖回厦覆命，两寝其议。
启圣以平海非老宿谙练水务者不可，今黄芳世已死，水师提督缺现空悬；苟非共人而任之，难以奏肤功。因查历任志切平海者，惟有施琅，现在京为内大臣；当此任，非琅不可。遂具疏题请，保琅为福建水师提督平海。奉旨：调镇江将军伯王之鼎为福建水师提督，以其曾任漳浦总兵，谙熟闽地。之鼎不敢违旨，星驰入闽到任。后屡疏题请乞休，以未经水战，海岛不熟，恐误封疆，有负朝廷至意。请调惯熟能员。奉旨：改调之鼎为四川提督，擢湖广岳州总兵万正色为福建水师提督。正色接报，遂出谢表，并题请随带左部千总署中营守备陈儒等将士共五百员入闽。奉旨：依议〈（正色，字中庵，泉之晋江人，能使大刀。海上投诚，改姓黄，移驻山东。甲寅之变，历著战功，任陕西云安镇左营游击。征朝天关，破贼千馀颗。困于盘龙山，屡劫其营。正色奋勇御之，共二十七日。后窥贼势稍倦，正色持大刀，首先冲杀。手刃十馀猛，众咸以一当百，破围而出。敌人闻其名，咸称“黄大刀。”官山西平鲁卫参将，方复姓万。儒，字孝若，别号雅庵，泉之安溪人。亦海上投诚。有胆略。从正色征战数十阵。当盘龙山之困，儒亦在焉，与正色首尾御敌。迫拟冲围，又令儒殿后。在岳州，曾独驾八桨船，击吴三桂巨䑸。杀贼焚舟，仍出毋恙，贼遂册戒云：“当避陈长子！”因其汉高大，故浑名之。后随正色入闽，平海坛、金、厦等岛。至施琅，方用儒中营守备，配坐大鸟船，克澎湖、抚台湾，始复姓林。官历贵州安龙总兵）〉。
七月，启圣以原漳南道陈启泰子汝器奉旨来漳搬运灵柩，途次泉州东石地方，被劫解厦门；屡遣说国轩放汝器。轩委之于主命，业送之台湾，不敢擅请。挨延日久，而部文催汝器回京叠至。启圣计绌，集文武捐银一万两，赎汝器回。轩许之，启经：“留汝器无益。”经方驰令到台，放汝器，送之归。
八月，启圣见海贼猖獗，终年对垒，似非善策。一面密咨杨捷暨檄沿边镇将，善觑方便，疾速进剿；一面差杨荣出说国轩曰：“当夫三藩并倡，尔主有七府甲兵纵横之盛，乌龙江一旦涂地。今何必又力争片土，戕害人民，使豪杰寒心？不如劝尔主，全师退保台湾，海外自镇为上策。苟以区区为得计，恐一旦师旅云集，楼船合攻，斯时欲求自容，且不可得。岂不令天下后世羞？”国轩不听。
九月，郑经似各镇营或分南北水汛者、或应漳、泉守御者，乏兵扼把要口，虞有不测。议调练厦门乡勇自卫，得有二千人，以总监营康熊同原协理五军都督吴桂分督操练。但前癸卯岁亦藉乡兵，不久而败；兹蹈故撤，时有识者，知其将亡也。已而果验。
‘东石塞’者，乃林陞地方。国轩调陞攻海澄，委其健将惠安人杨忠镇御之〈（忠，猛勇勤谨）〉。迨启圣置‘灵水寨’，忠恐启圣乘势来攻，启请添兵，经仍令林陞回军。及杨忠掘盐死于深沪，升又牵调督兵石码，委其即将施廷、陈申二人共守之。因申醉后，鞭挞其健卒杨虎、李万金，金乘夜逃入泉州投诚。密禀提督杨捷：“东石悉系老弱，寨内空虚。愿为前导立功。”捷即调骄步共千馀人，二十六日平明至东石，四面环攻，填平沟壕。自辰至未，施廷、陈申分头率众力御。廷被刺，申为流矢所中，俱死，全军皆没。捷得其寨，随择地调民夫，再筑三寨，分兵镇守。外汛残卒奔报林陞，升欲反师来援；俄报寨已破矣，升乃停英军，报经。经令各处提防，恐杨捷继至。
十月初二日，马虎、李时春交结摇艍䑩仔杨阿德，乘潮渡二人，私从星屿登岸。原提标左营游击郭承隆于破海澄时降经。经又遣人密入泉州搬其妻子出厦，授承隆为监督。魏赫谋逃，被获；经悉徙海澄降将于台湾，仅留马虎、孟安等。迨李时春又逃，承隆恐累及于己，亦弃其妻子，入漳投诚。启圣用之。
刘国轩得东石寨已破之报，会集吴淑、何祐、林陞、江胜、林应等商议曰：“东石之破，是敌人窥侵之渐。但果堂实系扼要重地，一寨势孤。万一姚启圣统兵云集来攻，救应弗及；则各处摇动。当于果堂后坂尾地方，再筑一寨。诸君以为何如？”淑曰“坂尾寨筑，则果堂有靠；公之度势料敌，真出万全！若欲兴工，必须提防，启圣必率兵来争。”轩曰：“烦公率众督筑，弟按兵以待。”淑曰：“谨遵令。”即与江胜领所部众，悉带锹锄。初六夜，至坂尾，开基址，搬运砖石筑寨。初九早，工程将半，耿精忠、喇哈达、赖塔、姚启圣、江元勋、曾养性等，率满汉骑步万馀人，冲突并争，锋锐极炽。吴淑、江胜将所部众，分首尾鏖战。自午至申，互相攻击。国轩、何祐、林陞、林应见其锋锐稍息，方从旁出攻。轩又戒令勿追，惟依寨拒之。耿精忠挥金枪手齐政，轩令各镇火攻营鹿铳对打。何祐又远道统率一旅横冲，合林陞共击。忽章京石兔被炮伤死，达见势难争，始引师还。而日已西，国轩亦鸣金收军；拨众伏路，然后就营安歇。
初十日，轩又分布以待，兼督造。寨成，吴淑毅然领守，轩卒何祐等仍回观音山。启圣知守坂尾寨者，吴淑也；密遣人说之。诗其代为题请，赦共‘献漳’罪。即官以铜山总兵。淑曰：“极感制台厚爱；但丈夫遗臭一次，岂可再为万世骂名？”谢绝之。启圣知淑志坚，非名利可动。惟遣将不时攻打，炮火如星。淑指挥接御，无失。又逼寨数次，亲临御敌，身中两矢，令医调治，晏然自若。会雨倾盆，连日淋漓。其寨新创苟就，墙垣不牢，随处散崩塌坏。淑令军士尽出帐房避之，独自不移。十一月初八夜二更，墙倒压下，淑与左右死者七人。其部将按兵秘丧，飞报郑经、国争。轩星驰抵寨，列阵伏防；抱尸号哭，三军堕泪！遂厚殡脸，速回厦门；令江胜修筑把守。经闻报，恸伤减食。迨淑柩到，亲出海埏接之。抚棺痛哭曰：“天何夺吾辅之速也。”情甚哀。祭葬之。以其子天驰为建威右镇，统其众〈（田单之拒强燕，与吴淑之守坂尾，可谓并肩无二。奈天不祚明，使其早逝。则轩之无辅佐，不能恢复可知。惜夫）〉。
郑经以武将不但辞俸而且捐资养兵，何文官无一慕义，乐输协理？礼官杨贤即先上启，欲捐资助饷。陈绳武闻而恶之，从中说迳曰：“各镇有地方之派米、派饷，继派杂户，故请自养其兵，是有所出也。文官束手办公，勤劳从事；虽奉差有限，焉得馀资捐助？”经儒而无断，遂寝其议。
启圣屡分兵攻击。国轩设伏，百计御之。相持两载，而海澄终不得平。因查癸卯岁前院李率泰攻破厦门，实有荷兰为前导。与兴祚合疏题请，欲照前年事例：“用荷兰为先锋，攻克两岛；然后合政台湾，还荷兰。”奉旨：依议。启圣加随征知府江南人刘仔道衔〈（后官建宁知县）〉，同通事黄镛、林奇逢配健卒百名，护送敕书，前往荷国封王，并说其“出夹板，前来会师，合击各岛，然后再攻台湾而还。”王虽拜受诏书，而以前岁失约为辞。刘仔与镛转请曰：“当日之克两岛未曾合攻台湾者，是揆一王自投请行，故前即院未敢担当；须当请旨。迨奉旨欲共出师，而揆一王诸舶已失于普陀港矣；致我师独往，而未成功。岂有部院许而不行乎？今系部院题请，奉旨专差前来，欲与贵国合兵。克平诸岛，攻还台湾。又非昔日可此。”国王以揆一王已死，乏人统兵，坚执不出夹板。惟厚待刘仔等，送之归。启圣见荷兰不允请，会喇哈达、赖塔、吴兴祚商议；就福州造大战船四百只，又往浙江调战舰一百只，再令江东副将詹六奇到潮州造䑩艚一百只，兼工督成，俟万正色抵住，大举舟师，水陆合攻。
但陈绳武虽说郑经文官无力捐助而寝其事，然于心不安；随转嘱协理户官杨英启请“生财之道，以资军精，均养乡兵：殷户助饷，并月米、毛丁以及渡载、猪牙、酒税、铁、炭、油灰诸类，虽孤寡亦不免。”又令思明知府李景附会其说，借加派输。百姓怨声载道，欲逃无门。国轩见经每事昏愦，政出左右；近又惑于亢宿镇施明良，终日驰射，酣饮达旦。令人密窥所行，刻为报知〈（明良，即施凤也）〉。明良业与启圣交通，许以公爵；欲擒经而狱诸岛”故曲意奉媚绳武，婉诸锡范。二人威喜之，屡荐其才，是以日见亲幸，不离左右。明良又荐傅为霖“胸藏经略，有国土风。岂但堪蔚使者，不辱君命而已”；并王世泽为羽翼。世泽会为女宿镇，施琅养子也。因风传施琅仍出为水师提督，故解兵权，以避嫌疑。迨丁已七府俱败，世泽叛海投诚，从段应举随征。举受困海澄，城破，世津复叛清归经，经仍授为监提督。与明良二人合，密款于启圣。圣以其能共擒郑经而献全岛，自当保奏，封为公侯。故明良、世泽媚奉殷勤，不但郑经堕其术中，即锡范、绳武亦不自觉也；独武平伯刘国轩时刻窥防之。