高拱，字肃卿，新郑人。嘉靖二十年(1541)进士。当选庶吉士。第二年授予编修。穆宗住裕邸，出阁讲经读书，高拱与检讨陈以勤同为侍讲。世宗忌讳提册立太子的事，景王没有去封国，朝廷内外很是担心。高拱在裕邸侍奉九年，教诲太子日益敦厚孝顺谨慎，陈述切合事理。太子很看重他，亲手书写“怀贤忠贞”赐给他。晋升侍讲学士。
严嵩、徐阶顺次主持国政，认为高拱以后必受重用，将他举荐给世宗。授予太常卿，掌管国子监祭酒事务。四十一年(1562)提拔为礼部左侍郎。不久改调吏部兼任学士，执掌詹事府事务。晋升礼部尚书，召进内侍房。撰写斋戒词，被赏赐飞鱼服。四十五年授予文渊阁大学士，与郭朴一道进入内阁。高拱和郭朴都是徐阶推荐的。
世宗居住西苑，内阁大臣的值班房子在宫苑中。高拱没有儿子，将家搬到值班地点附近，时常偷偷出来。当时皇帝身体不好，据传很危急，高拱迅即将家全部搬出。开始徐阶非常亲近高拱，推荐他入值内阁。高拱骤然富贵，意气自负，颇忤逆徐阶。给事中胡应嘉，是徐阶的同乡，因弹劾高拱的姻亲而处境不妙，加之窥探出徐阶正与高拱有矛盾，于是弹劾高拱不坚守岗位，移家外出，世宗病情急迫，没有看奏章。高拱怀疑应嘉受徐阶指使，大为不满。
穆宗即位，晋升他为少保兼太子太保。徐阶虽然是首辅，但高拱自认为是皇帝旧臣，屡次与他对抗，郭朴又帮助他。徐阶渐渐不能忍受。而且此时以勤与张居正都进入内阁，居正也是裕邸侍讲。徐阶草拟遗诏唯独与张居正商议，高拱心中大为不平，遇上讨论皇帝登基赏赐军队和奏请皇上裁决大臣们去留事宜，徐阶都不听取高拱建议，两人嫌隙更为加深。应嘉掌管吏科，协助都院考察。事务将完成，忽然提出有所补充。皇帝责备他癥牾，下交内阁大臣议论处罚。郭朴挺身而出指责道“：应嘉没有为臣的礼议，应当编入平民籍。”徐阶向旁斜视高拱，看到高拱正值恼怒中，就勉强听从了。舆论称高拱因私人恩怨驱逐应嘉，上奏弹劾高拱。给事中欧阳一敬对弹劾高拱最为积极。徐阶对于高拱的争辩，草拟命令加以安慰挽留，却没怎么谴责造舆论的人。高拱更加恼怒，他们在内阁相互怨恨、诬蔑。御史齐康替高拱弹劾徐阶，被罢免。因此舆论没有一天不谈论高拱，南京科道官以至于拾遗官都论及他。高拱自感不安，请求辞职，于是以少傅兼太子太傅、尚书、大学士身份离职养病。隆庆元年(1567)五月，高拱因为曾为皇帝先生蒙宠爱，然而性情倔强刚直自负，快意处置恩怨，终于不安于此职位而离去。不久徐阶也请求辞职退休。
隆庆三年(1569)冬，皇帝召用高拱任大学士兼管吏部。高拱完全与徐阶反其道而行，凡是先朝治罪而因遗诏被录用并作安抚的大臣，一概罢免。并上奏极言阐述“：明伦大典颁布很久了。现在任职的大臣假托诏书，凡是议论礼仪被治罪的人都被褒奖，这将使献皇在庙之灵怎样能宴享，先帝在天之灵怎么能得到思念？而且皇上年节入宗庙祭祀，又怎样面对二圣？我认为不能这样做。”皇帝颇为赞同。法司审理方士王金等人子杀父案。高拱又上奏：“君王死于非命，不能寿终正寝，这种声名很不好。先帝在位四十五年，享年六十多岁，晚年患病，过了一年去世，寿数到了，并没有骤然的暴病。现在称王金谋害，诬蔑先帝不是寿终正寝，天下百姓和后世的人将把先帝看成怎样的君王呢？请求下令法司更改议意。”皇帝又赞同了高拱的意见，命将王金等人减罪戍边。高拱复出，专门同徐阶制造矛盾，所议论的事都希望能中伤和加重徐阶的罪行。幸赖皇帝仁慈怀柔，没让他终了。徐阶的子弟横行乡里。高拱任命以前的知府蔡国熙做监司，将他的子弟立案侦查，都编入边兵军籍。所有遏制徐阶的事，没有不做的。等到高拱离职，徐阶才得解脱。
高拱对政体熟谙，有经时济世的才干，所有建议、陈述都可以实施。他在吏部，想全面鉴识人才，让各部门登录官员情况，让他们选定贤愚者，记下爵位籍贯姓氏，每月索要每年的汇编，仓促举荐任用人，都能得到人选。又因为当时正忧患边防，请增设兵部侍郎，以为总督的后选人，由侍郎到总督，由总督到本部尚书，中外更替，边将之材自然充裕，而兵事是专门的学问，没有经常的训练不能应付兵事。蓄养帅才，应该从兵部司属开始。应该慎重挑选司属，多多求得拥有智谋、才干和体能，通晓军旅事务的人，长任其职，不要调往其他部门。日后边关的兵备和督抚的人选，都将从此选取。更应相应选取边疆的人给司属做准备，像考核部门分行省考核官员一样，这样上下之间就不会有矛盾，同时注重赏罚，以资鼓励。所有边疆有司，职责很重，不适宜让非正途的官员和贬谪者去任职。皇帝都答复可行，拟成命令。高拱又奏请把科贡和进士一起任用，不遵循资格。他考察部中情况，大多错综复杂，不是全凭文书做出罢免提升，也不拘泥人数多少，必定告诉罢免者缘由，让众人都信服。古田瑶出现贼乱，任用殷正茂为两广总督。解释：“此人虽然贪心，却可以办成事。”贵州抚臣上奏土司安国亨将要叛乱，高拱任命阮文中代理贵州巡抚。临出发时对他说“：国亨必定不会叛乱，你去，不要激发变乱。”不久正像他所说。因为广东省司大多贪财，特意奏请表彰廉洁能干的知府侯必登，以便肃治其他人。又说马政、盐政的官吏，名义上是卿、是使节，实际上视他们为清闲的人。误人坏事，渐渐不能教诲。只有教导官府驿道诸司，职位低俸禄少，路途遥远较为困难。适宜注重从当地选拔官员，体恤他们的私情。皇帝下诏同意施行。高拱所经办的，都是这类事。
俺答的孙子把汉那吉前来归降，总督王崇古接纳了他，向朝廷禀报，请求给他封官。朝中意见大多数认为不行，高拱与张居正极力主张授官。于是排除众议向皇帝奏请，使封官的事办成。事情详见崇古传。晋升高拱为少师兼太子太师、尚书大学士，改居建极殿。高拱认为边境稍稍安宁，担心将士懒惰散漫，又奏请特敕边地大臣借此空闲时，严格整顿，仍然常常派遣大臣去视察。皇帝都听从了他的意见。辽东传来捷报，晋升高拱为柱国、中极殿大学士。
不久考察科道，高拱奏请同都察院共同办理。当时大学士赵贞吉负责都察院，意见略有差别。给事中韩楫弹劾贞吉有隐私。贞吉怀疑高拱唆使，于是上书弹劾高拱，高拱也上书争辩。皇帝不喜欢贞吉，命令他离职退休。高拱驱逐了贞吉，更加专横。尚宝卿刘奋庸上书密告他，给事中曹大禁上奏弹劾他十件不忠的事，都被贬斥到京都之外。高拱开始操行清廉，后来他的门生，亲戚常被传闻受贿，遭人议论，皇帝始终宠爱高拱不减。
起初高拱任祭酒，居正任司业，互相友善，高拱极力称赞居正的才能。等到李春芳、陈以勤都离去，高拱担任了首辅，居正比肩伴随。高拱性格直爽而且傲慢，同官殷士儋等人不能忍受，唯独张居正退让处其下，高拱没有察觉。宦官冯保，性情狡黠，依次当为司礼右监。高拱推荐陈洪和孟冲，皇帝听从了，冯保因此怨恨高拱，张居正与冯保交情深厚。六年春(1572)皇帝患病，病情加重时，召见高拱、张居正、高仪接受遗命而后去世。起初，皇帝的遗命只让内阁大臣执政，但宦官篡改遗诏命令他们与冯保共事。
神宗即位，高拱因为皇帝年幼，苦于宦官专政，分列条目奏请皇帝抑制司礼监，把权力交还给内阁。又命令给事中雒遵、程文一起上书皇帝攻击冯保，自己从中拟定圣旨驱逐他。高拱派人报告张居正，居正表面同意，私下告诉了冯保。冯保向太后投诉，称高拱擅权不能容忍，太后点头同意。第二天召集大臣们进宫，宣告两宫和皇帝的诏书。高拱心想必定是驱逐冯保，急忙进宫，等到宣读诏书，却是列举高拱罪状并驱逐他。高拱倒在地上不能起身，居正把他扶持出宫，雇骡车从宣武门送他离去。居正与高仪奏请挽留高拱，未获批准。请求给予高拱乘用驿站车马，批准同意。高拱走后，冯保的不满未消。又捏造王大臣案，想株连高拱，不久，事情终止。高拱在家中呆了几年后死去。居正奏请恢复高拱的官位使祭葬照前例。宫中下旨给他半葬的礼仪，祭文仍然作贬损语。很久之后，朝廷议论高拱的功绩，追封他为太师，谥号文襄，荫庇他的嗣子务观为尚宝丞。