董一元，宣府前卫人。父亲董..，嘉靖年间担任宣府游击将军。俺答进犯滴水崖，董..奋力作战，最后阵亡了。赠官荫子，每年都纪念他。董一元的哥哥董一奎，是都督佥事。先后镇守山西、延绥、宁夏三处边地，以勇敢著称。
董一元像哥哥一样勇敢，而智谋却超过了董一奎。嘉靖年间，担任蓟镇游击将军。土蛮、黑石炭等部以一万多骑兵侵犯一片石，总兵官胡镇率兵抵抗，其中董一元功劳最大，破格领取三级俸禄，提升石门寨参将。隆庆初年，在棒槌崖打败敌人，又以董一元功劳最大，再次连升二级，提升副总兵，驻防古北口，移守宣府。
万历十一年(1583)以都督佥事的身份担任昌平总兵官，不久迁往宣府。十五年迁往蓟州。很久之后，又被弹劾罢免了。郑洛为洮河经略，命令董一元在西宁练兵。大落赤进犯边疆，董一元在西川迎击，多有斩获。不久以副总兵的身份协助防守宁夏，提拔为延绥总兵官。継拜叛乱，河套一带的各部落首领都帮助他。董一元乘継拜向西方抢劫时，率轻骑直捣土蛮老巢，抓获一百三十人，驱赶牲畜然后回师，敌人为了照顾老家就引兵离去了。提升代理都督同知，进入朝廷担任中府佥事。
辽东自从李成梁之后，代替李成梁的是杨绍勋，一年三次失守。尤继先接替他，半年之后因病离职。廷议选择统帅，于是任命董一元。泰宁速把亥被官军杀死了，他的次子把兔儿老是想报仇。他的叔叔炒花和女婿花大帮助他，势力日益强大。西部的卜言台周，是原插汉土蛮的后代，有部众十余万人，跟把兔儿一西一东，遥相呼应，互相依靠，多次侵犯边境。到这时卜言联合一克灰正、脑毛大各部，声称要进犯广宁。而把兔儿利用炒花、花大、暖兔、相言儿的力量来营造旧辽阳，将要入侵镇武、锦、义。董一元跟巡抚李化龙商量说：“卜言人数虽然很多，但离边境较远，我军最担心只不过是把兔儿和炒花罢了。现在他们的人数不过万把骑兵，打败了他们，西部的卜言将不战而退。”于是派遣副将孙守廉驰奔右屯防御西部敌人，董一元亲率大军隐藏到镇武的外边，空出大本营等待敌人。敌骑兵驰入营房，纵声大笑，以为董一元胆怯，于是深入前进。官军忽然从阵中出击，高喊着冲锋陷阵，奋勇杀敌，从午时直到酉时。敌人全线溃逃，追击逃敌七十多里，到达白沙埚。俘虏和斩首共五百四十多人，缴获牛马骆驼二千头。伯言儿中箭身亡，把兔儿也受了伤，其余的人跑了一整夜，天亮时停住马围在一起痛哭。第二天，卜言台周进入右屯，攻打了五昼夜。孙守廉等人固守，卜言台周于是引兵离去了。这时是万历二十二年(1594)十月。捷报传到朝廷，皇帝非常高兴。在郊庙祭天告祖，宣布捷报论功行赏，提升董一元为左都督，加封太子太保，荫封世代为本卫指挥使。兵部尚书石星以下的官员也各有不同程度的提升。
伯言儿最..悍，各部都依靠他。曾引诱杀害了庆云守备王凤翔，因此被革除了每年的赏赐。到这时被歼灭，各部都丧失斗志，他的部下于是向朝廷朝贡纳款。把兔儿、炒花和卜言台周、瓜兔儿、歹青又在边境放牧，企图在明年正月侵略辽阳、沈阳东西一带。董一元担心时间晚了不加防备，将被敌人乘虚而入，于是先西巡来遏制敌人的锋芒。李化龙也将弱卒留守广宁，多次向西派兵来迷惑敌人。董一元率领精兵强将，踏冰渡河，监军杨镐跟他同行。翻过墨山，天降大雪，将士的斗志更加旺盛。行军四百里，三天三夜后才抵达敌人的老巢。斩首一百二十级，缴获牛马及兵器不计其数，部队完整地回来了。把兔儿因在镇武受重伤，感叹道：“我竟然没有机会替父亲报仇么？”不久就死了，他的部属全都作鸟兽散，其他各部也都远远地逃走了。董一元因军功被增加二级官，世世代代荫袭。很久之后，因病回家，命令王保代替他。
朝鲜第二次打仗，下诏董一元隶属为总督邢..的部下，担任军事参赞。不久代替李如梅担任御倭总兵官。当时兵分四路，董一元在中路，在泗州防御石曼子，先攻取晋州，占领望晋，乘胜渡江，接连平毁永春、昆阳二座敌寨。敌人退守泗州老营，攻占敌老营，游击卢得功阵亡。前进直逼新寨。新寨三面临江，一面与陆地相连，引海水做濠沟，停泊在寨下的海船数以千计，修筑金海、固城作为左右的屏障。董一元分派步、骑兵夹击。步兵游击彭信古用大棒攻击寨，打破了很多地方。大军进逼敌人城壕，烧毁栅栏。忽然军中大炮爆裂，火焰冲天。敌人乘机冲击，固城的援敌也到。骑兵各将先逃跑了，董一元也回到晋州。消息传来，下诏斩游击马呈文、郝三聘，降彭信古等人的官职，充当事官，董一元也被剥夺了宫保，降了三级官阶。恰好日本丰臣秀吉死，倭寇逃跑了。石曼子被陈瞞歼灭了，董一元得以恢复了原官级，皇帝赏赐他银币。很久之后，董一元就死了。董一元长期镇守边境，功绩显著，跟麻贵、张臣、杜桐、达云一样，是很好的边防将领。