在此清学蜕分与衰落期中，有一人焉能为正统派大张其军者，曰余杭章炳麟。炳麟少受学于俞樾，治小学极谨严，然固浙东人也，受全祖望、章学诚影响颇深，大究心明清间掌故，排满之信念日烈。炳麟本一条理缜密之人，及其早岁所作政谈，专提倡单调的“种族革命论”，使众易喻，故鼓吹之力綦大。中年以后，究心佛典，治《俱舍》、《唯识》有所入。既亡命日本，涉猎西籍，以新知附益旧学，日益闳肆。其治小学，以音韵为骨干，谓文字先有声然后有形，字之创造及其孳乳，皆以音衍。所著《文始》及《国故论衡》中论文字音韵诸篇，其精义多乾嘉诸老所未发明。应用正统派之研究法，而廓大其内容，延辟其新径，实炳麟一大成功也。炳麟用佛学解老庄，极有理致，所著《齐物论释》，虽间有牵合处，然确能为研究庄子哲学者开一新国土。其《菿汉微言》，深造语极多。其余《国故论衡》、《检论》、《文录》诸篇，纯驳互见，尝自述治学进化之迹曰：“少时治经，谨守朴学，所疏通证明者，在文学器数之间。虽尝博观诸子，略识微言，亦随顺旧义耳。...继阅佛藏，涉猎《华严》、《法华》、《涅槃》诸经，义解渐深，卒未窥其究竟。及囚系上海，专修慈氏世亲之书。此一术也，以分析名相始，以排遣名相终。从入之途，与平生朴学相似，易于契机。...“...讲说许书，一旦解寤，旳然见语言文字本原，于是初为《文始》。...由是所见与笺疏琐碎者殊矣。...“为诸生说《庄子》，旦夕比度，遂有所得，端居深观而释《齐物》，乃与《瑜伽》、《华严》相会。...“自揣平生学术，始则转俗成真，终乃回真向俗。...秦汉以来，依违于彼是之间，局促于一曲之内，盖未尝睹是也。...”（《菿汉微言》卷末）
其所自述，殆非溢美。盖炳麟中岁以后所得，固非清学所能限矣。其影响于近年来学界者亦至巨。虽然，炳麟谨守家法之结习甚深，故门户之见，时不能免，如治小学排斥钟鼎文龟甲文，治经学排斥“今文派”，其言常不免过当。而对于思想解放之勇决，炳麟或不逮今文家也。