卓敬，字惟恭，瑞安人。他颖悟过人，读书一目十行。洪武二十一年(1388)考中进士。被任命为户科给事中，为人耿直，不避权势。当时制度还不完备，诸王的服饰、车马模仿太子。卓敬乘机说道“：京城为天下效仿。陛下对诸王如不趁早分辨等级、威严，而使他们的服饰与太子相同，从而嫡庶混乱，尊卑无序，何以令天下？”皇上说：“你说得对，朕还没有考虑到此。”因而更加器重他。他日与同僚觐见，恰好八十一人，太祖命他们改称元士。随即以六科为政事本源，又改称源士。不久，重又称给事中。卓敬历任户部侍郎。
建文初年，卓敬秘密上疏说：“燕王智谋绝伦，并有雄才大略，酷似高皇帝。北平地势优越，兵精马壮，金、元即由此兴起。现在应当将他改封南昌，万一有变，也容易控制。事情即将萌发而未行动，那是由于时机未到，而考虑可以行动的时间则要依据形势。形势还未成熟时便不能做出决断，而时机还未明朗便不能给予明察。”上奏到达朝廷，第二天皇上召问卓敬。卓敬叩首道“：微臣所言乃天下至计，愿陛下明察。”但是此事最终就此而止。
燕王即位，卓敬被捕，明成祖指责他曾建议改封一事，离间骨肉之情。卓敬厉声说道：“可惜先帝没有采纳我的建议。”皇上十分生气，但仍怜惜其才，下令将他下狱，派人以管仲、魏征之事相劝。卓敬流着泪说：“身为人臣，只有以死相报。先皇帝曾无过失，忽然被横行篡夺，我恨不得立即死去，到地下去见先皇，你还想让我为你效力吗？”皇上还是不忍杀他。姚广孝以前与卓敬有隔阂，便进劝皇上“：卓敬之言如果真的被采用，皇上难道还会有今日吗？”皇上这才处死卓敬，并灭其三族。
卓敬言行慷慨，风流倜傥，善于谈论，凡天官、舆地、律历、兵刑诸家无不广泛研究。成祖曾叹道“：国家培养人才三十年，唯得一卓敬。”万历年初，朝廷采纳御史屠叔方的建议，为卓敬修墓建祠。