颜鲸，字应雷，慈奚谷人。嘉靖三十五年(1556)进士。授官行人。提升为御史，出朝巡视仓场。当时奸人马汉倚仗定国公权势，放高利贷钱给运漕兵卒。如果不及时偿还，就没收他们的粮饷，被怨家所告。马汉持定国公的信来求情，颜鲸立即将他处死。四十一年，畿辅、山东、山西、河南、河北大丰收。颜鲸请求皇上让州县赃罚的银两不要运到京师，全部易换成粮食以防备救济饥年，并且发放内府新钱作为买进粮食的本钱。皇帝都批准了。之后，上奏对漕政有利的六事。
第二年出按河南。伊王典木英持杖作恶，久结宫掖廷内中官及严嵩父子，内外勾结应和，凡他所请奏的都立即批下来，他的爪牙大都是矿盗。颜鲸早就想除掉他，便与参政耿随卿合计，抓住伊王承奉官王鉴的罪证，王鉴当天就告发伊王的阴谋。这时严嵩已倒台，颜鲸于是通报徐阶，说诸位中官阻绝伊王援请，又将伊王侦事的飞骑尽数逮捕。托言防寇，檄令知府将兵分屯要害地点。于是会同巡抚胡尧臣弹劾典木英抗旨、矫敕、僭拟、淫虐等十大罪状。伊王护卫和诸亡命徒几万人，不敢发动。皇帝震怒，废伊王为庶民，禁锢在高墙之内，没收其财产，削去世封。河南河北的人鼓舞庆祝。景王被封藩国，越过边界抢夺民产作为庄田，颜鲸抓住他的爪牙进行治罪。魏国公侵占民产，假借皇上赐名的树碑为界。颜鲸翻倒树碑，让他戍边。锦衣主帅纳诸侠一点金钱，就让其署名校尉籍中，为害百姓。列侯出使王府，道路驿站骚乱。王府内官进奉，驾龙舟，所过恣横。颜鲸请校尉的缺额听从兵部补员，册封改为文臣，王府进奉派遣属吏。皇上下诏册亲王和王妃派遣列候，其他的按颜鲸的提议。
后改任督畿辅学政。大兴知县高世儒奉诏核查逃役，都督朱希孝以勾军的罪名弹劾他，下到部里讨论。颜鲸弹劾朱希孝乱法，说：“高世儒等人按籍召行户，不是勾结禁军。这乃是禁军子弟家人倚靠城社，假冒禁卫之名，致使官吏不敢过问。富人得以抗旨，而穷人为沟中瘠。高世儒无罪，罪在锦衣。”皇帝恼怒，责斥颜鲸诋毁诬蔑勋臣，贬为安仁典史。
隆庆元年(1567)历湖广提学副使。因试恩贡生之失受张居正指责，降为山东参议。后来改为太仆少卿。都御史海瑞推荐颜鲸是异才，但没有回音。
颜鲸出按河南的时候，罢黜新郑知县，此人为高拱所庇护。在湖广，王篆想祀他的父亲为乡贤，颜鲸坚持不允许。到这时候，高拱掌管吏部，王篆为考功郎，于是以不谨的名义夺去颜鲸的官职。万历年间，给事中邹元标、御史饶位交章推荐颜鲸，报告上去而无结果。御史顾云程说“：陛下大量起用遗佚的人，唯独颜鲸和管志道因考察被格除。如果辅相与吏部尚书为贤臣，那么罢黜奸邪为公典，否则就是驱除异己而已。近来又考察登用吴中行、艾穆、魏时亮、赵世卿，唯独奚落颜鲸、管志道，这是为什么呢？”给事中姜应麟、李弘道也说这件事，颜鲸仅以湖广副使退休。朝廷中外有十多封疏章褒论推荐颜鲸，但终究没有任用他。