邹元标，字尔瞻，江西吉水人。九岁通晓“五经”。泰和人胡直，是嘉靖时的进士，官做到福建按察使，师从于欧阳德、罗洪先，得到王守仁学说的真传。邹元标年轻时跟胡直交游，就有志于学术探讨。万历五年(1577)中进士，在刑部学习政事。
张居正专权，邹元标上疏痛切规劝。并且说：“陛下以为张居正对国家有利吗？张居正论才干虽然有所作为，学术根基却非正途；志向虽然远大，却过于刚愎自用。他的一些政策措施不合情理，比如州县入学的人数，限定为十五六人。有关官署迎合他的旨意，更加减少数量。这是选拔贤才的路子不广。各地判决囚犯，也有一定的数量，有关部门害怕受处分，数量上一定追求有所富余。这是刑罚实施得太无节制。大臣拿了俸禄苟且偷生，小臣害怕获罪保持沉默，有的人今天陈述意见，明天却遭到了谴责。这是上下言路没有通畅。黄河泛滥成灾，老百姓有的以荒草地为家，以喝水充饥，而有关部门却充耳不闻。这是老百姓的疾苦没有得到救济。其他诸如任用残酷的官员，埋没杰出的人才，真是举不胜举。臣恭恭敬敬地读皇帝的诏示，上面说道：‘朕的学业还没有完成，志向还没有确定，先生就离开了我，将使前功尽弃了。’陛下还这样说，真是国家无尽的福份啊。虽然如此，辅助完成皇上的学业，协助树立皇帝的志向的人，不能说朝廷就没有啊。幸好是张居正遭遇父母丧事，还可以挽留，倘若不幸就此离去，陛下的学业莫非就此不得完成，志向莫非终究不能确定么？臣看到张居正的上疏说：‘世上先有非同寻常的人，然后才能做非同寻常的事。’这是把奔丧看作事而不屑于去做的人。谁不知道人只有恪守仁、义、礼、智、信五种道德伦理才能成其为人。现在这个人，父母活着时不去照顾，父母死了不去奔丧，还自我吹嘘为非同寻常的人，世道人心不认为他丧失天良，就认为他是猪狗禽兽，这能叫作非同寻常的人吗？”
奏疏写好，放入怀中然后上朝。正好赶上吴中行等人受廷杖刑。邹元标等打完棍子后，把奏疏拿出来交给中官，哄骗他说：“这是请假的奏疏。”等奏疏呈上后，张居正十分恼怒，也将邹元标打了八十棍子，贬职流放都匀卫，都匀卫位于万山丛中，与少数民族杂居，邹元标处之泰然。更加专心研究理学，学问得到很大的进步。巡抚御史受张居正的指使，将要陷害邹元标。路过镇远在那里住宿，一个夜晚，御史突然死了。
邹元标流放了六年，张居正死，征召授官吏科给事中，首先陈述培养道德观念、亲近大臣部属、严肃法令准则、尊崇儒家品行、整顿地方吏治五件事。不久弹劾罢免礼部尚书徐学谟、南京户部尚书张士佩。
徐学谟是嘉定县人。嘉靖年间担任荆州知府。景恭王分封德安，想夺取荆州城北面的沙市地盘，徐学谟坚持不给他，被景恭王弹劾。交给抚按官审问，改到别的地方当官。荆州人感激他，把沙市称作“徐市”。张居正跟他一向很好。万历年间，积官至右副都御史，巡抚郧阳。张居正回家处理父亲的葬事，徐学谟小心地为他服务，征召授官刑部侍郎。过了二年，提拔为礼部尚书。自弘治以后，礼部长官不是翰林出身不予任命。只有席书因为说“大礼”的缘故，由其他官署调任；万士和不是翰林，但他先担任过礼部侍郎。徐学谟直接被任命为礼部尚书，朝廷大臣因为张居正的缘故，没有人敢说话。张居正死，徐学谟赶忙跟大学士申时行结为亲家以巩固自己的地位。等到奉皇帝命令选择寿官，通政参议梁子琦揭发他先是巴结张居正，然后依附申时行。下诏剥夺梁子琦的俸禄。邹元标接着揭发他，于是命令他辞官回家。
慈宁宫遭火灾，邹元标又上疏陈述有关时事政治六件事。其中说道：“臣先前进献无欲望的教诲，陛下尝试自我检查，是真没有欲望呢，还是节制了欲望？俗话说：‘要想人不知，除非己不为。’陛下的确应该尽快彻底地自我检查，着意节制自己的欲望。”这个时候，皇帝正当壮年，沉迷于声色巡游、宴席，以为邹元标指责自己，很不高兴，降旨责怪他。首辅申时行因为邹元标是自己的门生，却弹劾罢免了他的姻亲徐学谟，也心怀不满，于是把他贬职为南京刑部照磨。调任兵部主事。征召改任吏部，提升员外郎，因病免职。后起用候补验封。陈述吏治十件事，百姓疾苦八件事，奏疏接近一万言。文选员外郎空缺，尚书宋纟熏请求任用邹元标，很久都没有消息，宋纟熏接连上疏催促。给事中杨文焕、御史何选也帮着说话。皇帝发火了，斥责宋纟熏，将杨文焕、何选贬到外地，而将邹元标调往南京。刑部尚书石星为他辩论，也遭到皇帝的责备。邹元标在南京过了三年，称病回家。很久之后，起用为本部郎中，不去赴任。不久母亲死，定居乡里讲学，跟他学习交游的人一天比一天多，名气也越来越大。朝廷内外上疏举荐被遗失的人才，共有几十甚至百道奏疏，没有不把邹元标列在第一位的，终于不被起用。在家隐居将近三十年。
光宗即位，征召授官大理寺卿。未到任，提升刑部右侍郎。天启元年(1621)四月回到朝廷，首先进呈“中和”的言论，说：“现在国家这个样子，都是二十年来各大臣纷争酿造成的。过去不选拔人才、礼让贤能，却天天嫉贤妒能，压制人才，讨论事情的人又不能心平气和，反而专门致力于分立门户派系。卑臣以为今天最要紧的，只是朝廷大臣彼此和睦而已。朝廷大臣和睦了，天地之间自然就和顺了。以前讨论人和事，每个人都心怀偏见，偏见导致迷乱，迷乱导致固执，固执转而自私，不再知道有别人，国家的灾祸就降临了。现在跟各大臣立一个约定，讨论一个人应该公平，不要轻易下笔做结论；讨论一件事应该借鉴以前的经验，考虑它的后果，不要不加思考、轻信传闻。用天下万世的良心，来衡量天下万世的人和事，则议论公平，而国家能享受安定和平的幸福。”于是推荐涂宗浚、李邦华等十八人。皇帝优先下诏，嘉奖并接受了。过了二天，又陈奏发掘选拔人才、理财振军等数事以及保证安宁的四项规条。并请求征召录用叶茂才、赵南星、高攀龙、刘宗周、丁元荐，而抚恤、登录罗大..、雒于仁等十五人。皇上也赞同接纳。
当初，邹元标站在朝廷上，正直威严，令人生畏，晚年努力争取做到和睦平易。有人议论他赶不上刚开始做官的时候有气魄。邹元标笑着说：“大臣跟言官是有区别的。风度超绝，是言官的事情。大臣关心的不是大的利益和损害，就是应当保护扶持国家，怎么能像年轻人那样怒形于色呢？”这时结帮拉派十分兴盛，邹元标讨嫌这种做法，想改正这种陋习，所以他举荐引用的人不拘一格。曾经想推举任用李三才，因言路不通，邹元标没有坚持。王德完讽刺他首鼠两端，邹元标也不计较。南京御史王允成等人以为他们二人有矛盾，请求皇帝下诏调解。邹元标说：“我与王德完从来没有矛盾，这一定是有人在从中捣鬼。我曾跟朝中大臣说：‘当今皇帝年幼，敌人就在国门边上，只有同心协力、同舟共济了。倘使再党同伐异，对国家来说就是不忠，对家庭而言就是不孝。世上自有不偏袒、不结党的正道，为什么总是在窝里斗个没完呢？’”皇帝即位已经很久，但前朝被废黜、死亡的各臣还没有得到赠封照顾，邹元标再次上疏阐述抚恤大典，言辞更为恳切。
这年十二月改任吏部左侍郎。未到任，授官左都御史。第二年主管在外地官员的考核，离职或是留任全凭公论。御史潘汝祯、过庭训一向有人议论。等过庭训官期任满，潘汝祯的评价充满了赞扬的话。邹元标上疏弹劾，二人一起称病离职。不久，邹元标说丁巳年(1617)对京官的考核不公正，专门打击压制跟自己意见不一致的人，请求皇帝收留录用章家祯、丁元荐、史记事、沈正宗等二十二人。由此各臣多得到平反昭雪。又说：“公开下诏征召被遗失的人才，但各老臣的官阶还是三十年前就应该得到的，应该增加三品抬高他们的官级，表示陛下褒扬尊敬年高德重之人的美德。”皇帝采纳了他的意见。于是北京和南京的太常寺、太仆寺、光禄寺三卿各增加了二个名额。
孙慎行议论“红丸案”，邹元标也上疏说：“人类所以存在，是因为有三纲五常。三纲五常所以确立，是因为有信史。我去年乘船经过南中，南中的知识分子都说先皇帝突然驾崩，死因不清楚，传闻不可轻信。我开始还不以为然。等到进入北京城，跟人说起先皇帝有大德，应该尽快记入信史。各大臣说：‘提到先皇帝弥留之际的大事，叫人停笔不敢下，有谁敢担当这个责任？’我开始对前些天听到的话有了怀疑。首辅方从哲不伸张讨伐逆贼的正义，反而实行奖赏奸细的法令，即使是无心做事，又怎么向世人解释交待。况且方从哲执政七年以来，没有听说有什么建树，只听见说骑在马上一天打三次仗，损失我国十万士卒。请问是在谁当政期间，使先皇帝受到震惊，奸邪之人闯入内宫、豺狼当道，扰乱朝政？方从哲如何回答？从来惩戒乱臣贼子，都是依靠信史。信史耽误于今天，不知到何时才能写成？”当时刑部尚书黄克缵观望内廷的意图，小官吏们都跟着他，而方从哲世代定居京城，盘根错节的关系不少，崔文升一帮人迎合内廷，极力追究孙慎行和大家的议论，都不能陈述。不久，孙慎行和王纪一起被驱逐，邹元标上疏挽留，皇帝不听。
邹元标自从回到朝廷以来，不危言耸听，不发表过激言论，对于事物没有猜疑。然而奸诈小人因为他是东林党人，还是忌恨他。给事中朱童蒙、郭允厚、郭兴治担心明年考核京官对他们不利，暗地里想办法赶走他。正好邹元标同冯从吾创建首善书院，集合志同道合的人讲学，朱童蒙首先请求禁止。邹元标上疏辩论请求辞职，皇帝已经安慰挽留，郭允厚又上疏弹劾，语言尤其荒谬没有根据。而魏忠贤刚刚大权独揽，传旨说宋朝之所以灭亡是因为讲学，将要严加谴责。叶向高极力辩解，并且乞求一起辞职，这才下了道温和的诏书，郭兴治和郭允厚又交相上疏大力攻击，郭兴治竟然把他们比作山东的“妖贼”。邹元标更加坚定地接连上疏请求离职，下诏加赠太子太保，乘驿车回家。闭门谢客，进呈《老臣请去国情深疏》，一一陈述军国大计，而规劝皇帝节制欲望，人们争相传诵。天启四年(1624)死在家里。第二年，御史张讷请求拆毁天下的讲坛，极力诋毁邹元标，魏忠贤于是假传圣旨剥夺他的官籍。崇祯初年，赠太子太保、吏部尚书，谥号“忠介”。