朱纨，字子纯，长洲人。正德十六年(1521)进士。封官景州知州，调到开州。嘉靖年初期，迁南京刑部员外郎。历四川兵备副使。与副总兵何卿共同平定深沟诸砦番。五迁到广东左布政使。二十五年提升为右副都御史，巡抚南、赣。第二年七月，倭寇出现，改任提督浙、闽海防军务之职，巡抚浙江。
起初，明祖定下制度，不许片板入海。承平日久，奸民擅自出入，勾结倭人和佛郎机诸国的人到中国互相做买卖。闽人李光头、歙人许栋占据宁波的双屿，做该地的统治者，掌管它的质契。有势的人家维护支持他们，漳、泉的这种家庭比较多，或者与他们通婚姻。假借济渡的名义，制造双桅大船，运载禁运物资，将吏对此不敢诘问。有的人欠他们的债，许栋等人就引诱他们攻打抢劫。欠债的人威胁说将吏要逮捕驱逐他们，泄露出征时间让他们离去，期望他日偿还。到期后，仍然像以前一样欠债。倭寇大怨恨，更加与许栋等人合作。而浙、闽海防长久毁坏，战船、哨船十艘只剩下一两艘，漳、泉巡检司弓箭兵旧额二千五百多人，现在只有千人。倭人抢劫掠夺总是得志，更加无所顾忌，来进行抢掠的接踵不断。
朱纨巡视海道，采用佥事项高和士民的话，说不革除渡船，那么海道就不能清理，不严保甲则海防不可能得到恢复，上疏皇帝列举具体情况。从此革渡船，严保甲、搜捕奸民。闽人衣食靠海来维持，突然丧失重利，即使是士大夫之家，也觉不便，想阻止破坏这种制度。朱纨讨伐平定覆鼎山的叛贼。第二年将进攻双屿，让副使柯乔、都指挥黎秀分别驻扎漳、泉、福宁，遏止敌贼奔逸，让都司卢镗率领福清的兵士从海门进入。而日本的贡使周良违背旧约，以六百人先期到达。朱纨奉诏对此进行灵活处理。估计不可能推却，于是要周良自我表明，并且下不为例。命人登记他们的船，将周良引进宁波宾馆。奸民投书激变，朱纨防范甚密，使他们的诡计不能得逞。夏天四月，卢镗在九山洋遇到敌贼，俘虏日本国人天稽，许栋也被擒。许栋的同党汪直等人收集余众逃遁，卢镗筑塞双屿后回来。番船后到的不能进入双屿，分别停泊在南麂、礁门、青山、下八诸岛。
势豪之家既然失利，就公开扬言被擒的人都是良民，不是贼党，以此来蛊惑人心。又挟制有司，轻的按胁从被掳的罪名加以处理，严重犯罪的则按强盗拒捕的法律处理。朱纨上疏说“：现在海禁分明，不知由什么原因被掳，由什么原因胁从。如果以引进番导来寇为强盗，海洋敌对为拒捕，我很愚昧，实在不能理解。”于是朝廷让他不须请示灵活处置、杀戮。
朱纨执法非常坚决，势豪之家都感到恐惧。贡使周良安插已定，闽人林懋和为主客司，宣言应当放他回去。朱纨因为中国制驭诸番，应当遵守大信，谏争得很强烈。就说：“除去外国强盗容易，除中国强盗困难。除去中国濒海的强盗还容易，除去中国衣寇的强盗特别困难。”闽、浙的人更加恨他，竟勒令周良还泊海屿，以等候贡期。吏部采用御史闽人周亮和给事中叶镗的话，上奏改朱纨为巡视，以减少他的权力。朱纨愤怒，第二年春天上疏说：“我整顿海防，稍有次第，周亮想侵削我的权力，致使我管的官吏不肯听我的命令。”既而又陈述明国事、正宪体、定纪纲、扼要害、除祸本、重决断六事，语言多有愤激。中朝士大夫先听进浙、闽人的话，也有不喜欢朱纨的人。
朱纨前往讨伐温、盘、南麂诸贼，连战三月，大破敌军，还平息处州矿盗。这一年的三月，佛郎机国人到诏安进行抢劫。朱纨攻击擒获他们的头领李光头等九十六人，又用相机处理之法将他们杀戮。并将情况报告给皇帝，语言中又侵犯了诸势豪之家。御史陈九德于是弹劾朱纨擅自杀戮。于是免去朱纨的官职，命令兵科都给事中杜汝祯考察审问。朱纨听说后，慷慨流涕说：“我贫穷而且有病，又意气自负，不能对簿公堂。纵使皇帝不想杀我，闽、浙人一定会杀我。我死，自己解决，不须他人。”写墓志，作绝命词，饮药而死。二十九年(1550)，给事中杜汝祯、巡按御史陈宗夔回来，说是奸民鬻贩拒捕，没有僭号流劫之事，问朱纨擅杀之罪。皇帝下诏令逮捕朱纨，朱纨在这以前已经死了。柯乔、卢镗等人一并被处死刑。
朱纨清强峭直，勇于任事。想为国家杜绝祸乱的根源，才被势豪之家陷害，朝野人士都为他叹息。自从朱纨死后，罢去巡视大臣官职不设，朝廷内外都摇手不敢说海禁方面的事。浙中卫所四十一个，战船四百三十九艘，军籍尽为耗散。朱纨将福清捕获的盗船四十多艘，分布在海道，在台州海门卫的有十四艘，作为黄岩的外部屏障。副使丁湛全部将它们遣散，撤消防备放开海禁。不久，海寇大作，荼毒东南有十多年。