康熙十九年庚申〈（附称永历三十四年）〉正月初十日，国轩坐快哨到厦门见经，备陈“缩将已没，御敌乏人，时事可虑。兵力单薄，藩主当卧薪尝胆而用全副精神“岂可荒嬉，以一切政事徒委他人？况施明良利嘴剑腹，宜远之，不可亲幸！”经曰：“明良不过一人而已，政事之暇，聊佐谈论，馀无他预。且明良之忠肝义胆，种种可爱，君何不相容至此？”轩曰：“自古以来，大奸似忠。轩何不容？恐误藩主大事耳！”经曰：“我自有主裁。君留心军旅！厦门之事，勿多虑焉！”轩辞经，仍回观音山。明良知国轩疑己，遂令心腹将士备八浆，在所镇之地方高崎，欲赚经巡视海口，擒载渡海。十三日，经偶出，明良从行，乘乌驴，甚是雄壮，经戏之曰：“乌驴肉最佳。”明良归，立将驴宰烹进上。经大悦，留明良共饮。饮间说“刘总督欲起民夫，填平浔尾港进兵。”良曰：“浔尾港水退虽狭，恐流急难填，藩主明早亲到彼地巡勘，便知端的。”经许之。明良次早携樽酒并所制乌驴肉脯，讲经行。经起盥栉，不通知诸将，即同明良去。适是夜国轩随潮出，欲入见经。左右覆以“藩主同亢宿镇去巡海。”国轩骇然曰：“藩主何轻许如是！”随披贴身甲，持大刀，从者二十猛，飞驰追之。明良喜经堕术中，沿途指挥某处险，该设备；某处最险，该设炮台；徐徐而行。将至高崎，喜经笼中物也。忽见一骑飞驰而来，英风凛凛。近视之，乃总督刘国轩也；明良失色。轩曰：“巡视边土，非藩主所可轻身！宜速回驾，会议要事！”经同轩转辔；而明良大失所望，无奈亦尾随其后〈（蜀之安乐公惑于黄皓，虽有姜维之忠心，亦难于制御。国轩力守两岛，不绝如缕，经当卧薪悬胆，以图中兴。何如此惛愦！但明季当斩，天数已定，何待言乎？）〉。
时国轩卫经所，即不明言。会议完，即回掉。细忖藩主深堕明良术中，非口舌所能争；必当提其真情，方可。遂置心腹于厦门各要口盘诘，又密令侦者入内地打听。倘有风声，立刻飞报，以便剪除。明良被国轩识破追经回，心亦惶惶，即上启辞退。经召明良入，慰之曰：“尔之肺腑，本藩深知。尔莫过虑，安心供职！”良叩头流血，曰：“深蒙藩主眷顾，格外如遇。虽肝胆沥地无以报高深！”经抚明良背曰：“尔莫过虑！”明良顿首而起。愈加迎媚，经愈亲幸之。国轩得内地侦报，施明良果暗通总督，欲献全岛。轩卸飞启曰：“为内患不除，国之安危未定事。有施明良密通卖国；不但明良一人，党羽甚多。……”云云。经接启，示绳武曰：“明曳不过一人在吾左右而已，何中提督之忌刻若是？”绳武曰：“明良之忠奸，总难逃藩主洞鉴。但既然如此，势难两全。”经曰：“不如暂令明良同王世泽过台湾，以塞口舌？”绳武曰：“此乃藩主始终覆载之恩！”武出传经意，即拨船载明良、世泽眷口遇台。轩接报，知经不拏明良鞫问，反纵之过台，随坐快哨到厦面经。傅为霖陡然见国轩到，疑为底裹尽知，恐累及己，随出首明良、世泽通姚启圣始末情由，。轩曰：“不除此贼，终为国患！”经思明良、世泽必去投诚，差副銮仪卫陈庆带健将三十人，坐八桨船，追斩明良、世泽全家。庆得令，赶至大担。良等因风信未顺，暂泊大担。守者报陈庆船到，明良叹曰：“吾命休矣！”庆上船，出藩令，立斩明良；世泽并其子三首级，以归报经与轩。经亦为之叹息。国轩以明良之故，顺潮出入。今喜内患已除，启经“宥其同谋，重为整顿一番，设立防御。”乃坐快哨，安心入观音山。启圣闻明良等事露被诛，叹曰：“果‘谋事在人，成事在天’也！”
万正色舟师次定海，因接上谕：欲待荷兰船到，然后进攻。色曰：“荷兰无期，即有期，亦在五、六月间，南风盛发，力得扬帆。岂可枕戈以待？不如乘势取海坛，以挫其锋。”
二月，万正色在福州催造船只已完。随遣人于漳、泉，知会喇哈达、赖塔、姚启圣、杨捷诸将：“率大队舟师，出攻金厦。其陆师，亦各为齐进相应。刘国轩在观音山，必分兵出敌。彼若分兵，则势弱；势弱，攻之必走。不但海坛可得，即海澄诸处，亦可复也。海澄复，贼心自虚，则厦门亦不敢守。”又对吴兴祚曰：“弟今督舟师出，占其上风，贼必返崇武。公可督陆路诸将，沿海香港驻札，施放炮火攻打，勿使贼船得以湾泊取水，则彼自乱。”兴祚许之。
郑经接侦报：“水师即日欲出福州港！”随驰谕与国轩，调林陞、江胜出厦门。加升为水师提督，督江胜、陈谅、朱天贵、萧武等北上迎敌。万正色督林贤、广镐、陈龙、杨嘉瑞等诸战舰暨陈子威联络哨到海坛港口，与林陞相遇。各放大炮，互相攻击，未分胜负。忽朱天贵冲入，左右横政，打沉大船二只，我师少怯。林贤遥望贼势猖獗，率其本标巨舰三只，转从上流，坐风冲下攻打。万正色亦督诸船回头，相应合击。天贵等方遁出外洋，正色鸣金收船入港。林陞见正色悉入港内，全队欲寄泊围头；奈沿边海岸威被吴兴祚率陆路劲旅密布屯札，安炮守御，无处湾泊。随即寄碇，传诸镇会议。升曰：“今者，边海地方，炮台密布，营盘扼守，舟师不得湾泊，樵汲维艰。意欲全䑸暂退守辽罗，诸公以为何如？”天贵曰：“退守辽罗，万万不可！今日之战，虽未破敌，然敌人之胆亦少逊怯。岂可反避而自摇动乎？可将诸船进泊海坛，分一旅把守观音澳，再令一旅寄泊石排洋一派地方。倘水师出港，可以互相牵制。不但便于相援，而且可以攻击。然后密令小哨，窥其疏防之处，樵汲接应。”江胜、陈谅咸以“天贵之论甚高，宜从之。若退辽罗门恐厦摇动，则陆师危矣！”陞执己为总督，当听吾指画，不从众议。传令：“全师退泊辽罗！”天贵辞去，仰天叹曰：“藩主用此辈为帅，大事去矣！”遂谕本部船只为备。二十三日，林陞率全䑸悉退辽罗湾泊。
刘国轩据守观音山，驰令：“各营严谨把守！如有敌人侵境，立即飞报，以便提师救应。候水师信到日，再作计策。”郑经亦以启圣水陆并进，陆有国轩可当一面；未知林陞水师如何调遣。二十四早，忽快哨报：“林陞全军溜退，俱泊辽罗！”经与锡范、绳武等大惊。继而陞亦差人齐启至，报“大胜万正色于海擅地方。兹因沿海营垒密布，艰于樵汲，故暂退守辽罗……”等语。经疑升为战北，借言塞责，以安人心。厦门一时震动，百姓皇皇。且诸六官正虑输饷之苦，遂各张大其事：“必是战败。若战胜，岂肯退守辽罗乎？当速为备，莫使临时怆惶！”经是之。即遣人驰谕入观音山与刘国轩，有曰：“迩海坛征帆业退辽罗，是思明将危，海澄何用？速当回师，以商进止……”云云。轩接谕，气填胸臆，口不能言。半晌，方令人传集诸镇，将藩谕通示；仍相讲退兵之策。各镇曰：“谨听本督之命。”轩曰：“既如此，不得不回师！尔诸镇将当徐徐而退，勿得慌张！”各领命而去。独陈昌一镇守谢村、鼓浪屿，知厦门信危，随遣人挤通启圣；圣即会喇哈达，统满汉骑步分道进兵。轩知启圣分道齐来，一时军土风鹤，无心恋战，遂弃诸寨并海澄县城，乘夜出厦门。见郑经，经出林陞启示国轩，轩顿足曰：“右武林陞战胜，尚如此惊怖！倘若大败，将奈何？亦当边人细探果否，然后发谕。无故自生疑畏，一旦付之流水！诸君辅理赞画者，悉如是乎？”锡范、绳武语塞，无以对，惟曰‘天意’而已。
二十五日，喇哈达、赖塔、姚启圣、杨捷统满使骑步进攻，贼将康腾龙献
洲。二十六、二十七两日，分道克陈洲、玉洲、弯腰树、福河、下浒、三叉河、石码、观音山、展旗寨、曹门寨、澳头、象鼻、虎头山、马洲、果堂、太平寨、观音寨〈（在果堂寨左边）〉水头、狮子山一十九寨，并海澄县城。出示安民，禁止掳掠。
郑经于二十六日接报“康腾龙献洲，引姚启圣各道师云集海澄县暨海沧地力。不日即会同水师合剿厦门”，百姓震动。轩出示禁止，并兼红旗巡缉；如有造言煽惑者，斩！二十七日已刻，全岛人民鼎沸，携男挈女，各自逃窜，莫能禁遏。经见人心已变，即令典宝刘陶、銮仪陈庆将演武亭花园所有辎重宝玩，悉运过台。时，陈昌业通姚启圣，侦知经已仓皇登舟，乘虚无备，遣健将杨一彪带猛汉三百名，驾八桨五只，诈称本镇欲请藩令，抽兵同行；欲劫经献功。适建威中镇黄良骥侍经，遥见所来八桨，其势凶猛可疑；急启经曰：“陈昌请令，用一快哨足矣。何用八桨五只？其中有诈，宜止之，不可与之近船！”经发令开炮，鹿铳齐攻，沉二只于海，三只飞驾而去。昌知计不成，遂率众投诚。而诸六官洪磊、杨英、谢贤等已扬帆出大担门，随经鹢首东向。冯锡范、陈绳武会刘国轩、何祐，恳其引军为援，踉跄挈眷口、嬖幸、玩好、辎重登舟。其百姓无船可渡者，遍满海滨，号啕之声，与淜湃相和焉！甚至惨遭掳掠，情极赴水者，难以指数。协理五军都督吴桂同信武镇黄瑞二人，见百姓狼狼难堪，按其所部，分头传谕：“尔等百姓，勿得惊惶，各自回家静候！本镇自当差人渡海，飞请将军、部、院到厦门抚绥。”幸赖以安。
是夜三更，启圣接吴柱、黄瑞遣人投诚，备陈郑经、刘国轩已过台湾，请大师过厦门，安抚百姓。启圣立遣陈昌驾八桨，先行接应。即与喇哈达配师在船，二十七日分道出厦门。出示安民，秋毫无犯，百姓乐业。启圣又遣官分头驾船，招抚馀党。
二十八日，经到澎湖，无颜即归，同锡范、绳武、国轩、何祐等住娘妈宫。监国克𡒉知其父回师澎湖，与留守东宁总制使兼管勇卫事陈永华率诸文武士庶，连启接踵，请经回台。经方领锡范、绳武、国轩等，全䑸而回。见其母董夫人，夫人责之曰：“七府连败，两岛亦丧，皆由汝无权略寒断，不能任人，致左右窃权，各树其党耳！”经无以对。仍令侍卫全旅守安平镇，其馀诸将各归迅其即卒屯田。
喇哈达、姚启圣咸集海澄，飞咨往泉州咨会吴兴祚、万正色：“当乘海贼虚危，速出师攻击，克复诸岛！不可稽迟，致死灰复燃，以为沿海生灵患。”
但林陞自退辽罗，诸将不服，各有窃议。迨接经谕，知国轩十九寨并海澄已去，人心虚危，厦门难守。当令各镇收拾东归，俟再后举。升秘之家，传其所辖即将于二十八早，驾言“自统本即船只，前往泉州港口巡哨。”遂遁澎湖。
吴兴祚、万正色二十九日接启圣咨移。三月初一日，兴祚统师从陆路；初二日，渡五通抵厦。万正色于初一日同林贤、陈龙、黄镐、杨嘉瑞、陈子威等出港；初二日月到金门会集。朱天贵见林陞巡哨末回，遣人侦探，方知刘国轩已去十九寨并海澄，出厦门矣，即整备诸船观望。英江胜见陞去，亦托出哨，统其所部船师，出飏辽罗外洋。
朱天贵接侦者来报：“经弃诸岛。国轩、何祐等诸镇，咸回台湾。陈昌投诚。吴桂业请将军部院过厦门。”喜曰：“国轩若去，馀者碌碌，不足虑也。”又报：“泉州水师数百号，连䑸出港。”天贵即将船驾上北，截劫东洋船。任众剽掠沿海地方，才统大队舟师下铜山。守将左冲镇马兴隆同昭义镇杨德和、中冲镇郑添等，初闻国轩弃十九寨出厦，遂戒严守望，以虞不测。继报本藩东回，即整备船只以待。忽瞭望者报：“有巨舰数十号，悉系我们的旗帜，扬帆而来。”兴隆立遣快哨，前去侦间是何船只。一面金鼓旌旗，严肃队伍，各起头帆、浮碇备敌。快哨至半洋，“问来者何船？”回曰：“本督下来探哨。”复问曰：“系刘本督么？”贵著人诡应曰：“是。”哨探转橹掉，飞报曰：“系刘本督船也。”兴隆以国轩未从经去来此，率诸镇列船往接。甫登舟见之，乃天贵也。兴隆等相顾失色。天贵会诸将意，曰：“诸公以天贵有二心乎？贵无二心。兹因金、厦失守，藩主东归，弟正撤师至此，欲会诸公觑方便，克复两岛。诸公若不信，吾只有一子，指水与诸公誓！”兴隆曰：“本督之心可贯日月，勇略素闻不亚武平。隆等愿听指挥，岂有生疑之理？方才错愕者，以其报者之误。幸是本督，苟他人将谁救解？”俄顷，江胜率本部船亦到，各相见叙时事，悉入铜山澳内湾泊。天贵托言船大，港路未谙，恐犯礁线，将所有熕船尽列一字，抛碇于港口，困诸船于内。江胜夜忖天贵举动可疑，令诸将士勿弃甲，预备炮火。天征曙，差人坐杉板，至天贵船中请令，欲乘北潮往南澳、达濠，寻邱辉。贵素与胜善，又见其船只坚牢，甲土猛勇，留之则势敌，而艰于下手，不如卖个人情许之。胜得回报，随即起碇飞帆而去。贵见胜船出港，随传令谙镇将到中军船议事。即将马兴隆、杨德擒下。兴隆大骂曰：“天贵匹夫，负义叛贼！吾为厉鬼，亦不恕汝。”天贵又令人擒其予至。隆骂不绝口，天贵大怒，溺兴隆父子于海，掠其家。禁杨德等于船，率众劫诸船暨铜山子女玉帛。
姚启圣以铜山尚有劲旅镇守，又报朱天贵全师亦在铜山，征之费力，不如遣人抚之为善。知会喇哈达、吴兴祚、万正色差李荣眷、吴英子应麟前往铜山招抚。天贵大喜，厚待应麟等；即遣林君宠同朱光祖入见启圣，愿献铜山一岛，全师投诚。启圣谓君宠曰：“朱将军若能如是，本部院自当保题现任总兵。”君宠回复天贵，贵令另铸‘振远将军印’。五月十九日，进海澄港，薙发投诚；请启圣到铜山，安抚百姓。圣待天贵礼倍厚；寻而按天贵浙江平阳总兵。
时以诸岛既平，讲要照前例就界筑壁，分兵守御。启圣曰：“诸岛由来悉系版图，鱼盐、田土，年计国赋数十万。前日失策轻弃，致郑经乘甲寅之变，猖獗横行，蔓延数载，滋害生灵。今既藉朝廷之威福，一旦克复，得寸守寸，岂可复议轻弃以资贼乎？”吴兴祚亦曰：“当留，不可弃！弃之，则贼不日复至矣。”会喇哈达、杨捷、万正色合疏，题讲‘展界诸岛’。奉旨：依议。自福宁至诏安，尽许百姓复业。以水师提督守厦门，分防沿海；裁内地新设如江东诸营者，设海坛、金门。铜山各总兵一员。
冯锡范同郑经回台，见永华把握重权，而诸事方正敢为；且又屡受微讥，心实忌之姑为阳好，阴与国轩谋。轩教锡范解辞兵权以许之。范喜其策善。一日，会永华于公所。范曰：“自愧扈驾西征，寸功俱无。归来仍居其位，殊觉赦颜！诸凡检点明白，即当启辞杜门优游，以终馀年。”永华信为实焉，归来即先上启乞休，经不允；华再加力陈，经意未决，范乘间启曰：“伏甫勤劳数载，形神已焦！今欲乞休静摄，情出于真。宜俯从之！但其所部将士，可交武平伯为是。”经依锡范议，允永华告辞，将所辖即旅交刘国轩。轩启辞者再；经命至三，轩始统永华军。而锡范仍任侍卫如故，华方悟为范所卖，悔无及也，心大悒快。
永华退居无事，偶尔倦坐中堂。左右见永华起，揖让进退，礼仪甚恭，似接客状；宾主言语，唯唯应诺。徐而睡去。逮觉，即唤左右，将内署搬徙，让客居。左右间其故，永华曰：“瘟使者欲借此屋，吾业许之。”左右曰：“瘟使者欲何为？”华曰：“到此延请诸当事者。”左右曰：“谁？”华曰：“刑官柯平、户官杨英等，馀尚有不可言者。”嗟吁而已。数日，永华死，继而柯平、杨英等亦死，悉如华言〈（闽颂云，“时有渔人于海底得篆碑文曰：‘生女灭鸡，十亿相倚。庚小熙皞，太平八纪’。盖指姚灭郑于康熙时也。或曰：福州陈润所造”）〉。
四月，台湾慧星出，在寅申分野；一更尽，忽生四五脚。至夜半，一股白气，堕下甚长；俄复收起。如此，一月乃灭。
五月，探报“启圣修造战舰，将有征剿意。”经与锡范、绳武、国轩等会议：令天兴知州张日曜，按屯册甲数，每十人抽其一充伍，训练以备用，得兵三千有馀。其街市商民，十家共输一丁，每名折价征银一百两。贫富不均，民大怨望。
七月，台湾慧星再见于西南庚酉分野。有白气一道，状如剑，甚长，冲指东力。至十一月，方消。
十月，探者报：“海坛总兵林肾，欲领舟师大队从福州港飞渡，直过鸡笼山，据为老营；渐次进兵，而攻台湾。”锡范启经曰：“鸡笼山在台湾之北，乃淡水上游；其澳堪泊船百馀艘。前吕宋用天主教巴礼建院，与土番贸易。因地生硫磺，不产五谷，运接维艰，故弃而去，迨先王得台湾，纵红毛归国，红毛听通事杨宗九谋，将所有夹板驶到鸡笼山，重修其院为城，意欲窥复台湾。后系黄安督兵追攻红毛，红毛亦以水土不服之故而无外援，弃之。是此地最难居也。今林贤欲统师从此登岸进兵，若遣将固守，必当运粮接应。不但运粮艰难，且虞水土不服。不如遣一旅前去巡视，将鸡笼山城堕为平地，弃而勿守。林贤若来，使无安身之处，徒然上山，水土不服。然后兴师进攻，一鼓而破之。”经从其议，遣林陞带兵北巡，兼堕鸡笼山城。升奉令至鸡笼，见其形势奇秀、峰峦高耸；而且土地饶沃，谿涧深远，是未辟荒芜之膏腴，暂为鸟兽之藏窟。其土番种类繁多，无相统属，性甚健勇。且山之顶黄金结累，人欲取而无路可达；惟溪之内流下金沙可取。但金寒水冷，极雄壮之人，入水一、二次而已。况硫磺所产，最盛于夏秋，故五谷不生，难以聚众。升督兵士，将鸡笼山城悉毁为平地，而回复命。
但前江胜于是早令人卑辞说朱天贵，贵以夙好，纵之去。胜随往达濠，依邱辉令䑸犯石井、潮阳、揭阳、澄海、饶平、惠来等县沿边。广东捉督侯袭爵与一等侯潮州总兵马三奇率骑步沿海堵御截杀，又差员驾船招抚得曾咸等，以散其迈羽。迨至天贵投诚，启圣与正色大队舟师悉在铜山，将欲进剿。邱辉向胜谋曰：“今者铜山、粤东虽无舟楫，而启圣必移师南澳、达濠，孤军恐难与敌。欲将埠头居民悉移东都，何如？”胜曰： “此万全之策。”辉、胜席卷而去，故达濠、南澳咸平。袭爵改潮镇中营游击蔡植茂为达濠协，以林天贵为左营、蔡大茂为右营。裁潮阳协镇为游击〈（后至二十三年平台，姚启圣会两广总督吴兴祚题建南澳城，设总兵一员乃以杨嘉瑞任之）〉。时，邱辉、江胜至台见经，经各分配屯地安插。
经以诸老宿如陈永华、柯平等相继沦亡，不胜感叹。遂于洲仔尾泽地，令李景监造园亭，种植花木。一日，景报竣。张曰曜供设甚奢，请经游。经同克𡒉、锡范、绳武、进功、国轩、洪磊、沈端、何祐、林陞、江胜、曾瑞、林应、陈谅、林顺、郑省英、邱辉、吴潜、杨德、黄良骥、郑斌等文士武将，围射酣乐，继夜而散。经就洲仔尾园亭为居，移诸娶幸于内，纵情花酒。下令长子克𡒉监国秉政，凡文武启章一切事宜，悉听克𡒉决断。𡒉既承委任，抚缉兵民，刚断果决，有乃祖遗风。经之亲信权幸，莫不畏惮。经文虑克𡒉年轻，大得其宜，令人默取其所决诸启章断事者阅之，条条有绪，心大喜悦。以其后事倚托有人，遂放纵于花酒，不预政事，而竟卜昼卜夜之欢。克𡒉既承父命委理政事，上至董国太、讲叔，下及镇将兵民，绳以礼法，不肯阿容徇纵。故兵民感戴，权势屏息。但李景、张日曜诸辈虽各敛迹，然终媚奉于经，而思甘心焉。