武定，是南诏三十七部之一。宋朝淳熙年间，大理的段氏让阿历担任罗武部的部长。阿历的部长职务传了三代到矣格时，正好是元朝元世祖当政，矣格被封为北部土官总管。元朝至元七年，此地改为武定路，设置了南甸县。
洪武十四年(1381)，官军进入云南，武定的女土官商胜首先归附朝廷。十五年武定路被改为武定军民府，让商胜掌管该府事务。十六年，商胜派人前来京城朝贡，向皇帝献贡马。皇帝下诏给商胜颁赐诰命和朝服，赏赐给她锦币、钱钞。十七年任命和曲土官豆派为知州。二十一年朝廷从国库中拿出金帛，派人到武定、德昌、会川等地购买马三千匹。宣德元年(1426)，元谋县已故土知县吾忠的儿子吾政前来京城朝觐。
正德二年(1507)四月，武定地区下雨降冰雹，溪水暴涨，冲决了堤坝毁坏了农田，天又降霜冻死了麦子。七月，朝廷将武定所属的南甸县改为隶属于和曲州，石旧县改为隶属于禄劝州。三年，土知府凤英因跟随官军从征有功，进官秩为右参政，仍让他掌管知府事务。他请求朝廷给他赏赐金腰带，礼部讨论认为不行。而皇帝认为凤英有功劳，可以给。第二年，凤英向皇帝进献贡马以感谢皇帝的恩典，皇帝又按惯例给他赏赐。
嘉靖七年(1528)，土舍凤朝文叛乱，杀死了同知以下的官吏，抢劫走了州府的官印，带兵与寻甸的贼人安铨一起侵犯云南府。抚按大臣将此事报告朝廷。此时正好安铨之乱还未平息，凤朝文又起来作乱，于是云南大受骚扰。皇帝下诏任命右都御史伍文定为兵部尚书，领导监督云南、贵州、四川、湖广的军务，调拨四镇的土兵和汉兵讨伐贼人。五月，黔国公沐绍勋上疏说“：我奉命与巡抚官等人调拨官军，分路向叛贼进剿、招抚。叛贼违抗，扣留了我们所派去招抚他们的官军二人，这样，所调拨来的各土舍，又重新怀疑官军的能力，畏惧叛贼。我小心地按照便宜行事的原则出示榜文，封给他们官职，发给他们冠带，说待我上奏朝廷以后再让他们正式承袭官位，众人才开始振奋起来。于是我们二月进兵，拦击斩杀了强敌十多人，叛贼逃回武定。请求皇上下诏给兵部，给我指明全盘的计划和策略，允许我见机行事，并宽恕各土舍以往的罪行，凡是此次立有功劳的，都允许他们承袭官职，使他们对叛贼有共同的愤恨。”皇帝采纳了沐绍勋的建议，下诏给剿贼的官军给予奖励。叛贼遭受失败后，其党徒稍有溃散。当初，凤朝文欺骗他手下的众人，说武定知府凤诏母子俩都被朝廷杀戮了，朝廷还要全部剿灭武定的蛮族人。此时凤诏和他的母亲率领手下人从会城前往武定，蛮族百姓看见后都大为惊愕，全向凤诏投降了。凤朝文无计可施，穿过普渡逃走，官兵追上他，又将其打败。凤朝文率领家奴数人，经过逖益州，逃到东川的汤郎箐，被官兵追及，车裂而死。安铨的势力还较盛，他逃跑到寻甸老巢，环列寨子数十个。官兵分成几哨向他们夹破，先后攻破各寨，于是合力攻拔了安铨的老巢必古。安铨逃奔到东川，进入芒部，被土舍禄庆捆绑了起来，于是叛贼都被平定了。这一仗，官军生擒了叛贼大小首领一千多人，斩杀了二千九百多人，俘虏了男女共一千二百多人，招抚蛮族党徒二万多，缴获兵器、牛马等无法计算。捷报传到朝廷后，朝廷命令将安铨、凤朝文斩首示众，籍没他们的家产，他们的家属被发配到边疆去戍守边关。
十六年(1537)，朝廷命令土知府瞿氏掌管武定府的官印。原先，府中的官印从洪武年间以来都掌管在土官手中，正德年间有关机构讨论后将府中的官印交给流官同知掌管，土知府的职守就是专门负责巡捕和征粮。待到凤诏一死，瞿氏以凤诏母亲的身份承袭了儿子的官职，管辖四十七马头的阿台等地，屡次请求朝廷将府中官印交由她掌管。吏部答复说，按照洪武年间的旧例，应同意她的请求，皇帝就照办了。
四十二年(1563)，瞿氏年老，自己推举凤诏的妻子索林代理自己的职务。等到索林承袭了官职以后，便对婆婆失礼。瞿氏大为愤怒，于是收留异姓儿子继祖进入凤氏家族，倚仗着她的外甥女婿贵州水西的土舍安国亨、四川建昌的土官凤氏的兵力，想废除索林，让继祖承袭官职，结果没有成功。瞿氏便写上疏章，自称自己被索林所囚禁，让继祖到朝廷上告。继祖回来后，施诈声称自己已经接受朝廷的任命，承袭了瞿氏的官职，带兵去逼夺索林手中的府官印。索林抱着官印逃到会城，抚按官对她劝解了一番。索林回到武定后，依然照旧管理府中事务，又听任继祖留在瞿氏的家中，于是婆婆与媳妇之间的嫌隙就更深。索林密谋想诛杀继祖，事情败露后，继祖便发大军包围了武定府，抢劫了和曲、禄劝等州县，杀伤了调到这里的土官王心一。索林又抱着府印逃到云南，巡抚曹忭下令收缴她的府印，将她的左右手郑立宏逮捕入狱，命令瞿氏暂时处理府中事务，宽恕了继祖的罪行，责成他悔过自新。
四十四年(1565)，朝廷在武定府添设府通判一员。四十五年，修筑了武定府新城，巡抚吕光洵派郑立宏回武定府执掌旧业。郑立宏，就是以前与索林一起想谋杀继祖的那个人。他一回到武定，继祖就将他捆绑起来杀了，并率领众人攻打新城。临安通判胡文显督促百户李鳌、土舍王德隆前去援救，到鸡溪子隘时遭埋伏，李鳌、王德隆都战死。佥事张泽也带领寻甸的军队二千多人前去救援，亦被打败，张泽和千户刘裕被俘。镇巡官敦促各道的军队一同进剿，将继祖逼到东山寨包围起来。继祖害怕了，带着张泽和索林逃到照姑，不久又杀死张泽。官军追赶很急，继祖便从真勒渡过江，奔向四川，投靠东川岳父母家。巡按刘思问听到以上情况后，命令云南、四川一起会兵讨伐贼人。
原先，继祖之所以逃向东川，是因为土官凤氏与他有往来。现在看到云南、四川的官军与土舍禄绍先等人的军队都会合在一起，凤氏便背叛继祖，发士兵七千人来支援官军，继祖的处境更加穷促。继祖手下的首领者色跑到禄绍先的军营里投降，将继祖的头颅献给官军。姚县的土官高继先又擒捉了继祖的余党，姚安府的同知高钦、高钦的弟弟高钧以及主要谋士赵士杰等人都伏法被杀。守卫大臣讨论是否在武定设流官统治，朝廷还不想断绝凤氏，给索林的支系亲属凤历的儿子凤思尧授予经历官职，让他管辖一百多个村庄。凤历因朝廷没授予他知府职位对朝廷产生怨恨情绪，暗地里勾结四川七个州和水西的宣慰安国亨图谋作乱。流官知府刘宗寅派人劝谕他，他不听，还聚集众人称凤思尧为知府，夜里袭击武定府的府城。他们看到城内严密防守不能进入时，便退兵驻扎在鲁墟。刘宗寅夜间出兵，杀进敌人的军营，乱贼溃逃。刘宗寅带人追到马剌山，活捉了凤历，将他按法处决。
万历三十五年(1607)，继祖的侄子阿克长久迁居在金沙江外，贼人郑举等诱骗阿克作乱，暗地里勾结金沙江外会川的各蛮族人，攻陷武定，大肆抢劫。他们还接连攻破元谋、罗次等城，索讨武定府的官印。此时正好流官知府将官印带到会城去了，得不到，他们便以没有官印无法号召百姓为由，劫持推官，请求朝廷发给他们冠带和印信。镇抚官因为大军没有集结，害怕他们，便派人将武定府的官印授予他们。他们退入武定府，立阿克为知府。镇抚官调集了土兵之后，分五路进剿，先后攻克了武定、元谋、罗次、禄丰、嵩明等州县，将阿克及其同党抓送到京城，在闹市中将他们车裂而死。武定府平定之后，全都设置流官来统治该地区。