马理，字伯循，三原人。同乡尚书王恕居家讲学著书，马理从他交游，受到他的指教。杨一清督察学政，见马理、吕木冉、康海的文章，大加赞赏说：“康生善于文章，马生、吕生精通经学，都是天下才子。”马理乡试中举，进入国学，与吕木冉及林虑马卿，榆次寇天叙，安阳崔铣、张士隆，同县秦伟等，每日切磋学问，名震京都。高丽使者仰慕他们，把他们的文章抄录带回本国。马理因父母相继去世，未参加科举考试。安南使臣到京后，问主事黄清：“关中马理先生在哪里，为何没有做官？”外国人对他如此敬重。
正德九年(1514)中进士。当时杨一清为吏部尚书，立即提升马理为稽勋主事。告假归家。后起任考功主事。与郎中张衍瑞等劝阻皇帝南巡。皇帝不仅不采纳他们的意见，而且令他们跪在宫殿门口，施以杖刑，夺去俸禄。不久，马理又告假返乡，在家乡教授生徒，向他求学的人很多。嘉靖初年，起任马理为稽勋员外郎，与郎中余宽在朝廷大殿上争论大礼问题。皇帝下诏将其逮捕入狱，再施以杖刑，剥夺俸禄。其后多次调任考功郎中。已故户部郎中庄绎，正德时首次引导刘瑾考核天下库藏。刘瑾败，庄绎也被削职。现在又有人奏请核查，当权者提出让马理担任此事。马理坚持不可，查核之事也就此停止了。嘉靖五年(1526)，考察地方官吏，大学士贾咏、吏部尚书廖纪出于私怨，要除去广东副使魏校、河南副使肖鸣凤、陕西副使唐龙。马理力争，指出：“此三人督察学政，名著天下，一定要除去三人，就请把我马理除掉。”三人终免于罢职。第二年考核京官，罢黜张璁、桂萼党羽吏部郎中彭泽，而璁、萼竟得到皇帝的同意，留用彭泽。马理提升为南京通政参议，请求辞官而去。在家闲住三年，起任光禄寺卿，不久又告假回家。十年以后，再度起用为南京光禄寺卿。不久告老还乡。嘉靖三十四年，陕西地震，马理与妻皆蒙难。
马理的学问道德纯正深厚，居丧以古礼及司马光《书仪》、朱熹《家礼》的规定折衷使用，与吕木冉并为关中学者的宗师。穆宗即位，赠右副都御史。天启初，追谥忠宪。