温纯，字景文，三原人。嘉靖四十四年(1565)的进士。由寿光知县征召为户科给事中。隆庆三年(1569)，穆宗已除丧服，仍不与大臣接触。温纯请求皇帝遵循祖制，垂询群臣，亲自批阅奏章，皇帝答复知道了。
他调任兵科都给事中。倭寇攻陷了广东的广海卫，大肆屠杀、劫掠而后离去。总兵刘焘报告将敌人打退了，温纯弹劾刘焘进行欺骗。当时刚刚召刘焘督率京都的部队，就搁置不问。黔国公沐朝弼犯罪，诏令允许他的儿子继承爵位。温纯称事情还没了结，不应当匆忙继承爵位。宦官陈洪请求封赠他的父母，温纯坚决不同意。言官李巳、石星遭谴责，他上奏救助他们。起初，赵贞吉更改军营制度，三营各由一名大将统辖。由恭顺侯吴继爵主持五军事务，而都督袁正、焦泽主持神枢、神机二营。吴继爵耻于与他为同僚，坚决推辞。皇帝罢免了两人，全部换成有功勋的大臣。温纯奏请广求将才，不要拘泥于世族侯爵，皇帝没有采纳。此后，皇帝又任命三名文臣分别督率部队，当时称为“六提督”。温纯认为政出多门，极力陈述它的不利之处，于是恢复了旧制。俺答请求通贡互市，高拱决定准许他们。温纯认为边防松弛，对中原不利。被调出京城担任湖广参政后，他称病回乡。
万历初年，被举荐担任河南参议。万历十二年(1584)，他由大理卿改任兵部右侍郎兼右副都御史，统辖浙江。担任户部左侍郎，升任右副都御史，督理仓场。母亲逝世后他离职。丧期满后担任南京吏部尚书。皇帝召见他，任命为工部尚书。父亲去世，他请求回乡养老。服丧期满，他被召封为左都御史。
矿税使四出横行，有司逮捕、囚禁的犯人极多，温纯极力疏论他们的危害，请求将他们全部放了，皇帝没有答复。此后，诸位宦官更加横暴，到处剽窃、掠夺，玷污妇女。四方的无赖奸人群起言利：有请求开挖云南塞外的宝井的人；又有人称海外的吕宋国有座机易山，一向出产金银，每年可以获得十万两黄金和三十万两白银；又有人称淮、扬地区盐利富饶，采纳他的主张，每年可以获得五十万两白银。皇帝全部欣然接受了，远近的人骇然震惊。温纯劝谏：“缅甸的人正在窥伺机会，一旦开挖宝井，必然发生兵变。余元俊是个盐贩，数千两的贮备都不能输出，而想得到五十万两，准备怎样获取？机易山在海外，必定不是遍地金银，任人前往拿取；不过是假借诏书、圣旨，使禁物擅自出入，与外番的人进行买卖，利益归众吏，祸害留给国家。请将诸位奸诈之人全部逮捕，交给我们进行法律制裁，并赶紧撤换祸害百姓的税监。”也没有答复。正值此时，朝廷内外争相请求罢除矿税，皇帝全都置之不理。温纯等人忧虑、惊惧，不知所措，就倡议诸位大臣匍伏在皇宫前涕泪请求。皇帝震怒，质问谁是倡议者。他回答：“都御史温纯。”皇帝为此敛威，派人传谕抚慰他说：“奏疏将下达。”他们才退去。然而皇帝最终没有施行。广东的李凤、陕西的梁永、云南的杨荣都因征收矿税激起民变，温纯又上奏说：“偷偷假借陛下的威福的税使以十计算，凭借税使的声势的参议随从以百计算，做参议随从的爪牙而奔走的困苦，受采办、营运、转输的困苦，既然丧失了生活的信心，又怎么能再抵御这千万个虎狼呢？希望当天就罢除矿税，将李凤等人逮捕，关押到大理寺。”皇帝又没答复。
在此之前，御史顾龙桢巡视广东，与布政使王泮言谈不合，起身殴打了他，王泮当即弃官离去。温纯弹劾并罢免了顾龙桢。御史于永清巡视陕西时贪污，害怕温纯上奏揭发，倡议同僚救助顾龙桢，明显地与温纯相背，以便牵制温纯，又与都给事中姚文尉勾结，倾轧温纯。温纯愤怒不已，上奏皇帝全部揭发了于永清进行勾结活动的罪状，并涉及姚文尉，话语颇为触犯首辅沈一贯。沈一贯等人上奏辩解。皇帝下发了于永清、姚文尉的两分奏章，而温纯弹劾的奏章留在宫中没有下发。温纯更加愤恨，三次上奏疏论此事，并极力乞求罢免自己，于是皇帝降了于永清的职。温纯就与沈一贯相抵忤了。给事中陈治则、钟兆京鸣不平，上奏斥责他们荒谬。温纯请求离去，上奏二十次闭门在家数月。皇帝一向看重温纯，传谕挽留他。温纯迫不得已，勉强就职处理公务。等到妖书的事件发生，他极力替沈鲤、郭正域辩驳诬言。楚王宗族的杀害抚臣，温纯又称他们没有造反的罪状。沈一贯对他的怨恨更深。
万历三十二年(1604)，全面考核京官、朝官。温纯与吏部侍郎杨时乔主持此事，沈一贯想庇护的兆斗和钱梦皋等人都在贬谪之列。奏疏送入宫中，很久之后忽然下旨责备他，将被核查的科道官全部留任，而且考核的结果仍然不向下发。温纯更加请求离去。钱梦皋、兆斗既留任，就接连上奏攻击温纯对楚地一事的处理。称温纯曲意庇护反叛的人，并诬蔑他受贿。朝廷大臣大为惊骇，争相弹劾温纯以便取胜。皇帝将奏章都留在宫中。此后，南京给事中陈嘉训等人极力抨击钱梦皋、兆斗两人暗中有依靠，结成朋党做奸诈之事，应当尽快贬斥他们，而听任温纯回乡，以保全大臣的体统。皇帝竟然批复了陈嘉训等人的奏疏，准许温纯结束仕途，钱梦皋、兆斗也被罢免回乡。
温纯清白公正。五次主持南北的考核，澄清汰劣适当。整肃百僚，振兴风纪，为一时名臣。去世后，封赠为少保。天启初年，追赠谥号为恭毅。