经子关系与经史关系都是中国学术思想史上的重要命题，章太炎对这两个命题均有所论述，然学界研究较多的是章氏对经史关系的认识，他对经子关系的思考，学者关注甚少。在此，我们选取三个问题来讨论，希望能起抛砖引玉之效。
首先，史学与哲学。晚清因回应东渐之西学的冲击，传统学术在转型中发生了知识门类的分化，出现了依循西方现代学术规范而进行知识分科的现象。那么，四部类目中哪些可转化为史学，哪些可转化为哲学呢？章太炎结合经子关系来思考这些问题。他在《诸子学略说》一文中，从宏观的视角来定义经学与子学的知识性质，提出“经学即史学”与“子学即哲学”的命题，把经学、子学整体性地分别划归为史学与哲学的学科。这样，章太炎确立了经与子、经学与子学相对而非统一的认识。
章太炎认为，经学与子学的知识性质不同，因经书即是史书（“六经皆史”），旨在记录历史事实，故研究经书的经学，主要是考证历史上曾存在过的典章制度，既要忠实于历史的实际情况，就必须本着客观求是的精神，不必也不能附有主观意识。相反，子书是义理之书，旨在探究宇宙真理、世界本体与天命心性等，而不在考证历史事实与典章制度。因思想家对于世界观与人生观的理解渗透着各自的生命情怀，每个人的理念难免各有不同而丰富多彩，故子书的诠释是一个生命“进入”另一个生命而去把握符号创造者的主观精神世界的过程。这使得子学不仅充满被诠释对象的主观意识，而且在“理解前结构”的作用下，也自觉或不自觉地注入了诠释者的思想与精神。
章太炎通过分科的方式，提出“经学即史学”与“子学即哲学”的命题，把经学整体性地归入史学学科，又把子学整体性地归入哲学学科，这虽不符合经学诠释史的事实，也不符合子部类目的情况，但仍具有一定的学术史意义。因自《汉书·艺文志》开始，古代经生与儒生持守“诸子者六经之支与流裔”的观念，视经与子、经学与子学为属与种、源与流的关系，即子与子学渊源于经与经学，前者的存在基础及其存在的合理性是以后者为根据，故子学的知识性质、知识功能与研究方法等，都要与经学保持一致，没有独立的价值。分科的目的就在于，章太炎要取消经与子的属种关系，将经学与子学的知识性质、知识功能与研发方法区别开来，从而赋予子与子学以相对于经与经学的独立性。这为民国诸子学的复兴“导乎先路”，而学者以西方哲学来诠释子学，也是受了“子学即哲学”命题的启发，胡适就曾表示其诸子学研究受惠于太炎先生者颇多。
其次，考据与义理。基于“经学即史学”与“子学即哲学”的命题，章太炎认为“说诸子之法与说经有异”，即治学方法应根据知识对象的性质而定。因“经多陈事实，诸子多明义理”，故治经学应如治客观之史学一般地用训诂考据，而治子学则应如治主观之哲学一般地诠释义理。换言之，经书是记载历史事实的典籍，只要文字训诂明了，能通其大意，然后比类归纳史料以考证典章制度即可；子书旨在发明形上道体，仅校勘训诂而不通过文字呈现的意识图景，以探求作者对宇宙、性命的本质性存在及其表现形式的深邃认识，那是买椟还珠，终究不能体悟诸子揭示的人类精神之乡的丰富内涵及其实现途径的多种可能性。
用考据与义理来区别经学与子学的研究方法，这是章太炎对乾嘉学术的超越。盖乾嘉学者崇尚朴学，不仅以朴学治经，且“以经学家实事求是之法读子”，只注重文字、音韵的训诂，而遗落了经书、子书内含的形上道体。然接受实证主义的胡适乃服膺朴学的科学精神，视朴学为研究一切学问的方法和目的。根据这一观念，胡适要用科学方法来治经和治子，即经学与子学的研究一样，都要追求客观、实证的结果。过于强调方法的优先性，使胡适把科学方法的应用当作了研究的最终目的，以致把思想与哲学也化约为方法，而忽略了形而上的哲学诠释。这是章太炎所不能赞同的，他认为科学不是万能的，科学知识并非确定性的，科学方法也不一定具有普遍性。所以，他批评科学主义者的“空谈哲学”和“疑古史学”是“魔道”，反对将作为哲学之子学的研究局限于朴学的境域，主张用实事求是的朴学来治经，而用探求义理的哲学诠释学来治子。
章太炎之所以要在方法论上，用考据与义理来区别经学与子学的研究，其缘由正如前所述，因他相信经学考证的是历史之陈迹，而子学探究的是普遍之义理。他理解的史学（包括经学）是属于“过去式”的，而他理解的哲学是一种信念，是精神的寄托，是客观性与主观性的结合。他探究子书的义理，是希望从先秦诸子的性命哲学中，寻求一种与现代性相契的新信仰体系，以使文化——道德从保守与激进之争中超脱出来，重新获致一种有意义的秩序形态，从而纾解近代中国的意识危机，重建中国人美善的心灵秩序和“依自不依他”的民族文化。
最后，求是与致用。由考据与义理的方法论之辨，引出治学在求是，抑或在致用的目的论问题。章太炎多次谈到治学宗旨有求是与致用二途，而要了解他的治学宗旨，应如前所述，先知道他对经学与子学的知识性质之别，及其在经学与子学之研究方法上的考据与义理之分，然后可知他治学既讲求是，也追求致用。然章太炎对于什么学问在求是，又以何种学问来致用，有着很清楚的界定，即经学在求是而子学在致用。换言之，研究具体的典章制度的经学已经失去了对现实世界进行解释的适用性，唯有实事求是地存真；演论抽象的思想哲学的诸子学始终表现出超越时空范围的普适性，仍有经世致用的价值。
在章太炎看来，经书记载的典章制度、地理沿革等，随着时代风俗的不断变迁，早已乖违今日之历史情实，不可能呼应当代的思想与制度之诉求，故研究经书的方法与目的要忠实于历史过程的客观性，严格地按照历史文献与出土文物所呈现的客观事实，来对待和探究历史问题的本质，以尽可能地保存古史和还原历史真相，而不可用来解决当前实践活动中遇到的种种问题。由此，章太炎批评晚清经今文学派的“通经致用”说，指出他们的经学纯粹是“借经术以文饰其政论”，是曲学干禄而已。章太炎要维护学术的纯粹性，不为俗世的功名利禄所腐蚀，自然会批判那种随意地对六经“傅以奇邪”而求仕进、求禄位的做法，担心学术成了“篡盗之阶”。
相对的是，章太炎主张“通子致用”。早年，他认为荀学和法家是最适合于当前时局的经国政术。撰写《齐物论释》时，他推崇老庄远胜佛学和其余的先秦诸子；他明确地说，佛学虽然高明，却不应用于政治社会，老庄在这方面比佛学和儒学更能用来调整和改革社会——政治与文化——道德秩序。但在幽禁北京龙泉寺后，章太炎特别表彰《周易》《论语》的实用价值，称《易》为开物成务之书，且信服“半部《论语》治天下”之言，说孔子及其代表的孔学更“切于人事”，更能获致应用的效果。这一演变理路是和晚清民初之时局与思潮的变化息息相关的，他相信国学仍有现实价值，经由创造性的转化便能完成传统与现代的接合，故不必激进地否定传统而全盘西化。
概括言之，章太炎论经子关系的观点有三：一者，在知识的性质上，经学是史学，子学是哲学；二者，在研究方法上，经学用客观之考据学，子学用义理之诠释学；三者，在知识的功能上，客观之经学在求是，主观之子学在致用。由史学与哲学、考据与义理、求是与致用的两两相对来看，章太炎有意识地从知识论上，方方面面地把经与子、经学与子学区别开来，赋予子与子学独立于经与经学的名分和价值，彰扬现代自由、平等的学术精神，也符合现代学术讲究知识门类之范畴概念定义明晰的要求。
当然，太过强调经与子、经学与子学之间的相对性，未免有落于形式主义的危险，故章太炎的一些说法并不符合学术思想史的事实。但他的某些观点给了我们许多启示，并提示我们，经子关系是一个十分复杂且需下大力气进行研究的思想命题。