【官制二】
【南京官】
南京官裁減不一、今止書其見設者
南京宗人府
經歷一員
南京吏部
尚書一員
右侍郎一員【萬曆三年革、十一年復設】
司務一員
文選清吏司郎中一員 主事一員
驗封清吏司郎中一員【舊有主事一員、隆慶四年革】
稽勳清吏司郎中一員【舊有主事一員、後革】
考功清吏司郎中一員 主事一員
南京戶部
尚書一員
右侍郎一員【嘉靖二十六年、革南京糧儲都御史、以本部侍郎督理糧儲】
司務一員
照磨所
照磨一員
浙江清吏司郎中一員 員外郎一員
主事一員
江西清吏司郎中一員
員外郎一員【隆慶四年革、萬曆十一年復設】
主事二員【舊一員】
福建清吏司郎中一員 員外郎一員
主事一員
湖廣清吏司郎中一員
員外郎一員【萬曆九年革、十一年復設】
主事一員
廣東清吏司郎中一員 員外郎一員
主事一員【舊二員、內一員管黃冊、隆慶三年革一員】
廣西清吏司郎中一員【舊有員外郎一員、隆慶三年革】
主事二員【內一員管黃冊】
河南清吏司郎中一員 主事一員
山東清吏司郎中一員 主事一員
山西清吏司郎中一員【舊有員外郎一員、嘉靖三十七年革】
主事二員【內萬曆九年革一員、十一年復設】
陝西清吏司郎中一員【舊有員外郎一員、嘉靖三十七年革】
主事一員
四川清吏司郎中一員 主事一員
雲南清吏司郎中一員【舊有員外郎一員、隆慶四年革】
主事二員【內萬曆九年革一員、十一年復設】
貴州清吏司郎中一員 主事一員
所屬衙門
寶鈔提舉司【舊有提舉一員、隆慶三年革、歸併九庫大使兼管】
廣積庫
大使一員
承運庫
大使一員
贓罰庫
大使一員
甲、乙、丙、丁、戊字庫
大使各一員
寶鈔廣惠庫
大使一員
軍儲倉【舊有大使一員、隆慶三年革】
長安門倉
副使一員
東安、西安、北安門倉【舊有副使各一員、隆慶三年革】
龍江鹽倉檢校批驗所
大使一員
南京禮部
尚書一員
右侍郎一員【萬曆三年革、十一年復設】
司務一員
儀制清吏司郎中一員
主事一員【隆慶四年革、萬曆十一年復設】
祠祭清吏司郎中一員
主事一員【萬曆九年革、十一年復設】
主客清吏司郎中一員
精膳清吏司郎中一員
所屬衙門
行人司
左司副一員
鑄印局
副使一員
教坊司
右韶舞一員 左右司樂各一員
南京兵部
尚書一員
右侍郎一員【萬曆三年革、十一年復設】
司務一員
武選清吏司郎中一員 主事一員
職方清吏司郎中一員 員外郎一員
主事一員
車駕清吏司郎中一員 員外郎一員
主事二員
武庫清吏司郎中一員 主事一員
所屬衙門
典牧所
提領一員
會同館
大使一員
大勝關
大使一員
南京刑部
尚書一員
右侍郎一員【萬曆三年革、十一年復設】
司務一員
照磨所
照磨一員
浙江清吏司郎中一員【舊有員外郎一員、隆慶三年革】
主事一員【萬曆九年革、十年復設】
江西清吏司郎中一員【舊有員外郎一員、隆慶三年革】
主事一員
福建清吏司郎中一員 主事一員
湖廣清吏司郎中一員
主事一員【萬曆九年革、十一年復設】
廣東清吏司郎中一員 員外郎一員
主事一員【舊二員、隆慶三年革一員】
廣西清吏司郎中一員
主事一員【萬曆九年革、十一年復設】
河南清吏司郎中一員【舊有員外郎一員、嘉靖三十七年革】
主事一員【萬曆九年革、十一年復設】
山東清吏司郎中一員 主事一員
山西清吏司郎中一員 主事一員
陝西清吏司郎中一員【舊有員外郎一員、嘉靖三十七年革】
主事一員
四川清吏司郎中一員【舊有主事一員、隆慶四年革】
雲南清吏司郎中一員【舊有主事一員、隆慶三年革】
貴州清吏司郎中一員【舊有主事一員、嘉靖三十七年革】
司獄司
司獄二員
南京工部
尚書一員 右侍郎一員【萬曆三年革、十一年復設】
司務一員
營繕清吏司郎中一員
員外郎一員【嘉靖三十七年革、萬曆十一年復設】
主事二員【舊有三員、嘉靖三十七年、革一員】
虞衡清吏司郎中一員
主事二員【萬曆九年、革一員、十一年復設】
都水清吏司郎中一員【舊有員外郎一員、嘉靖三十七年革】
主事二員【內一員、管新江口船隻】
屯田清吏司郎中一員
主事二員【內一員、嘉靖二年添設】
所屬衙門
營繕所
所正一員 所副一員
所丞一員
龍江提舉司
提舉一員
文司院【舊有大使一員、嘉靖三十七年革】
寶源局
大使一員
軍器局
大使一員【舊有副使一員、後革】
織染所
大使一員
龍江抽分竹木局
大使一員
瓦屑壩抽分竹木局
大使一員
清江提舉司
提舉一員
南京都察院
右都御史一員 右副都御史一員
右僉都御史一員【提督操江、兼管?江、或副都、或僉都、不並設】
司務一員
經歷司【舊有都事一員、隆慶四年革】
經歷一員
照磨所
照磨一員
浙江等十三道
監察御史三十員【舊每道各三員、後定浙江、江西、河南、山東、山西、陝西、四川、雲南、貴州等九道、各二員。福建、湖廣、廣東、廣西等四道、各三員。近年不全設、常以一員兼管數道】
司獄司
司獄一員【舊二員、嘉靖三十七年、革一員】
南京通政使司
右通政一員
右參議一員【隆慶四年革、萬曆十一年復設】
經歷司
經歷一員
南京大理寺
卿一員 右寺丞一員【萬曆三年革、十一年復設】
司務一員
左右寺正各一員
左評事二員【舊三員、隆慶三年、革一員、萬曆九年革一員、十一年復設一員】
右評事二員【舊三員、隆慶三年革一員、萬曆九年革一員、十一年復設一員】
南京詹事府【堂上官今不設】
主簿一員
南京太常寺
卿一員
少卿一員【萬曆九年革、十一年復設】
典簿一員 博士一員
協律郎二員
贊禮部六員【舊七員、嘉靖三十七年、革二員、萬曆十一年、復設一員】
司樂二員
天地壇祠祭署
奉祀一員【舊有祀丞一員、嘉靖三十七年革】
山川壇耤田祠祭署
奉祀一員【萬曆九年革、十一年復設】
祖陵祠祭署
奉祀一員【舊有祀丞一員、後革】
皇陵祠祭署
奉祀二員 祀丞二員
孝陵祠祭署
奉祀一員 祀丞一員
揚王墳祠祭署
奉祀一員【舊有祀丞一員、後革】
徐王墳祠祭署
奉祀一員 祀丞一員
神樂觀
提點一員【舊有知觀一員、嘉靖三十七年革】
南京光祿寺
卿一員【舊有少卿一員、隆慶四年革】
典簿一員
大官署
署正一員 署丞一員
珍羞署
署正一員【舊有署丞一員、萬曆五年革】
良醞署
署正一員【舊有署丞一員、嘉靖三十七年革】
掌醢署
署正一員【舊有署丞一員、嘉靖三十七年革】
南京太僕寺
卿一員
少卿一員【舊二員、隆慶二年革一員】
寺丞一員【舊二員、隆慶四年革一員】
主簿一員
應天府
府尹一員 府丞一員
治中一員
通判二員【一員兼管巡捕、一員管馬、萬曆九年、革管馬通判、十一年復設】
推官一員
經歷一員 知事一員
照磨一員 檢校一員
所屬衙門
上元江寧二縣【其餘縣分在外者、見戶部州縣項下】
知縣各一員 縣丞各一員
主簿各一員【後添設上元縣管馬一員、嘉靖四十一年革】
典史各一員
儒學
教授一員
訓導六員【後添設】
陰陽學
正術一員
醫學
正科一員
司獄司
司獄一員
廣積庫
副使一員
都稅司
大使一員
龍江稅課局【舊有大使副使各一員、嘉靖三十七年革、併入龍江宣課司】
龍江宣課司
大使一員
聚寶門宣課司
大使一員
聚寶門宣課司朝陽門外分司
副使一員
江東宣課司
大使一員
太平門宣課司【初為稅課司、舊有大使一員、嘉靖三十七年革、併入朝陽門分司兼管】
龍江水馬驛
驛丞一員
江東驛
驛丞一員
江寧驛【屬江寧縣】
驛丞一員
大勝驛【屬江寧縣】
驛丞一員
龍江遞運所
大使一員
批驗茶引所
大使一員
龍江裏外河泊所
所官一員
江東巡檢司
巡檢一員
江淮巡檢司
巡檢一員
秣陵鎮巡檢司
巡檢一員
淳化鎮巡檢司【屬上元縣】
巡檢一員
石灰山關
大使一員
龍江關
大使一員【舊有副使一員、嘉靖三十七年革】
常平倉
大使一員
南京鴻臚寺
卿一員
主簿一員
鳴贊四員【萬曆九年革一員、十一年復設】
序班九員【舊設十二員、內三員久住補、嘉靖三十七年革二員、萬曆九年革一員、十一年復設三員】
司儀署
署丞一員
司賓署
署丞一員
南京國子監
祭酒一員 司業一員
監丞一員 典簿一員
博士二員【舊三員、隆慶四年革一員】
助教四員【舊六員、嘉靖三十七年革二員】
學正四員【舊五員、隆慶四年革一員】
學錄二員
典籍一員【舊有掌饌一員、嘉靖三十七年革】
南京翰林院
掌印官一員【或用侍讀學士、或以春坊庶子、諭德、中允、侍讀、署掌】
孔目一員
南京尚寶司
卿一員
南京吏科
給事中一員
南京戶科
給事中二員【內一員、管後湖黃冊】
南京禮科
給事中一員
南京兵科
給事中一員
南京刑科
給事中一員
南京工科
給事中一員
南京欽天監
監正一員【舊有監副一員、後革】
主簿一員
春、夏、中、秋、冬官正各一員【內正選一員】
五官靈臺郎二員
五官監候一員
五官司曆一員
南京太醫院
院判一員
吏目一員
惠民藥局
大使一員
生藥庫
大使一員
南京中、左、右、前、後、五軍都督府經歷司
經歷各一員 都事各一員
南京錦衣衛經歷司
經歷一員 知事一員
南京各衛經歷司
經歷各一員【共四十八員】
倉副使各一員
南京京衛武學
教授一員
訓導一員【舊三員、嘉靖八年革一員、三十七年又革一員】
南京留守左衛通濟門千戶所【舊有吏目一員、嘉靖三十七年革、併入聚寶門千戶所兼管】
南京留守左衛聚寶門千戶所【舊有吏目一員、萬曆九年革】
南京留守右衛石城千戶所【舊有吏目一員、萬曆九年革】
南京留守中衛金川門千戶所【舊有吏目一員、萬曆九年革】
南京留守前衛上方高橋門千戶所【舊有吏目一員、萬曆九年革】
南京留守後衛觀音佛寧門千戶所【舊有吏目一員、萬曆九年革】
南京牧馬千戶所
吏目一員
南京中、東、西、南、北五城兵馬司
指揮各一員
副指揮各一員【舊各三員、萬曆九年、各革二員】
吏目各一員
南京僧錄司
左右善世二員 左右闡教二員
左右講經二員 左右覺義二員
南京道錄司
左右正一二員 左右演法二員
左右至靈二員 左右玄義二員