吴祯，江国襄烈公吴良的弟弟。最初名叫国宝，赐名为祯。与吴良一起从大军攻克滁州、和州，渡江攻克采石，又随大军定集庆，下镇江、广德、常州、宣城、江阴，都立有战功。又跟从常遇春自铜陵攻取池州，用水师摧毁池州的北门，进入城中。敌舰百余艘驶来，皆被打败，于是攻克池州，积功由帐前都先锋晋升为天兴翼副元帅。带领千人协助吴良镇守江阴，多次打败张士诚的军队，攻破张士诚的水寨，活捉其猛将朱定。被授予英武卫亲军指挥使。于浮子门大破吴兵。跟从大将军徐达率马步舟师夺取湖州，指挥奇兵出旧馆，大胜。平定湖州，并带兵戍守。从大军围攻平江，攻破葑、胥二门，晋升为佥大都督府事，安抚平江。不久，又随征南将军汤和讨伐方国珍，乘涨潮进入曹娥江，毁坝通道，出其意外地抵达了敌营。方国珍逃入海上，追至盘屿，会战，从申时战至戌时，打败了方国珍，全部缴获了其战舰、辎重，俘其士兵，方国珍投降。再次从海道进攻福州，包围了其西、南、水部三门，一举攻克。
洪武元年(1368)，出兵攻占延平，活捉了陈友定。福建沿海得以全部平定。回到昌国，正遇海盗在兰秀山抢劫，于是剿平这股海盗。兼任率府副使，不久担任吴王左相兼佥大都督府事。二年，大将军平定陕西回来，吴祯与副将军冯胜驻守庆阳。三年，讨平沂州答山贼。任命为靖海将军，在海上练兵。这年冬天，封为靖海侯，食禄为一千五百石，给予世袭的凭证。与秦、晋二王教导金朝兴、汪兴祖，并专门辅佐二王，解除了都督府事的官职。
仇成戍守辽东，命令吴祯总管数万舟师，由登州供应粮饷。海道险远，他经营有方，军队的粮草充足，同时修固城池，练习士兵，全部收复辽海未归附的地方，使平章高家奴等人投降。因牵连被贬职为定辽卫指挥使，不久被召回。七年，海上有敌情，吴祯再次担任总兵官，同都督佥事於显统领江阴四卫的水师，出海追捕倭寇，到了琉球大洋，缴获敌兵船，把俘获物品呈献京师。从此吴祯常常往来在海道上，总理军务数年，海上无寇贼。
十一年奉诏出师定辽，患病，乘车回到京师。第二年去世，追封为海国公，谥号襄毅，他和吴良的肖像均放在功臣庙里。儿子吴忠继承侯位。二十三年，追究吴祯是胡惟庸同党，爵位被削去。