邓子龙，江西丰城人。身材魁梧，勇猛敏捷，无与伦比。嘉靖年间，江西强盗造反，抢劫樟树镇。邓子龙应有关官署的招募，讨平了他们。立下战功，授职广东把总。
万历年间，跟着大帅张元勋讨平巨盗赖元爵。此后，跟着讨平了陈金莺、罗绍清。土匪头子黄高晖逃跑，邓子龙追到山中活捉了他。提升为铜鼓石守备。不久提拔代理都指挥佥事，掌管浙江都司。被人议论应当剥夺官职，皇帝以邓子龙的罪行较轻，正好麻阳苗民金道侣等人造反，于是提拔他为参将去征讨。邓子龙大败敌人，解散苗民团伙。五开卫的士兵胡若卢等人放火烧了监司行署，鞭打赶走了守备以及黎平守备。靖州、铜鼓、龙里各苗民都响应他叛乱了。邓子龙放火烧东门引诱敌人，而悄悄派兵进入北门，强盗于是被消灭。
万历十一年(1583)闰二月，缅甸进犯云南。下诏将邓子龙调往永昌。木邦部落耿马奸邪的罕虔和岳凤都是叛党，说服缅甸首领莽应里侵犯内地，罕虔参与抢劫干崖、南甸。此后，引渡查理江，直接攻打姚关。湾甸土知州景宗真和他的弟弟景宗材协助他。邓子龙在攀枝树和敌人急战。战斗中杀死景宗真、罕虔，活捉景宗材，罕虔的儿子招罕、招色逃到三尖山，叫他的叔叔罕老率领一千五百名蒲人药弓手到关隘险要处阻击。邓子龙拿银子引诱蒲人，详细地得知通往敌人的小路。于是命令偏将邓勇等人率领北胜、蒗渠各番兵，直捣敌人的老巢，而预先在山后设下伏兵夹击。上半夜，活捉招罕、招色、罕老以及同党一百三十多人，斩首五百多级，尖山空虚，于是招抚流民数千人迁入。正好刘纟廷也进献俘虏岳凤。皇帝很高兴，晋升邓子龙为副总兵，给予世代荫封。不久，缅甸人又进犯猛密，把总高国春大败他们。邓子龙因助防有功，也被从优升级。从此以后，先前依附缅甸的蛮人，很多都来归附。
永昌、腾冲过去号称乐土。自从岳凤、罕虔叛乱以后，才开始召募士兵，召募的多是一些亡命之徒，于是建立腾冲、姚安二个兵营。刘纟廷负责腾冲营，邓子龙负责姚安营，互不买账，两军发生冲突。皇帝因为两位将领都有战功，放在一边不去管它。不久刘纟廷被罢免，刘天俸代替他。刘天俸被逮捕，于是让邓子龙兼管。邓子龙压制腾冲兵，每逢做工劳动，就虐待他们，而袒护姚安兵。等到陇川打仗，邓子龙故意制造人为的不平等，杀牛犒劳士兵，姚安兵是腾冲兵的二倍。腾冲兵不堪忍受，都想开小差当逃兵。副使姜忻让其他将领管理他们，才安定下来。而姚安长期骄横，因索要军饷不成而造反，由永昌、大理直达省城，所到之处烧杀抢劫，各路兵夹击他们，斩首八十四级，俘虏四百多人，才把叛乱镇压下去。邓子龙因此被剥夺官职入狱。
万历十八年(1590)，孟养强盗思个叛乱。邓子龙正被审问，巡抚吴定请求让他立功赎罪，皇帝同意了。任命还未下达，吴定已经和黔国公沐昌祚派将领打退了敌人。不久，丁改十寨的强盗普应春、霸生等人叛乱，势力很强盛。吴定大量征召汉族和土著人当兵，命令邓子龙统帅右路，游击杨威统帅左路军，大败强盗，斩首一千二百级，招降六千六百人。皇帝为此到郊庙告谢。论功行赏，恢复邓子龙副总兵的官职，代理金山参将事宜。在这之前，猛广土官思仁跟他的嫂子甘线姑通奸，想娶她做妻子，没有成功。跟他的同伙丙测一起叛逃缅甸，多次引导缅甸进犯内地。二十年进攻孟养，进犯蛮莫。土同知思纪逃往等练山。邓子龙打败了他们才离开。邓子龙不久被人弹劾罢官回家。
万历二十六年(1598)，朝鲜战争爆发。下诏邓子龙以原官职率领水军，跟着陈瞞东征。倭寇准备渡海逃跑，陈瞞派遣邓子龙随同朝鲜统制使李舜臣率领水军千人，驾驶三艘巨舰为前锋，在釜山以南海面上迎击敌人。邓子龙向来激昂慷慨，年龄虽已七十，更为意气风发，想立头功，迅速率领二百名壮士跳上朝鲜船，勇往直前打击敌人，敌人死伤无数。别的船将火器误投到了邓子龙的船中。船起火，敌人乘机反扑，邓子龙战死。李舜臣赶来救援，也战死了。消息传来，追赠都督佥事，荫封一个儿子做官，朝鲜修庙纪念他。