袁继咸，字季通，宜春人。天启五年(1625)进士。初任行人。
崇祯三年(1630)冬天，升任御史，参加会试监考，因听任与试的举人挟带，被贬为南京行人司副，后来升为主客员外郎。七年春天，升任山西提学佥事。尚未赴任，总理户、工二部的官员张彝宪进呈了一份关于朝觐官员登记注册的奏章。继咸上书评论说“：假如这个命令得到推行，那么上自藩王，下到县令就会依次来请托，低声下气地跪拜在宦官的座前。这样引诱天下人来干这无耻的事，真是太不好了。”彝宪大为恼火，就上书和继咸相互攻击。崇祯皇帝不听劝阻，继咸就独自一人上任去了。过了好长时间，巡抚吴生生推荐说继咸廉洁奉公，精明强干。可是巡按御史孙振因为向继咸请托，继咸不答应，就上书诬蔑他收取贿赂，舞弊徇私。崇祯皇帝恼了，逮捕了继咸，责令吴生生回话上来。吴生生称赞继咸，驳斥了孙振的诬告。山西的生员们也跟到京师，跪在宫门外诉冤，继咸又上书陈诉了孙振向他请托的事实以及他收受贿赂的几件事。崇祯皇帝下诏逮捕了孙振，判处他贬官充军，继咸得以恢复原职。
十年，朝廷任命继咸为湖广参议，分守武昌。他带兵在兴国、大冶一带的山中捣毁了长江流域的贼巢，活捉了贼寇首领吕瘦子，降服了他的部下一千多人。朝廷又任命他兼任佥事，分巡武昌、黄州。他又在黄陂、黄安打退了贼将老回回、革里眼等七大部兵力的进攻，为黄冈城修筑了六千多丈长的城墙。
十二年，继咸调到淮阳，因为触犯了宦官杨显名，被奏准贬官两级，调离使用。督师杨嗣昌因为继咸懂得军事，就把他调到身边当军事参谋。第二年四月，朝廷提升他为右佥都御史，抚治郧阳。不到一年时间，襄阳被打下，继咸遭到逮捕，充军贵州。
十五年，朝臣交相举荐他，继咸得以恢复原任，总理河北的屯田事务。尚未赴任，贼兵逼近江西，朝廷决定设置一位重臣总督江西、湖广、应天、安庆军务，驻兵九江。于是提升继咸为兵部右侍郎兼右佥都御史，奉命出征。当时贼兵已经打下武昌，左良玉率兵东下。继咸在芜湖碰上良玉，用忠君报国的道理鼓舞了他，良玉就回师恢复了武昌。朝廷决定让吕大器来接任总督，让继咸仍旧去管理屯田事务。大器、良玉之间不和，长江、袁州一下子都沦陷了，朝廷又推出继咸替换了大器。继咸才到达九江，京师就失守了。
福王在南京即位后，向武昌颁下诏书，良玉不愿拜领。继咸写信过去说福王辈份、排行该当皇帝，良玉才拜领了。继咸入朝时，高杰刚刚被封为兴平伯。继咸说：“封爵是用来奖赏有功的人的。无功而封，有功的人就得不到激励。骄横的人受了封，往后骄横的人会更多。”福王说：“事情已经办了，又该怎样？”继咸说“：马士英拉高杰渡江而来，应该让他前往安抚高杰。”福王说：“他不想去，辅臣史可法愿意去。”继咸说“：陛下刚即位，固然应当用恩惠笼络人心，但尤其应当用法纪来安定人心。希望陛下振作精神，严明法纪。冬春之际，淮河一带未必没有战事。我虽然笨拙，但愿意陪陛下前往成就澶渊战役那样的成功。”福王面有难色。于是继咸走近福王的座前轻声低语说“：左良玉本人虽然没有二心，但他的部下有很多降将，这些人恐怕不是孝子贤孙。陛下刚刚登上皇位，人心危疑，不可不防备意外，我应该星夜赶回我的兵营才是。”福王答应了他。继咸又赶到内阁批评史可法不应当封高杰为伯，士英对他怀恨在心。不久继咸又上书陈述守卫国家，实现太平的大政方针，其中援引宋高宗任用黄潜善、汪伯彦的事，又影射了士英。正好湖广巡按御史黄澍弹劾士英的十大罪行，士英起草诏书，要把他逮捕治罪。黄澍就和良玉商量，暗中鼓动将士大吵大闹，要到南京去领取军饷，保护黄澍。继咸替他们截留了长江上运送的粮食十万石，饷银十三万两，拨给了他们，又上书代黄澍申辩，用良玉倚仗黄澍为理由请放回黄澍。士英迫不得已，就没有逮捕黄澍。继咸和士英发生矛盾以后，他给朝廷的奏请都被挡回不用。
第二年正月，继咸上书说：“元旦节，是人臣应该磕头在地，举杯庆贺的日子，也是陛下应当痛定思痛，卧薪尝胆的时候。而今大耻未雪，陛下应该认为周宣王那种天不明就询问时间想要做事的精神是值得学习的，认为后世君主那种通宵滥饮、角抵游戏的行为是应当戒绝的。当前应当停减土木工程，节俭不必要的开支。劝告大臣停止私斗，以国仇为重。我经常感慨三十年来朝廷仅仅因为‘三案’就没完没了地纠扯、血斗。像《要典》那本书，先帝在世时就已经把它烧毁，现在又何必去理会他呢？假如这本书还没有呈进，应该停止进览；就是已经呈进，也应当烧毁了。至于皇帝即位一事，自古以来有不少不同说法。陈平、周勃迎立汉文帝以后，没听说要狠整朱虚的过错；房玄龄、杜如晦决定辅立秦王，也没听说要极力把魏征给治罪。这固然是因为这两位君主宽宏大量，也是因为有这么些大臣奉公、忠诚，善于谋画，帮助成就了君上的美德。我请求陛下再一次发布对过去有异议的大臣宽大处理的诏书，释放监狱中被判处的囚犯，停止过问下边受到株连的案犯！”福王颁下诏书同意了他的意见。
朝廷里那帮小人都不喜欢继咸，把他的军饷给减了六万，部队中有人发怨言，继咸上书争论也没用。又因为长江上驻兵太少，郑鸿逵的战舰不见回来，继咸决定再造新船，传令九江佥事叶士彦在江面上截买木材。士彦家在芜湖，跟当地商人很熟悉，就封还了他的命令。继咸因为他的命令没能执行下去，就上书弹劾士彦。士彦的同年、御史黄耳鼎也上书弹劾继咸，说他手下的心腹将校劝良玉另立别的藩王做皇帝，良玉不听。良玉曾经不愿意拜领福王的监国诏书，听说耳鼎的上书后更加担心被怀疑，就上书说明他跟继咸没有什么矛盾，耳鼎是受人指使才那样说的，《要典》一书应当再次予以烧毁。江东人于是就七嘴八舌地说继咸、良玉一唱一和，要挟朝廷了。正好南京又发生了假太子一事，良玉上书争议没用，就和士英等人发生了矛盾。继咸上书说：“太子的真假，不是我在这里可以凭空揣测的。如果是真的，就请朝廷按良玉的意见办；如果是假的，不妨从容审察、处置，多找一些在东宫任过职的大臣来辨认，以便使朝廷内外的臣民解除心头的疑云。”他的奏疏没到南京，良玉就起兵造起反来。
当初，继咸听说李自成兵败南下，就命令部将郝效忠、陈麟、邓林奇驻守九江，自己打算率领副将汪硕画、李士元等去支援袁州，以防闯贼由岳州、长沙进入江西境内。已经上船出发，听说良玉反叛，又回到九江。良玉的船停在长江北岸，写信给继咸说，希望能和他握手告别，去为皇太子效死。九江的士绅、百姓都流着泪请继咸过去一下，消除这一带可能会发生的战乱。继咸到船上见到良玉，良玉说到太子被打入监狱一事就大哭不停。第二天，船移到南岸来，良玉从袖中取出皇太子的秘密指示，劫持九江的将领们和他结盟。继咸脸色严肃地问道“：太子的秘密指示是从哪里搞到的？先帝过去的恩德不能忘，现在新皇上的恩德也不可辜负了啊！太子的秘密指示是从哪里搞来的呢？”良玉脸色变了，过很长时间才说：“我说准不攻打南京，把檄文改为奏疏，在都城外驻军，听候圣旨不就是了？”继咸回城后，把各位将官召集到城楼上挥泪说道：“兵谏是不对的。晋阳的战甲示威，《春秋》对它表示厌恶。我们能和他一起作乱吗？”接着就和大家商定一同守城，拒击左军。可是效忠和部将张世勋等人却已经出动和良玉联合兵力了，又进入城里来杀人抢劫。继咸听说后想自尽，黄澍来到他的官署哭拜着说“：宁南并无二心。先生如果以死刺激他生出野心来，那么大事就不是算完了吗？”副将李士春也秘密地告诉继咸说暂时忍耐，等左军过去到了前头，像王文成公擒拿宸濠那样的事业袁公您也能成就呢。继咸认为他说得对，就出城去批评良玉。良玉已经病重了，晚上看到九江城中大火烧起来，大哭着说道：“我对不起临侯呢！”———临侯是继咸的别号———吐出几升血，就死掉了。他的儿子秘不发丧，将领们推他当了总帅，驾船向东走了。
朝廷都怀疑继咸和良玉一起反了。不过当时南京已被大清兵打下，各大兵镇大多都投降了。继咸劝说梦庚回师，梦庚不听。继咸派人回来告诉林奇、硕画、士元不要干背叛国家的事，当时林奇、硕画、士元躲避在安徽的湖泊中，他们竟派人暗中阻拦继咸回来。继咸受了效忠的骗去到他的部队里。部队即将回到湖口时，梦庚、效忠向大清投降了，于是把继咸带到北边去，软禁在内务府的大院中。到第二年三月，继咸最终不肯屈服，就把他杀了。