民国元年，在君在上海南洋中学教了一年书。他在这一年中，用生物演进的观点写了一部很好的“动物学教科书”。他的扬子江、芜湖以下的地质调查，好像也是这时期调查的。这一年，他把他的四弟文渊带到上海。文渊那时十四岁，“没有进过学校，没有学过英文，无法考入上海的中学，只好进了当年同济的附属德文中学。”文渊的自述如此（见他的《文江二哥教训我的故事》，香港《热风》半月刊二十二期，1954，8月1日），使我们回想，如果在君当年没有被龙知县救援出来，他的一生事业也许会被埋没在那个风气闭塞的泰兴县里了。
民国二年的二月，在君到北京，做工商部矿政司的地质科科长。那时张轶欧先生做矿政司司长，他是一位有远见的人，认识地质学的重要，在君和章鸿钊、翁文灏，都是他先后邀到工商部去的。张轶欧的计划是要筹办一个中国地质调查所。但当时中国缺乏地质学的人才，一般人士对于地质学的重要，毫无认识。当时北京大学因为地质一门招不到学生，竟把原有的地质门停办了！
在君说：“我这一科里有一个佥事，两个科员，都不是学地质的。‘科’是一个办公文的机关，我的一科根本没有公文可办。我屡次要求旅行，部里都说没有旅费。只有两次应商人的请求，由商人供给旅费，〔我〕曾做过短期的调查。”地质科科长没有旅行调查的经费，当然没有开办地质调查所的希望了。
在君对于中国地质学的第一步贡献是在训练地质学的人才。他利用了北京大学停办地质门的机会，把北京大学地质门原有的图书标本借了过来，由工商部开办一个地质研究班，后来称为地质研究所。他把北京大学原有的一个德国教授梭尔格（Solger）请来帮忙。后来翁文灏先生从比国回来，就在地质研究所做主任教授。民国三年以后，在君自己担任教古生物学。“这是中国人第一次教古生物学。”
翁先生说地质研究所时代的丁在君的教学法：
他（在君）竭力主张注重实地观察。他以为平常习惯由一个教授带领许多学生在一学期内做一次或两次旅行，教授匆忙的走，学生不识不知的跟，如此做法决不能造成真正地质人才。他以为要使学生能独立工作，必须给他们许多机会，分成小组，自成工作。教授的责任尤在指出应解决的问题，与审定学生们所用的方法与所得的结果。他不但如此主张，而且以身作则，有很多次率领学生认真工作。他的习惯是登山必到峰顶，移动必须步行。……
在君先生的实地工作，不但是不辞劳苦，而且是最有方法。调查地质的人，一手拿锥打石，一手用指南针与倾斜仪以定方向，测角度，而且往往须自行测量地形，绘制地图。这种方法，他都一丝不苟的实行，而且教导后辈青年也尽心学习。
这个地质研究所是民国三年开办的，民国五年毕业。毕业的学生就在地质调查所担任各地的调查工作。其中成绩最好的人，逐渐被挑选送到国外去留学。中国地质学界的许多领袖人才，如谢家荣、王竹泉、叶良辅、李捷、谭锡畴、朱庭祜、李学清诸先生，都是地质研究所出来的。
地质研究所在民国五年以后，仍由北京大学收回，重办理科的地质学系。当时在君同北大校长蔡元培先生商定，北大恢复地质学系，担任造就地质人才的工作，地质调查所专做调查研究的工作，可以随时吸收北京大学地质系的毕业生，使他们有深造的机会。
因为这种渊源关系，在君对于北京大学的地质学系总是很关切的。北大恢复地质学系之后，初期毕业生到地质调查所去找工作，在君亲自考试他们。考试的结果使他大不满意。那时候，他已同我很熟了，他就带了考试的成绩单来看我。他说：“适之，你们的地质系是我们地质调查所的青年人才的来源，所以我特别关心。前天北大地质系的几个毕业生来找工作，我亲自给他们一个很简单的考试，每人分到十种岩石，要他们辨认。结果是没有一个人及格的！你看这张成绩表！”
我看那表上果然每人有许多零分。我问他想怎么办。他说：“我来是想同你商量：我们同去看蔡先生，请他老人家看看这张成绩单。我要他知道北大的地质系办的怎样糟。你想他不会怪我干预北大的事吗？”我说：“蔡先生一定很欢迎你的批评，决不会怪你。”
后来我们同去看蔡先生，蔡先生听了在君批评地质系的话，也看了那张有许多零分的成绩单，他不但不生气，还很虚心的请在君指教他怎样整顿改良的方法。那一席谈话的结果，有两件事是我记得的。第一是请李四光先生来北大地质系任教授。第二是北大与地质调查所合聘美国古生物学大家葛利普先生（AmadeusWilliamGrabau，1870—1946）到中国来领导古生物学，一面在北大教古生物学，一面主持地质调查所的古生物学研究工作。
这是民国九年（1920）的事。
葛利普先生不但果然来了，并且在中国住了二十六年，他死在中国，就葬在北大的地质馆的大门前。葛先生来中国主持古生物学的教授与研究是中国地质学史上一件大事。在君自己曾略述葛先生的事迹：
葛利普先生是德国种的美国人。他的祖父和父亲都是牧师，他却极端反对神秘宗教。他原在哥仑比亚大学当了十六年的教授，到1917年美国加入了欧战，各大学纷纷的发生反德运动，他遂被革了职出来。1920年他到中国来任北京大学地质系的教授，兼地质调查所的古生物主任。他不但是工作极勤而且是热心教育青年的人。当北京大学屡次索薪罢课的时候，他总把地质系的学生叫到他家里去上课。他因为风湿病的原故，两腿不能走动，手指也都肿胀，然而他的工作比任何人要多。（《苏俄旅行记》一，《独立》第一○一期）
在君死后，他的北大助教高振西曾指出葛利普先生教育出来的古生物学人才之多。他说：
今日之中国古生物学家，如孙云铸、杨钟健、斯行健、黄汲清、张席禔、乐森、田奇俊、朱森、陈旭、许杰、计荣森等，直接为葛先生之高足，而间接为丁先生之所培植。“（高振西译葛利普的《丁文江先生与中国科学之发展》，注三。《独立》第一八八期，页二二）