台湾旧隶福建，称台湾府；后设台湾道。光绪乙酉，建行省，升淡水厅为台北府，设巡抚驻焉；闽浙总督实兼领台湾。刘铭传为巡抚，振兴百务：铁路、商轮、屯垦、开矿，新政备举。今日人所经营尽美者，皆本铭传之旧以为扩张者也。
邵友濂继为巡抚，而中、日方失和，海疆戒严；乃命福建水师提督杨岐珍、广东南澳镇总兵刘永福率所部防台。永福增募兵，仍称黑旗。中、法之战，永福起于越南，以黑旗兵屡挫法军；唐景崧独身走越南，招之。中、法和议成，粤督张之洞荐授总兵，驻钦州。唐景崧以法、越罢战后，由吏部主事授台湾道；旋擢藩司。朝廷方倚景崧知兵，而提督李本清与之交恶，遂求去；以提督綦高会代守沪尾；旋复以提督廖得胜代高会。两月之间，沪尾三易将矣。援朝鲜之师既败，辽东城邑相继陷。友濂书生不知兵，密求，枢府内调；朝廷以景崧才，付以兵事；乃以景崧署巡抚，而调友濂抚湘。景崧与永福共事于越南后，积不相能；景崧既署抚，乃移永福军台南，景崧自任守台北。
日兵舰攻澎湖妈祖宫，守将击之，伤其两艘。日人将攻文良港，而先攻妈祖宫以牵缀华军，使不为备；乃潜登文良港。澎湖至台北电线中断，日军遂占澎湖；海道中梗，军械之购自外洋者尽为日夺，澎湖乃孤悬矣。
时更有李文奎之变。文奎故直隶游匪，从淮军渡台，充抚辕亲兵。副将方某为武巡捕，以文奎犯令革退；转事中军黄翼德，充什长。翼德募兵于粤，方某署中军；复以事革文奎，文奎乃大恨；其党徒遍城中及署内外，思伺隙报之。景崧婿余某内渡，文奎率党劫其装于道；护勇逃归者，文奎追之；方副将自抚署出，文奎径斫其颅；反奔入门，踣而毙。中军护勇内应，争发枪；景崧遣差官出视，及仪门中刃返。叛徒将入杀景崧；景崧出，叛兵猝见巡抚慑焉，敛刃立，并告无事，景崧慰之。以文奎徒党众，因令文奎充营官以安之。杨岐珍率所部入援，与叛军对击，伤居民十余人；景崧命止之。以文奎募缉捕一营屯基隆，而张示别缉杀方副将之贼，为掩饰计。将领多离心，兵浸骄不可制矣。
及割台议起，台湾举人以会试在都，上书力争；不报。割台信益急，主事邱逢甲建议自主，台民争赞之。乃议建民主国，开议院，制蓝地黄虎国旗，议戴景崧为总统。四月和议成，卒割台湾；朝命景崧率军民内渡。台民乃决自主，上「台湾民主国」总统印绶于景崧，鼓吹前导，绅民数千人诣抚署；景崧朝服出，望阙九叩首谢罪，旋北面受任，大哭而入。即抚署为总统府，电告自主，有『遥奉正朔，永作屏藩』语。命陈季同介法人求各国承认自主，皆不答。设内部、外部、军部以下各大臣；省官不愿留者，听其内渡。提督杨岐珍等，归于福州。
日本兵舰大集，先攻基隆。吴国华守三貂岭，遇日侦探队击之，毙日兵官一。营官包干臣奉命来助战，夺日兵官首级以归，遽报大捷；吏民皆贺。国华方逐日军，遽回兵追干臣，日军遂占三貂岭。分统李文忠等方会师援基隆，而日军已大集，文忠等战皆败。景崧命黄义德屯八堵，为胡友胜后援；义德遽驰归，诡言『狮球岭已失，八堵不能驻军；日人悬金六十万购总统头，故驰归防内乱』。景崧不敢诘也。是夜，义德所部军索饟，大譁。翌晨，日军占狮球岭，城中惊扰；幕客熊瑞图请退守新竹，巡捕吴觐庭以枪拟瑞图，禁之言。傍晚，溃兵争入城；客勇、土勇互斗，尸遍地。总统府火发，景崧微服挈一子、妾易男服杂逃民中窜出城，附英轮至于厦门。游兵大掠三日，日军尚未至；德商毕狄兰以书告日军，乃以兵来收城。景崧归老于乡。庚子勤王军谋起事汉口，约景崧举事于桂林；汉口事败，亦无发景崧者。光绪壬寅，客死广州。
刘永福守台南；台北既陷，镇道以下官吏相继内渡，台民上民主总统印绶于永福。永福不受，仍称「帮办」，设防守。部署稍定，而日兵舰至，窥安平口；永福自击日舰，几沉之。
日军攻新竹，相拒月余；大小二十余战，互有伤亡。日人购奸民导僻径抄台军后路，分统杨紫云战殁；吴彭年赴援不及，乃守大甲溪。义民长徐骧之军为日军追入深箐中，徐骧绕出其后击之，日军炮无所施，大败；获日兵数十。时库帑既匮，仅恃钞票为挹注，军饟益不支；永福先遣员渡厦门求款，并电乞沿海督、抚助饟，绝无应者。饟绝械罄，永福忧惶无策。台湾土匪为内间，引日军深入；匪集愈众，日军用为前锋。吴彭年伏兵大甲溪，候日军至，猛击之；日军败渡河，徐骧伏兵乘其半渡奋击之，日兵大败。七月，日大队攻大甲溪，相持未下；忽譁传大营陷，军皆惊退。盖新楚军统领李惟义奉命为后援，日军以金啗土匪冒称日军袭之，惟义惊遁，营遂溃；前敌乃大挫，袁锡清力战死之。
日军据大甲溪，永福令诸军严守彰化。徐骧屡以伏兵挠日军，义民亦迭起抗之；日军屡窘，多伤亡。日军仍利用土匪导攻八卦山，吴彭年死守，力竭殉之；日军夺八卦山，俯瞰彰化城，彰化降。
日军连陷云林、苗栗二县，进逼嘉义；误入山谷，民团林义成等塞谷口尽歼之。台南山谷险阻，深箐丛杂；民团潜伏，遇敌猝起。日军不习地势，屡战恒败衅。台北、台中各城邑闻台南义声，皆思奋起，图恢复；日大军乃严备之。
台南援绝饟竭，相持数月，军皆饥困。日军以全力攻台南，徐骧等尚力战；骧每战必居前敌，卒中炮死。嘉义守将王德标以地雷达日营，夜半地雷发，日军死亡百余人，日军惊退；以死将士多，大愤，聚巨炮猛轰嘉义，破之。仅余台南孤城，永福死守。
日本台湾总督桦山资纪贻书永福谓：『公以孤军持绝地，数月不下，公已无负于台民。今困守孤城，尺地以外皆敌军，徒伤民命何益？倘率所部去台，当以礼送公去』。永福拒之，词甚峻。日军乃大攻城，永福自发炮殆日军数十人。相持数日，城中军饥甚，譁溃；土匪蜂起夺城，迎日军。永福逃登德国商轮，日兵大索四次不获；盖德人深佩永福，秘藏之也。永福内渡至厦门，旋归于广东之钦州。永福守台南数月，以饟糈并绝而败，世犹谅之。