吕原，字逢原，秀水人。父亲吕嗣芳，任万泉县教谕。兄吕本，任景州训导。嗣芳年老后，就养于景州，与吕本相继去世。因为家贫，吕原无法将父兄归葬故乡，只好葬于景州，时常到墓前恸哭。后来，他奉母亲南归，家境更加贫困。知府黄懋惊奇吕原的文章，把他补为生员，送他入学，后来考中乡试第一名。
正统七年(1442)，吕原中进士及第，被授予编修官。十二年，他与侍讲裴纶等十人一同被选入东阁学习，后来在讲经筵当值。景泰初年，他升为侍讲，与同学倪谦在文华殿东庑下教小宦官读书。皇上有一天来到，命倪谦讲解《国风》，吕原讲解《尧典》，他们都受到皇上称赞。皇上问他们是什么官，他们回答说是中允兼侍讲。皇上说：“二职品级相同，怎么相兼？”进升二人为侍讲学士，兼中允。不久他又升为左春坊大学士。
天顺初年，他改任通政司右参议，兼侍讲。徐有贞、李贤入狱的第二天，皇上命吕原入阁参预机务。石亨、曹吉祥弄权，高贵傲慢，却唯独敬重吕原。吕原朝会时穿着青袍，石亨笑道：“我将为先生换了它。”吕原不答。不久他与岳正列出石亨、曹吉祥的罪状上奏，但奏疏被扣留。石、曹两人大怒，摘引皇上敕谕中的话，说阁臣诽谤皇上。皇上大怒，坐在便殿上，召他们去问话，厉声说道“：岳正大胆，竟敢这样！吕原素来恭谨，为什么要阿护岳正？”岳正被罢免，吕原得留了下来。李贤得复官入阁掌权后，吕原辅佐他。不久，彭时也入阁，三人相处得非常好。李贤通达，凡事立行决断。吕原以稳重帮助他，百政得以妥善处理。这年冬，他升为翰林院学士。
六年(1462)，吕原遭母丧，连续三天水浆不入口。诏令他葬好母亲后即出来理事。吕原请求守孝终制，皇上不许。于是吕原前往景州，挖出父兄的遗骸归葬。在船上他枕着草垫，因为过度哀伤，原本很胖的身体，这时瘦了下去。到家后，刚办完丧事他就去世了，终年四十五岁。赠礼部左侍郎，谥文懿。
吕原内刚外和，与世无争。他个性节俭，身无纨绮。他回去时的行装只有皇上赐给的几件衣服，还分俸禄抚恤宗族和亲戚。